More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sde_0480 on replicon NC_007912
Organism: Saccharophagus degradans 2-40



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007912  Sde_0480  response regulator receiver domain-containing protein  100 
 
 		 265 aa  546  1e-155  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3718  response regulator  46.18 
 
 		 275 aa  264  1e-69  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4382  LytTR family two component transcriptional regulator  45.52 
 
 		 273 aa  259  3e-68  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2385  response regulator receiver protein  42.07 
 
 		 272 aa  216  4e-55  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2974  LytTR family two component transcriptional regulator  42.86 
 
 		 266 aa  209  4e-53  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.318128 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01918  putative response regulator in two-component regulatory system  40.38 
 
 		 275 aa  206  4e-52  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.159199  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2673  response regulator receiver protein  40.6 
 
 		 268 aa  204  9e-52  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.587227  normal  0.606797 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0420  LytR/AlgR family transcriptional regulator  41.57 
 
 		 317 aa  204  1e-51  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.0328897  normal  0.0302219 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0227  LytR/AlgR family transcriptional regulator  39.54 
 
 		 265 aa  203  3e-51  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.312706  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2278  LytTr DNA-binding response regulator  38.57 
 
 		 280 aa  196  2.0000000000000003e-49  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.421967  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1860  two component transcriptional regulator, LytTR family  38.26 
 
 		 266 aa  189  2.9999999999999997e-47  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_0067  LytTR family two component transcriptional regulator  39.62 
 
 		 268 aa  187  1e-46  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.169577  normal  0.169612 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3487  LytR/AlgR family transcriptional regulator  39.92 
 
 		 253 aa  185  6e-46  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.76921  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3291  LytR/AlgR family transcriptional regulator  38.04 
 
 		 258 aa  181  9.000000000000001e-45  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.393667  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6586  two component transcriptional regulator, LytTR family  36.4 
 
 		 246 aa  179  5.999999999999999e-44  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.318104  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3838  LytR/AlgR family transcriptional regulator  34.77 
 
 		 254 aa  178  9e-44  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  0.479778 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3913  LytTR family two component transcriptional regulator  36.96 
 
 		 268 aa  176  4e-43  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.316099  normal  1 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_0704  LytTR family two component transcriptional regulator  35.56 
 
 		 276 aa  172  3.9999999999999995e-42  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  0.674394 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2329  LytTR family two component transcriptional regulator  36.96 
 
 		 255 aa  169  3e-41  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.0531557  decreased coverage  0.00207881 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3900  response regulator receiver domain-containing protein  36.63 
 
 		 261 aa  161  9e-39  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1151  response regulator receiver protein  34.83 
 
 		 276 aa  159  5e-38  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2172  LytR/AlgR family transcriptional regulator  34.23 
 
 		 252 aa  157  1e-37  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.0721488  normal  0.0255714 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1819  LytTr DNA-binding response regulator  36 
 
 		 260 aa  156  3e-37  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.148301  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2328  LytTR family two component transcriptional regulator  34.36 
 
 		 255 aa  155  5.0000000000000005e-37  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.261765  decreased coverage  0.00199939 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1004  two component transcriptional regulator, LytTR family  34.11 
 
 		 257 aa  154  1e-36  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  decreased coverage  0.00878343  normal  0.279198 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_5142  two component transcriptional regulator, LytTR family  34.13 
 
 		 244 aa  154  2e-36  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.546377  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5734  two component transcriptional regulator, LytTR family  35.29 
 
 		 257 aa  152  8e-36  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4495  LytTR family two component transcriptional regulator  34.01 
 
 		 245 aa  147  2.0000000000000003e-34  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.17015 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0898  two component transcriptional regulator, LytTR family  36.51 
 
 		 265 aa  147  2.0000000000000003e-34  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1001  LytR/AlgR family transcriptional regulator  32.23 
 
 		 262 aa  144  1e-33  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  0.0103069 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0374  two component transcriptional regulator, LytTR family  33.47 
 
 		 242 aa  143  2e-33  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0190  LytR/AlgR family transcriptional regulator  35.59 
 
