More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Cpin_6586 on replicon NC_013132
Organism: Chitinophaga pinensis DSM 2588



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013132  Cpin_6586  two component transcriptional regulator, LytTR family  100 
 
 		 246 aa  506  9.999999999999999e-143  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.318104  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1542  LytTr DNA-binding region  62.2 
 
 		 245 aa  319  3e-86  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  0.300206 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3487  LytR/AlgR family transcriptional regulator  43.03 
 
 		 253 aa  237  1e-61  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.76921  normal  1 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3913  LytTR family two component transcriptional regulator  38.11 
 
 		 268 aa  185  7e-46  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.316099  normal  1 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_0704  LytTR family two component transcriptional regulator  37.45 
 
 		 276 aa  179  2.9999999999999997e-44  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  0.674394 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0480  response regulator receiver domain-containing protein  36.4 
 
 		 265 aa  179  4.999999999999999e-44  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3159  response regulator receiver  38.08 
 
 		 242 aa  177  1e-43  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_0067  LytTR family two component transcriptional regulator  40 
 
 		 268 aa  172  6.999999999999999e-42  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.169577  normal  0.169612 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3900  response regulator receiver domain-containing protein  35.69 
 
 		 261 aa  172  6.999999999999999e-42  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01918  putative response regulator in two-component regulatory system  32.47 
 
 		 275 aa  168  6e-41  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.159199  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3291  LytR/AlgR family transcriptional regulator  34.57 
 
 		 258 aa  165  5e-40  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.393667  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0227  LytR/AlgR family transcriptional regulator  33.6 
 
 		 265 aa  163  2.0000000000000002e-39  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.312706  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2329  LytTR family two component transcriptional regulator  34.85 
 
 		 255 aa  163  2.0000000000000002e-39  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.0531557  decreased coverage  0.00207881 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1440  putative two-component response-regulatory protein YehT  35.08 
 
 		 236 aa  161  9e-39  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2974  LytTR family two component transcriptional regulator  33.86 
 
 		 266 aa  161  1e-38  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.318128 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2278  LytTr DNA-binding response regulator  32.85 
 
 		 280 aa  157  1e-37  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.421967  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2328  LytTR family two component transcriptional regulator  33.33 
 
 		 255 aa  157  2e-37  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.261765  decreased coverage  0.00199939 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1860  two component transcriptional regulator, LytTR family  32.95 
 
 		 266 aa  156  2e-37  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_3958  LytTR family two component transcriptional regulator  33.33 
 
 		 246 aa  156  3e-37  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2673  response regulator receiver protein  32.42 
 
 		 268 aa  154  1e-36  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.587227  normal  0.606797 
 
 
-
 
NC_005945  BAS5295  response regulator LytR  33.47 
 
 		 246 aa  154  2e-36  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_5122  response regulator  33.47 
 
 		 246 aa  154  2e-36  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_5691  response regulator LytR  33.47 
 
 		 246 aa  154  2e-36  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0420  LytR/AlgR family transcriptional regulator  34.69 
 
 		 317 aa  154  2e-36  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.0328897  normal  0.0302219 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_5536  response regulator LytR  33.47 
 
 		 246 aa  154  2e-36  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_5142  two component transcriptional regulator, LytTR family  34.15 
 
 		 244 aa  154  2e-36  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.546377  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4382  LytTR family two component transcriptional regulator  33.21 
 
 		 273 aa  153  2.9999999999999998e-36  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK5137  response regulator  33.47 
 
 		 246 aa  152  4e-36  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_5573  response regulator LytR  33.06 
 
 		 246 aa  152  5.9999999999999996e-36  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1819  LytTr DNA-binding response regulator  31.49 
 
 		 260 aa  152  5.9999999999999996e-36  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.148301  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2172  LytR/AlgR family transcriptional regulator  35.46 
 
 		 252 aa  152  5.9999999999999996e-36  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.0721488  normal  0.0255714 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1001  LytR/AlgR family transcriptional regulator  31.54 
 
 		 262 aa  151  7e-36  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  0.0103069 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2385  response regulator receiver protein  32.08 
 
 		 272 aa  151  7e-36  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A5565  response regulator LytR  33.06 
 
