More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Cpin_3396 on replicon NC_013132
Organism: Chitinophaga pinensis DSM 2588



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013132  Cpin_3396  two component transcriptional regulator, LytTR family  100 
 
 		 243 aa  495  1e-139  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.655263 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5161  two component transcriptional regulator, LytTR family  48.97 
 
 		 248 aa  220  9.999999999999999e-57  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.185153  hitchhiker  0.000735465 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0217  LytTr DNA-binding region  46.31 
 
 		 250 aa  209  2e-53  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  0.630653 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1844  two component transcriptional regulator, LytTR family  43.28 
 
 		 236 aa  209  4e-53  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3175  two component transcriptional regulator, LytTR family  43.25 
 
 		 250 aa  204  8e-52  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3926  two component transcriptional regulator, LytTR family  43.93 
 
 		 237 aa  203  2e-51  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.566728 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1679  LytTR family two component transcriptional regulator  38.56 
 
 		 238 aa  182  3e-45  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4084  two component transcriptional regulator, LytTR family  43.3 
 
 		 244 aa  182  4.0000000000000006e-45  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.445273  normal  0.0209217 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0764  two component transcriptional regulator, LytTR family  40.91 
 
 		 245 aa  178  7e-44  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.626213 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4134  LytTR family two component transcriptional regulator  39.92 
 
 		 243 aa  176  4e-43  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.291369  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3124  LytTr DNA-binding region  37.92 
 
 		 244 aa  175  7e-43  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_0991  LytTR family two component transcriptional regulator  38.66 
 
 		 229 aa  174  9e-43  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5598  two component transcriptional regulator, LytTR family  35.29 
 
 		 237 aa  172  3.9999999999999995e-42  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  hitchhiker  0.0000105391  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5230  two component transcriptional regulator, LytTR family  38.49 
 
 		 244 aa  172  3.9999999999999995e-42  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.236835  normal  0.031416 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_2165  LytTR family two component transcriptional regulator  37.07 
 
 		 235 aa  172  5e-42  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.0607611  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_2575  two-component response regulator  39.32 
 
 		 241 aa  170  2e-41  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4282  LytTR family two component transcriptional regulator  42.13 
 
 		 232 aa  170  2e-41  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.442781  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_5133  two component transcriptional regulator, LytTR family  35.37 
 
 		 227 aa  168  7e-41  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.983168 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4564  LytTR family two component transcriptional regulator  36.6 
 
 		 233 aa  167  1e-40  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.0221995  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3628  two component transcriptional regulator, LytTR family  40.93 
 
 		 235 aa  166  2.9999999999999998e-40  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.0184746 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_04910  two-component system response regulator  37.66 
 
 		 236 aa  165  8e-40  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.981835  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2253  LytTr DNA-binding region  39.15 
 
 		 248 aa  165  8e-40  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_3280  two component transcriptional regulator, LytTR family  35.68 
 
 		 245 aa  162  3e-39  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2060  two component transcriptional regulator, LytTR family  36.55 
 
 		 240 aa  162  4.0000000000000004e-39  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3968  LytTR family two component transcriptional regulator  37.83 
 
 		 229 aa  162  4.0000000000000004e-39  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.0978404  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4524  two component transcriptional regulator, LytTR family  38.46 
 
 		 240 aa  162  5.0000000000000005e-39  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  hitchhiker  0.00000306542  normal  0.871136 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1723  two component transcriptional regulator, LytTR family  39.24 
 
 		 232 aa  161  8.000000000000001e-39  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0826  two component transcriptional regulator, LytTR family  39.13 
 
 		 235 aa  160  1e-38  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.398179  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3790  two component transcriptional regulator, LytTR family  36.44 
 
 		 240 aa  159  4e-38  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.540237  normal  0.0384587 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0597  two component transcriptional regulator, LytTR family  34.44 
 
 		 242 aa  158  8e-38  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.0722811 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0904  two component transcriptional regulator, LytTR family  32.64 
 
 		 249 aa  157  1e-37  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.911747  normal  0.38362 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_5300  two component transcriptional regulator, LytTR family  35.12 
 
 		 241 aa  155  5.0000000000000005e-37  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.0290142 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0330  two component transcriptional regulator, LytTR family  34.92 
 
