More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Cpin_5230 on replicon NC_013132
Organism: Chitinophaga pinensis DSM 2588



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013132  Cpin_5230  two component transcriptional regulator, LytTR family  100 
 
 		 244 aa  503  1e-141  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.236835  normal  0.031416 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1844  two component transcriptional regulator, LytTR family  41.81 
 
 		 236 aa  200  1.9999999999999998e-50  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0826  two component transcriptional regulator, LytTR family  42.92 
 
 		 235 aa  193  2e-48  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.398179  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5598  two component transcriptional regulator, LytTR family  39.34 
 
 		 237 aa  188  5.999999999999999e-47  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  hitchhiker  0.0000105391  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4524  two component transcriptional regulator, LytTR family  36.91 
 
 		 240 aa  182  4.0000000000000006e-45  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  hitchhiker  0.00000306542  normal  0.871136 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4084  two component transcriptional regulator, LytTR family  41.03 
 
 		 244 aa  179  4.999999999999999e-44  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.445273  normal  0.0209217 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4564  LytTR family two component transcriptional regulator  37.29 
 
 		 233 aa  178  8e-44  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.0221995  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_5303  two component transcriptional regulator, LytTR family  38.65 
 
 		 261 aa  177  2e-43  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.153649 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3628  two component transcriptional regulator, LytTR family  39.57 
 
 		 235 aa  174  9.999999999999999e-43  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.0184746 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3396  two component transcriptional regulator, LytTR family  38.49 
 
 		 243 aa  172  3.9999999999999995e-42  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.655263 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3790  two component transcriptional regulator, LytTR family  35.59 
 
 		 240 aa  171  1e-41  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.540237  normal  0.0384587 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4710  two component transcriptional regulator, LytTR family  36.99 
 
 		 254 aa  170  2e-41  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_2575  two-component response regulator  33.47 
 
 		 241 aa  169  4e-41  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0764  two component transcriptional regulator, LytTR family  36.17 
 
 		 245 aa  169  5e-41  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.626213 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5383  two component transcriptional regulator, LytTR family  34.73 
 
 		 235 aa  167  1e-40  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_5028  LytTR family two component transcriptional regulator  35.65 
 
 		 237 aa  167  1e-40  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.967214  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3926  two component transcriptional regulator, LytTR family  36.69 
 
 		 237 aa  167  1e-40  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.566728 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0904  two component transcriptional regulator, LytTR family  34.91 
 
 		 249 aa  167  2e-40  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.911747  normal  0.38362 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1841  response regulator receiver  35.98 
 
 		 245 aa  166  2.9999999999999998e-40  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000216203 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3175  two component transcriptional regulator, LytTR family  35.97 
 
 		 250 aa  165  5.9999999999999996e-40  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_5133  two component transcriptional regulator, LytTR family  37.61 
 
 		 227 aa  164  1.0000000000000001e-39  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.983168 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0217  LytTr DNA-binding region  36.13 
 
 		 250 aa  164  2.0000000000000002e-39  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  0.630653 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4282  LytTR family two component transcriptional regulator  38.36 
 
 		 232 aa  162  3e-39  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.442781  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2133  two component transcriptional regulator, LytTR family  34.43 
 
 		 256 aa  163  3e-39  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.926336  normal  0.829991 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_3280  two component transcriptional regulator, LytTR family  36.82 
 
 		 245 aa  162  4.0000000000000004e-39  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0588  response regulator receiver  37.28 
 
 		 227 aa  161  1e-38  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1679  LytTR family two component transcriptional regulator  35.32 
 
 		 238 aa  161  1e-38  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4134  LytTR family two component transcriptional regulator  33.33 
 
 		 243 aa  160  2e-38  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.291369  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_04910  two-component system response regulator  33.61 
 
 		 236 aa  159  5e-38  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.981835  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_5300  two component transcriptional regulator, LytTR family  38.06 
 
 		 241 aa  157  2e-37  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.0290142 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0733  two component transcriptional regulator, LytTR family  36.17 
 
 		 243 aa  157  2e-37  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0330  two component transcriptional regulator, LytTR family  35.66 
 
 		 254 aa  155  4e-37  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.489053 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_2030  LytTR family two component transcriptional regulator  35.86 
 
