More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Cpin_3628 on replicon NC_013132
Organism: Chitinophaga pinensis DSM 2588



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013132  Cpin_3628  two component transcriptional regulator, LytTR family  100 
 
 		 235 aa  477  1e-134  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.0184746 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4084  two component transcriptional regulator, LytTR family  47.92 
 
 		 244 aa  243  1.9999999999999999e-63  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.445273  normal  0.0209217 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_5028  LytTR family two component transcriptional regulator  41.67 
 
 		 237 aa  217  1e-55  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.967214  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1844  two component transcriptional regulator, LytTR family  41.45 
 
 		 236 aa  203  2e-51  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4564  LytTR family two component transcriptional regulator  42.06 
 
 		 233 aa  201  6e-51  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.0221995  n/a   
 
 
-
 
NC_013733  Slin_6983  two component transcriptional regulator, LytTR family  40.77 
 
 		 230 aa  195  4.0000000000000005e-49  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.659349  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0764  two component transcriptional regulator, LytTR family  40.98 
 
 		 245 aa  194  1e-48  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.626213 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5598  two component transcriptional regulator, LytTR family  43.04 
 
 		 237 aa  193  2e-48  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  hitchhiker  0.0000105391  normal  1 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_2575  two-component response regulator  39.75 
 
 		 241 aa  187  1e-46  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0733  two component transcriptional regulator, LytTR family  39.13 
 
 		 243 aa  187  2e-46  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4524  two component transcriptional regulator, LytTR family  37.87 
 
 		 240 aa  186  3e-46  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  hitchhiker  0.00000306542  normal  0.871136 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_2165  LytTR family two component transcriptional regulator  38.08 
 
 		 235 aa  184  9e-46  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.0607611  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0826  two component transcriptional regulator, LytTR family  38.7 
 
 		 235 aa  181  1e-44  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.398179  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5383  two component transcriptional regulator, LytTR family  41.07 
 
 		 235 aa  179  2e-44  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_5358  two component transcriptional regulator, LytTR family  39.57 
 
 		 235 aa  180  2e-44  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0217  LytTr DNA-binding region  37.45 
 
 		 250 aa  178  5.999999999999999e-44  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  0.630653 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_5133  two component transcriptional regulator, LytTR family  39.11 
 
 		 227 aa  177  9e-44  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.983168 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_3280  two component transcriptional regulator, LytTR family  38.2 
 
 		 245 aa  176  3e-43  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4134  LytTR family two component transcriptional regulator  37.99 
 
 		 243 aa  176  3e-43  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.291369  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_2030  LytTR family two component transcriptional regulator  37.13 
 
 		 237 aa  175  6e-43  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5230  two component transcriptional regulator, LytTR family  39.57 
 
 		 244 aa  174  9.999999999999999e-43  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.236835  normal  0.031416 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4010  two component transcriptional regulator, LytTR family  39.17 
 
 		 231 aa  173  1.9999999999999998e-42  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.0569074  decreased coverage  0.00157623 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2060  two component transcriptional regulator, LytTR family  33.75 
 
 		 240 aa  171  1e-41  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3926  two component transcriptional regulator, LytTR family  38.39 
 
 		 237 aa  170  1e-41  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.566728 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3175  two component transcriptional regulator, LytTR family  37.55 
 
 		 250 aa  170  2e-41  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3790  two component transcriptional regulator, LytTR family  33.33 
 
 		 240 aa  167  1e-40  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.540237  normal  0.0384587 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0597  two component transcriptional regulator, LytTR family  37.29 
 
 		 242 aa  166  2e-40  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.0722811 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1723  two component transcriptional regulator, LytTR family  38.67 
 
 		 232 aa  166  2.9999999999999998e-40  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3396  two component transcriptional regulator, LytTR family  40.93 
 
 		 243 aa  166  2.9999999999999998e-40  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.655263 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4710  two component transcriptional regulator, LytTR family  37.35 
 
 		 254 aa  165  5e-40  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1841  response regulator receiver  34.63 
 
 		 245 aa  164  9e-40  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000216203 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4282  LytTR family two component transcriptional regulator  39.3 
 
 		 232 aa  163  2.0000000000000002e-39  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.442781  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0330  two component transcriptional regulator, LytTR family  35.25 
 