 		 254 aa  154  8e-37  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.489053 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2133  two component transcriptional regulator, LytTR family  35.8 
 
 		 256 aa  154  1e-36  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.926336  normal  0.829991 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2242  two component transcriptional regulator, LytTR family  36.29 
 
 		 244 aa  154  1e-36  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1841  response regulator receiver  33.91 
 
 		 245 aa  153  2.9999999999999998e-36  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000216203 
 
 
-
 
NC_013733  Slin_6983  two component transcriptional regulator, LytTR family  35.27 
 
 		 230 aa  152  5.9999999999999996e-36  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.659349  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_2030  LytTR family two component transcriptional regulator  33.33 
 
 		 237 aa  152  5.9999999999999996e-36  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0588  response regulator receiver  36.64 
 
 		 227 aa  151  1e-35  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4010  two component transcriptional regulator, LytTR family  35.19 
 
 		 231 aa  150  2e-35  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.0569074  decreased coverage  0.00157623 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0733  two component transcriptional regulator, LytTR family  36.09 
 
 		 243 aa  150  2e-35  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5383  two component transcriptional regulator, LytTR family  35.78 
 
 		 235 aa  150  2e-35  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2791  two component transcriptional regulator, LytTR family  35.02 
 
 		 224 aa  148  9e-35  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.0891261 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_1220  two component transcriptional regulator, LytTR family  37.45 
 
 		 238 aa  147  1.0000000000000001e-34  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  0.132093  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0421  two component transcriptional regulator, LytTR family  35 
 
 		 227 aa  142  3e-33  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_4189  LytTr DNA-binding region  35.29 
 
 		 231 aa  142  6e-33  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  0.537023 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4710  two component transcriptional regulator, LytTR family  32.64 
 
 		 254 aa  142  6e-33  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_7298  two component transcriptional regulator, LytTR family  36.16 
 
 		 230 aa  141  8e-33  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013731  Slin_6669  two component transcriptional regulator, LytTR family  31.84 
 
 		 242 aa  141  9.999999999999999e-33  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1177  two component transcriptional regulator, LytTR family  33.74 
 
 		 231 aa  140  1.9999999999999998e-32  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_5303  two component transcriptional regulator, LytTR family  31.1 
 
 		 261 aa  139  3.9999999999999997e-32  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.153649 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_5028  LytTR family two component transcriptional regulator  36.57 
 
 		 237 aa  139  4.999999999999999e-32  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.967214  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_5358  two component transcriptional regulator, LytTR family  35.5 
 
 		 235 aa  135  4e-31  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1047  LytTr DNA-binding region  29.66 
 
 		 241 aa  132  6.999999999999999e-30  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.791092  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_6269  two component transcriptional regulator, LytTR family  35.48 
 
 		 228 aa  127  2.0000000000000002e-28  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_1645  two component transcriptional regulator, LytTR family  29.83 
 
 		 232 aa  127  2.0000000000000002e-28  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_11553  two-component system response regulator  31.67 
 
 		 237 aa  126  3e-28  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_6424  two component transcriptional regulator, LytTR family  31.22 
 
 		 250 aa  125  4.0000000000000003e-28  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.529726  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3483  LytTR family two component transcriptional regulator  34.15 
 
 		 231 aa  125  6e-28  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.630225  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_5142  two component transcriptional regulator, LytTR family  34.68 
 
 		 244 aa  123  3e-27  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.546377  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0190  LytR/AlgR family transcriptional regulator  33.18 
 
 		 244 aa  122  6e-27  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.625509  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0577  two component transcriptional regulator, LytTR family  33.33 
 
 		 231 aa  121  9.999999999999999e-27  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3773  two component transcriptional regulator, LytTR family  33.18 
 
 		 260 aa  119  3e-26  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.10961  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1542  LytTr DNA-binding region  31.33 
 
 		 245 aa  116  3e-25  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  0.300206 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2906  two component transcriptional regulator, LytTR family  34.11 
 
 		 245 aa  116  3.9999999999999997e-25  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3838  LytR/AlgR family transcriptional regulator  31.93 
 
 		 254 aa  116  3.9999999999999997e-25  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  0.479778 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_4051  response regulator receiver protein  31.02 
 
 		 269 aa  116  3.9999999999999997e-25  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.243327  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_4126  response regulator receiver protein  31.02 
 
