More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pmen_0279 on replicon NC_009439
Organism: Pseudomonas mendocina ymp



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009439  Pmen_0279  two-component response regulator AlgR  100 
 
 		 248 aa  494  1e-139  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0063  response regulator receiver:LytTr DNA-binding region  90.73 
 
 		 248 aa  461  1e-129  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0127  alginate biosynthesis regulatory protein AlgR  87.9 
 
 		 248 aa  450  1.0000000000000001e-126  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_69470  alginate biosynthesis regulatory protein AlgR  87.9 
 
 		 248 aa  448  1e-125  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.184834  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_6007  alginate biosynthesis regulatory protein AlgR  87.9 
 
 		 248 aa  447  1e-125  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.404994  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5488  two-component response regulator AlgR  85.89 
 
 		 248 aa  437  9.999999999999999e-123  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0207  LytTR family two component transcriptional regulator  80.24 
 
 		 247 aa  409  1e-113  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0210  LytTR family two component transcriptional regulator  79.84 
 
 		 247 aa  407  1e-113  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.375452  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0255  LytTR family two component transcriptional regulator  79.44 
 
 		 247 aa  404  1.0000000000000001e-112  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0185  LytTR family two component transcriptional regulator  79.84 
 
 		 247 aa  406  1.0000000000000001e-112  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_47610  encystment and alginate biosynthesis response regulator; AlgR  79.76 
 
 		 251 aa  401  1e-111  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0031  response regulator receiver protein  52.42 
 
 		 243 aa  251  6e-66  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3668  two-component response regulator AlgR  51.61 
 
 		 243 aa  239  2e-62  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  decreased coverage  0.00827536  normal  0.334671 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0097  LytR/AlgR family transcriptional regulator  44.76 
 
 		 245 aa  222  4e-57  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2671  response regulator receiver protein  49.6 
 
 		 243 aa  218  6e-56  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000000586434 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0488  response regulator receiver protein  46.72 
 
 		 252 aa  207  1e-52  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_1259  response regulator receiver protein  47.9 
 
 		 252 aa  201  9.999999999999999e-51  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_1226  LytTR family two component transcriptional regulator  47.48 
 
 		 252 aa  199  3.9999999999999996e-50  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_04138  two-component system regulatory protein  44.62 
 
 		 245 aa  188  7e-47  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.739319  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3679  LytR/AlgR family transcriptional regulator  43.87 
 
 		 262 aa  180  2e-44  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0231  LytR/AlgR family transcriptional regulator  45.06 
 
 		 254 aa  177  2e-43  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  0.740894 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0036  LytR/AlgR family transcriptional regulator  42.34 
 
 		 248 aa  167  2e-40  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3531  two component transcriptional regulator, LytTR family  46.18 
 
 		 243 aa  162  5.0000000000000005e-39  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1113  LytR/AlgR family transcriptional regulator  40.47 
 
 		 256 aa  154  2e-36  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.45992  normal  0.29087 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3670  LytR/AlgR family transcriptional regulator  38.49 
 
 		 246 aa  150  3e-35  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1712  LytR/AlgR family transcriptional regulator  39.3 
 
 		 246 aa  144  1e-33  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.42147  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3096  response regulator receiver protein  39.04 
 
 		 247 aa  142  5e-33  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2880  response regulator receiver protein  41.02 
 
 		 253 aa  141  9.999999999999999e-33  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.313062  normal  0.0817302 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5318  LytTR family two component transcriptional regulator  39.92 
 
 		 253 aa  138  6e-32  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.541549 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3314  LytR/AlgR family transcriptional regulator  40.71 
 
 		 250 aa  138  8.999999999999999e-32  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.742064  normal  0.13531 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0013  two component transcriptional regulator, LytTR family  38.65 
 
 		 241 aa  137  2e-31  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  0.349161 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1227  two component transcriptional regulator, LytTR family  34.19 
 
 		 277 aa  133  1.9999999999999998e-30  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.299238  normal  0.813842 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3594  two component transcriptional regulator, LytTR family  33.46 
 
 		 260 aa  133  3e-30  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.833136  normal  0.0457058 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1290  two component transcriptional regulator, LytTR family  34.19 
 
