More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pfl01_5488 on replicon NC_007492
Organism: Pseudomonas fluorescens Pf0-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007492  Pfl01_5488  two-component response regulator AlgR  100 
 
 		 248 aa  498  1e-140  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0063  response regulator receiver:LytTr DNA-binding region  88.31 
 
 		 248 aa  450  1e-125  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0279  two-component response regulator AlgR  85.89 
 
 		 248 aa  437  9.999999999999999e-123  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0127  alginate biosynthesis regulatory protein AlgR  84.68 
 
 		 248 aa  436  1e-121  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_69470  alginate biosynthesis regulatory protein AlgR  81.85 
 
 		 248 aa  417  1e-116  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.184834  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_6007  alginate biosynthesis regulatory protein AlgR  81.85 
 
 		 248 aa  416  9.999999999999999e-116  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.404994  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0210  LytTR family two component transcriptional regulator  81.85 
 
 		 247 aa  410  1e-114  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.375452  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0207  LytTR family two component transcriptional regulator  81.85 
 
 		 247 aa  412  1e-114  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0255  LytTR family two component transcriptional regulator  81.45 
 
 		 247 aa  408  1e-113  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0185  LytTR family two component transcriptional regulator  81.85 
 
 		 247 aa  410  1e-113  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_47610  encystment and alginate biosynthesis response regulator; AlgR  77.33 
 
 		 251 aa  393  1e-108  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0031  response regulator receiver protein  50.81 
 
 		 243 aa  241  7.999999999999999e-63  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3668  two-component response regulator AlgR  49.19 
 
 		 243 aa  226  3e-58  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  decreased coverage  0.00827536  normal  0.334671 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0097  LytR/AlgR family transcriptional regulator  43.55 
 
 		 245 aa  216  2e-55  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2671  response regulator receiver protein  47.98 
 
 		 243 aa  213  1.9999999999999998e-54  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000000586434 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0488  response regulator receiver protein  44.67 
 
 		 252 aa  196  3e-49  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_1259  response regulator receiver protein  45.38 
 
 		 252 aa  189  4e-47  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_1226  LytTR family two component transcriptional regulator  44.96 
 
 		 252 aa  187  1e-46  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_04138  two-component system regulatory protein  43.03 
 
 		 245 aa  172  3.9999999999999995e-42  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.739319  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0231  LytR/AlgR family transcriptional regulator  43.87 
 
 		 254 aa  167  1e-40  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  0.740894 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3679  LytR/AlgR family transcriptional regulator  40.32 
 
 		 262 aa  167  2e-40  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0036  LytR/AlgR family transcriptional regulator  39.11 
 
 		 248 aa  154  1e-36  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3531  two component transcriptional regulator, LytTR family  44.76 
 
 		 243 aa  154  2e-36  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1113  LytR/AlgR family transcriptional regulator  38.04 
 
 		 256 aa  140  9.999999999999999e-33  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.45992  normal  0.29087 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3670  LytR/AlgR family transcriptional regulator  36.08 
 
 		 246 aa  139  6e-32  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1712  LytR/AlgR family transcriptional regulator  36.08 
 
 		 246 aa  135  8e-31  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.42147  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2880  response regulator receiver protein  40.15 
 
 		 253 aa  134  1.9999999999999998e-30  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.313062  normal  0.0817302 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3096  response regulator receiver protein  35.94 
 
 		 247 aa  132  6.999999999999999e-30  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5318  LytTR family two component transcriptional regulator  37.74 
 
 		 253 aa  129  5.0000000000000004e-29  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.541549 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1227  two component transcriptional regulator, LytTR family  33.46 
 
 		 277 aa  128  1.0000000000000001e-28  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.299238  normal  0.813842 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1290  two component transcriptional regulator, LytTR family  33.46 
 
 		 277 aa  127  2.0000000000000002e-28  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.212023 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1947  LytR/AlgR family transcriptional regulator  37.3 
 
 		 248 aa  126  3e-28  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.298927  decreased coverage  0.00301393 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2443  LytTR family two component transcriptional regulator  35.69 
 
 		 279 aa  125  8.000000000000001e-28  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0013  two component transcriptional regulator, LytTR family  36.29 
 
 		 241 aa  124  1e-27  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  0.349161 
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0387  response regulator  34.35 
 
