More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rfer_1712 on replicon NC_007908
Organism: Rhodoferax ferrireducens T118



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007908  Rfer_1712  LytR/AlgR family transcriptional regulator  100 
 
 		 246 aa  493  9.999999999999999e-139  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.42147  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3670  LytR/AlgR family transcriptional regulator  73.47 
 
 		 246 aa  358  6e-98  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3096  response regulator receiver protein  72.95 
 
 		 247 aa  331  8e-90  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2880  response regulator receiver protein  62.5 
 
 		 253 aa  285  4e-76  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.313062  normal  0.0817302 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1947  LytR/AlgR family transcriptional regulator  61.29 
 
 		 248 aa  275  3e-73  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.298927  decreased coverage  0.00301393 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5318  LytTR family two component transcriptional regulator  60.82 
 
 		 253 aa  274  7e-73  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.541549 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3314  LytR/AlgR family transcriptional regulator  59.76 
 
 		 250 aa  271  7e-72  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.742064  normal  0.13531 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1363  two component transcriptional regulator, LytTR family  62.7 
 
 		 248 aa  263  2e-69  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.124915  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2666  two component transcriptional regulator, LytTR family  57.43 
 
 		 250 aa  257  1e-67  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1113  LytR/AlgR family transcriptional regulator  54.51 
 
 		 256 aa  241  6e-63  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.45992  normal  0.29087 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3089  LytTR family two component transcriptional regulator  53.96 
 
 		 278 aa  233  2.0000000000000002e-60  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3679  LytR/AlgR family transcriptional regulator  50.19 
 
 		 262 aa  209  4e-53  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0231  LytR/AlgR family transcriptional regulator  50.61 
 
 		 254 aa  204  1e-51  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  0.740894 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1435  two component transcriptional regulator, LytTR family  47.84 
 
 		 264 aa  172  3.9999999999999995e-42  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.314663  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0036  LytR/AlgR family transcriptional regulator  41.11 
 
 		 248 aa  169  4e-41  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0031  response regulator receiver protein  40.56 
 
 		 243 aa  166  2e-40  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0127  alginate biosynthesis regulatory protein AlgR  40.94 
 
 		 248 aa  163  2.0000000000000002e-39  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_04138  two-component system regulatory protein  43.44 
 
 		 245 aa  161  1e-38  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.739319  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_1226  LytTR family two component transcriptional regulator  44.54 
 
 		 252 aa  160  2e-38  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_1259  response regulator receiver protein  44.54 
 
 		 252 aa  159  5e-38  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0063  response regulator receiver:LytTr DNA-binding region  41.18 
 
 		 248 aa  158  7e-38  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0279  two-component response regulator AlgR  40.47 
 
 		 248 aa  157  1e-37  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_69470  alginate biosynthesis regulatory protein AlgR  40 
 
 		 248 aa  154  9e-37  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.184834  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3668  two-component response regulator AlgR  38.46 
 
 		 243 aa  153  2e-36  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  decreased coverage  0.00827536  normal  0.334671 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_6007  alginate biosynthesis regulatory protein AlgR  39.61 
 
 		 248 aa  153  2.9999999999999998e-36  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.404994  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5488  two-component response regulator AlgR  38.04 
 
 		 248 aa  149  3e-35  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2671  response regulator receiver protein  42.04 
 
 		 243 aa  141  9e-33  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000000586434 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0210  LytTR family two component transcriptional regulator  36.72 
 
 		 247 aa  141  9.999999999999999e-33  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.375452  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0207  LytTR family two component transcriptional regulator  36.33 
 
 		 247 aa  140  1.9999999999999998e-32  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0185  LytTR family two component transcriptional regulator  36.72 
 
 		 247 aa  140  3e-32  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_0137  two component transcriptional regulator, LytTR family  36.93 
 
 		 237 aa  137  1e-31  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0255  LytTR family two component transcriptional regulator  35.86 
 
 		 247 aa  137  2e-31  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0488  response regulator receiver protein  37.6 
 
 		 252 aa  137  2e-31  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_00400  response regulator of the LytR/AlgR family  34.85 
 
 		 237 aa  136  3.0000000000000003e-31  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  0.132657  normal  1 
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_01160  response regulator of the LytR/AlgR family  36.21 
 