 		 246 aa  151  8.999999999999999e-36  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A5621  response regulator LytR  33.06 
 
 		 246 aa  151  1e-35  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1841  response regulator receiver  33.33 
 
 		 245 aa  150  2e-35  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000216203 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B5384  response regulator LytR  33.6 
 
 		 246 aa  150  2e-35  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.662493  normal  0.485514 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_5234  LytTR family two component transcriptional regulator  32.26 
 
 		 246 aa  150  2e-35  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5230  two component transcriptional regulator, LytTR family  33.47 
 
 		 244 aa  150  3e-35  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.236835  normal  0.031416 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0865  putative two-component response-regulatory protein YehT  32.94 
 
 		 239 aa  149  4e-35  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3838  LytR/AlgR family transcriptional regulator  32.2 
 
 		 254 aa  149  6e-35  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  0.479778 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1004  two component transcriptional regulator, LytTR family  33.73 
 
 		 257 aa  148  8e-35  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  decreased coverage  0.00878343  normal  0.279198 
 
 
-
 
CP001509  ECD_02054  predicted response regulator in two-component system withYehU  32.94 
 
 		 239 aa  147  1.0000000000000001e-34  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1533  two component transcriptional regulator, LytTR family  32.94 
 
 		 239 aa  147  1.0000000000000001e-34  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.726215  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3718  response regulator  30.77 
 
 		 275 aa  147  1.0000000000000001e-34  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3112  putative two-component response-regulatory protein YehT  32.94 
 
 		 239 aa  147  1.0000000000000001e-34  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.148941 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2259  putative two-component response-regulatory protein YehT  32.94 
 
 		 239 aa  147  1.0000000000000001e-34  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2413  putative two-component response-regulatory protein YehT  32.94 
 
 		 239 aa  147  1.0000000000000001e-34  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1522  putative two-component response-regulatory protein YehT  32.94 
 
 		 239 aa  147  1.0000000000000001e-34  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012892  B21_02012  hypothetical protein  32.94 
 
 		 239 aa  147  1.0000000000000001e-34  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0919  putative two-component response-regulatory protein YehT  32.94 
 
 		 239 aa  147  2.0000000000000003e-34  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4524  two component transcriptional regulator, LytTR family  30.77 
 
 		 240 aa  146  2.0000000000000003e-34  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  hitchhiker  0.00000306542  normal  0.871136 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5734  two component transcriptional regulator, LytTR family  33.2 
 
 		 257 aa  146  3e-34  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1844  two component transcriptional regulator, LytTR family  33.33 
 
 		 236 aa  145  5e-34  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1964  LytR/AlgR family transcriptional regulator  33.6 
 
 		 255 aa  145  5e-34  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  0.777054 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0374  two component transcriptional regulator, LytTR family  34.15 
 
 		 242 aa  145  5e-34  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3594  two component transcriptional regulator, LytTR family  37.17 
 
 		 260 aa  145  5e-34  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.833136  normal  0.0457058 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3485  putative two-component response-regulatory protein YehT  34 
 
 		 238 aa  145  6e-34  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  0.159726 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3358  putative two-component response-regulatory protein YehT  34 
 
 		 238 aa  145  6e-34  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2791  two component transcriptional regulator, LytTR family  30.66 
 
 		 224 aa  144  1e-33  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.0891261 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3221  putative two-component response-regulatory protein YehT  34.14 
 
 		 238 aa  144  1e-33  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4084  two component transcriptional regulator, LytTR family  34.62 
 
 		 244 aa  144  1e-33  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.445273  normal  0.0209217 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2697  LytR/AlgR family transcriptional regulator  33.2 
 
 		 240 aa  143  2e-33  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3341  putative two-component response-regulatory protein YehT  33.06 
 
 		 244 aa  144  2e-33  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.798853 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_04910  two-component system response regulator  35.75 
 
 		 236 aa  144  2e-33  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.981835  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3175  two component transcriptional regulator, LytTR family  35.51 
 
 		 250 aa  143  3e-33  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3416  putative two-component response-regulatory protein YehT  33.2 
 