 		 269 aa  116  3.9999999999999997e-25  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.217512  normal  0.408771 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_4280  response regulator receiver protein  31.02 
 
 		 269 aa  115  3.9999999999999997e-25  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6586  two component transcriptional regulator, LytTR family  29.3 
 
 		 246 aa  115  3.9999999999999997e-25  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.318104  normal  1 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1375  response regulator receiver protein  30.62 
 
 		 239 aa  115  8.999999999999998e-25  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1548  putative two-component response-regulatory protein YehT  33.91 
 
 		 236 aa  114  8.999999999999998e-25  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.496368  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_6125  two component transcriptional regulator, LytTR family  29.57 
 
 		 238 aa  114  1.0000000000000001e-24  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0480  response regulator receiver domain-containing protein  30.49 
 
 		 265 aa  113  3e-24  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4495  LytTR family two component transcriptional regulator  32.07 
 
 		 245 aa  112  4.0000000000000004e-24  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.17015 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5278  two component transcriptional regulator, LytTR family  31.36 
 
 		 281 aa  111  1.0000000000000001e-23  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.415246  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_2762  response regulator receiver protein  30.77 
 
 		 254 aa  111  1.0000000000000001e-23  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.330347  normal  0.784413 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1834  LytTR family two component transcriptional regulator  31.73 
 
 		 237 aa  111  1.0000000000000001e-23  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2673  response regulator receiver protein  28.74 
 
 		 268 aa  109  3e-23  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.587227  normal  0.606797 
 
 
-
 
NC_004347  SO_2823  putative two-component response-regulatory protein YehT  34.48 
 
 		 236 aa  109  4.0000000000000004e-23  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1761  two component transcriptional regulator, LytTR family  34.11 
 
 		 251 aa  109  4.0000000000000004e-23  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2172  LytR/AlgR family transcriptional regulator  31.43 
 
 		 252 aa  109  4.0000000000000004e-23  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.0721488  normal  0.0255714 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3487  LytR/AlgR family transcriptional regulator  30.37 
 
 		 253 aa  109  4.0000000000000004e-23  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.76921  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0374  two component transcriptional regulator, LytTR family  31.63 
 
 		 242 aa  109  4.0000000000000004e-23  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_11558  two-component system response regulator  29.39 
 
 		 233 aa  108  8.000000000000001e-23  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3000  response regulator receiver domain-containing protein  35.64 
 
 		 229 aa  107  2e-22  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000248508 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4846  LytTR family two component transcriptional regulator  31.63 
 
 		 246 aa  107  2e-22  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.568582  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2594  putative two-component response-regulatory protein YehT  33.19 
 
 		 236 aa  107  2e-22  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.0103906  hitchhiker  0.00157605 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_0357  response regulator receiver  31.25 
 
 		 249 aa  106  3e-22  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0227  LytR/AlgR family transcriptional regulator  28.63 
 
 		 265 aa  105  5e-22  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.312706  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_4560  response regulator receiver protein  29.55 
 
 		 269 aa  105  5e-22  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  0.850639 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_4494  LytTr DNA-binding region  26.67 
 
 		 250 aa  105  5e-22  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.0706486  normal  0.304613 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_5008  LytTR family two component transcriptional regulator  27.14 
 
 		 250 aa  105  6e-22  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.135227  hitchhiker  0.0000288771 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_00400  response regulator of the LytR/AlgR family  29.82 
 
 		 237 aa  105  8e-22  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  0.132657  normal  1 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_09968  two-component system response regulator protein  33.33 
 
 		 235 aa  105  8e-22  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2502  putative two-component response-regulatory protein YehT  31.78 
 
 		 236 aa  105  8e-22  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  decreased coverage  0.00178929  normal  0.0452702 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0060  LytTR family two component transcriptional regulator  28.34 
 
 		 243 aa  104  1e-21  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.0478076  hitchhiker  0.000497336 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0059  two component transcriptional regulator, LytTR family  28.34 
 
 		 243 aa  104  1e-21  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.182784  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2432  putative two-component response-regulatory protein YehT  31.78 
 
 		 236 aa  104  1e-21  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  decreased coverage  0.0000158974  hitchhiker  0.00361478 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0444  response regulator receiver protein  32.52 
 
 		 262 aa  104  1e-21  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>