More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Cpin_7298 on replicon NC_013132
Organism: Chitinophaga pinensis DSM 2588



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013132  Cpin_7298  two component transcriptional regulator, LytTR family  100 
 
 		 230 aa  466  9.999999999999999e-131  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0588  response regulator receiver  53.39 
 
 		 227 aa  257  1e-67  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_5133  two component transcriptional regulator, LytTR family  48.18 
 
 		 227 aa  214  8e-55  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.983168 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1844  two component transcriptional regulator, LytTR family  43.5 
 
 		 236 aa  190  2e-47  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_2575  two-component response regulator  39.57 
 
 		 241 aa  185  4e-46  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5598  two component transcriptional regulator, LytTR family  39.15 
 
 		 237 aa  185  6e-46  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  hitchhiker  0.0000105391  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3124  LytTr DNA-binding region  40.43 
 
 		 244 aa  173  1.9999999999999998e-42  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0421  two component transcriptional regulator, LytTR family  40.27 
 
 		 227 aa  170  1e-41  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_3280  two component transcriptional regulator, LytTR family  38.4 
 
 		 245 aa  168  7e-41  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2242  two component transcriptional regulator, LytTR family  40.33 
 
 		 244 aa  168  8e-41  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4134  LytTR family two component transcriptional regulator  40.26 
 
 		 243 aa  167  1e-40  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.291369  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0217  LytTr DNA-binding region  38.3 
 
 		 250 aa  167  2e-40  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  0.630653 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1841  response regulator receiver  38.17 
 
 		 245 aa  166  2.9999999999999998e-40  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000216203 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0764  two component transcriptional regulator, LytTR family  37.66 
 
 		 245 aa  166  2.9999999999999998e-40  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.626213 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1177  two component transcriptional regulator, LytTR family  38.67 
 
 		 231 aa  165  5e-40  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_5300  two component transcriptional regulator, LytTR family  37.93 
 
 		 241 aa  164  9e-40  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.0290142 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0597  two component transcriptional regulator, LytTR family  36.51 
 
 		 242 aa  162  3e-39  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.0722811 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1723  two component transcriptional regulator, LytTR family  39.19 
 
 		 232 aa  159  2e-38  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0330  two component transcriptional regulator, LytTR family  38.8 
 
 		 254 aa  155  5.0000000000000005e-37  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.489053 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_2165  LytTR family two component transcriptional regulator  36.28 
 
 		 235 aa  154  1e-36  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.0607611  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4524  two component transcriptional regulator, LytTR family  36.84 
 
 		 240 aa  153  2e-36  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  hitchhiker  0.00000306542  normal  0.871136 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5383  two component transcriptional regulator, LytTR family  35.34 
 
 		 235 aa  152  4e-36  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3790  two component transcriptional regulator, LytTR family  37.23 
 
 		 240 aa  152  4e-36  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.540237  normal  0.0384587 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3926  two component transcriptional regulator, LytTR family  36.96 
 
 		 237 aa  152  5.9999999999999996e-36  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.566728 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_0991  LytTR family two component transcriptional regulator  36.16 
 
 		 229 aa  151  7e-36  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3175  two component transcriptional regulator, LytTR family  35 
 
 		 250 aa  150  2e-35  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5230  two component transcriptional regulator, LytTR family  34.17 
 
 		 244 aa  148  6e-35  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.236835  normal  0.031416 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_1220  two component transcriptional regulator, LytTR family  35.4 
 
 		 238 aa  148  7e-35  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  0.132093  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_04910  two-component system response regulator  38.33 
 
 		 236 aa  148  8e-35  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.981835  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3628  two component transcriptional regulator, LytTR family  38.53 
 
 		 235 aa  148  8e-35  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.0184746 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0826  two component transcriptional regulator, LytTR family  33.92 
 
 		 235 aa  147  1.0000000000000001e-34  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.398179  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2060  two component transcriptional regulator, LytTR family  34.82 
 
 		 240 aa  147  1.0000000000000001e-34  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4084  two component transcriptional regulator, LytTR family  34.38 
 
 		 244 aa  145  6e-34  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.445273  normal  0.0209217 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_5028  LytTR family two component transcriptional regulator  36.36 
 
