More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dfer_4386 on replicon NC_013037
Organism: Dyadobacter fermentans DSM 18053



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013037  Dfer_4386  two component transcriptional regulator, LytTR family  100 
 
 		 260 aa  531  1e-150  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3594  two component transcriptional regulator, LytTR family  62.93 
 
 		 260 aa  339  2.9999999999999998e-92  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.833136  normal  0.0457058 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5734  two component transcriptional regulator, LytTR family  43.37 
 
 		 257 aa  210  2e-53  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1004  two component transcriptional regulator, LytTR family  38.08 
 
 		 257 aa  162  5.0000000000000005e-39  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  decreased coverage  0.00878343  normal  0.279198 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0161  LytR/AlgR family transcriptional regulator  36.36 
 
 		 270 aa  156  2e-37  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2397  two component transcriptional regulator, LytTR family  38.25 
 
 		 261 aa  156  3e-37  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01918  putative response regulator in two-component regulatory system  32.09 
 
 		 275 aa  155  4e-37  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.159199  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_5142  two component transcriptional regulator, LytTR family  39.57 
 
 		 244 aa  155  5.0000000000000005e-37  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.546377  normal  1 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2356  response regulator receiver protein  37.25 
 
 		 257 aa  152  4e-36  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.325932  normal  0.149931 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2329  LytTR family two component transcriptional regulator  35.02 
 
 		 255 aa  150  2e-35  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.0531557  decreased coverage  0.00207881 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0374  two component transcriptional regulator, LytTR family  38.27 
 
 		 242 aa  148  9e-35  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_0067  LytTR family two component transcriptional regulator  33.74 
 
 		 268 aa  148  1.0000000000000001e-34  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.169577  normal  0.169612 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2186  two component transcriptional regulator, LytTR family  33.6 
 
 		 275 aa  147  1.0000000000000001e-34  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2443  LytTR family two component transcriptional regulator  37.39 
 
 		 279 aa  147  2.0000000000000003e-34  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2328  LytTR family two component transcriptional regulator  31.62 
 
 		 255 aa  147  2.0000000000000003e-34  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.261765  decreased coverage  0.00199939 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0420  LytR/AlgR family transcriptional regulator  34.5 
 
 		 317 aa  145  8.000000000000001e-34  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.0328897  normal  0.0302219 
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0387  response regulator  34.89 
 
 		 261 aa  145  9e-34  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1761  two component transcriptional regulator, LytTR family  34.75 
 
 		 251 aa  144  1e-33  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000974  response regulator of the LytR/AlgR family  33.89 
 
 		 263 aa  143  3e-33  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.728867  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1001  LytR/AlgR family transcriptional regulator  33.59 
 
 		 262 aa  142  5e-33  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  0.0103069 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_07024  transcriptional regulator  33.89 
 
 		 263 aa  142  5e-33  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2278  LytTr DNA-binding response regulator  32.16 
 
 		 280 aa  142  6e-33  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.421967  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1964  LytR/AlgR family transcriptional regulator  34.71 
 
 		 255 aa  141  8e-33  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  0.777054 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1542  LytTr DNA-binding region  36.02 
 
 		 245 aa  141  9e-33  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  0.300206 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0480  response regulator receiver domain-containing protein  34.71 
 
 		 265 aa  141  9.999999999999999e-33  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3291  LytR/AlgR family transcriptional regulator  33.2 
 
 		 258 aa  141  9.999999999999999e-33  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.393667  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2673  response regulator receiver protein  34.44 
 
 		 268 aa  140  1.9999999999999998e-32  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.587227  normal  0.606797 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2385  response regulator receiver protein  30.29 
 
 		 272 aa  139  3.9999999999999997e-32  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0898  two component transcriptional regulator, LytTR family  35.14 
 
 		 265 aa  138  7e-32  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0765  LytR/AlgR family transcriptional regulator  33.98 
 
 		 247 aa  138  7e-32  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.584976  normal  0.255142 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1440  putative two-component response-regulatory protein YehT  36.32 
 
 		 236 aa  138  8.999999999999999e-32  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1794  two component transcriptional regulator, LytTR family  32.5 
 