 		 261 aa  124  2e-27  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_0068  two component transcriptional regulator, LytTR family  35.22 
 
 		 244 aa  123  3e-27  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  decreased coverage  0.00288448  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3314  LytR/AlgR family transcriptional regulator  37.05 
 
 		 250 aa  121  9.999999999999999e-27  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.742064  normal  0.13531 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2328  LytTR family two component transcriptional regulator  37.24 
 
 		 255 aa  120  3e-26  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.261765  decreased coverage  0.00199939 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_2149  two component transcriptional regulator, LytTR family  36.84 
 
 		 234 aa  119  4.9999999999999996e-26  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  hitchhiker  0.00472108  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1435  two component transcriptional regulator, LytTR family  38.82 
 
 		 264 aa  117  9.999999999999999e-26  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.314663  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3594  two component transcriptional regulator, LytTR family  31.15 
 
 		 260 aa  118  9.999999999999999e-26  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.833136  normal  0.0457058 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1352  two-component response regulator transcription regulator protein  33.58 
 
 		 270 aa  117  1.9999999999999998e-25  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1363  two component transcriptional regulator, LytTR family  34.26 
 
 		 248 aa  117  1.9999999999999998e-25  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.124915  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0190  LytR/AlgR family transcriptional regulator  37.1 
 
 		 244 aa  116  3.9999999999999997e-25  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.625509  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5734  two component transcriptional regulator, LytTR family  32.77 
 
 		 257 aa  116  3.9999999999999997e-25  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000974  response regulator of the LytR/AlgR family  30.51 
 
 		 263 aa  115  5e-25  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.728867  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3089  LytTR family two component transcriptional regulator  35.69 
 
 		 278 aa  115  5e-25  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1381  LytR/AlgR family transcriptional regulator  33.69 
 
 		 273 aa  115  6.9999999999999995e-25  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.557466 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_07024  transcriptional regulator  30.51 
 
 		 263 aa  115  8.999999999999998e-25  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1965  response regulator receiver:LytTr DNA-binding region  32.47 
 
 		 273 aa  115  1.0000000000000001e-24  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.864475  n/a   
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C6684  LytR/AlgR family transcriptional regulator  35.06 
 
 		 243 aa  114  2.0000000000000002e-24  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2329  LytTR family two component transcriptional regulator  34.01 
 
 		 255 aa  113  3e-24  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.0531557  decreased coverage  0.00207881 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1860  two component transcriptional regulator, LytTR family  36.25 
 
 		 266 aa  112  4.0000000000000004e-24  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4495  LytTR family two component transcriptional regulator  32.93 
 
 		 245 aa  112  7.000000000000001e-24  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.17015 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_5142  two component transcriptional regulator, LytTR family  31.2 
 
 		 244 aa  111  1.0000000000000001e-23  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.546377  normal  1 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1400  response regulator  33.6 
 
 		 243 aa  110  2.0000000000000002e-23  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0421  two component transcriptional regulator, LytTR family  32.55 
 
 		 256 aa  109  3e-23  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  0.268274 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2385  response regulator receiver protein  28.94 
 
 		 272 aa  109  4.0000000000000004e-23  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2974  LytTR family two component transcriptional regulator  32.05 
 
 		 266 aa  109  4.0000000000000004e-23  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.318128 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2666  two component transcriptional regulator, LytTR family  34.88 
 
 		 250 aa  108  6e-23  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A2603  response regulator  34.52 
 
 		 243 aa  107  2e-22  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_0699  response regulator receiver  34.13 
 
 		 275 aa  106  4e-22  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4084  two component transcriptional regulator, LytTR family  29.77 
 
 		 244 aa  105  7e-22  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.445273  normal  0.0209217 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3613  two component transcriptional regulator, LytTR family  32.71 
 
 		 281 aa  105  8e-22  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1375  response regulator receiver protein  32.27 
 
 		 239 aa  105  9e-22  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_10420  two component transcriptional regulator, LytTR family  28.57 
 
 		 253 aa  104  1e-21  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000460621  n/a   
 
 
-
 
NC_013203  Apar_1323  two component transcriptional regulator, LytTR family  30.16 
 
 		 237 aa  104  1e-21  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  0.0540721  normal  0.0273831 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0765  LytR/AlgR family transcriptional regulator  27.71 
 
