More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Swoo_4846 on replicon NC_010506
Organism: Shewanella woodyi ATCC 51908



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010506  Swoo_4846  LytTR family two component transcriptional regulator  100 
 
 		 246 aa  499  1e-140  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.568582  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_5142  two component transcriptional regulator, LytTR family  39.59 
 
 		 244 aa  179  2.9999999999999997e-44  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.546377  normal  1 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_1527  LytTR family two component transcriptional regulator  38.87 
 
 		 246 aa  168  7e-41  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.109257  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0374  two component transcriptional regulator, LytTR family  38.93 
 
 		 242 aa  165  5.9999999999999996e-40  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2906  two component transcriptional regulator, LytTR family  36.59 
 
 		 245 aa  160  1e-38  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3733  response regulator receiver domain-containing protein  33.47 
 
 		 249 aa  151  8e-36  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  0.766169 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1819  LytTr DNA-binding response regulator  33.33 
 
 		 260 aa  140  1.9999999999999998e-32  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.148301  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3000  response regulator receiver domain-containing protein  34.2 
 
 		 229 aa  132  5e-30  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000248508 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_0137  two component transcriptional regulator, LytTR family  34.15 
 
 		 237 aa  131  9e-30  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013203  Apar_1323  two component transcriptional regulator, LytTR family  34.55 
 
 		 237 aa  127  1.0000000000000001e-28  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  0.0540721  normal  0.0273831 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1860  two component transcriptional regulator, LytTR family  30.12 
 
 		 266 aa  127  1.0000000000000001e-28  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_00400  response regulator of the LytR/AlgR family  31.71 
 
 		 237 aa  126  3e-28  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  0.132657  normal  1 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3773  two component transcriptional regulator, LytTR family  33.97 
 
 		 260 aa  124  1e-27  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.10961  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4010  two component transcriptional regulator, LytTR family  30.95 
 
 		 231 aa  123  2e-27  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.0569074  decreased coverage  0.00157623 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2957  response regulator receiver protein  31.15 
 
 		 236 aa  123  2e-27  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  hitchhiker  0.00954821  n/a   
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_01160  response regulator of the LytR/AlgR family  32.52 
 
 		 238 aa  124  2e-27  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0617  two component transcriptional regulator, LytTR family  32.53 
 
 		 243 aa  123  3e-27  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  0.23864 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2697  LytR/AlgR family transcriptional regulator  34.41 
 
 		 240 aa  123  3e-27  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2172  LytR/AlgR family transcriptional regulator  31.47 
 
 		 252 aa  123  3e-27  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.0721488  normal  0.0255714 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3913  LytTR family two component transcriptional regulator  31.23 
 
 		 268 aa  123  3e-27  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.316099  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_0068  two component transcriptional regulator, LytTR family  35.1 
 
 		 244 aa  122  4e-27  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  decreased coverage  0.00288448  normal  1 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_5234  LytTR family two component transcriptional regulator  34.41 
 
 		 246 aa  121  8e-27  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2533  response regulator  31.82 
 
 		 244 aa  121  9.999999999999999e-27  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_02291  predicted response regulator in two-component system withYpdA  31.82 
 
 		 244 aa  120  1.9999999999999998e-26  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1276  two component transcriptional regulator, LytTR family  31.82 
 
 		 244 aa  120  1.9999999999999998e-26  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.435037  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2671  response regulator  31.82 
 
 		 244 aa  120  1.9999999999999998e-26  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1761  two component transcriptional regulator, LytTR family  33.87 
 
 		 251 aa  120  1.9999999999999998e-26  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3613  response regulator  31.82 
 
 		 244 aa  120  1.9999999999999998e-26  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.560415 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2434  putative two-component response-regulatory protein YehT  32.38 
 
 		 236 aa  120  1.9999999999999998e-26  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.318628  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2750  response regulator  31.82 
 
 		 244 aa  120  1.9999999999999998e-26  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2518  response regulator  31.82 
 
 		 244 aa  120  1.9999999999999998e-26  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1288  LytTR family two component transcriptional regulator  31.82 
 
 		 244 aa  120  1.9999999999999998e-26  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.524379  normal  1 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1569  two component transcriptional regulator, LytTR family  31.56 
 
 		 240 aa  120  3e-26  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000000000000531282 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2133  LytTR family two component transcriptional regulator  35.63 
 