 		 277 aa  132  5e-30  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.212023 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1947  LytR/AlgR family transcriptional regulator  39.6 
 
 		 248 aa  132  6e-30  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.298927  decreased coverage  0.00301393 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_2149  two component transcriptional regulator, LytTR family  38.8 
 
 		 234 aa  129  3e-29  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  hitchhiker  0.00472108  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1435  two component transcriptional regulator, LytTR family  40.78 
 
 		 264 aa  130  3e-29  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.314663  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2443  LytTR family two component transcriptional regulator  35.29 
 
 		 279 aa  128  7.000000000000001e-29  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3089  LytTR family two component transcriptional regulator  38.89 
 
 		 278 aa  128  8.000000000000001e-29  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_0068  two component transcriptional regulator, LytTR family  35.66 
 
 		 244 aa  126  3e-28  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  decreased coverage  0.00288448  normal  1 
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0387  response regulator  33.48 
 
 		 261 aa  123  3e-27  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1363  two component transcriptional regulator, LytTR family  37.05 
 
 		 248 aa  123  3e-27  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.124915  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0190  LytR/AlgR family transcriptional regulator  36.99 
 
 		 244 aa  122  4e-27  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.625509  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4495  LytTR family two component transcriptional regulator  35.77 
 
 		 245 aa  122  5e-27  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.17015 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5734  two component transcriptional regulator, LytTR family  33.62 
 
 		 257 aa  122  5e-27  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2329  LytTR family two component transcriptional regulator  36.03 
 
 		 255 aa  122  7e-27  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.0531557  decreased coverage  0.00207881 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1860  two component transcriptional regulator, LytTR family  36.65 
 
 		 266 aa  122  8e-27  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2666  two component transcriptional regulator, LytTR family  37.31 
 
 		 250 aa  120  9.999999999999999e-27  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1381  LytR/AlgR family transcriptional regulator  33.58 
 
 		 273 aa  119  4.9999999999999996e-26  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.557466 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2385  response regulator receiver protein  31.16 
 
 		 272 aa  119  4.9999999999999996e-26  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc1352  two-component response regulator transcription regulator protein  33.83 
 
 		 270 aa  117  9.999999999999999e-26  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_07024  transcriptional regulator  30.51 
 
 		 263 aa  117  9.999999999999999e-26  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000974  response regulator of the LytR/AlgR family  30.51 
 
 		 263 aa  117  1.9999999999999998e-25  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.728867  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_1393  two component transcriptional regulator, LytTR family  34.14 
 
 		 238 aa  117  1.9999999999999998e-25  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000000000160197 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1400  response regulator  33.99 
 
 		 243 aa  117  1.9999999999999998e-25  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2172  LytR/AlgR family transcriptional regulator  32.26 
 
 		 252 aa  116  3e-25  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.0721488  normal  0.0255714 
 
 
-
 
NC_013203  Apar_1323  two component transcriptional regulator, LytTR family  33.2 
 
 		 237 aa  116  3.9999999999999997e-25  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  0.0540721  normal  0.0273831 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A2603  response regulator  35.71 
 
 		 243 aa  115  5e-25  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C6684  LytR/AlgR family transcriptional regulator  34.66 
 
 		 243 aa  115  7.999999999999999e-25  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2328  LytTR family two component transcriptional regulator  36.82 
 
 		 255 aa  115  8.999999999999998e-25  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.261765  decreased coverage  0.00199939 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4408  two component transcriptional regulator, LytTR family  31.6 
 
 		 268 aa  114  1.0000000000000001e-24  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1965  response regulator receiver:LytTr DNA-binding region  32.58 
 
 		 273 aa  114  1.0000000000000001e-24  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.864475  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_5142  two component transcriptional regulator, LytTR family  32.8 
 
 		 244 aa  114  1.0000000000000001e-24  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.546377  normal  1 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0765  LytR/AlgR family transcriptional regulator  28.92 
 
 		 247 aa  114  1.0000000000000001e-24  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.584976  normal  0.255142 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_0137  two component transcriptional regulator, LytTR family  34.96 
 
 		 237 aa  114  1.0000000000000001e-24  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2697  LytR/AlgR family transcriptional regulator  34.12 
 
 		 240 aa  114  2.0000000000000002e-24  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1375  response regulator receiver protein  33.33 
 