 		 247 aa  103  2e-21  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.584976  normal  0.255142 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0930  response regulator receiver protein  31.89 
 
 		 243 aa  103  2e-21  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  0.748451 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2502  putative two-component response-regulatory protein YehT  30.2 
 
 		 236 aa  103  2e-21  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  decreased coverage  0.00178929  normal  0.0452702 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2594  putative two-component response-regulatory protein YehT  30.2 
 
 		 236 aa  103  2e-21  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.0103906  hitchhiker  0.00157605 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2172  LytR/AlgR family transcriptional regulator  28.63 
 
 		 252 aa  103  3e-21  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.0721488  normal  0.0255714 
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_01160  response regulator of the LytR/AlgR family  33.06 
 
 		 238 aa  103  3e-21  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2432  putative two-component response-regulatory protein YehT  29.8 
 
 		 236 aa  103  3e-21  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  decreased coverage  0.0000158974  hitchhiker  0.00361478 
 
 
-
 
NC_004347  SO_2823  putative two-component response-regulatory protein YehT  31.58 
 
 		 236 aa  102  5e-21  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0224  putative two-component response-regulatory protein YehT  30.08 
 
 		 237 aa  102  6e-21  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_0137  two component transcriptional regulator, LytTR family  31.71 
 
 		 237 aa  102  6e-21  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0715  two component transcriptional regulator, LytTR family  28.17 
 
 		 245 aa  102  7e-21  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  hitchhiker  0.00500528  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1440  putative two-component response-regulatory protein YehT  33.06 
 
 		 236 aa  101  9e-21  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4386  two component transcriptional regulator, LytTR family  29.34 
 
 		 260 aa  101  9e-21  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_0704  LytTR family two component transcriptional regulator  29.41 
 
 		 276 aa  101  1e-20  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  0.674394 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3487  LytR/AlgR family transcriptional regulator  29.76 
 
 		 253 aa  101  1e-20  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.76921  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2673  response regulator receiver protein  31.8 
 
 		 268 aa  101  1e-20  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.587227  normal  0.606797 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1548  putative two-component response-regulatory protein YehT  29.96 
 
 		 236 aa  101  1e-20  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.496368  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1765  putative two-component response-regulatory protein YehT  30.17 
 
 		 232 aa  100  2e-20  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.199181  hitchhiker  0.00544661 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0480  response regulator receiver domain-containing protein  31.3 
 
 		 265 aa  100  2e-20  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_1393  two component transcriptional regulator, LytTR family  32.93 
 
 		 238 aa  100  3e-20  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000000000160197 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2697  LytR/AlgR family transcriptional regulator  31.37 
 
 		 240 aa  100  3e-20  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4010  two component transcriptional regulator, LytTR family  30.52 
 
 		 231 aa  99.8  3e-20  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.0569074  decreased coverage  0.00157623 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0399  two component transcriptional regulator, LytTR family  29.83 
 
 		 242 aa  99.8  3e-20  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1819  LytTr DNA-binding response regulator  29.32 
 
 		 260 aa  99.8  4e-20  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.148301  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_1246  LytTR family two component transcriptional regulator  26.15 
 
 		 254 aa  99.8  4e-20  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01918  putative response regulator in two-component regulatory system  30.04 
 
 		 275 aa  99.4  5e-20  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.159199  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1069  two component transcriptional regulator, LytTR family  32.97 
 
 		 276 aa  99  6e-20  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.257927  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_3958  LytTR family two component transcriptional regulator  26.21 
 
 		 246 aa  97.8  1e-19  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2282  response regulator receiver protein  31.16 
 
 		 276 aa  97.8  1e-19  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.81  normal  1 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_5008  LytTR family two component transcriptional regulator  35.29 
 
 		 250 aa  97.4  2e-19  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.135227  hitchhiker  0.0000288771 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3291  LytR/AlgR family transcriptional regulator  28.96 
 
 		 258 aa  97.1  2e-19  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.393667  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0617  two component transcriptional regulator, LytTR family  33.6 
 
 		 243 aa  96.3  4e-19  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  0.23864 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3416  putative two-component response-regulatory protein YehT  32.52 
 
 		 237 aa  95.9  5e-19  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.329348  normal  0.0577965 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>