 		 248 aa  120  3e-26  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.565653  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1004  two component transcriptional regulator, LytTR family  31.97 
 
 		 257 aa  119  3e-26  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  decreased coverage  0.00878343  normal  0.279198 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6586  two component transcriptional regulator, LytTR family  30.8 
 
 		 246 aa  119  3e-26  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.318104  normal  1 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0119  response regulator receiver protein  31.28 
 
 		 249 aa  119  3.9999999999999996e-26  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A5621  response regulator LytR  34.82 
 
 		 246 aa  119  4.9999999999999996e-26  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0060  LytTR family two component transcriptional regulator  31.84 
 
 		 243 aa  118  7.999999999999999e-26  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.0478076  hitchhiker  0.000497336 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_4299  LytTR family two component transcriptional regulator  31.84 
 
 		 243 aa  118  7.999999999999999e-26  Shewanella baltica OS155  Bacteria  decreased coverage  0.000001386  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3487  LytR/AlgR family transcriptional regulator  30.49 
 
 		 253 aa  117  9.999999999999999e-26  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.76921  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2673  response regulator receiver protein  30.47 
 
 		 268 aa  117  9.999999999999999e-26  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.587227  normal  0.606797 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2723  putative two-component response-regulatory protein YehT  34.92 
 
 		 239 aa  117  9.999999999999999e-26  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_5573  response regulator LytR  34.41 
 
 		 246 aa  117  1.9999999999999998e-25  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0227  LytR/AlgR family transcriptional regulator  30.83 
 
 		 265 aa  117  1.9999999999999998e-25  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.312706  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1001  LytR/AlgR family transcriptional regulator  31.56 
 
 		 262 aa  117  1.9999999999999998e-25  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  0.0103069 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_0067  LytTR family two component transcriptional regulator  30.86 
 
 		 268 aa  117  1.9999999999999998e-25  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.169577  normal  0.169612 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0059  two component transcriptional regulator, LytTR family  31.43 
 
 		 243 aa  117  1.9999999999999998e-25  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.182784  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1130  putative two-component response-regulatory protein YehT  33.87 
 
 		 238 aa  116  3.9999999999999997e-25  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0055  LytTR family two component transcriptional regulator  31.43 
 
 		 243 aa  115  5e-25  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.868518  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2393  putative two-component response-regulatory protein YehT  33.6 
 
 		 239 aa  115  5e-25  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2348  putative two-component response-regulatory protein YehT  33.6 
 
 		 239 aa  115  5e-25  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2397  putative two-component response-regulatory protein YehT  33.6 
 
 		 239 aa  115  5e-25  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.423362  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2304  putative two-component response-regulatory protein YehT  33.6 
 
 		 239 aa  115  5e-25  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2505  putative two-component response-regulatory protein YehT  33.6 
 
 		 239 aa  115  5e-25  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0577  two component transcriptional regulator, LytTR family  33.65 
 
 		 231 aa  115  5e-25  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3149  putative two-component response-regulatory protein YehT  34.8 
 
 		 238 aa  115  5e-25  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0469  response regulator receiver protein  33.85 
 
 		 254 aa  115  6e-25  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1964  LytR/AlgR family transcriptional regulator  30.28 
 
 		 255 aa  115  6e-25  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  0.777054 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0057  response regulator receiver protein  31.43 
 
 		 243 aa  115  6e-25  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  decreased coverage  0.0000048418  decreased coverage  0.0000000648872 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0055  response regulator receiver protein  31.43 
 
 		 243 aa  115  6e-25  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  decreased coverage  0.0000989316  hitchhiker  0.000468323 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_1645  two component transcriptional regulator, LytTR family  30.77 
 
 		 232 aa  115  6e-25  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4408  two component transcriptional regulator, LytTR family  31.09 
 
 		 268 aa  115  6.9999999999999995e-25  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2328  LytTR family two component transcriptional regulator  34.17 
 
 		 255 aa  115  7.999999999999999e-25  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.261765  decreased coverage  0.00199939 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0865  putative two-component response-regulatory protein YehT  32.8 
 
 		 239 aa  115  8.999999999999998e-25  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_5536  response regulator LytR  34.01 
 
 		 246 aa  114  1.0000000000000001e-24  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_005945  BAS5295  response regulator LytR  34.01 
 