 		 237 aa  143  3e-33  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.329348  normal  0.0577965 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0826  two component transcriptional regulator, LytTR family  32.49 
 
 		 235 aa  142  4e-33  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.398179  normal  1 
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_01160  response regulator of the LytR/AlgR family  34.4 
 
 		 238 aa  142  4e-33  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2723  putative two-component response-regulatory protein YehT  31.76 
 
 		 239 aa  142  6e-33  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0898  two component transcriptional regulator, LytTR family  32.81 
 
 		 265 aa  141  9e-33  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_0252  two-component response regulator  33.47 
 
 		 246 aa  141  9.999999999999999e-33  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_0246  two-component response regulator  33.47 
 
 		 246 aa  141  9.999999999999999e-33  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0224  putative two-component response-regulatory protein YehT  33.87 
 
 		 237 aa  141  9.999999999999999e-33  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_10420  two component transcriptional regulator, LytTR family  32.41 
 
 		 253 aa  140  1.9999999999999998e-32  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000460621  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_3170  putative two-component response-regulatory protein YehT  31.47 
 
 		 239 aa  140  1.9999999999999998e-32  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_0137  two component transcriptional regulator, LytTR family  34.4 
 
 		 237 aa  140  1.9999999999999998e-32  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4564  LytTR family two component transcriptional regulator  32.08 
 
 		 233 aa  140  1.9999999999999998e-32  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.0221995  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2397  putative two-component response-regulatory protein YehT  31.76 
 
 		 239 aa  140  3e-32  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.423362  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2505  putative two-component response-regulatory protein YehT  31.76 
 
 		 239 aa  140  3e-32  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2348  putative two-component response-regulatory protein YehT  31.76 
 
 		 239 aa  140  3e-32  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2304  putative two-component response-regulatory protein YehT  31.76 
 
 		 239 aa  140  3e-32  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2393  putative two-component response-regulatory protein YehT  31.76 
 
 		 239 aa  140  3e-32  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2906  two component transcriptional regulator, LytTR family  34.25 
 
 		 245 aa  139  4.999999999999999e-32  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3790  two component transcriptional regulator, LytTR family  32.64 
 
 		 240 aa  139  4.999999999999999e-32  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.540237  normal  0.0384587 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1130  putative two-component response-regulatory protein YehT  34.78 
 
 		 238 aa  139  4.999999999999999e-32  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_00400  response regulator of the LytR/AlgR family  33.2 
 
 		 237 aa  139  6e-32  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  0.132657  normal  1 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1318  putative two-component response-regulatory protein YehT  31.45 
 
 		 238 aa  138  7.999999999999999e-32  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3149  putative two-component response-regulatory protein YehT  34.78 
 
 		 238 aa  138  1e-31  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_3062  putative two-component response-regulatory protein YehT  31.08 
 
 		 239 aa  137  1e-31  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0959  putative two-component response-regulatory protein YehT  31.75 
 
 		 241 aa  137  2e-31  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.606019  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2434  putative two-component response-regulatory protein YehT  31.45 
 
 		 236 aa  137  2e-31  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.318628  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_5303  two component transcriptional regulator, LytTR family  33.74 
 
 		 261 aa  137  2e-31  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.153649 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3124  LytTr DNA-binding region  32.88 
 
 		 244 aa  137  2e-31  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1281  putative two-component response-regulatory protein YehT  30.24 
 
 		 236 aa  136  4e-31  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.155887  normal  0.0159688 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_1527  LytTR family two component transcriptional regulator  32.64 
 
 		 246 aa  135  6.0000000000000005e-31  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.109257  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2432  putative two-component response-regulatory protein YehT  31.98 
 
 		 236 aa  135  8e-31  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  decreased coverage  0.0000158974  hitchhiker  0.00361478 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2133  two component transcriptional regulator, LytTR family  30.32 
 
 		 256 aa  135  8e-31  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.926336  normal  0.829991 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2329  putative two-component response-regulatory protein YehT  31.45 
 
 		 236 aa  134  9e-31  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.0108361  normal  0.9097 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1279  two component transcriptional regulator, LytTR family  29.83 
 
 		 248 aa  134  9.999999999999999e-31  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.111911  normal  0.254446 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>