 		 237 aa  145  7.0000000000000006e-34  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.967214  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4010  two component transcriptional regulator, LytTR family  37.17 
 
 		 231 aa  144  1e-33  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.0569074  decreased coverage  0.00157623 
 
 
-
 
NC_013731  Slin_6669  two component transcriptional regulator, LytTR family  35.37 
 
 		 242 aa  144  1e-33  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4282  LytTR family two component transcriptional regulator  36.07 
 
 		 232 aa  144  1e-33  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.442781  n/a   
 
 
-
 
NC_013162  Coch_1645  two component transcriptional regulator, LytTR family  36.32 
 
 		 232 aa  143  3e-33  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4564  LytTR family two component transcriptional regulator  33.19 
 
 		 233 aa  142  4e-33  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.0221995  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_2030  LytTR family two component transcriptional regulator  32.59 
 
 		 237 aa  142  5e-33  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3396  two component transcriptional regulator, LytTR family  36.16 
 
 		 243 aa  141  7e-33  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.655263 
 
 
-
 
NC_013733  Slin_6983  two component transcriptional regulator, LytTR family  35.75 
 
 		 230 aa  141  9.999999999999999e-33  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.659349  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3968  LytTR family two component transcriptional regulator  34.55 
 
 		 229 aa  139  3.9999999999999997e-32  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.0978404  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1679  LytTR family two component transcriptional regulator  32.05 
 
 		 238 aa  139  4.999999999999999e-32  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_5358  two component transcriptional regulator, LytTR family  32.91 
 
 		 235 aa  137  2e-31  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_4189  LytTr DNA-binding region  34.09 
 
 		 231 aa  134  1.9999999999999998e-30  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  0.537023 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2791  two component transcriptional regulator, LytTR family  33.48 
 
 		 224 aa  133  3e-30  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.0891261 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4710  two component transcriptional regulator, LytTR family  33.33 
 
 		 254 aa  132  3.9999999999999996e-30  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5161  two component transcriptional regulator, LytTR family  36.6 
 
 		 248 aa  132  3.9999999999999996e-30  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.185153  hitchhiker  0.000735465 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0733  two component transcriptional regulator, LytTR family  33.77 
 
 		 243 aa  132  3.9999999999999996e-30  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6586  two component transcriptional regulator, LytTR family  34.91 
 
 		 246 aa  130  1.0000000000000001e-29  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.318104  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0577  two component transcriptional regulator, LytTR family  31.86 
 
 		 231 aa  129  5.0000000000000004e-29  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1345  LytTR family two component transcriptional regulator  35.07 
 
 		 234 aa  127  2.0000000000000002e-28  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0904  two component transcriptional regulator, LytTR family  30.17 
 
 		 249 aa  125  5e-28  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.911747  normal  0.38362 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_5303  two component transcriptional regulator, LytTR family  33.88 
 
 		 261 aa  124  1e-27  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.153649 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_11553  two-component system response regulator  30.22 
 
 		 237 aa  123  2e-27  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2133  two component transcriptional regulator, LytTR family  31.85 
 
 		 256 aa  122  4e-27  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.926336  normal  0.829991 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2697  LytR/AlgR family transcriptional regulator  35.68 
 
 		 240 aa  118  6e-26  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0480  response regulator receiver domain-containing protein  32.59 
 
 		 265 aa  117  9.999999999999999e-26  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3483  LytTR family two component transcriptional regulator  31.02 
 
 		 231 aa  117  1.9999999999999998e-25  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.630225  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1834  LytTR family two component transcriptional regulator  34.21 
 
 		 237 aa  116  3e-25  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_0067  LytTR family two component transcriptional regulator  31.47 
 
 		 268 aa  115  3.9999999999999997e-25  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.169577  normal  0.169612 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2172  LytR/AlgR family transcriptional regulator  33.49 
 
 		 252 aa  115  7.999999999999999e-25  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.0721488  normal  0.0255714 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_6269  two component transcriptional regulator, LytTR family  32.59 
 
 		 228 aa  114  8.999999999999998e-25  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_0704  LytTR family two component transcriptional regulator  31.82 
 