 		 246 aa  114  1.0000000000000001e-24  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_5122  response regulator  34.01 
 
 		 246 aa  114  1.0000000000000001e-24  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B5384  response regulator LytR  34.54 
 
 		 246 aa  114  1.0000000000000001e-24  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.662493  normal  0.485514 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_5691  response regulator LytR  34.01 
 
 		 246 aa  114  1.0000000000000001e-24  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_04138  two-component system regulatory protein  32.64 
 
 		 245 aa  114  1.0000000000000001e-24  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.739319  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2671  response regulator receiver protein  32.1 
 
 		 243 aa  114  1.0000000000000001e-24  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000000586434 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1548  putative two-component response-regulatory protein YehT  34.01 
 
 		 236 aa  114  1.0000000000000001e-24  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.496368  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0480  response regulator receiver domain-containing protein  31.71 
 
 		 265 aa  114  2.0000000000000002e-24  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4495  LytTR family two component transcriptional regulator  31.43 
 
 		 245 aa  114  2.0000000000000002e-24  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.17015 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3544  two component transcriptional regulator, LytTR family  32.41 
 
 		 251 aa  114  2.0000000000000002e-24  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.0394969  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2883  putative two-component response-regulatory protein YehT  33.33 
 
 		 236 aa  113  2.0000000000000002e-24  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  unclonable  0.0000000903631  unclonable  0.0000000000401288 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5734  two component transcriptional regulator, LytTR family  32.47 
 
 		 257 aa  114  2.0000000000000002e-24  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A5565  response regulator LytR  33.73 
 
 		 246 aa  113  3e-24  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2685  putative two-component response-regulatory protein YehT  34.41 
 
 		 236 aa  113  3e-24  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0538398  hitchhiker  0.000367908 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1695  putative two-component response-regulatory protein YehT  34.41 
 
 		 236 aa  113  3e-24  Shewanella baltica OS195  Bacteria  decreased coverage  0.00000884824  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_6324  response regulator receiver protein  32.79 
 
 		 253 aa  113  3e-24  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.48372 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1658  putative two-component response-regulatory protein YehT  34.41 
 
 		 236 aa  113  3e-24  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.00000000153786  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1673  putative two-component response-regulatory protein YehT  34.41 
 
 		 236 aa  113  3e-24  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.00000537167  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_02054  predicted response regulator in two-component system withYehU  32.8 
 
 		 239 aa  112  5e-24  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1533  two component transcriptional regulator, LytTR family  32.8 
 
 		 239 aa  112  5e-24  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.726215  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2259  putative two-component response-regulatory protein YehT  32.8 
 
 		 239 aa  112  5e-24  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1522  putative two-component response-regulatory protein YehT  32.8 
 
 		 239 aa  112  5e-24  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK5137  response regulator  33.6 
 
 		 246 aa  112  5e-24  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2413  putative two-component response-regulatory protein YehT  32.8 
 
 		 239 aa  112  5e-24  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02012  hypothetical protein  32.8 
 
 		 239 aa  112  5e-24  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3112  putative two-component response-regulatory protein YehT  32.8 
 
 		 239 aa  112  5e-24  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.148941 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0036  LytR/AlgR family transcriptional regulator  31.08 
 
 		 248 aa  112  7.000000000000001e-24  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2594  putative two-component response-regulatory protein YehT  34.41 
 
 		 236 aa  111  8.000000000000001e-24  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.0103906  hitchhiker  0.00157605 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0919  putative two-component response-regulatory protein YehT  32.8 
 
 		 239 aa  111  8.000000000000001e-24  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01918  putative response regulator in two-component regulatory system  29.62 
 
 		 275 aa  111  9e-24  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.159199  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4801  two component transcriptional regulator, LytTR family  29.72 
 
 		 240 aa  111  9e-24  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.154299  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2502  putative two-component response-regulatory protein YehT  34.41 
 
 		 236 aa  111  1.0000000000000001e-23  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  decreased coverage  0.00178929  normal  0.0452702 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2356  response regulator receiver protein  30.27 
 
 		 257 aa  110  1.0000000000000001e-23  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.325932  normal  0.149931 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0161  LytR/AlgR family transcriptional regulator  30.12 
 
 		 270 aa  110  2.0000000000000002e-23  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>