More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Phep_0588 on replicon NC_013061
Organism: Pedobacter heparinus DSM 2366



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013061  Phep_0588  response regulator receiver  100 
 
 		 227 aa  464  9.999999999999999e-131  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_7298  two component transcriptional regulator, LytTR family  53.39 
 
 		 230 aa  257  1e-67  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_5133  two component transcriptional regulator, LytTR family  45.95 
 
 		 227 aa  222  3e-57  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.983168 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1844  two component transcriptional regulator, LytTR family  45.85 
 
 		 236 aa  204  6e-52  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5598  two component transcriptional regulator, LytTR family  42.67 
 
 		 237 aa  199  3.9999999999999996e-50  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  hitchhiker  0.0000105391  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0421  two component transcriptional regulator, LytTR family  43.3 
 
 		 227 aa  196  2.0000000000000003e-49  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1723  two component transcriptional regulator, LytTR family  44.64 
 
 		 232 aa  194  9e-49  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_2575  two-component response regulator  39.38 
 
 		 241 aa  183  2.0000000000000003e-45  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5383  two component transcriptional regulator, LytTR family  39.11 
 
 		 235 aa  183  2.0000000000000003e-45  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2242  two component transcriptional regulator, LytTR family  38.96 
 
 		 244 aa  178  4.999999999999999e-44  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_5358  two component transcriptional regulator, LytTR family  38.16 
 
 		 235 aa  174  9.999999999999999e-43  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1177  two component transcriptional regulator, LytTR family  41.01 
 
 		 231 aa  173  1.9999999999999998e-42  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1679  LytTR family two component transcriptional regulator  37.61 
 
 		 238 aa  167  1e-40  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4524  two component transcriptional regulator, LytTR family  37.78 
 
 		 240 aa  166  4e-40  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  hitchhiker  0.00000306542  normal  0.871136 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4134  LytTR family two component transcriptional regulator  36.56 
 
 		 243 aa  164  6.9999999999999995e-40  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.291369  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_3280  two component transcriptional regulator, LytTR family  37.77 
 
 		 245 aa  164  1.0000000000000001e-39  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4084  two component transcriptional regulator, LytTR family  38.96 
 
 		 244 aa  163  3e-39  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.445273  normal  0.0209217 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3926  two component transcriptional regulator, LytTR family  38.12 
 
 		 237 aa  162  3e-39  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.566728 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3790  two component transcriptional regulator, LytTR family  38.12 
 
 		 240 aa  162  4.0000000000000004e-39  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.540237  normal  0.0384587 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_5300  two component transcriptional regulator, LytTR family  36.68 
 
 		 241 aa  162  4.0000000000000004e-39  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.0290142 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0217  LytTr DNA-binding region  37.5 
 
 		 250 aa  162  4.0000000000000004e-39  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  0.630653 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_5028  LytTR family two component transcriptional regulator  37.99 
 
 		 237 aa  161  7e-39  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.967214  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5230  two component transcriptional regulator, LytTR family  37.28 
 
 		 244 aa  161  8.000000000000001e-39  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.236835  normal  0.031416 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1841  response regulator receiver  38.39 
 
 		 245 aa  160  1e-38  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000216203 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3628  two component transcriptional regulator, LytTR family  38.79 
 
 		 235 aa  159  3e-38  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.0184746 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_04910  two-component system response regulator  38.33 
 
 		 236 aa  156  2e-37  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.981835  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_0991  LytTR family two component transcriptional regulator  36.57 
 
 		 229 aa  157  2e-37  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0597  two component transcriptional regulator, LytTR family  36.44 
 
 		 242 aa  155  6e-37  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.0722811 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3124  LytTr DNA-binding region  36.09 
 
 		 244 aa  155  6e-37  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_1220  two component transcriptional regulator, LytTR family  35.81 
 
 		 238 aa  152  4e-36  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  0.132093  n/a   
 
 
-
 
NC_013733  Slin_6983  two component transcriptional regulator, LytTR family  35.94 
 
 		 230 aa  151  7e-36  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.659349  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0330  two component transcriptional regulator, LytTR family  34.84 
 
 		 254 aa  151  7e-36  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.489053 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3396  two component transcriptional regulator, LytTR family  36.64 
 