 		 238 aa  135  7.000000000000001e-31  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4010  two component transcriptional regulator, LytTR family  34.3 
 
 		 231 aa  129  5.0000000000000004e-29  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.0569074  decreased coverage  0.00157623 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_4129  two component transcriptional regulator, LytTR family  39.81 
 
 		 271 aa  128  7.000000000000001e-29  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_47610  encystment and alginate biosynthesis response regulator; AlgR  36.11 
 
 		 251 aa  126  3e-28  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3531  two component transcriptional regulator, LytTR family  40.82 
 
 		 243 aa  125  4.0000000000000003e-28  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0055  LytTR family two component transcriptional regulator  33.33 
 
 		 243 aa  125  6e-28  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.868518  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0059  two component transcriptional regulator, LytTR family  33.33 
 
 		 243 aa  125  6e-28  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.182784  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_4299  LytTR family two component transcriptional regulator  33.33 
 
 		 243 aa  124  1e-27  Shewanella baltica OS155  Bacteria  decreased coverage  0.000001386  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0060  LytTR family two component transcriptional regulator  33.33 
 
 		 243 aa  124  1e-27  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.0478076  hitchhiker  0.000497336 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_0068  two component transcriptional regulator, LytTR family  39.22 
 
 		 244 aa  123  2e-27  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  decreased coverage  0.00288448  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0057  response regulator receiver protein  32.93 
 
 		 243 aa  123  3e-27  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  decreased coverage  0.0000048418  decreased coverage  0.0000000648872 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0055  response regulator receiver protein  32.93 
 
 		 243 aa  123  3e-27  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  decreased coverage  0.0000989316  hitchhiker  0.000468323 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0577  two component transcriptional regulator, LytTR family  35.1 
 
 		 231 aa  123  3e-27  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004116  SAG1016  response regulator  34.09 
 
 		 244 aa  122  4e-27  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0119  response regulator receiver protein  36.33 
 
 		 249 aa  122  5e-27  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_1393  two component transcriptional regulator, LytTR family  35.68 
 
 		 238 aa  122  6e-27  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000000000160197 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0469  response regulator receiver protein  35.91 
 
 		 254 aa  121  9.999999999999999e-27  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1288  LytTR family two component transcriptional regulator  30.92 
 
 		 244 aa  120  1.9999999999999998e-26  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.524379  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_02291  predicted response regulator in two-component system withYpdA  30.92 
 
 		 244 aa  120  1.9999999999999998e-26  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1276  two component transcriptional regulator, LytTR family  30.92 
 
 		 244 aa  120  1.9999999999999998e-26  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.435037  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2671  response regulator  30.92 
 
 		 244 aa  120  1.9999999999999998e-26  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2858  response regulator receiver  38.79 
 
 		 264 aa  120  1.9999999999999998e-26  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3613  response regulator  30.92 
 
 		 244 aa  120  1.9999999999999998e-26  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.560415 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2518  response regulator  30.92 
 
 		 244 aa  120  1.9999999999999998e-26  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2750  response regulator  30.92 
 
 		 244 aa  120  1.9999999999999998e-26  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2533  response regulator  30.92 
 
 		 244 aa  120  1.9999999999999998e-26  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_2030  LytTR family two component transcriptional regulator  30.51 
 
 		 237 aa  120  3e-26  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3773  two component transcriptional regulator, LytTR family  34.51 
 
 		 260 aa  119  3e-26  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.10961  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2920  LytTR family two component transcriptional regulator  30.92 
 
 		 245 aa  120  3e-26  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.106094 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0097  LytR/AlgR family transcriptional regulator  30.68 
 
 		 245 aa  119  3.9999999999999996e-26  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2697  LytR/AlgR family transcriptional regulator  39.42 
 
 		 240 aa  119  4.9999999999999996e-26  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2172  LytR/AlgR family transcriptional regulator  34.36 
 
 		 252 aa  119  4.9999999999999996e-26  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.0721488  normal  0.0255714 
 
 
-
 
NC_013203  Apar_1323  two component transcriptional regulator, LytTR family  34.16 
 
 		 237 aa  119  4.9999999999999996e-26  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  0.0540721  normal  0.0273831 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5278  two component transcriptional regulator, LytTR family  36.92 
 
