More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Phep_2253 on replicon NC_013061
Organism: Pedobacter heparinus DSM 2366



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013061  Phep_2253  LytTr DNA-binding region  100 
 
 		 248 aa  505  9.999999999999999e-143  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1047  LytTr DNA-binding region  38.3 
 
 		 241 aa  181  1e-44  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.791092  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3396  two component transcriptional regulator, LytTR family  39.15 
 
 		 243 aa  165  8e-40  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.655263 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_2165  LytTR family two component transcriptional regulator  35.74 
 
 		 235 aa  147  1.0000000000000001e-34  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.0607611  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3968  LytTR family two component transcriptional regulator  36.28 
 
 		 229 aa  145  6e-34  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.0978404  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_2575  two-component response regulator  37.3 
 
 		 241 aa  142  5e-33  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3926  two component transcriptional regulator, LytTR family  33.47 
 
 		 237 aa  142  6e-33  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.566728 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1844  two component transcriptional regulator, LytTR family  31.95 
 
 		 236 aa  140  3e-32  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4134  LytTR family two component transcriptional regulator  33.2 
 
 		 243 aa  137  1e-31  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.291369  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4010  two component transcriptional regulator, LytTR family  33.63 
 
 		 231 aa  135  7.000000000000001e-31  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.0569074  decreased coverage  0.00157623 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0217  LytTr DNA-binding region  30.65 
 
 		 250 aa  134  9.999999999999999e-31  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  0.630653 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4084  two component transcriptional regulator, LytTR family  33.74 
 
 		 244 aa  134  1.9999999999999998e-30  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.445273  normal  0.0209217 
 
 
-
 
NC_013731  Slin_6669  two component transcriptional regulator, LytTR family  35.92 
 
 		 242 aa  133  3e-30  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5161  two component transcriptional regulator, LytTR family  35.22 
 
 		 248 aa  132  5e-30  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.185153  hitchhiker  0.000735465 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0733  two component transcriptional regulator, LytTR family  32.19 
 
 		 243 aa  130  2.0000000000000002e-29  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0904  two component transcriptional regulator, LytTR family  31.95 
 
 		 249 aa  130  2.0000000000000002e-29  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.911747  normal  0.38362 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_04910  two-component system response regulator  33.47 
 
 		 236 aa  130  2.0000000000000002e-29  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.981835  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_6269  two component transcriptional regulator, LytTR family  32.62 
 
 		 228 aa  128  7.000000000000001e-29  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4710  two component transcriptional regulator, LytTR family  30.98 
 
 		 254 aa  128  8.000000000000001e-29  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1723  two component transcriptional regulator, LytTR family  32.49 
 
 		 232 aa  127  1.0000000000000001e-28  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0597  two component transcriptional regulator, LytTR family  30.33 
 
 		 242 aa  126  3e-28  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.0722811 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5598  two component transcriptional regulator, LytTR family  29.74 
 
 		 237 aa  126  3e-28  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  hitchhiker  0.0000105391  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_3280  two component transcriptional regulator, LytTR family  33.33 
 
 		 245 aa  125  5e-28  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3175  two component transcriptional regulator, LytTR family  31.1 
 
 		 250 aa  125  6e-28  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_5303  two component transcriptional regulator, LytTR family  28.35 
 
 		 261 aa  125  7e-28  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.153649 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_5300  two component transcriptional regulator, LytTR family  31.2 
 
 		 241 aa  125  8.000000000000001e-28  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.0290142 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_5133  two component transcriptional regulator, LytTR family  32.76 
 
 		 227 aa  125  9e-28  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.983168 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1679  LytTR family two component transcriptional regulator  31.25 
 
 		 238 aa  123  2e-27  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3628  two component transcriptional regulator, LytTR family  34.21 
 
 		 235 aa  122  4e-27  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.0184746 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4564  LytTR family two component transcriptional regulator  30.74 
 
 		 233 aa  122  6e-27  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.0221995  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3124  LytTr DNA-binding region  32.11 
 
 		 244 aa  121  8e-27  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0826  two component transcriptional regulator, LytTR family  29.54 
 
 		 235 aa  121  9.999999999999999e-27  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.398179  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4524  two component transcriptional regulator, LytTR family  30.77 
 