 		 254 aa  163  3e-39  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.489053 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2242  two component transcriptional regulator, LytTR family  35 
 
 		 244 aa  162  5.0000000000000005e-39  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0577  two component transcriptional regulator, LytTR family  37.61 
 
 		 231 aa  160  1e-38  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1679  LytTR family two component transcriptional regulator  36.44 
 
 		 238 aa  160  2e-38  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_04910  two-component system response regulator  35.93 
 
 		 236 aa  159  3e-38  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.981835  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_5300  two component transcriptional regulator, LytTR family  38.1 
 
 		 241 aa  159  3e-38  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.0290142 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0588  response regulator receiver  38.79 
 
 		 227 aa  159  4e-38  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2791  two component transcriptional regulator, LytTR family  38.32 
 
 		 224 aa  159  4e-38  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.0891261 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_0991  LytTR family two component transcriptional regulator  38.91 
 
 		 229 aa  157  9e-38  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013162  Coch_1645  two component transcriptional regulator, LytTR family  36.09 
 
 		 232 aa  156  2e-37  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3968  LytTR family two component transcriptional regulator  38.07 
 
 		 229 aa  152  2.9999999999999998e-36  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.0978404  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3124  LytTr DNA-binding region  34.19 
 
 		 244 aa  151  8.999999999999999e-36  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0904  two component transcriptional regulator, LytTR family  34.45 
 
 		 249 aa  149  4e-35  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.911747  normal  0.38362 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_1220  two component transcriptional regulator, LytTR family  35.17 
 
 		 238 aa  149  4e-35  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  0.132093  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_5303  two component transcriptional regulator, LytTR family  34.38 
 
 		 261 aa  149  5e-35  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.153649 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2133  two component transcriptional regulator, LytTR family  32.39 
 
 		 256 aa  148  6e-35  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.926336  normal  0.829991 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_6269  two component transcriptional regulator, LytTR family  36.12 
 
 		 228 aa  148  7e-35  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_7298  two component transcriptional regulator, LytTR family  38.53 
 
 		 230 aa  148  8e-35  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5161  two component transcriptional regulator, LytTR family  38.02 
 
 		 248 aa  147  2.0000000000000003e-34  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.185153  hitchhiker  0.000735465 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_4189  LytTr DNA-binding region  38.16 
 
 		 231 aa  143  2e-33  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  0.537023 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1177  two component transcriptional regulator, LytTR family  34.1 
 
 		 231 aa  143  2e-33  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_11553  two-component system response regulator  34.76 
 
 		 237 aa  143  3e-33  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0421  two component transcriptional regulator, LytTR family  34.65 
 
 		 227 aa  137  1e-31  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3483  LytTR family two component transcriptional regulator  31.86 
 
 		 231 aa  132  3.9999999999999996e-30  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.630225  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1834  LytTR family two component transcriptional regulator  33.63 
 
 		 237 aa  131  9e-30  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_6125  two component transcriptional regulator, LytTR family  29.66 
 
 		 238 aa  129  4.0000000000000003e-29  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6586  two component transcriptional regulator, LytTR family  30.04 
 
 		 246 aa  126  3e-28  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.318104  normal  1 
 
 
-
 
NC_013731  Slin_6669  two component transcriptional regulator, LytTR family  31.69 
 
 		 242 aa  125  4.0000000000000003e-28  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1301  two component transcriptional regulator, LytTR family  31.28 
 
 		 245 aa  124  1e-27  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.39793  normal  0.563324 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01918  putative response regulator in two-component regulatory system  29.17 
 
 		 275 aa  122  3e-27  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.159199  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2253  LytTr DNA-binding region  34.21 
 
 		 248 aa  122  4e-27  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_09968  two-component system response regulator protein  32.76 
 
 		 235 aa  122  4e-27  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2328  LytTR family two component transcriptional regulator  28.8 
 
 		 255 aa  121  9.999999999999999e-27  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.261765  decreased coverage  0.00199939 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3913  LytTR family two component transcriptional regulator  28.79 
 
 		 268 aa  120  9.999999999999999e-27  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.316099  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1548  putative two-component response-regulatory protein YehT  33.78 
 
 		 236 aa  119  4.9999999999999996e-26  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.496368  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2385  response regulator receiver protein  28.15 
 
