More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene MADE_01918 on replicon NC_011138
Organism: Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011138  MADE_01918  putative response regulator in two-component regulatory system  100 
 
 		 275 aa  568  1e-161  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.159199  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2385  response regulator receiver protein  69.81 
 
 		 272 aa  395  1e-109  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2278  LytTr DNA-binding response regulator  54.71 
 
 		 280 aa  313  1.9999999999999998e-84  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.421967  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2673  response regulator receiver protein  46.59 
 
 		 268 aa  241  1e-62  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.587227  normal  0.606797 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2974  LytTR family two component transcriptional regulator  45.66 
 
 		 266 aa  239  2.9999999999999997e-62  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.318128 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0227  LytR/AlgR family transcriptional regulator  45.66 
 
 		 265 aa  234  1.0000000000000001e-60  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.312706  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4382  LytTR family two component transcriptional regulator  39.34 
 
 		 273 aa  222  6e-57  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3718  response regulator  40.67 
 
 		 275 aa  220  1.9999999999999999e-56  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0480  response regulator receiver domain-containing protein  40.38 
 
 		 265 aa  206  4e-52  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1151  response regulator receiver protein  42.11 
 
 		 276 aa  206  5e-52  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_0067  LytTR family two component transcriptional regulator  40.15 
 
 		 268 aa  199  3e-50  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.169577  normal  0.169612 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_0704  LytTR family two component transcriptional regulator  35.77 
 
 		 276 aa  191  1e-47  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  0.674394 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2329  LytTR family two component transcriptional regulator  39.85 
 
 		 255 aa  188  9e-47  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.0531557  decreased coverage  0.00207881 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3913  LytTR family two component transcriptional regulator  34.93 
 
 		 268 aa  186  4e-46  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.316099  normal  1 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1860  two component transcriptional regulator, LytTR family  38.11 
 
 		 266 aa  181  1e-44  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0420  LytR/AlgR family transcriptional regulator  38.17 
 
 		 317 aa  178  8e-44  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.0328897  normal  0.0302219 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3487  LytR/AlgR family transcriptional regulator  38.26 
 
 		 253 aa  176  5e-43  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.76921  normal  1 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2328  LytTR family two component transcriptional regulator  34.31 
 
 		 255 aa  171  1e-41  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.261765  decreased coverage  0.00199939 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3291  LytR/AlgR family transcriptional regulator  34.81 
 
 		 258 aa  171  1e-41  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.393667  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6586  two component transcriptional regulator, LytTR family  32.47 
 
 		 246 aa  168  7e-41  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.318104  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1819  LytTr DNA-binding response regulator  36.78 
 
 		 260 aa  166  2.9999999999999998e-40  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.148301  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1004  two component transcriptional regulator, LytTR family  34.59 
 
 		 257 aa  166  2.9999999999999998e-40  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  decreased coverage  0.00878343  normal  0.279198 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1542  LytTr DNA-binding region  35.06 
 
 		 245 aa  165  8e-40  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  0.300206 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5734  two component transcriptional regulator, LytTR family  32.97 
 
 		 257 aa  163  3e-39  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2697  LytR/AlgR family transcriptional regulator  38.08 
 
 		 240 aa  160  2e-38  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_5142  two component transcriptional regulator, LytTR family  33.33 
 
 		 244 aa  154  1e-36  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.546377  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3159  response regulator receiver  33.33 
 
 		 242 aa  154  2e-36  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3838  LytR/AlgR family transcriptional regulator  30.91 
 
 		 254 aa  154  2e-36  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  0.479778 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1964  LytR/AlgR family transcriptional regulator  33.7 
 
 		 255 aa  152  4e-36  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  0.777054 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1001  LytR/AlgR family transcriptional regulator  35.04 
 
 		 262 aa  152  5.9999999999999996e-36  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  0.0103069 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1761  two component transcriptional regulator, LytTR family  35.64 
 
 		 251 aa  152  5.9999999999999996e-36  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0161  LytR/AlgR family transcriptional regulator  35.45 
 
 		 270 aa  151  8.999999999999999e-36  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_5573  response regulator LytR  33.95 
 