 		 260 aa  137  1e-31  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2974  LytTR family two component transcriptional regulator  32.48 
 
 		 266 aa  138  1e-31  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.318128 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3679  LytR/AlgR family transcriptional regulator  36.4 
 
 		 262 aa  137  2e-31  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2697  LytR/AlgR family transcriptional regulator  34.29 
 
 		 240 aa  137  2e-31  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3838  LytR/AlgR family transcriptional regulator  29.77 
 
 		 254 aa  136  3.0000000000000003e-31  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  0.479778 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2723  putative two-component response-regulatory protein YehT  34.89 
 
 		 239 aa  136  3.0000000000000003e-31  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0865  putative two-component response-regulatory protein YehT  33.47 
 
 		 239 aa  136  4e-31  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0959  putative two-component response-regulatory protein YehT  33.74 
 
 		 241 aa  136  4e-31  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.606019  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_02054  predicted response regulator in two-component system withYehU  33.9 
 
 		 239 aa  135  5e-31  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1533  two component transcriptional regulator, LytTR family  33.9 
 
 		 239 aa  135  5e-31  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.726215  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1522  putative two-component response-regulatory protein YehT  33.9 
 
 		 239 aa  135  5e-31  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012892  B21_02012  hypothetical protein  33.9 
 
 		 239 aa  135  5e-31  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3112  putative two-component response-regulatory protein YehT  33.9 
 
 		 239 aa  135  5e-31  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.148941 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2413  putative two-component response-regulatory protein YehT  33.9 
 
 		 239 aa  135  5e-31  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2259  putative two-component response-regulatory protein YehT  33.9 
 
 		 239 aa  135  5e-31  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2348  putative two-component response-regulatory protein YehT  34.32 
 
 		 239 aa  135  8e-31  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2397  putative two-component response-regulatory protein YehT  34.32 
 
 		 239 aa  135  8e-31  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.423362  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2505  putative two-component response-regulatory protein YehT  34.32 
 
 		 239 aa  135  8e-31  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2393  putative two-component response-regulatory protein YehT  34.32 
 
 		 239 aa  135  8e-31  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2304  putative two-component response-regulatory protein YehT  34.32 
 
 		 239 aa  135  8e-31  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3773  two component transcriptional regulator, LytTR family  35.77 
 
 		 260 aa  135  9e-31  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.10961  normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0036  LytR/AlgR family transcriptional regulator  35.97 
 
 		 248 aa  135  9e-31  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0919  putative two-component response-regulatory protein YehT  33.9 
 
 		 239 aa  135  9e-31  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK5137  response regulator  33.72 
 
 		 246 aa  133  3e-30  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0957  putative two-component response-regulatory protein YehT  34.02 
 
 		 241 aa  133  3.9999999999999996e-30  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.147856  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6586  two component transcriptional regulator, LytTR family  31.05 
 
 		 246 aa  132  3.9999999999999996e-30  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.318104  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3487  LytR/AlgR family transcriptional regulator  33.19 
 
 		 253 aa  132  6e-30  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.76921  normal  1 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_5234  LytTR family two component transcriptional regulator  33.08 
 
 		 246 aa  132  6.999999999999999e-30  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1279  two component transcriptional regulator, LytTR family  32.77 
 
 		 248 aa  131  7.999999999999999e-30  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.111911  normal  0.254446 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A5621  response regulator LytR  33.46 
 
 		 246 aa  131  1.0000000000000001e-29  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_5573  response regulator LytR  33.46 
 
 		 246 aa  131  1.0000000000000001e-29  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3668  two-component response regulator AlgR  33.76 
 
 		 243 aa  131  1.0000000000000001e-29  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  decreased coverage  0.00827536  normal  0.334671 
 
 
-
 
NC_005945  BAS5295  response regulator LytR  33.83 
 
 		 246 aa  130  2.0000000000000002e-29  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_5122  response regulator  33.83 
 
 		 246 aa  130  2.0000000000000002e-29  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_5536  response regulator LytR  33.83 
 
 		 246 aa  130  2.0000000000000002e-29  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_5691  response regulator LytR  33.83 
 