 		 244 aa  143  3e-33  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.625509  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2697  LytR/AlgR family transcriptional regulator  33.46 
 
 		 240 aa  142  5e-33  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3773  two component transcriptional regulator, LytTR family  33.96 
 
 		 260 aa  142  5e-33  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.10961  normal  1 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1761  two component transcriptional regulator, LytTR family  32.81 
 
 		 251 aa  142  6e-33  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0387  response regulator  37.05 
 
 		 261 aa  142  7e-33  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1542  LytTr DNA-binding region  30.49 
 
 		 245 aa  141  9.999999999999999e-33  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  0.300206 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1964  LytR/AlgR family transcriptional regulator  32.49 
 
 		 255 aa  140  3e-32  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  0.777054 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0617  two component transcriptional regulator, LytTR family  33.59 
 
 		 243 aa  140  3e-32  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  0.23864 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2443  LytTR family two component transcriptional regulator  34.25 
 
 		 279 aa  139  3.9999999999999997e-32  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3159  response regulator receiver  28.85 
 
 		 242 aa  139  6e-32  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2791  LytTR family two component transcriptional regulator  35.74 
 
 		 250 aa  138  8.999999999999999e-32  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.073585  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1149  response regulator receiver protein  31.33 
 
 		 239 aa  137  2e-31  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000974  response regulator of the LytR/AlgR family  35.29 
 
 		 263 aa  137  3.0000000000000003e-31  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.728867  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_07024  transcriptional regulator  35.29 
 
 		 263 aa  136  3.0000000000000003e-31  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_1527  LytTR family two component transcriptional regulator  32.79 
 
 		 246 aa  136  3.0000000000000003e-31  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.109257  normal  1 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0119  response regulator receiver protein  32.05 
 
 		 249 aa  135  5e-31  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3594  two component transcriptional regulator, LytTR family  33.46 
 
 		 260 aa  135  5e-31  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.833136  normal  0.0457058 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1381  LytR/AlgR family transcriptional regulator  32.13 
 
 		 273 aa  134  9.999999999999999e-31  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.557466 
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_01160  response regulator of the LytR/AlgR family  31.78 
 
 		 238 aa  133  3e-30  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2906  two component transcriptional regulator, LytTR family  30.95 
 
 		 245 aa  133  3.9999999999999996e-30  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2282  response regulator receiver protein  35.21 
 
 		 276 aa  133  3.9999999999999996e-30  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.81  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4386  two component transcriptional regulator, LytTR family  34.71 
 
 		 260 aa  132  6.999999999999999e-30  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_3280  two component transcriptional regulator, LytTR family  31.32 
 
 		 245 aa  131  1.0000000000000001e-29  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0231  LytR/AlgR family transcriptional regulator  37.04 
 
 		 254 aa  131  1.0000000000000001e-29  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  0.740894 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_3958  LytTR family two component transcriptional regulator  32.03 
 
 		 246 aa  131  1.0000000000000001e-29  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4408  two component transcriptional regulator, LytTR family  29.1 
 
 		 268 aa  131  1.0000000000000001e-29  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5598  two component transcriptional regulator, LytTR family  33.33 
 
 		 237 aa  131  1.0000000000000001e-29  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  hitchhiker  0.0000105391  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1841  response regulator receiver  33.07 
 
 		 245 aa  131  1.0000000000000001e-29  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000216203 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0930  response regulator receiver protein  36.21 
 
 		 243 aa  130  2.0000000000000002e-29  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  0.748451 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2186  two component transcriptional regulator, LytTR family  31.99 
 
 		 275 aa  130  2.0000000000000002e-29  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_5008  LytTR family two component transcriptional regulator  33.47 
 
 		 250 aa  130  2.0000000000000002e-29  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.135227  hitchhiker  0.0000288771 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1440  putative two-component response-regulatory protein YehT  30.2 
 
 		 236 aa  130  2.0000000000000002e-29  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4134  LytTR family two component transcriptional regulator  34.19 
 
 		 243 aa  130  2.0000000000000002e-29  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.291369  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_0068  two component transcriptional regulator, LytTR family  33.78 
 