 		 246 aa  150  3e-35  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_5234  LytTR family two component transcriptional regulator  32.84 
 
 		 246 aa  149  3e-35  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A5621  response regulator LytR  33.95 
 
 		 246 aa  150  3e-35  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0898  two component transcriptional regulator, LytTR family  34.81 
 
 		 265 aa  149  5e-35  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A5565  response regulator LytR  33.45 
 
 		 246 aa  149  6e-35  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_5536  response regulator LytR  33.58 
 
 		 246 aa  147  1.0000000000000001e-34  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_005945  BAS5295  response regulator LytR  33.58 
 
 		 246 aa  147  1.0000000000000001e-34  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_5122  response regulator  33.58 
 
 		 246 aa  147  1.0000000000000001e-34  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK5137  response regulator  33.58 
 
 		 246 aa  148  1.0000000000000001e-34  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_5691  response regulator LytR  33.58 
 
 		 246 aa  147  1.0000000000000001e-34  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B5384  response regulator LytR  33.45 
 
 		 246 aa  148  1.0000000000000001e-34  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.662493  normal  0.485514 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000974  response regulator of the LytR/AlgR family  33.33 
 
 		 263 aa  148  1.0000000000000001e-34  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.728867  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_07024  transcriptional regulator  33.33 
 
 		 263 aa  147  2.0000000000000003e-34  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2172  LytR/AlgR family transcriptional regulator  33.95 
 
 		 252 aa  147  3e-34  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.0721488  normal  0.0255714 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2186  two component transcriptional regulator, LytTR family  33.09 
 
 		 275 aa  147  3e-34  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4386  two component transcriptional regulator, LytTR family  32.09 
 
 		 260 aa  146  3e-34  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3900  response regulator receiver domain-containing protein  34.98 
 
 		 261 aa  146  4.0000000000000006e-34  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0097  LytR/AlgR family transcriptional regulator  35.25 
 
 		 245 aa  145  9e-34  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_3958  LytTR family two component transcriptional regulator  32.47 
 
 		 246 aa  144  1e-33  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3594  two component transcriptional regulator, LytTR family  30.4 
 
 		 260 aa  142  6e-33  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.833136  normal  0.0457058 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0421  two component transcriptional regulator, LytTR family  31.91 
 
 		 256 aa  142  8e-33  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  0.268274 
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0387  response regulator  31.48 
 
 		 261 aa  140  1.9999999999999998e-32  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0865  putative two-component response-regulatory protein YehT  32.48 
 
 		 239 aa  140  1.9999999999999998e-32  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4084  two component transcriptional regulator, LytTR family  31.32 
 
 		 244 aa  140  1.9999999999999998e-32  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.445273  normal  0.0209217 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4408  two component transcriptional regulator, LytTR family  31.88 
 
 		 268 aa  139  3.9999999999999997e-32  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_04138  two-component system regulatory protein  34.06 
 
 		 245 aa  139  6e-32  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.739319  n/a   
 
 
-
 
NC_013203  Apar_1323  two component transcriptional regulator, LytTR family  34.48 
 
 		 237 aa  139  6e-32  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  0.0540721  normal  0.0273831 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2393  putative two-component response-regulatory protein YehT  31.99 
 
 		 239 aa  139  7e-32  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2505  putative two-component response-regulatory protein YehT  31.99 
 
 		 239 aa  139  7e-32  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2304  putative two-component response-regulatory protein YehT  31.99 
 
 		 239 aa  139  7e-32  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_1527  LytTR family two component transcriptional regulator  30 
 
 		 246 aa  139  7e-32  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.109257  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2397  putative two-component response-regulatory protein YehT  31.99 
 
 		 239 aa  139  7e-32  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.423362  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2348  putative two-component response-regulatory protein YehT  31.99 
 
 		 239 aa  139  7e-32  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_02054  predicted response regulator in two-component system withYehU  32.12 
 
 		 239 aa  138  1e-31  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1533  two component transcriptional regulator, LytTR family  32.12 
 
 		 239 aa  138  1e-31  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.726215  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1522  putative two-component response-regulatory protein YehT  32.12 
 
