More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PputGB1_0210 on replicon NC_010322
Organism: Pseudomonas putida GB-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010322  PputGB1_0210  LytTR family two component transcriptional regulator  100 
 
 		 247 aa  497  1e-140  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.375452  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0185  LytTR family two component transcriptional regulator  97.98 
 
 		 247 aa  489  1e-137  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0207  LytTR family two component transcriptional regulator  97.17 
 
 		 247 aa  486  1e-136  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0255  LytTR family two component transcriptional regulator  94.33 
 
 		 247 aa  473  1e-132  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5488  two-component response regulator AlgR  81.85 
 
 		 248 aa  410  1e-114  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0279  two-component response regulator AlgR  79.84 
 
 		 248 aa  407  1e-113  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0063  response regulator receiver:LytTr DNA-binding region  81.45 
 
 		 248 aa  407  1.0000000000000001e-112  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_6007  alginate biosynthesis regulatory protein AlgR  79.03 
 
 		 248 aa  397  9.999999999999999e-111  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.404994  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_69470  alginate biosynthesis regulatory protein AlgR  79.03 
 
 		 248 aa  399  9.999999999999999e-111  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.184834  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0127  alginate biosynthesis regulatory protein AlgR  76.61 
 
 		 248 aa  390  1e-107  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_47610  encystment and alginate biosynthesis response regulator; AlgR  72.87 
 
 		 251 aa  372  1e-102  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0031  response regulator receiver protein  47.37 
 
 		 243 aa  226  4e-58  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3668  two-component response regulator AlgR  47.37 
 
 		 243 aa  214  7e-55  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  decreased coverage  0.00827536  normal  0.334671 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0097  LytR/AlgR family transcriptional regulator  41.13 
 
 		 245 aa  199  5e-50  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2671  response regulator receiver protein  43.72 
 
 		 243 aa  193  3e-48  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000000586434 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0488  response regulator receiver protein  41.98 
 
 		 252 aa  182  4.0000000000000006e-45  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_04138  two-component system regulatory protein  43.32 
 
 		 245 aa  177  2e-43  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.739319  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_1259  response regulator receiver protein  42.62 
 
 		 252 aa  174  9.999999999999999e-43  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_1226  LytTR family two component transcriptional regulator  42.19 
 
 		 252 aa  172  3.9999999999999995e-42  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0231  LytR/AlgR family transcriptional regulator  42.46 
 
 		 254 aa  160  2e-38  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  0.740894 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3679  LytR/AlgR family transcriptional regulator  39.37 
 
 		 262 aa  157  1e-37  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0036  LytR/AlgR family transcriptional regulator  39.68 
 
 		 248 aa  152  7e-36  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3531  two component transcriptional regulator, LytTR family  41.57 
 
 		 243 aa  146  3e-34  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3670  LytR/AlgR family transcriptional regulator  33.6 
 
 		 246 aa  131  9e-30  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1113  LytR/AlgR family transcriptional regulator  36.22 
 
 		 256 aa  125  6e-28  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.45992  normal  0.29087 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1712  LytR/AlgR family transcriptional regulator  34.77 
 
 		 246 aa  125  7e-28  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.42147  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3096  response regulator receiver protein  35.6 
 
 		 247 aa  125  7e-28  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2880  response regulator receiver protein  37.98 
 
 		 253 aa  124  2e-27  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.313062  normal  0.0817302 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5318  LytTR family two component transcriptional regulator  35.94 
 
 		 253 aa  119  3e-26  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.541549 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3594  two component transcriptional regulator, LytTR family  31.68 
 
 		 260 aa  119  4.9999999999999996e-26  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.833136  normal  0.0457058 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_2149  two component transcriptional regulator, LytTR family  35.34 
 
 		 234 aa  117  1.9999999999999998e-25  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  hitchhiker  0.00472108  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2443  LytTR family two component transcriptional regulator  34.25 
 
 		 279 aa  117  1.9999999999999998e-25  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1947  LytR/AlgR family transcriptional regulator  34.94 
 
 		 248 aa  115  3.9999999999999997e-25  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.298927  decreased coverage  0.00301393 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3314  LytR/AlgR family transcriptional regulator  35.32 
 
