More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Vapar_1363 on replicon NC_012791
Organism: Variovorax paradoxus S110



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_012791  Vapar_1363  two component transcriptional regulator, LytTR family  100 
 
 		 248 aa  486  1e-136  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.124915  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3670  LytR/AlgR family transcriptional regulator  62.7 
 
 		 246 aa  300  2e-80  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3096  response regulator receiver protein  64.88 
 
 		 247 aa  290  2e-77  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1712  LytR/AlgR family transcriptional regulator  62.7 
 
 		 246 aa  278  8e-74  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.42147  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1947  LytR/AlgR family transcriptional regulator  60.16 
 
 		 248 aa  270  2e-71  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.298927  decreased coverage  0.00301393 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2880  response regulator receiver protein  60.08 
 
 		 253 aa  262  4e-69  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.313062  normal  0.0817302 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5318  LytTR family two component transcriptional regulator  58.5 
 
 		 253 aa  254  1.0000000000000001e-66  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.541549 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3314  LytR/AlgR family transcriptional regulator  55.82 
 
 		 250 aa  246  2e-64  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.742064  normal  0.13531 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2666  two component transcriptional regulator, LytTR family  55.82 
 
 		 250 aa  231  6e-60  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3089  LytTR family two component transcriptional regulator  51.88 
 
 		 278 aa  214  9e-55  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1113  LytR/AlgR family transcriptional regulator  50.41 
 
 		 256 aa  214  9.999999999999999e-55  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.45992  normal  0.29087 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3679  LytR/AlgR family transcriptional regulator  47.45 
 
 		 262 aa  194  1e-48  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0231  LytR/AlgR family transcriptional regulator  48.02 
 
 		 254 aa  194  1e-48  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  0.740894 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0036  LytR/AlgR family transcriptional regulator  41.13 
 
 		 248 aa  170  1e-41  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_1226  LytTR family two component transcriptional regulator  40.93 
 
 		 252 aa  166  2.9999999999999998e-40  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_1259  response regulator receiver protein  40.93 
 
 		 252 aa  164  1.0000000000000001e-39  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1435  two component transcriptional regulator, LytTR family  45.7 
 
 		 264 aa  163  2.0000000000000002e-39  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.314663  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_04138  two-component system regulatory protein  39.59 
 
 		 245 aa  160  2e-38  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.739319  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0031  response regulator receiver protein  39.92 
 
 		 243 aa  158  9e-38  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0127  alginate biosynthesis regulatory protein AlgR  38.49 
 
 		 248 aa  145  4.0000000000000006e-34  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3668  two-component response regulator AlgR  37.5 
 
 		 243 aa  145  5e-34  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  decreased coverage  0.00827536  normal  0.334671 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0279  two-component response regulator AlgR  38.28 
 
 		 248 aa  144  1e-33  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0063  response regulator receiver:LytTr DNA-binding region  37.7 
 
 		 248 aa  142  5e-33  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_69470  alginate biosynthesis regulatory protein AlgR  37.7 
 
 		 248 aa  142  5e-33  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.184834  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_6007  alginate biosynthesis regulatory protein AlgR  37.3 
 
 		 248 aa  140  9.999999999999999e-33  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.404994  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0488  response regulator receiver protein  37.4 
 
 		 252 aa  139  3e-32  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2671  response regulator receiver protein  40.48 
 
 		 243 aa  137  1e-31  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000000586434 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0190  LytR/AlgR family transcriptional regulator  42.66 
 
 		 244 aa  137  2e-31  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.625509  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0097  LytR/AlgR family transcriptional regulator  32.67 
 
 		 245 aa  134  9.999999999999999e-31  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3531  two component transcriptional regulator, LytTR family  41.04 
 
 		 243 aa  134  9.999999999999999e-31  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0119  response regulator receiver protein  38.21 
 
 		 249 aa  134  1.9999999999999998e-30  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_00400  response regulator of the LytR/AlgR family  35.66 
 
 		 237 aa  133  1.9999999999999998e-30  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  0.132657  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5488  two-component response regulator AlgR  35.86 
 
 		 248 aa  131  7.999999999999999e-30  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4010  two component transcriptional regulator, LytTR family  36.23 
 
