More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sde_3668 on replicon NC_007912
Organism: Saccharophagus degradans 2-40



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007912  Sde_3668  two-component response regulator AlgR  100 
 
 		 243 aa  491  9.999999999999999e-139  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  decreased coverage  0.00827536  normal  0.334671 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0031  response regulator receiver protein  55.56 
 
 		 243 aa  257  1e-67  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_6007  alginate biosynthesis regulatory protein AlgR  53.63 
 
 		 248 aa  246  3e-64  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.404994  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_69470  alginate biosynthesis regulatory protein AlgR  53.23 
 
 		 248 aa  245  6e-64  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.184834  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0488  response regulator receiver protein  50.21 
 
 		 252 aa  244  6.999999999999999e-64  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0279  two-component response regulator AlgR  51.61 
 
 		 248 aa  239  2e-62  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0127  alginate biosynthesis regulatory protein AlgR  50.4 
 
 		 248 aa  238  4e-62  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0063  response regulator receiver:LytTr DNA-binding region  50 
 
 		 248 aa  234  8e-61  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5488  two-component response regulator AlgR  49.19 
 
 		 248 aa  226  3e-58  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_47610  encystment and alginate biosynthesis response regulator; AlgR  48.78 
 
 		 251 aa  222  4e-57  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0097  LytR/AlgR family transcriptional regulator  47.15 
 
 		 245 aa  218  8.999999999999998e-56  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0207  LytTR family two component transcriptional regulator  46.96 
 
 		 247 aa  215  5e-55  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0210  LytTR family two component transcriptional regulator  47.37 
 
 		 247 aa  214  7e-55  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.375452  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0185  LytTR family two component transcriptional regulator  46.96 
 
 		 247 aa  213  1.9999999999999998e-54  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0255  LytTR family two component transcriptional regulator  46.96 
 
 		 247 aa  213  1.9999999999999998e-54  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2671  response regulator receiver protein  46.09 
 
 		 243 aa  211  5.999999999999999e-54  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000000586434 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_04138  two-component system regulatory protein  44.08 
 
 		 245 aa  197  1.0000000000000001e-49  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.739319  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_1259  response regulator receiver protein  43.1 
 
 		 252 aa  187  1e-46  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_1226  LytTR family two component transcriptional regulator  42.67 
 
 		 252 aa  186  3e-46  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3679  LytR/AlgR family transcriptional regulator  44 
 
 		 262 aa  179  4e-44  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3531  two component transcriptional regulator, LytTR family  45.9 
 
 		 243 aa  172  2.9999999999999996e-42  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0036  LytR/AlgR family transcriptional regulator  39.75 
 
 		 248 aa  171  7.999999999999999e-42  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3670  LytR/AlgR family transcriptional regulator  40.57 
 
 		 246 aa  160  2e-38  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1113  LytR/AlgR family transcriptional regulator  37.7 
 
 		 256 aa  152  5.9999999999999996e-36  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.45992  normal  0.29087 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0231  LytR/AlgR family transcriptional regulator  41.6 
 
 		 254 aa  150  2e-35  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  0.740894 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1435  two component transcriptional regulator, LytTR family  40.55 
 
 		 264 aa  150  2e-35  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.314663  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3314  LytR/AlgR family transcriptional regulator  39.68 
 
 		 250 aa  144  1e-33  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.742064  normal  0.13531 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2880  response regulator receiver protein  39 
 
 		 253 aa  142  4e-33  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.313062  normal  0.0817302 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1947  LytR/AlgR family transcriptional regulator  38.62 
 
 		 248 aa  140  9.999999999999999e-33  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.298927  decreased coverage  0.00301393 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1712  LytR/AlgR family transcriptional regulator  36.99 
 
 		 246 aa  139  3e-32  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.42147  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1860  two component transcriptional regulator, LytTR family  37.39 
 
 		 266 aa  136  4e-31  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2666  two component transcriptional regulator, LytTR family  39.68 
 
 		 250 aa  134  9e-31  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5318  LytTR family two component transcriptional regulator  37.75 
 
 		 253 aa  134  9.999999999999999e-31  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.541549 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3096  response regulator receiver protein  39.34 
 