 		 243 aa  151  1e-35  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.655263 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0764  two component transcriptional regulator, LytTR family  34.05 
 
 		 245 aa  149  2e-35  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.626213 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_2165  LytTR family two component transcriptional regulator  36.12 
 
 		 235 aa  149  4e-35  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.0607611  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2060  two component transcriptional regulator, LytTR family  37.78 
 
 		 240 aa  148  9e-35  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_2030  LytTR family two component transcriptional regulator  35.75 
 
 		 237 aa  145  4.0000000000000006e-34  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0826  two component transcriptional regulator, LytTR family  34.2 
 
 		 235 aa  145  6e-34  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.398179  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2791  two component transcriptional regulator, LytTR family  34.07 
 
 		 224 aa  144  9e-34  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.0891261 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0577  two component transcriptional regulator, LytTR family  34.07 
 
 		 231 aa  144  1e-33  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4564  LytTR family two component transcriptional regulator  34.23 
 
 		 233 aa  144  1e-33  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.0221995  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4010  two component transcriptional regulator, LytTR family  34.51 
 
 		 231 aa  143  2e-33  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.0569074  decreased coverage  0.00157623 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4282  LytTR family two component transcriptional regulator  36.16 
 
 		 232 aa  143  3e-33  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.442781  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3175  two component transcriptional regulator, LytTR family  34.57 
 
 		 250 aa  140  1.9999999999999998e-32  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_1645  two component transcriptional regulator, LytTR family  34.21 
 
 		 232 aa  139  3e-32  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1345  LytTR family two component transcriptional regulator  32.86 
 
 		 234 aa  135  8e-31  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3483  LytTR family two component transcriptional regulator  34.08 
 
 		 231 aa  134  9e-31  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.630225  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3968  LytTR family two component transcriptional regulator  32.44 
 
 		 229 aa  133  3e-30  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.0978404  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_11553  two-component system response regulator  35.24 
 
 		 237 aa  132  3.9999999999999996e-30  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5161  two component transcriptional regulator, LytTR family  34.51 
 
 		 248 aa  132  6e-30  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.185153  hitchhiker  0.000735465 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_4189  LytTr DNA-binding region  34.36 
 
 		 231 aa  129  5.0000000000000004e-29  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  0.537023 
 
 
-
 
NC_013731  Slin_6669  two component transcriptional regulator, LytTR family  33.91 
 
 		 242 aa  129  5.0000000000000004e-29  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0904  two component transcriptional regulator, LytTR family  28.38 
 
 		 249 aa  126  2.0000000000000002e-28  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.911747  normal  0.38362 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0733  two component transcriptional regulator, LytTR family  33.48 
 
 		 243 aa  127  2.0000000000000002e-28  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6586  two component transcriptional regulator, LytTR family  33.64 
 
 		 246 aa  125  6e-28  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.318104  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_6424  two component transcriptional regulator, LytTR family  31.51 
 
 		 250 aa  124  8.000000000000001e-28  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.529726  normal  1 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_11558  two-component system response regulator  32.75 
 
 		 233 aa  122  4e-27  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4710  two component transcriptional regulator, LytTR family  32.22 
 
 		 254 aa  122  4e-27  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0480  response regulator receiver domain-containing protein  32.27 
 
 		 265 aa  122  5e-27  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1542  LytTr DNA-binding region  34.91 
 
 		 245 aa  120  1.9999999999999998e-26  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  0.300206 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1834  LytTR family two component transcriptional regulator  32.89 
 
 		 237 aa  117  1.9999999999999998e-25  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4495  LytTR family two component transcriptional regulator  30 
 
 		 245 aa  116  3e-25  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.17015 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_09968  two-component system response regulator protein  32.46 
 
 		 235 aa  115  6.9999999999999995e-25  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01918  putative response regulator in two-component regulatory system  30.97 
 
 		 275 aa  115  7.999999999999999e-25  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.159199  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0190  LytR/AlgR family transcriptional regulator  28.94 
 
 		 244 aa  115  7.999999999999999e-25  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.625509  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0374  two component transcriptional regulator, LytTR family  34.78 
 
 		 242 aa  114  1.0000000000000001e-24  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2133  two component transcriptional regulator, LytTR family  29.41 
 