 		 240 aa  119  3e-26  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  hitchhiker  0.00000306542  normal  0.871136 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_2030  LytTR family two component transcriptional regulator  29.39 
 
 		 237 aa  119  3.9999999999999996e-26  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1177  two component transcriptional regulator, LytTR family  31.74 
 
 		 231 aa  119  4.9999999999999996e-26  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5230  two component transcriptional regulator, LytTR family  30.67 
 
 		 244 aa  119  4.9999999999999996e-26  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.236835  normal  0.031416 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4282  LytTR family two component transcriptional regulator  30.34 
 
 		 232 aa  116  3e-25  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.442781  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0330  two component transcriptional regulator, LytTR family  31.37 
 
 		 254 aa  115  5e-25  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.489053 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_5358  two component transcriptional regulator, LytTR family  32.35 
 
 		 235 aa  115  8.999999999999998e-25  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_4189  LytTr DNA-binding region  30.84 
 
 		 231 aa  115  8.999999999999998e-25  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  0.537023 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1149  response regulator receiver protein  28.94 
 
 		 239 aa  114  1.0000000000000001e-24  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5383  two component transcriptional regulator, LytTR family  32.48 
 
 		 235 aa  113  2.0000000000000002e-24  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_0991  LytTR family two component transcriptional regulator  29.57 
 
 		 229 aa  113  2.0000000000000002e-24  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2242  two component transcriptional regulator, LytTR family  29.39 
 
 		 244 aa  113  3e-24  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013733  Slin_6983  two component transcriptional regulator, LytTR family  28.51 
 
 		 230 aa  113  3e-24  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.659349  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2060  two component transcriptional regulator, LytTR family  29.27 
 
 		 240 aa  112  4.0000000000000004e-24  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0764  two component transcriptional regulator, LytTR family  31.73 
 
 		 245 aa  112  4.0000000000000004e-24  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.626213 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0421  two component transcriptional regulator, LytTR family  30.8 
 
 		 227 aa  111  9e-24  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_1645  two component transcriptional regulator, LytTR family  29.71 
 
 		 232 aa  109  3e-23  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_5028  LytTR family two component transcriptional regulator  28.7 
 
 		 237 aa  109  4.0000000000000004e-23  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.967214  n/a   
 
 
-
 
NC_013162  Coch_1220  two component transcriptional regulator, LytTR family  33.05 
 
 		 238 aa  108  6e-23  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  0.132093  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2791  two component transcriptional regulator, LytTR family  28.12 
 
 		 224 aa  108  6e-23  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.0891261 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2133  two component transcriptional regulator, LytTR family  26.88 
 
 		 256 aa  108  7.000000000000001e-23  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.926336  normal  0.829991 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1841  response regulator receiver  29.34 
 
 		 245 aa  107  2e-22  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000216203 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_0357  response regulator receiver  28.02 
 
 		 249 aa  107  2e-22  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_4129  two component transcriptional regulator, LytTR family  26.67 
 
 		 271 aa  106  3e-22  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0577  two component transcriptional regulator, LytTR family  29.51 
 
 		 231 aa  104  2e-21  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_6125  two component transcriptional regulator, LytTR family  25.99 
 
 		 238 aa  103  3e-21  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_7298  two component transcriptional regulator, LytTR family  29.6 
 
 		 230 aa  103  3e-21  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0588  response regulator receiver  30.25 
 
 		 227 aa  102  5e-21  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3172  two component transcriptional regulator, LytTR family  26.54 
 
 		 258 aa  102  6e-21  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  decreased coverage  0.00901875  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2858  response regulator receiver  24.27 
 
 		 264 aa  102  8e-21  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_2762  response regulator receiver protein  28.57 
 
 		 254 aa  100  2e-20  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.330347  normal  0.784413 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3790  two component transcriptional regulator, LytTR family  26.81 
 
 		 240 aa  100  2e-20  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.540237  normal  0.0384587 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_4494  LytTr DNA-binding region  25.42 
 
 		 250 aa  97.8  1e-19  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.0706486  normal  0.304613 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3900  response regulator receiver domain-containing protein  30.83 
 