 		 247 aa  134  9.999999999999999e-31  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2443  LytTR family two component transcriptional regulator  35.78 
 
 		 279 aa  134  1.9999999999999998e-30  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5734  two component transcriptional regulator, LytTR family  36.28 
 
 		 257 aa  133  1.9999999999999998e-30  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_07024  transcriptional regulator  34.3 
 
 		 263 aa  133  3e-30  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000974  response regulator of the LytR/AlgR family  34.3 
 
 		 263 aa  133  3e-30  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.728867  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_2149  two component transcriptional regulator, LytTR family  36.1 
 
 		 234 aa  130  2.0000000000000002e-29  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  hitchhiker  0.00472108  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_5234  LytTR family two component transcriptional regulator  33.88 
 
 		 246 aa  127  1.0000000000000001e-28  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_5573  response regulator LytR  34.29 
 
 		 246 aa  127  2.0000000000000002e-28  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A5621  response regulator LytR  34.29 
 
 		 246 aa  127  2.0000000000000002e-28  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_5536  response regulator LytR  33.88 
 
 		 246 aa  126  3e-28  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_005945  BAS5295  response regulator LytR  33.88 
 
 		 246 aa  126  3e-28  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_5122  response regulator  33.88 
 
 		 246 aa  126  3e-28  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_5691  response regulator LytR  33.88 
 
 		 246 aa  126  3e-28  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B5384  response regulator LytR  34.69 
 
 		 246 aa  126  3e-28  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.662493  normal  0.485514 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1965  response regulator receiver:LytTr DNA-binding region  30.92 
 
 		 273 aa  125  4.0000000000000003e-28  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.864475  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK5137  response regulator  33.88 
 
 		 246 aa  125  5e-28  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0421  two component transcriptional regulator, LytTR family  33.46 
 
 		 256 aa  125  8.000000000000001e-28  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  0.268274 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2385  response regulator receiver protein  31.73 
 
 		 272 aa  124  9e-28  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0898  two component transcriptional regulator, LytTR family  34.65 
 
 		 265 aa  124  1e-27  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A5565  response regulator LytR  33.88 
 
 		 246 aa  124  2e-27  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2329  LytTR family two component transcriptional regulator  33.05 
 
 		 255 aa  123  2e-27  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.0531557  decreased coverage  0.00207881 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01918  putative response regulator in two-component regulatory system  31.82 
 
 		 275 aa  123  3e-27  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.159199  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2172  LytR/AlgR family transcriptional regulator  37.35 
 
 		 252 aa  122  4e-27  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.0721488  normal  0.0255714 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2723  putative two-component response-regulatory protein YehT  35.54 
 
 		 239 aa  122  5e-27  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3686  two component transcriptional regulator, LytTR family  29.79 
 
 		 251 aa  122  7e-27  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3773  two component transcriptional regulator, LytTR family  34.77 
 
 		 260 aa  121  9e-27  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.10961  normal  1 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1964  LytR/AlgR family transcriptional regulator  33.04 
 
 		 255 aa  121  9.999999999999999e-27  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  0.777054 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1542  LytTr DNA-binding region  31.74 
 
 		 245 aa  121  9.999999999999999e-27  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  0.300206 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_3958  LytTR family two component transcriptional regulator  33.33 
 
 		 246 aa  120  3e-26  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2697  LytR/AlgR family transcriptional regulator  35.12 
 
 		 240 aa  119  3e-26  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4495  LytTR family two component transcriptional regulator  32.92 
 
 		 245 aa  119  3.9999999999999996e-26  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.17015 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0469  response regulator receiver protein  33.47 
 
 		 254 aa  119  4.9999999999999996e-26  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_5008  LytTR family two component transcriptional regulator  35.1 
 
 		 250 aa  119  4.9999999999999996e-26  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.135227  hitchhiker  0.0000288771 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1363  two component transcriptional regulator, LytTR family  37.5 
 
 		 248 aa  117  9.999999999999999e-26  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.124915  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2505  putative two-component response-regulatory protein YehT  34.6 
 
 		 239 aa  117  1.9999999999999998e-25  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_0067  LytTR family two component transcriptional regulator  31.95 
 