 		 246 aa  130  2.0000000000000002e-29  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3913  LytTR family two component transcriptional regulator  31.54 
 
 		 268 aa  130  2.0000000000000002e-29  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.316099  normal  1 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B5384  response regulator LytR  34.21 
 
 		 246 aa  130  3e-29  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.662493  normal  0.485514 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2172  LytR/AlgR family transcriptional regulator  31.23 
 
 		 252 aa  129  4.0000000000000003e-29  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.0721488  normal  0.0255714 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2791  LytTR family two component transcriptional regulator  33.97 
 
 		 250 aa  129  4.0000000000000003e-29  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.073585  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A5565  response regulator LytR  33.83 
 
 		 246 aa  129  4.0000000000000003e-29  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2906  two component transcriptional regulator, LytTR family  37.39 
 
 		 245 aa  129  6e-29  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3544  two component transcriptional regulator, LytTR family  35.25 
 
 		 251 aa  128  9.000000000000001e-29  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.0394969  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0376  putative two-component response-regulatory protein YehT  39.06 
 
 		 238 aa  128  9.000000000000001e-29  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1860  two component transcriptional regulator, LytTR family  30.96 
 
 		 266 aa  128  9.000000000000001e-29  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0231  LytR/AlgR family transcriptional regulator  34.21 
 
 		 254 aa  128  1.0000000000000001e-28  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  0.740894 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0227  LytR/AlgR family transcriptional regulator  31 
 
 		 265 aa  127  1.0000000000000001e-28  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.312706  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3733  response regulator receiver domain-containing protein  31.93 
 
 		 249 aa  128  1.0000000000000001e-28  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  0.766169 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1130  putative two-component response-regulatory protein YehT  39.47 
 
 		 238 aa  128  1.0000000000000001e-28  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1318  putative two-component response-regulatory protein YehT  35.39 
 
 		 238 aa  128  1.0000000000000001e-28  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3149  putative two-component response-regulatory protein YehT  39.04 
 
 		 238 aa  128  1.0000000000000001e-28  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3221  putative two-component response-regulatory protein YehT  36.4 
 
 		 238 aa  127  2.0000000000000002e-28  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3485  putative two-component response-regulatory protein YehT  37.08 
 
 		 238 aa  127  3e-28  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  0.159726 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3358  putative two-component response-regulatory protein YehT  37.08 
 
 		 238 aa  127  3e-28  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_3958  LytTR family two component transcriptional regulator  32.31 
 
 		 246 aa  126  3e-28  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0421  two component transcriptional regulator, LytTR family  33.07 
 
 		 256 aa  126  4.0000000000000003e-28  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  0.268274 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0119  response regulator receiver protein  34.23 
 
 		 249 aa  126  5e-28  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0488  response regulator receiver protein  33.62 
 
 		 252 aa  125  6e-28  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0600  two component transcriptional regulator, LytTR family  31.12 
 
 		 265 aa  125  6e-28  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.315052 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_1259  response regulator receiver protein  29.96 
 
 		 252 aa  125  8.000000000000001e-28  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_1226  LytTR family two component transcriptional regulator  29.96 
 
 		 252 aa  124  1e-27  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2093  putative two-component response-regulatory protein YehT  33.2 
 
 		 237 aa  124  1e-27  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0271  two component transcriptional regulator, LytTR family  27.72 
 
 		 256 aa  124  1e-27  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_04138  two-component system regulatory protein  32.07 
 
 		 245 aa  124  1e-27  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.739319  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2091  two component transcriptional regulator, LytTR family  29.39 
 
 		 259 aa  124  2e-27  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.0504817  normal  0.478744 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0063  response regulator receiver:LytTr DNA-binding region  31.75 
 
 		 248 aa  123  3e-27  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0307  two component transcriptional regulator, LytTR family  34.2 
 
 		 250 aa  123  3e-27  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0097  LytR/AlgR family transcriptional regulator  33.05 
 
 		 245 aa  122  4e-27  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2957  response regulator receiver protein  34.11 
 
 		 236 aa  122  4e-27  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  hitchhiker  0.00954821  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>