 		 261 aa  97.1  2e-19  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_4051  response regulator receiver protein  26.34 
 
 		 269 aa  97.4  2e-19  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.243327  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_4126  response regulator receiver protein  26.34 
 
 		 269 aa  97.4  2e-19  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.217512  normal  0.408771 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1345  LytTR family two component transcriptional regulator  28.77 
 
 		 234 aa  97.4  2e-19  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3483  LytTR family two component transcriptional regulator  30.35 
 
 		 231 aa  97.1  2e-19  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.630225  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2133  LytTR family two component transcriptional regulator  25 
 
 		 248 aa  96.7  3e-19  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.565653  normal  1 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_5008  LytTR family two component transcriptional regulator  24.07 
 
 		 250 aa  96.3  4e-19  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.135227  hitchhiker  0.0000288771 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_4280  response regulator receiver protein  26.34 
 
 		 269 aa  95.9  5e-19  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_0068  two component transcriptional regulator, LytTR family  24.79 
 
 		 244 aa  95.1  1e-18  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  decreased coverage  0.00288448  normal  1 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2328  LytTR family two component transcriptional regulator  28.11 
 
 		 255 aa  94.7  1e-18  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.261765  decreased coverage  0.00199939 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3408  LytTr DNA-binding region  31.15 
 
 		 240 aa  94  2e-18  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.111489  normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_4560  response regulator receiver protein  26.42 
 
 		 269 aa  94.4  2e-18  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  0.850639 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_12140  response regulator of the LytR/AlgR family  24.8 
 
 		 255 aa  94.4  2e-18  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4495  LytTR family two component transcriptional regulator  27.39 
 
 		 245 aa  93.2  3e-18  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.17015 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_0704  LytTR family two component transcriptional regulator  26.28 
 
 		 276 aa  93.6  3e-18  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  0.674394 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1834  LytTR family two component transcriptional regulator  29.2 
 
 		 237 aa  93.6  3e-18  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1542  LytTr DNA-binding region  29.63 
 
 		 245 aa  92  8e-18  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  0.300206 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5278  two component transcriptional regulator, LytTR family  23.25 
 
 		 281 aa  91.7  9e-18  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.415246  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2329  LytTR family two component transcriptional regulator  26.38 
 
 		 255 aa  91.7  1e-17  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.0531557  decreased coverage  0.00207881 
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0114  LytTR family two component transcriptional regulator  28.07 
 
 		 226 aa  90.5  2e-17  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  0.310837  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0119  response regulator receiver protein  30.43 
 
 		 249 aa  90.5  2e-17  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01918  putative response regulator in two-component regulatory system  27.38 
 
 		 275 aa  90.9  2e-17  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.159199  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_5142  two component transcriptional regulator, LytTR family  29.32 
 
 		 244 aa  90.5  2e-17  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.546377  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3838  LytR/AlgR family transcriptional regulator  29.17 
 
 		 254 aa  90.1  3e-17  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  0.479778 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_0699  response regulator receiver  25.47 
 
 		 275 aa  90.1  3e-17  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1004  two component transcriptional regulator, LytTR family  30.04 
 
 		 257 aa  89.7  4e-17  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  decreased coverage  0.00878343  normal  0.279198 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4382  LytTR family two component transcriptional regulator  30.13 
 
 		 273 aa  89.7  4e-17  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_0254  response regulator  27.82 
 
 		 251 aa  89.7  4e-17  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.437869  normal  1 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_2143  response regulator receiver protein  26.44 
 
 		 265 aa  89.7  4e-17  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.390763  normal  0.164671 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_6324  response regulator receiver protein  24.8 
 
 		 253 aa  89  6e-17  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.48372 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1479  putative two-component response-regulatory protein YehT  30 
 
 		 236 aa  89  7e-17  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.0100477  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1151  response regulator receiver protein  26.3 
 
 		 276 aa  89  7e-17  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_09968  two-component system response regulator protein  30.25 
 
 		 235 aa  88.6  8e-17  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6586  two component transcriptional regulator, LytTR family  28.31 
 
 		 246 aa  88.2  1e-16  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.318104  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3487  LytR/AlgR family transcriptional regulator  28.31 
 
 		 253 aa  88.2  1e-16  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.76921  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>