 		 276 aa  112  4.0000000000000004e-24  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  0.674394 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3000  response regulator receiver domain-containing protein  38.38 
 
 		 229 aa  111  8.000000000000001e-24  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000248508 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0374  two component transcriptional regulator, LytTR family  36.89 
 
 		 242 aa  111  1.0000000000000001e-23  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3670  LytR/AlgR family transcriptional regulator  33.65 
 
 		 246 aa  111  1.0000000000000001e-23  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0387  response regulator  33.48 
 
 		 261 aa  109  3e-23  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_07024  transcriptional regulator  30.45 
 
 		 263 aa  109  4.0000000000000004e-23  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1542  LytTr DNA-binding region  30.28 
 
 		 245 aa  108  5e-23  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  0.300206 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3913  LytTR family two component transcriptional regulator  30.64 
 
 		 268 aa  108  6e-23  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.316099  normal  1 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000974  response regulator of the LytR/AlgR family  30.36 
 
 		 263 aa  108  6e-23  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.728867  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_5142  two component transcriptional regulator, LytTR family  27.73 
 
 		 244 aa  108  9.000000000000001e-23  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.546377  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5734  two component transcriptional regulator, LytTR family  30.37 
 
 		 257 aa  107  1e-22  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3159  response regulator receiver  27.71 
 
 		 242 aa  107  2e-22  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_6424  two component transcriptional regulator, LytTR family  28.51 
 
 		 250 aa  107  2e-22  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.529726  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3487  LytR/AlgR family transcriptional regulator  28.64 
 
 		 253 aa  106  3e-22  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.76921  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0420  LytR/AlgR family transcriptional regulator  31.67 
 
 		 317 aa  106  4e-22  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.0328897  normal  0.0302219 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A2603  response regulator  34.43 
 
 		 243 aa  104  1e-21  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0421  two component transcriptional regulator, LytTR family  32.73 
 
 		 256 aa  104  1e-21  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  0.268274 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4846  LytTR family two component transcriptional regulator  31.17 
 
 		 246 aa  104  1e-21  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.568582  normal  1 
 
 
-
 
NC_013203  Apar_1323  two component transcriptional regulator, LytTR family  32.68 
 
 		 237 aa  103  2e-21  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  0.0540721  normal  0.0273831 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0227  LytR/AlgR family transcriptional regulator  29.49 
 
 		 265 aa  103  2e-21  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.312706  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2253  LytTr DNA-binding region  29.6 
 
 		 248 aa  103  3e-21  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2533  response regulator  30.41 
 
 		 244 aa  102  6e-21  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0055  LytTR family two component transcriptional regulator  32.23 
 
 		 243 aa  102  7e-21  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.868518  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_02291  predicted response regulator in two-component system withYpdA  30.41 
 
 		 244 aa  102  7e-21  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1276  two component transcriptional regulator, LytTR family  30.41 
 
 		 244 aa  102  7e-21  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.435037  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2750  response regulator  30.41 
 
 		 244 aa  102  7e-21  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2518  response regulator  30.41 
 
 		 244 aa  102  7e-21  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3613  response regulator  30.41 
 
 		 244 aa  102  7e-21  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.560415 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2671  response regulator  30.41 
 
 		 244 aa  102  7e-21  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1288  LytTR family two component transcriptional regulator  30.41 
 
 		 244 aa  102  7e-21  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.524379  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0059  two component transcriptional regulator, LytTR family  32.7 
 
 		 243 aa  101  8e-21  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.182784  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0060  LytTR family two component transcriptional regulator  32.09 
 
 		 243 aa  101  9e-21  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.0478076  hitchhiker  0.000497336 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_4299  LytTR family two component transcriptional regulator  32.09 
 
 		 243 aa  101  9e-21  Shewanella baltica OS155  Bacteria  decreased coverage  0.000001386  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1301  two component transcriptional regulator, LytTR family  27.78 
 
 		 245 aa  101  1e-20  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.39793  normal  0.563324 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1400  response regulator  32.72 
 
 		 243 aa  100  2e-20  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0190  LytR/AlgR family transcriptional regulator  28.64 
 
 		 244 aa  100  2e-20  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.625509  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>