 		 239 aa  138  1e-31  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2413  putative two-component response-regulatory protein YehT  32.12 
 
 		 239 aa  138  1e-31  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3733  response regulator receiver domain-containing protein  33.58 
 
 		 249 aa  137  1e-31  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  0.766169 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3773  two component transcriptional regulator, LytTR family  33.96 
 
 		 260 aa  138  1e-31  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.10961  normal  1 
 
 
-
 
NC_012892  B21_02012  hypothetical protein  32.12 
 
 		 239 aa  138  1e-31  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2259  putative two-component response-regulatory protein YehT  32.12 
 
 		 239 aa  138  1e-31  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3112  putative two-component response-regulatory protein YehT  32.12 
 
 		 239 aa  138  1e-31  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.148941 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0374  two component transcriptional regulator, LytTR family  30.48 
 
 		 242 aa  137  2e-31  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0919  putative two-component response-regulatory protein YehT  32.12 
 
 		 239 aa  137  2e-31  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0957  putative two-component response-regulatory protein YehT  31.62 
 
 		 241 aa  137  2e-31  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.147856  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2906  two component transcriptional regulator, LytTR family  32.47 
 
 		 245 aa  137  3.0000000000000003e-31  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4495  LytTR family two component transcriptional regulator  31.37 
 
 		 245 aa  136  3.0000000000000003e-31  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.17015 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2791  LytTR family two component transcriptional regulator  33.71 
 
 		 250 aa  136  4e-31  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.073585  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0469  response regulator receiver protein  32.96 
 
 		 254 aa  135  5e-31  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1281  putative two-component response-regulatory protein YehT  32.58 
 
 		 236 aa  135  7.000000000000001e-31  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.155887  normal  0.0159688 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1381  LytR/AlgR family transcriptional regulator  31.3 
 
 		 273 aa  134  1.9999999999999998e-30  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.557466 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2356  response regulator receiver protein  34.33 
 
 		 257 aa  134  1.9999999999999998e-30  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.325932  normal  0.149931 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3544  two component transcriptional regulator, LytTR family  30.11 
 
 		 251 aa  133  3.9999999999999996e-30  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.0394969  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2723  putative two-component response-regulatory protein YehT  29.78 
 
 		 239 aa  133  3.9999999999999996e-30  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4524  two component transcriptional regulator, LytTR family  33.7 
 
 		 240 aa  132  6e-30  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  hitchhiker  0.00000306542  normal  0.871136 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5598  two component transcriptional regulator, LytTR family  31.85 
 
 		 237 aa  132  6.999999999999999e-30  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  hitchhiker  0.0000105391  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0488  response regulator receiver protein  31.85 
 
 		 252 aa  132  9e-30  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1279  two component transcriptional regulator, LytTR family  32.95 
 
 		 248 aa  131  1.0000000000000001e-29  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.111911  normal  0.254446 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_10420  two component transcriptional regulator, LytTR family  31.88 
 
 		 253 aa  131  1.0000000000000001e-29  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000460621  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2443  LytTR family two component transcriptional regulator  33.46 
 
 		 279 aa  130  2.0000000000000002e-29  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_0357  response regulator receiver  32.45 
 
 		 249 aa  130  2.0000000000000002e-29  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1965  response regulator receiver:LytTr DNA-binding region  30.34 
 
 		 273 aa  129  5.0000000000000004e-29  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.864475  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_0699  response regulator receiver  33.94 
 
 		 275 aa  129  6e-29  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_5008  LytTR family two component transcriptional regulator  32.21 
 
 		 250 aa  127  1.0000000000000001e-28  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.135227  hitchhiker  0.0000288771 
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_0885  response regulator  32.73 
 
 		 247 aa  128  1.0000000000000001e-28  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  0.0355946  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4134  LytTR family two component transcriptional regulator  32.84 
 
 		 243 aa  127  2.0000000000000002e-28  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.291369  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_0254  response regulator  32.58 
 
 		 251 aa  127  2.0000000000000002e-28  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.437869  normal  1 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0119  response regulator receiver protein  31.14 
 
 		 249 aa  127  2.0000000000000002e-28  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>