 		 250 aa  115  6e-25  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.742064  normal  0.13531 
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0387  response regulator  33.6 
 
 		 261 aa  114  1.0000000000000001e-24  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1435  two component transcriptional regulator, LytTR family  37.4 
 
 		 264 aa  114  1.0000000000000001e-24  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.314663  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1227  two component transcriptional regulator, LytTR family  30.88 
 
 		 277 aa  112  4.0000000000000004e-24  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.299238  normal  0.813842 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1290  two component transcriptional regulator, LytTR family  30.88 
 
 		 277 aa  112  8.000000000000001e-24  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.212023 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2385  response regulator receiver protein  29.82 
 
 		 272 aa  110  3e-23  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1363  two component transcriptional regulator, LytTR family  33.6 
 
 		 248 aa  110  3e-23  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.124915  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2329  LytTR family two component transcriptional regulator  33.2 
 
 		 255 aa  108  1e-22  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.0531557  decreased coverage  0.00207881 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_0068  two component transcriptional regulator, LytTR family  33.33 
 
 		 244 aa  107  2e-22  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  decreased coverage  0.00288448  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4495  LytTR family two component transcriptional regulator  32.24 
 
 		 245 aa  107  2e-22  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.17015 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3089  LytTR family two component transcriptional regulator  34.44 
 
 		 278 aa  106  4e-22  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_07024  transcriptional regulator  30.51 
 
 		 263 aa  106  4e-22  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0190  LytR/AlgR family transcriptional regulator  32.38 
 
 		 244 aa  106  4e-22  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.625509  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0930  response regulator receiver protein  30.36 
 
 		 243 aa  106  4e-22  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  0.748451 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000974  response regulator of the LytR/AlgR family  30.51 
 
 		 263 aa  105  5e-22  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.728867  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5734  two component transcriptional regulator, LytTR family  30.64 
 
 		 257 aa  105  8e-22  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1860  two component transcriptional regulator, LytTR family  33.86 
 
 		 266 aa  104  1e-21  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc1352  two-component response regulator transcription regulator protein  30.19 
 
 		 270 aa  103  2e-21  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C6684  LytR/AlgR family transcriptional regulator  31.45 
 
 		 243 aa  103  3e-21  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1400  response regulator  32.26 
 
 		 243 aa  102  6e-21  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2666  two component transcriptional regulator, LytTR family  33.59 
 
 		 250 aa  102  6e-21  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2328  LytTR family two component transcriptional regulator  33.47 
 
 		 255 aa  102  7e-21  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.261765  decreased coverage  0.00199939 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3613  two component transcriptional regulator, LytTR family  31.68 
 
 		 281 aa  102  8e-21  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013203  Apar_1323  two component transcriptional regulator, LytTR family  30.28 
 
 		 237 aa  100  1e-20  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  0.0540721  normal  0.0273831 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0399  two component transcriptional regulator, LytTR family  28.34 
 
 		 242 aa  100  2e-20  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3773  two component transcriptional regulator, LytTR family  28.63 
 
 		 260 aa  100  3e-20  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.10961  normal  1 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0765  LytR/AlgR family transcriptional regulator  28.92 
 
 		 247 aa  99.8  4e-20  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.584976  normal  0.255142 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1381  LytR/AlgR family transcriptional regulator  30.26 
 
 		 273 aa  99.4  4e-20  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.557466 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_1393  two component transcriptional regulator, LytTR family  31.45 
 
 		 238 aa  98.6  9e-20  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000000000160197 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0374  two component transcriptional regulator, LytTR family  29.84 
 
 		 242 aa  98.2  1e-19  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A2603  response regulator  31.47 
 
 		 243 aa  98.2  1e-19  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2172  LytR/AlgR family transcriptional regulator  29.44 
 
 		 252 aa  97.8  1e-19  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.0721488  normal  0.0255714 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2697  LytR/AlgR family transcriptional regulator  32.81 
 
 		 240 aa  97.4  2e-19  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0013  two component transcriptional regulator, LytTR family  30.92 
 