 		 244 aa  129  4.0000000000000003e-29  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  decreased coverage  0.00288448  normal  1 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_10420  two component transcriptional regulator, LytTR family  34.44 
 
 		 253 aa  129  4.0000000000000003e-29  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000460621  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1844  two component transcriptional regulator, LytTR family  30.84 
 
 		 236 aa  129  6e-29  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0031  response regulator receiver protein  33.72 
 
 		 243 aa  127  1.0000000000000001e-28  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B5384  response regulator LytR  32.03 
 
 		 246 aa  127  1.0000000000000001e-28  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.662493  normal  0.485514 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0148  two component transcriptional regulator, LytTR family  33.85 
 
 		 251 aa  128  1.0000000000000001e-28  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.48043 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0959  putative two-component response-regulatory protein YehT  32.31 
 
 		 241 aa  127  2.0000000000000002e-28  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.606019  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2397  two component transcriptional regulator, LytTR family  34.44 
 
 		 261 aa  127  2.0000000000000002e-28  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A5621  response regulator LytR  32.03 
 
 		 246 aa  127  2.0000000000000002e-28  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_5573  response regulator LytR  32.03 
 
 		 246 aa  126  3e-28  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_5234  LytTR family two component transcriptional regulator  32.3 
 
 		 246 aa  126  3e-28  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2723  putative two-component response-regulatory protein YehT  31.76 
 
 		 239 aa  126  3e-28  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2304  putative two-component response-regulatory protein YehT  32.69 
 
 		 239 aa  126  4.0000000000000003e-28  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2348  putative two-component response-regulatory protein YehT  32.69 
 
 		 239 aa  126  4.0000000000000003e-28  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2393  putative two-component response-regulatory protein YehT  32.69 
 
 		 239 aa  126  4.0000000000000003e-28  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_4494  LytTr DNA-binding region  30.74 
 
 		 250 aa  126  4.0000000000000003e-28  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.0706486  normal  0.304613 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0865  putative two-component response-regulatory protein YehT  32.69 
 
 		 239 aa  126  4.0000000000000003e-28  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2397  putative two-component response-regulatory protein YehT  32.69 
 
 		 239 aa  126  4.0000000000000003e-28  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.423362  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2505  putative two-component response-regulatory protein YehT  32.69 
 
 		 239 aa  126  4.0000000000000003e-28  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_0357  response regulator receiver  33.33 
 
 		 249 aa  125  5e-28  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS5295  response regulator LytR  31.64 
 
 		 246 aa  125  6e-28  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_5122  response regulator  31.64 
 
 		 246 aa  125  6e-28  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_5691  response regulator LytR  31.64 
 
 		 246 aa  125  6e-28  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_5536  response regulator LytR  31.64 
 
 		 246 aa  125  6e-28  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1965  response regulator receiver:LytTr DNA-binding region  31.92 
 
 		 273 aa  125  7e-28  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.864475  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_0137  two component transcriptional regulator, LytTR family  30.23 
 
 		 237 aa  125  7e-28  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK5137  response regulator  31.64 
 
 		 246 aa  125  8.000000000000001e-28  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0444  response regulator receiver protein  31.6 
 
 		 262 aa  125  8.000000000000001e-28  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4524  two component transcriptional regulator, LytTR family  32.02 
 
 		 240 aa  125  8.000000000000001e-28  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  hitchhiker  0.00000306542  normal  0.871136 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A5565  response regulator LytR  31.64 
 
 		 246 aa  125  9e-28  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1533  two component transcriptional regulator, LytTR family  32.31 
 
 		 239 aa  124  1e-27  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.726215  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_0699  response regulator receiver  34.1 
 
 		 275 aa  124  1e-27  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_4189  LytTr DNA-binding region  33.18 
 
 		 231 aa  125  1e-27  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  0.537023 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_00400  response regulator of the LytR/AlgR family  29.46 
 
 		 237 aa  124  1e-27  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  0.132657  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2413  putative two-component response-regulatory protein YehT  32.31 
 
 		 239 aa  124  1e-27  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3112  putative two-component response-regulatory protein YehT  32.31 
 
 		 239 aa  124  1e-27  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.148941 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>