 		 237 aa  155  4e-37  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_6424  two component transcriptional regulator, LytTR family  35.42 
 
 		 250 aa  155  7e-37  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.529726  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3124  LytTr DNA-binding region  35.42 
 
 		 244 aa  154  1e-36  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1723  two component transcriptional regulator, LytTR family  36.75 
 
 		 232 aa  154  1e-36  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_2165  LytTR family two component transcriptional regulator  37.02 
 
 		 235 aa  154  1e-36  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.0607611  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_0991  LytTR family two component transcriptional regulator  37.77 
 
 		 229 aa  153  2e-36  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2791  two component transcriptional regulator, LytTR family  35.22 
 
 		 224 aa  152  7e-36  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.0891261 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0597  two component transcriptional regulator, LytTR family  32.65 
 
 		 242 aa  150  2e-35  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.0722811 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_5358  two component transcriptional regulator, LytTR family  33.05 
 
 		 235 aa  150  2e-35  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6586  two component transcriptional regulator, LytTR family  33.47 
 
 		 246 aa  150  3e-35  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.318104  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0421  two component transcriptional regulator, LytTR family  37.5 
 
 		 227 aa  149  5e-35  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4010  two component transcriptional regulator, LytTR family  34.91 
 
 		 231 aa  149  5e-35  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.0569074  decreased coverage  0.00157623 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_7298  two component transcriptional regulator, LytTR family  34.17 
 
 		 230 aa  148  7e-35  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3968  LytTR family two component transcriptional regulator  32.61 
 
 		 229 aa  148  9e-35  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.0978404  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3913  LytTR family two component transcriptional regulator  32.95 
 
 		 268 aa  144  1e-33  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.316099  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2060  two component transcriptional regulator, LytTR family  32.47 
 
 		 240 aa  144  1e-33  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013733  Slin_6983  two component transcriptional regulator, LytTR family  33.19 
 
 		 230 aa  142  4e-33  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.659349  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3291  LytR/AlgR family transcriptional regulator  32.28 
 
 		 258 aa  141  8e-33  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.393667  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2242  two component transcriptional regulator, LytTR family  32.65 
 
 		 244 aa  141  9.999999999999999e-33  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2329  LytTR family two component transcriptional regulator  33.06 
 
 		 255 aa  140  1.9999999999999998e-32  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.0531557  decreased coverage  0.00207881 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1834  LytTR family two component transcriptional regulator  29.96 
 
 		 237 aa  140  1.9999999999999998e-32  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5161  two component transcriptional regulator, LytTR family  36.6 
 
 		 248 aa  139  3e-32  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.185153  hitchhiker  0.000735465 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_0704  LytTR family two component transcriptional regulator  33.82 
 
 		 276 aa  139  4.999999999999999e-32  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  0.674394 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3483  LytTR family two component transcriptional regulator  34.6 
 
 		 231 aa  135  6.0000000000000005e-31  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.630225  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_6269  two component transcriptional regulator, LytTR family  34.05 
 
 		 228 aa  132  5e-30  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_1645  two component transcriptional regulator, LytTR family  32.33 
 
 		 232 aa  132  6e-30  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1542  LytTr DNA-binding region  30.74 
 
 		 245 aa  132  6e-30  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  0.300206 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2328  LytTR family two component transcriptional regulator  31.85 
 
 		 255 aa  132  6.999999999999999e-30  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.261765  decreased coverage  0.00199939 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1177  two component transcriptional regulator, LytTR family  33.48 
 
 		 231 aa  131  1.0000000000000001e-29  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0577  two component transcriptional regulator, LytTR family  31.14 
 
 		 231 aa  130  1.0000000000000001e-29  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_11553  two-component system response regulator  28.57 
 
 		 237 aa  131  1.0000000000000001e-29  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1345  LytTR family two component transcriptional regulator  32 
 
 		 234 aa  130  3e-29  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_6125  two component transcriptional regulator, LytTR family  26.69 
 
 		 238 aa  125  5e-28  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_1220  two component transcriptional regulator, LytTR family  33.2 
 
 		 238 aa  125  6e-28  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  0.132093  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_4189  LytTr DNA-binding region  29 
 