 		 241 aa  97.4  2e-19  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  0.349161 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0715  two component transcriptional regulator, LytTR family  30.99 
 
 		 245 aa  97.8  2e-19  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  hitchhiker  0.00500528  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2432  putative two-component response-regulatory protein YehT  29.1 
 
 		 236 aa  97.1  2e-19  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  decreased coverage  0.0000158974  hitchhiker  0.00361478 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2502  putative two-component response-regulatory protein YehT  29.1 
 
 		 236 aa  97.4  2e-19  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  decreased coverage  0.00178929  normal  0.0452702 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2594  putative two-component response-regulatory protein YehT  29.1 
 
 		 236 aa  97.4  2e-19  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.0103906  hitchhiker  0.00157605 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0421  two component transcriptional regulator, LytTR family  30.59 
 
 		 256 aa  97.1  2e-19  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  0.268274 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0959  putative two-component response-regulatory protein YehT  31.43 
 
 		 241 aa  97.1  2e-19  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.606019  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0847  response regulator receiver  27.76 
 
 		 232 aa  96.7  3e-19  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_5142  two component transcriptional regulator, LytTR family  29.2 
 
 		 244 aa  96.3  4e-19  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.546377  normal  1 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4408  two component transcriptional regulator, LytTR family  28.3 
 
 		 268 aa  96.3  4e-19  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_01160  response regulator of the LytR/AlgR family  31.58 
 
 		 238 aa  95.9  5e-19  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3686  two component transcriptional regulator, LytTR family  28.84 
 
 		 251 aa  95.9  5e-19  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1440  putative two-component response-regulatory protein YehT  32.39 
 
 		 236 aa  95.9  5e-19  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1965  response regulator receiver:LytTr DNA-binding region  29.52 
 
 		 273 aa  95.9  6e-19  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.864475  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_0137  two component transcriptional regulator, LytTR family  30.24 
 
 		 237 aa  95.5  7e-19  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1375  response regulator receiver protein  30.28 
 
 		 239 aa  95.5  7e-19  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0898  two component transcriptional regulator, LytTR family  30.56 
 
 		 265 aa  95.5  7e-19  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1069  two component transcriptional regulator, LytTR family  32.47 
 
 		 276 aa  95.1  1e-18  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.257927  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3341  putative two-component response-regulatory protein YehT  29.67 
 
 		 244 aa  94  2e-18  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.798853 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1761  two component transcriptional regulator, LytTR family  27.02 
 
 		 251 aa  94.4  2e-18  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_0254  response regulator  28.74 
 
 		 251 aa  93.2  3e-18  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.437869  normal  1 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_5008  LytTR family two component transcriptional regulator  33.06 
 
 		 250 aa  93.6  3e-18  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.135227  hitchhiker  0.0000288771 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_10420  two component transcriptional regulator, LytTR family  28.57 
 
 		 253 aa  93.2  3e-18  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000460621  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0224  putative two-component response-regulatory protein YehT  29.8 
 
 		 237 aa  92.8  4e-18  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4587  putative two-component response-regulatory protein YehT  30.74 
 
 		 241 aa  93.2  4e-18  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_0704  LytTR family two component transcriptional regulator  26.47 
 
 		 276 aa  92.8  5e-18  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  0.674394 
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_1246  LytTR family two component transcriptional regulator  24.9 
 
 		 254 aa  92.8  5e-18  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1548  putative two-component response-regulatory protein YehT  28.86 
 
 		 236 aa  92.4  6e-18  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.496368  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3900  response regulator receiver domain-containing protein  29.36 
 
 		 261 aa  92  8e-18  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1279  two component transcriptional regulator, LytTR family  27.39 
 
 		 248 aa  92  9e-18  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.111911  normal  0.254446 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_3958  LytTR family two component transcriptional regulator  26.61 
 
 		 246 aa  91.7  9e-18  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0469  response regulator receiver protein  27.78 
 
 		 254 aa  91.3  1e-17  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_00400  response regulator of the LytR/AlgR family  29.37 
 
 		 237 aa  91.3  1e-17  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  0.132657  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3159  response regulator receiver  27.31 
 
 		 242 aa  90.9  2e-17  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>