 		 268 aa  117  1.9999999999999998e-25  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.169577  normal  0.169612 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4386  two component transcriptional regulator, LytTR family  33.76 
 
 		 260 aa  117  1.9999999999999998e-25  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2393  putative two-component response-regulatory protein YehT  34.6 
 
 		 239 aa  117  1.9999999999999998e-25  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2397  putative two-component response-regulatory protein YehT  34.6 
 
 		 239 aa  117  1.9999999999999998e-25  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.423362  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2304  putative two-component response-regulatory protein YehT  34.6 
 
 		 239 aa  117  1.9999999999999998e-25  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2348  putative two-component response-regulatory protein YehT  34.6 
 
 		 239 aa  117  1.9999999999999998e-25  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1761  two component transcriptional regulator, LytTR family  35.93 
 
 		 251 aa  117  1.9999999999999998e-25  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0957  putative two-component response-regulatory protein YehT  35.37 
 
 		 241 aa  116  3e-25  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.147856  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1381  LytR/AlgR family transcriptional regulator  30.53 
 
 		 273 aa  116  3e-25  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.557466 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0959  putative two-component response-regulatory protein YehT  35.8 
 
 		 241 aa  116  3e-25  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.606019  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3416  putative two-component response-regulatory protein YehT  35.92 
 
 		 237 aa  116  3.9999999999999997e-25  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.329348  normal  0.0577965 
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0387  response regulator  33.19 
 
 		 261 aa  115  6e-25  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0013  two component transcriptional regulator, LytTR family  33.61 
 
 		 241 aa  115  6.9999999999999995e-25  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  0.349161 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2858  response regulator receiver  34.55 
 
 		 264 aa  115  8.999999999999998e-25  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0374  two component transcriptional regulator, LytTR family  32.24 
 
 		 242 aa  114  1.0000000000000001e-24  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_01160  response regulator of the LytR/AlgR family  34.16 
 
 		 238 aa  114  1.0000000000000001e-24  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3089  LytTR family two component transcriptional regulator  31.15 
 
 		 278 aa  114  1.0000000000000001e-24  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0224  putative two-component response-regulatory protein YehT  36.1 
 
 		 237 aa  114  1.0000000000000001e-24  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0480  response regulator receiver domain-containing protein  31.78 
 
 		 265 aa  114  1.0000000000000001e-24  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0420  LytR/AlgR family transcriptional regulator  30.77 
 
 		 317 aa  114  1.0000000000000001e-24  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.0328897  normal  0.0302219 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3838  LytR/AlgR family transcriptional regulator  31.22 
 
 		 254 aa  114  1.0000000000000001e-24  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  0.479778 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0930  response regulator receiver protein  36.36 
 
 		 243 aa  114  1.0000000000000001e-24  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  0.748451 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0190  LytR/AlgR family transcriptional regulator  32.24 
 
 		 244 aa  114  2.0000000000000002e-24  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.625509  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3149  putative two-component response-regulatory protein YehT  34.17 
 
 		 238 aa  113  2.0000000000000002e-24  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_0068  two component transcriptional regulator, LytTR family  33.47 
 
 		 244 aa  113  3e-24  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  decreased coverage  0.00288448  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2434  putative two-component response-regulatory protein YehT  32.49 
 
 		 236 aa  113  3e-24  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.318628  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0376  putative two-component response-regulatory protein YehT  37.96 
 
 		 238 aa  112  4.0000000000000004e-24  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1130  putative two-component response-regulatory protein YehT  34.16 
 
 		 238 aa  112  4.0000000000000004e-24  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3291  LytR/AlgR family transcriptional regulator  29.53 
 
 		 258 aa  112  4.0000000000000004e-24  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.393667  normal  1 
 
 
-
 
NC_013203  Apar_1323  two component transcriptional regulator, LytTR family  31.69 
 
 		 237 aa  112  4.0000000000000004e-24  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  0.0540721  normal  0.0273831 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_0704  LytTR family two component transcriptional regulator  31.6 
 
 		 276 aa  112  4.0000000000000004e-24  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  0.674394 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_4494  LytTr DNA-binding region  34.29 
 
 		 250 aa  112  4.0000000000000004e-24  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.0706486  normal  0.304613 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>