 		 231 aa  131  9e-30  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.0569074  decreased coverage  0.00157623 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0013  two component transcriptional regulator, LytTR family  38.27 
 
 		 241 aa  131  1.0000000000000001e-29  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  0.349161 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0207  LytTR family two component transcriptional regulator  34.8 
 
 		 247 aa  130  2.0000000000000002e-29  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_0137  two component transcriptional regulator, LytTR family  36.48 
 
 		 237 aa  129  3e-29  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2172  LytR/AlgR family transcriptional regulator  31.91 
 
 		 252 aa  129  5.0000000000000004e-29  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.0721488  normal  0.0255714 
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_01160  response regulator of the LytR/AlgR family  36.18 
 
 		 238 aa  128  7.000000000000001e-29  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2673  response regulator receiver protein  35.1 
 
 		 268 aa  127  2.0000000000000002e-28  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.587227  normal  0.606797 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2858  response regulator receiver  38.98 
 
 		 264 aa  126  3e-28  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_0185  LytTR family two component transcriptional regulator  34 
 
 		 247 aa  125  5e-28  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0210  LytTR family two component transcriptional regulator  33.6 
 
 		 247 aa  125  5e-28  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.375452  normal  1 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3773  two component transcriptional regulator, LytTR family  33.83 
 
 		 260 aa  124  1e-27  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.10961  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0057  response regulator receiver protein  31.98 
 
 		 243 aa  124  1e-27  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  decreased coverage  0.0000048418  decreased coverage  0.0000000648872 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0055  response regulator receiver protein  31.98 
 
 		 243 aa  124  1e-27  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  decreased coverage  0.0000989316  hitchhiker  0.000468323 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0255  LytTR family two component transcriptional regulator  33.2 
 
 		 247 aa  124  1e-27  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_47610  encystment and alginate biosynthesis response regulator; AlgR  34 
 
 		 251 aa  122  4e-27  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0059  two component transcriptional regulator, LytTR family  31.58 
 
 		 243 aa  122  5e-27  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.182784  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0617  two component transcriptional regulator, LytTR family  39.76 
 
 		 243 aa  122  6e-27  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  0.23864 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_4189  LytTr DNA-binding region  33.33 
 
 		 231 aa  122  6e-27  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  0.537023 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0577  two component transcriptional regulator, LytTR family  33.66 
 
 		 231 aa  122  6e-27  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0055  LytTR family two component transcriptional regulator  31.58 
 
 		 243 aa  121  9.999999999999999e-27  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.868518  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0480  response regulator receiver domain-containing protein  31.82 
 
 		 265 aa  121  9.999999999999999e-27  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4408  two component transcriptional regulator, LytTR family  31.25 
 
 		 268 aa  121  9.999999999999999e-27  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_1393  two component transcriptional regulator, LytTR family  35.48 
 
 		 238 aa  120  1.9999999999999998e-26  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000000000160197 
 
 
-
 
NC_013203  Apar_1323  two component transcriptional regulator, LytTR family  33.74 
 
 		 237 aa  120  1.9999999999999998e-26  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  0.0540721  normal  0.0273831 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0227  LytR/AlgR family transcriptional regulator  33.47 
 
 		 265 aa  120  3e-26  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.312706  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_4299  LytTR family two component transcriptional regulator  31.58 
 
 		 243 aa  120  3e-26  Shewanella baltica OS155  Bacteria  decreased coverage  0.000001386  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0060  LytTR family two component transcriptional regulator  31.58 
 
 		 243 aa  120  3e-26  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.0478076  hitchhiker  0.000497336 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4495  LytTR family two component transcriptional regulator  37.02 
 
 		 245 aa  119  6e-26  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.17015 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_2030  LytTR family two component transcriptional regulator  30.09 
 
 		 237 aa  118  7e-26  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1860  two component transcriptional regulator, LytTR family  33.33 
 
 		 266 aa  118  9e-26  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5734  two component transcriptional regulator, LytTR family  33.18 
 
 		 257 aa  117  1.9999999999999998e-25  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_0068  two component transcriptional regulator, LytTR family  36.07 
 
 		 244 aa  117  1.9999999999999998e-25  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  decreased coverage  0.00288448  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4382  LytTR family two component transcriptional regulator  30.71 
 