 		 256 aa  113  2.0000000000000002e-24  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.926336  normal  0.829991 
 
 
-
 
NC_013203  Apar_1323  two component transcriptional regulator, LytTR family  34.01 
 
 		 237 aa  111  7.000000000000001e-24  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  0.0540721  normal  0.0273831 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3487  LytR/AlgR family transcriptional regulator  28.33 
 
 		 253 aa  111  8.000000000000001e-24  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.76921  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2920  LytTR family two component transcriptional regulator  31.82 
 
 		 245 aa  111  8.000000000000001e-24  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.106094 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_0067  LytTR family two component transcriptional regulator  28.44 
 
 		 268 aa  111  9e-24  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.169577  normal  0.169612 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_5303  two component transcriptional regulator, LytTR family  29.8 
 
 		 261 aa  111  1.0000000000000001e-23  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.153649 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0420  LytR/AlgR family transcriptional regulator  31.19 
 
 		 317 aa  110  2.0000000000000002e-23  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.0328897  normal  0.0302219 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_1393  two component transcriptional regulator, LytTR family  30.93 
 
 		 238 aa  110  2.0000000000000002e-23  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000000000160197 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2328  LytTR family two component transcriptional regulator  29.49 
 
 		 255 aa  109  3e-23  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.261765  decreased coverage  0.00199939 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_6125  two component transcriptional regulator, LytTR family  29.95 
 
 		 238 aa  109  4.0000000000000004e-23  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_12140  response regulator of the LytR/AlgR family  31.34 
 
 		 255 aa  109  4.0000000000000004e-23  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0387  response regulator  31.67 
 
 		 261 aa  109  4.0000000000000004e-23  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1375  response regulator receiver protein  31.44 
 
 		 239 aa  108  5e-23  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_00400  response regulator of the LytR/AlgR family  30.54 
 
 		 237 aa  108  6e-23  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  0.132657  normal  1 
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0114  LytTR family two component transcriptional regulator  31.03 
 
 		 226 aa  108  9.000000000000001e-23  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  0.310837  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_5142  two component transcriptional regulator, LytTR family  31.34 
 
 		 244 aa  108  9.000000000000001e-23  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.546377  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3291  LytR/AlgR family transcriptional regulator  28.1 
 
 		 258 aa  107  1e-22  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.393667  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2385  response regulator receiver protein  31.36 
 
 		 272 aa  107  1e-22  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_6269  two component transcriptional regulator, LytTR family  32.41 
 
 		 228 aa  107  2e-22  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_4494  LytTr DNA-binding region  28.57 
 
 		 250 aa  106  2e-22  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.0706486  normal  0.304613 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0227  LytR/AlgR family transcriptional regulator  29.52 
 
 		 265 aa  106  3e-22  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.312706  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000974  response regulator of the LytR/AlgR family  31.9 
 
 		 263 aa  105  4e-22  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.728867  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1860  two component transcriptional regulator, LytTR family  31.51 
 
 		 266 aa  104  9e-22  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3159  response regulator receiver  30.29 
 
 		 242 aa  103  1e-21  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2858  response regulator receiver  28.1 
 
 		 264 aa  104  1e-21  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2697  LytR/AlgR family transcriptional regulator  29.41 
 
 		 240 aa  104  1e-21  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3838  LytR/AlgR family transcriptional regulator  30.85 
 
 		 254 aa  104  1e-21  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  0.479778 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1276  two component transcriptional regulator, LytTR family  32.73 
 
 		 244 aa  103  2e-21  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.435037  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2750  response regulator  32.73 
 
 		 244 aa  103  2e-21  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1288  LytTR family two component transcriptional regulator  32.73 
 
 		 244 aa  103  2e-21  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.524379  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3613  response regulator  32.73 
 
 		 244 aa  103  2e-21  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.560415 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2518  response regulator  32.73 
 
 		 244 aa  103  2e-21  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_0068  two component transcriptional regulator, LytTR family  28.21 
 
 		 244 aa  103  2e-21  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  decreased coverage  0.00288448  normal  1 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_1527  LytTR family two component transcriptional regulator  31.96 
 
 		 246 aa  103  2e-21  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.109257  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>