 		 231 aa  123  2e-27  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  0.537023 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2172  LytR/AlgR family transcriptional regulator  32.4 
 
 		 252 aa  122  4e-27  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.0721488  normal  0.0255714 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3838  LytR/AlgR family transcriptional regulator  29.92 
 
 		 254 aa  122  6e-27  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  0.479778 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1860  two component transcriptional regulator, LytTR family  30.74 
 
 		 266 aa  120  1.9999999999999998e-26  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_0067  LytTR family two component transcriptional regulator  28.74 
 
 		 268 aa  120  1.9999999999999998e-26  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.169577  normal  0.169612 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3159  response regulator receiver  29.74 
 
 		 242 aa  120  1.9999999999999998e-26  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3733  response regulator receiver domain-containing protein  30.4 
 
 		 249 aa  120  3e-26  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  0.766169 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3487  LytR/AlgR family transcriptional regulator  30.16 
 
 		 253 aa  120  3e-26  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.76921  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2253  LytTr DNA-binding region  30.67 
 
 		 248 aa  119  4.9999999999999996e-26  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_09968  two-component system response regulator protein  33.05 
 
 		 235 aa  119  6e-26  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0480  response regulator receiver domain-containing protein  27.59 
 
 		 265 aa  118  7e-26  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1548  putative two-component response-regulatory protein YehT  32.53 
 
 		 236 aa  118  7.999999999999999e-26  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.496368  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0190  LytR/AlgR family transcriptional regulator  29.88 
 
 		 244 aa  118  9e-26  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.625509  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0374  two component transcriptional regulator, LytTR family  29.87 
 
 		 242 aa  118  9.999999999999999e-26  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1819  LytTr DNA-binding response regulator  29.46 
 
 		 260 aa  116  3e-25  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.148301  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01918  putative response regulator in two-component regulatory system  26.79 
 
 		 275 aa  116  3.9999999999999997e-25  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.159199  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1004  two component transcriptional regulator, LytTR family  29.57 
 
 		 257 aa  115  5e-25  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  decreased coverage  0.00878343  normal  0.279198 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2906  two component transcriptional regulator, LytTR family  30.33 
 
 		 245 aa  115  5e-25  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0114  LytTR family two component transcriptional regulator  32.38 
 
 		 226 aa  115  6.9999999999999995e-25  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  0.310837  n/a   
 
 
-
 
NC_013731  Slin_6669  two component transcriptional regulator, LytTR family  31.38 
 
 		 242 aa  115  6.9999999999999995e-25  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5278  two component transcriptional regulator, LytTR family  31.62 
 
 		 281 aa  114  1.0000000000000001e-24  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.415246  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_5142  two component transcriptional regulator, LytTR family  29.44 
 
 		 244 aa  114  1.0000000000000001e-24  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.546377  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1113  LytR/AlgR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 256 aa  114  2.0000000000000002e-24  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.45992  normal  0.29087 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4801  two component transcriptional regulator, LytTR family  30.24 
 
 		 240 aa  114  2.0000000000000002e-24  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.154299  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2434  putative two-component response-regulatory protein YehT  29.96 
 
 		 236 aa  113  3e-24  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.318628  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5734  two component transcriptional regulator, LytTR family  29.46 
 
 		 257 aa  113  4.0000000000000004e-24  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4382  LytTR family two component transcriptional regulator  26.3 
 
 		 273 aa  111  8.000000000000001e-24  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0031  response regulator receiver protein  30.89 
 
 		 243 aa  111  1.0000000000000001e-23  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2278  LytTr DNA-binding response regulator  29.03 
 
 		 280 aa  110  1.0000000000000001e-23  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.421967  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_0068  two component transcriptional regulator, LytTR family  29.46 
 
 		 244 aa  109  3e-23  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  decreased coverage  0.00288448  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0227  LytR/AlgR family transcriptional regulator  26.54 
 
 		 265 aa  109  3e-23  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.312706  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2697  LytR/AlgR family transcriptional regulator  34.11 
 
 		 240 aa  109  5e-23  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1502  two component transcriptional regulator, LytTR family  30.92 
 
 		 254 aa  108  8.000000000000001e-23  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.192215 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2385  response regulator receiver protein  26.47 
 
 		 272 aa  108  9.000000000000001e-23  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>