 		 273 aa  116  3e-25  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0930  response regulator receiver protein  35.98 
 
 		 243 aa  116  3e-25  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  0.748451 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_2149  two component transcriptional regulator, LytTR family  38.27 
 
 		 234 aa  116  3e-25  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  hitchhiker  0.00472108  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5278  two component transcriptional regulator, LytTR family  34.88 
 
 		 281 aa  115  5e-25  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.415246  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_0704  LytTR family two component transcriptional regulator  33.2 
 
 		 276 aa  115  8.999999999999998e-25  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  0.674394 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_4129  two component transcriptional regulator, LytTR family  37.02 
 
 		 271 aa  114  1.0000000000000001e-24  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2533  response regulator  27.82 
 
 		 244 aa  114  2.0000000000000002e-24  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1542  LytTr DNA-binding region  30.56 
 
 		 245 aa  114  2.0000000000000002e-24  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  0.300206 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_0357  response regulator receiver  35.34 
 
 		 249 aa  114  2.0000000000000002e-24  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3913  LytTR family two component transcriptional regulator  36.36 
 
 		 268 aa  114  2.0000000000000002e-24  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.316099  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_02291  predicted response regulator in two-component system withYpdA  27.82 
 
 		 244 aa  113  3e-24  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1276  two component transcriptional regulator, LytTR family  27.82 
 
 		 244 aa  113  3e-24  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.435037  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3613  response regulator  27.82 
 
 		 244 aa  113  3e-24  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.560415 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2518  response regulator  27.82 
 
 		 244 aa  113  3e-24  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2750  response regulator  27.82 
 
 		 244 aa  113  3e-24  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1288  LytTR family two component transcriptional regulator  27.82 
 
 		 244 aa  113  3e-24  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.524379  normal  1 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_1527  LytTR family two component transcriptional regulator  36.36 
 
 		 246 aa  113  3e-24  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.109257  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2671  response regulator  27.82 
 
 		 244 aa  113  3e-24  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_2762  response regulator receiver protein  35.08 
 
 		 254 aa  113  4.0000000000000004e-24  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.330347  normal  0.784413 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0374  two component transcriptional regulator, LytTR family  32.66 
 
 		 242 aa  112  4.0000000000000004e-24  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2974  LytTR family two component transcriptional regulator  31.69 
 
 		 266 aa  112  5e-24  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.318128 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2920  LytTR family two component transcriptional regulator  29.25 
 
 		 245 aa  112  5e-24  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.106094 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01918  putative response regulator in two-component regulatory system  32.11 
 
 		 275 aa  112  6e-24  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.159199  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_5008  LytTR family two component transcriptional regulator  36.92 
 
 		 250 aa  112  6e-24  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.135227  hitchhiker  0.0000288771 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2328  LytTR family two component transcriptional regulator  37.78 
 
 		 255 aa  112  7.000000000000001e-24  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.261765  decreased coverage  0.00199939 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_5142  two component transcriptional regulator, LytTR family  29.48 
 
 		 244 aa  112  7.000000000000001e-24  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.546377  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3291  LytR/AlgR family transcriptional regulator  29.91 
 
 		 258 aa  112  8.000000000000001e-24  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.393667  normal  1 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_0067  LytTR family two component transcriptional regulator  34.33 
 
 		 268 aa  111  1.0000000000000001e-23  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.169577  normal  0.169612 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2329  LytTR family two component transcriptional regulator  37.83 
 
 		 255 aa  110  2.0000000000000002e-23  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.0531557  decreased coverage  0.00207881 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3733  response regulator receiver domain-containing protein  30.74 
 
 		 249 aa  109  3e-23  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  0.766169 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1375  response regulator receiver protein  33.06 
 
 		 239 aa  110  3e-23  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3594  two component transcriptional regulator, LytTR family  30.38 
 
 		 260 aa  110  3e-23  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.833136  normal  0.0457058 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1330  LytTR family two component transcriptional regulator  36.95 
 
 		 261 aa  109  4.0000000000000004e-23  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.80792  hitchhiker  0.00674538 
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0387  response regulator  31.8 
 
 		 261 aa  109  5e-23  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3544  two component transcriptional regulator, LytTR family  32.13 
 
 		 251 aa  108  6e-23  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.0394969  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>