 		 239 aa  113  2.0000000000000002e-24  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_0704  LytTR family two component transcriptional regulator  31.87 
 
 		 276 aa  114  2.0000000000000002e-24  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  0.674394 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1440  putative two-component response-regulatory protein YehT  37.14 
 
 		 236 aa  113  3e-24  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2594  putative two-component response-regulatory protein YehT  31.43 
 
 		 236 aa  113  3e-24  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.0103906  hitchhiker  0.00157605 
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_01160  response regulator of the LytR/AlgR family  35.08 
 
 		 238 aa  113  3e-24  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2432  putative two-component response-regulatory protein YehT  31.43 
 
 		 236 aa  112  4.0000000000000004e-24  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  decreased coverage  0.0000158974  hitchhiker  0.00361478 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0421  two component transcriptional regulator, LytTR family  32.16 
 
 		 256 aa  112  5e-24  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  0.268274 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0847  response regulator receiver  30.89 
 
 		 232 aa  112  5e-24  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2502  putative two-component response-regulatory protein YehT  31.43 
 
 		 236 aa  112  6e-24  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  decreased coverage  0.00178929  normal  0.0452702 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_0699  response regulator receiver  35.06 
 
 		 275 aa  111  8.000000000000001e-24  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0930  response regulator receiver protein  33.2 
 
 		 243 aa  111  1.0000000000000001e-23  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  0.748451 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3773  two component transcriptional regulator, LytTR family  30.15 
 
 		 260 aa  110  3e-23  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.10961  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4084  two component transcriptional regulator, LytTR family  30.42 
 
 		 244 aa  109  5e-23  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.445273  normal  0.0209217 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3487  LytR/AlgR family transcriptional regulator  31.2 
 
 		 253 aa  109  5e-23  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.76921  normal  1 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0715  two component transcriptional regulator, LytTR family  30.59 
 
 		 245 aa  108  5e-23  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  hitchhiker  0.00500528  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_10420  two component transcriptional regulator, LytTR family  30.52 
 
 		 253 aa  109  5e-23  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000460621  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0420  LytR/AlgR family transcriptional regulator  31.05 
 
 		 317 aa  108  1e-22  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.0328897  normal  0.0302219 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_4129  two component transcriptional regulator, LytTR family  34.16 
 
 		 271 aa  107  1e-22  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_00400  response regulator of the LytR/AlgR family  34.15 
 
 		 237 aa  107  1e-22  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  0.132657  normal  1 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_3958  LytTR family two component transcriptional regulator  29.03 
 
 		 246 aa  107  2e-22  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1548  putative two-component response-regulatory protein YehT  30.77 
 
 		 236 aa  107  2e-22  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.496368  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3416  putative two-component response-regulatory protein YehT  34.55 
 
 		 237 aa  106  3e-22  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.329348  normal  0.0577965 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01918  putative response regulator in two-component regulatory system  30.51 
 
 		 275 aa  106  3e-22  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.159199  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1069  two component transcriptional regulator, LytTR family  35.85 
 
 		 276 aa  107  3e-22  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.257927  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0224  putative two-component response-regulatory protein YehT  30.89 
 
 		 237 aa  106  3e-22  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_5008  LytTR family two component transcriptional regulator  36.51 
 
 		 250 aa  106  4e-22  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.135227  hitchhiker  0.0000288771 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3613  two component transcriptional regulator, LytTR family  32.57 
 
 		 281 aa  105  5e-22  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_2823  putative two-component response-regulatory protein YehT  31.2 
 
 		 236 aa  105  5e-22  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2858  response regulator receiver  36.86 
 
 		 264 aa  105  5e-22  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2974  LytTR family two component transcriptional regulator  32.43 
 
 		 266 aa  105  6e-22  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.318128 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_12140  response regulator of the LytR/AlgR family  36.03 
 
 		 255 aa  105  7e-22  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_4494  LytTr DNA-binding region  36.1 
 
 		 250 aa  105  8e-22  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.0706486  normal  0.304613 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0469  response regulator receiver protein  31.64 
 
 		 254 aa  105  9e-22  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0480  response regulator receiver domain-containing protein  30.04 
 
 		 265 aa  105  9e-22  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>