 		 281 aa  117  1.9999999999999998e-25  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.415246  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2673  response regulator receiver protein  31.25 
 
 		 268 aa  116  3e-25  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.587227  normal  0.606797 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2133  LytTR family two component transcriptional regulator  35.74 
 
 		 248 aa  115  5e-25  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.565653  normal  1 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1761  two component transcriptional regulator, LytTR family  32.43 
 
 		 251 aa  115  6e-25  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1330  LytTR family two component transcriptional regulator  36.48 
 
 		 261 aa  115  6e-25  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.80792  hitchhiker  0.00674538 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_2762  response regulator receiver protein  35.66 
 
 		 254 aa  115  7.999999999999999e-25  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.330347  normal  0.784413 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4408  two component transcriptional regulator, LytTR family  33.47 
 
 		 268 aa  114  1.0000000000000001e-24  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1879  two component transcriptional regulator, LytTR family  30.04 
 
 		 249 aa  114  1.0000000000000001e-24  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.247337  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_12140  response regulator of the LytR/AlgR family  40.22 
 
 		 255 aa  114  1.0000000000000001e-24  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0013  two component transcriptional regulator, LytTR family  34.57 
 
 		 241 aa  114  2.0000000000000002e-24  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  0.349161 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2329  LytTR family two component transcriptional regulator  36.12 
 
 		 255 aa  113  2.0000000000000002e-24  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.0531557  decreased coverage  0.00207881 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4801  two component transcriptional regulator, LytTR family  37.89 
 
 		 240 aa  113  3e-24  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.154299  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3405  LytTR family two component transcriptional regulator  31.35 
 
 		 244 aa  113  3e-24  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.732179  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_6269  two component transcriptional regulator, LytTR family  33.17 
 
 		 228 aa  113  3e-24  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_2149  two component transcriptional regulator, LytTR family  39.59 
 
 		 234 aa  113  3e-24  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  hitchhiker  0.00472108  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_6324  response regulator receiver protein  35.74 
 
 		 253 aa  112  8.000000000000001e-24  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.48372 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_5008  LytTR family two component transcriptional regulator  35.54 
 
 		 250 aa  111  9e-24  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.135227  hitchhiker  0.0000288771 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0480  response regulator receiver domain-containing protein  32.09 
 
 		 265 aa  111  1.0000000000000001e-23  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2171  two component transcriptional regulator, LytTR family  29.64 
 
 		 249 aa  110  2.0000000000000002e-23  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.0294549  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2357  two component transcriptional regulator, LytTR family  29.6 
 
 		 244 aa  110  2.0000000000000002e-23  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1375  response regulator receiver protein  35.27 
 
 		 239 aa  110  2.0000000000000002e-23  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2906  two component transcriptional regulator, LytTR family  32.81 
 
 		 245 aa  110  2.0000000000000002e-23  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_4494  LytTr DNA-binding region  34.68 
 
 		 250 aa  110  2.0000000000000002e-23  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.0706486  normal  0.304613 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5230  two component transcriptional regulator, LytTR family  33.33 
 
 		 244 aa  110  2.0000000000000002e-23  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.236835  normal  0.031416 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0765  LytR/AlgR family transcriptional regulator  30 
 
 		 247 aa  110  3e-23  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.584976  normal  0.255142 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_4051  response regulator receiver protein  36.24 
 
 		 269 aa  109  4.0000000000000004e-23  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.243327  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01918  putative response regulator in two-component regulatory system  32.23 
 
 		 275 aa  109  4.0000000000000004e-23  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.159199  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_4126  response regulator receiver protein  36.24 
 
 		 269 aa  109  4.0000000000000004e-23  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.217512  normal  0.408771 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2385  response regulator receiver protein  28.67 
 
 		 272 aa  109  5e-23  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_5358  two component transcriptional regulator, LytTR family  31.65 
 
 		 235 aa  108  6e-23  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1440  putative two-component response-regulatory protein YehT  36.89 
 
 		 236 aa  108  7.000000000000001e-23  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0374  two component transcriptional regulator, LytTR family  32.4 
 
 		 242 aa  108  1e-22  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2443  two component transcriptional regulator, LytTR family  29.2 
 
 		 245 aa  107  1e-22  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.191147  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>