 		 272 aa  118  9e-26  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_6424  two component transcriptional regulator, LytTR family  25.32 
 
 		 250 aa  116  3e-25  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.529726  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1542  LytTr DNA-binding region  30.6 
 
 		 245 aa  113  2.0000000000000002e-24  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  0.300206 
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0114  LytTR family two component transcriptional regulator  39.11 
 
 		 226 aa  113  2.0000000000000002e-24  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  0.310837  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2671  response regulator receiver protein  29.82 
 
 		 243 aa  113  3e-24  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000000586434 
 
 
-
 
NC_004347  SO_2823  putative two-component response-regulatory protein YehT  32.89 
 
 		 236 aa  112  4.0000000000000004e-24  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3773  two component transcriptional regulator, LytTR family  31.1 
 
 		 260 aa  112  5e-24  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.10961  normal  1 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_00400  response regulator of the LytR/AlgR family  29.96 
 
 		 237 aa  112  6e-24  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  0.132657  normal  1 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_0704  LytTR family two component transcriptional regulator  29.55 
 
 		 276 aa  112  7.000000000000001e-24  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  0.674394 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_1393  two component transcriptional regulator, LytTR family  30.13 
 
 		 238 aa  111  8.000000000000001e-24  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000000000160197 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1658  putative two-component response-regulatory protein YehT  31.56 
 
 		 236 aa  110  2.0000000000000002e-23  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.00000000153786  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2685  putative two-component response-regulatory protein YehT  31.56 
 
 		 236 aa  110  2.0000000000000002e-23  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0538398  hitchhiker  0.000367908 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3487  LytR/AlgR family transcriptional regulator  29.36 
 
 		 253 aa  110  2.0000000000000002e-23  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.76921  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1695  putative two-component response-regulatory protein YehT  31.56 
 
 		 236 aa  110  2.0000000000000002e-23  Shewanella baltica OS195  Bacteria  decreased coverage  0.00000884824  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_0068  two component transcriptional regulator, LytTR family  26.47 
 
 		 244 aa  110  2.0000000000000002e-23  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  decreased coverage  0.00288448  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1673  putative two-component response-regulatory protein YehT  31.56 
 
 		 236 aa  110  2.0000000000000002e-23  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.00000537167  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_5645  two component transcriptional regulator, LytTR family  34.4 
 
 		 248 aa  110  2.0000000000000002e-23  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.954414  normal  0.925082 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0480  response regulator receiver domain-containing protein  28.74 
 
 		 265 aa  109  3e-23  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013203  Apar_1323  two component transcriptional regulator, LytTR family  29.91 
 
 		 237 aa  109  3e-23  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  0.0540721  normal  0.0273831 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1281  putative two-component response-regulatory protein YehT  33.76 
 
 		 236 aa  109  3e-23  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.155887  normal  0.0159688 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3291  LytR/AlgR family transcriptional regulator  26.74 
 
 		 258 aa  109  4.0000000000000004e-23  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.393667  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4495  LytTR family two component transcriptional regulator  30.69 
 
 		 245 aa  108  5e-23  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.17015 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_5142  two component transcriptional regulator, LytTR family  32.48 
 
 		 244 aa  108  6e-23  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.546377  normal  1 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_4129  two component transcriptional regulator, LytTR family  26.05 
 
 		 271 aa  108  8.000000000000001e-23  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2278  LytTr DNA-binding response regulator  28.42 
 
 		 280 aa  108  9.000000000000001e-23  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.421967  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_5234  LytTR family two component transcriptional regulator  29.17 
 
 		 246 aa  107  1e-22  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_0137  two component transcriptional regulator, LytTR family  28.63 
 
 		 237 aa  107  1e-22  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0671  two component transcriptional regulator, LytTR family  30.65 
 
 		 251 aa  108  1e-22  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2329  putative two-component response-regulatory protein YehT  32 
 
 		 236 aa  107  1e-22  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.0108361  normal  0.9097 
 
 
-
 
NC_005945  BAS5295  response regulator LytR  28.15 
 
 		 246 aa  106  2e-22  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_5122  response regulator  28.15 
 
 		 246 aa  106  2e-22  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_5691  response regulator LytR  28.15 
 
 		 246 aa  106  2e-22  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_5536  response regulator LytR  28.15 
 
 		 246 aa  106  2e-22  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>