More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Coch_1220 on replicon NC_013162
Organism: Capnocytophaga ochracea DSM 7271



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013162  Coch_1220  two component transcriptional regulator, LytTR family  100 
 
 		 238 aa  484  1e-136  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  0.132093  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_2575  two-component response regulator  52.79 
 
 		 241 aa  245  4e-64  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_5300  two component transcriptional regulator, LytTR family  48.72 
 
 		 241 aa  229  4e-59  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.0290142 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4134  LytTR family two component transcriptional regulator  46.38 
 
 		 243 aa  227  1e-58  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.291369  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_3280  two component transcriptional regulator, LytTR family  47.66 
 
 		 245 aa  226  2e-58  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0330  two component transcriptional regulator, LytTR family  45.12 
 
 		 254 aa  225  4e-58  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.489053 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3124  LytTr DNA-binding region  47.48 
 
 		 244 aa  219  3.9999999999999997e-56  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0597  two component transcriptional regulator, LytTR family  45.76 
 
 		 242 aa  216  2e-55  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.0722811 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1844  two component transcriptional regulator, LytTR family  43.7 
 
 		 236 aa  205  4e-52  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0217  LytTr DNA-binding region  40.65 
 
 		 250 aa  194  7e-49  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  0.630653 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1679  LytTR family two component transcriptional regulator  39.08 
 
 		 238 aa  194  1e-48  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5598  two component transcriptional regulator, LytTR family  37.97 
 
 		 237 aa  186  3e-46  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  hitchhiker  0.0000105391  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3175  two component transcriptional regulator, LytTR family  40 
 
 		 250 aa  179  2.9999999999999997e-44  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2060  two component transcriptional regulator, LytTR family  39.41 
 
 		 240 aa  176  3e-43  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5383  two component transcriptional regulator, LytTR family  39.57 
 
 		 235 aa  169  4e-41  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_5133  two component transcriptional regulator, LytTR family  35.93 
 
 		 227 aa  168  8e-41  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.983168 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0733  two component transcriptional regulator, LytTR family  37.12 
 
 		 243 aa  165  5.9999999999999996e-40  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4084  two component transcriptional regulator, LytTR family  36.13 
 
 		 244 aa  164  9e-40  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.445273  normal  0.0209217 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3628  two component transcriptional regulator, LytTR family  35.17 
 
 		 235 aa  164  1.0000000000000001e-39  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.0184746 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0764  two component transcriptional regulator, LytTR family  36.67 
 
 		 245 aa  164  1.0000000000000001e-39  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.626213 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_5358  two component transcriptional regulator, LytTR family  36.93 
 
 		 235 aa  164  2.0000000000000002e-39  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3396  two component transcriptional regulator, LytTR family  37.45 
 
 		 243 aa  163  2.0000000000000002e-39  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.655263 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_2165  LytTR family two component transcriptional regulator  38.84 
 
 		 235 aa  164  2.0000000000000002e-39  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.0607611  n/a   
 
 
-
 
NC_013733  Slin_6983  two component transcriptional regulator, LytTR family  37.77 
 
 		 230 aa  162  4.0000000000000004e-39  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.659349  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0588  response regulator receiver  35.81 
 
 		 227 aa  160  2e-38  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0421  two component transcriptional regulator, LytTR family  36.75 
 
 		 227 aa  156  2e-37  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1723  two component transcriptional regulator, LytTR family  36.05 
 
 		 232 aa  155  4e-37  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4564  LytTR family two component transcriptional regulator  33.19 
 
 		 233 aa  155  7e-37  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.0221995  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_7298  two component transcriptional regulator, LytTR family  35.4 
 
 		 230 aa  154  8e-37  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4710  two component transcriptional regulator, LytTR family  35.71 
 
 		 254 aa  152  2.9999999999999998e-36  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4524  two component transcriptional regulator, LytTR family  33.76 
 
 		 240 aa  153  2.9999999999999998e-36  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  hitchhiker  0.00000306542  normal  0.871136 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3926  two component transcriptional regulator, LytTR family  35.9 
 
 		 237 aa  152  4e-36  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.566728 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3968  LytTR family two component transcriptional regulator  38.86 
 
 		 229 aa  152  4e-36  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.0978404  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1177  two component transcriptional regulator, LytTR family  36.05 
 
 		 231 aa  151  7e-36  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_04910  two-component system response regulator  39.42 
 
 		 236 aa  151  8.999999999999999e-36  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.981835  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4282  LytTR family two component transcriptional regulator  38.07 
 
 		 232 aa  150  1e-35  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.442781  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0826  two component transcriptional regulator, LytTR family  31.2 
 
 		 235 aa  148  7e-35  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.398179  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3790  two component transcriptional regulator, LytTR family  33.33 
 
 		 240 aa  147  1.0000000000000001e-34  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.540237  normal  0.0384587 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2242  two component transcriptional regulator, LytTR family  33.33 
 
 		 244 aa  147  1.0000000000000001e-34  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0904  two component transcriptional regulator, LytTR family  32.52 
 
 		 249 aa  147  2.0000000000000003e-34  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.911747  normal  0.38362 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2791  two component transcriptional regulator, LytTR family  34.05 
 
 		 224 aa  145  8.000000000000001e-34  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.0891261 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1841  response regulator receiver  32.79 
 
 		 245 aa  144  1e-33  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000216203 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5161  two component transcriptional regulator, LytTR family  33.05 
 
 		 248 aa  143  3e-33  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.185153  hitchhiker  0.000735465 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4010  two component transcriptional regulator, LytTR family  33.19 
 
 		 231 aa  140  1.9999999999999998e-32  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.0569074  decreased coverage  0.00157623 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_2030  LytTR family two component transcriptional regulator  34.38 
 
 		 237 aa  140  1.9999999999999998e-32  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_6269  two component transcriptional regulator, LytTR family  34.76 
 
 		 228 aa  139  3e-32  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_0991  LytTR family two component transcriptional regulator  34.27 
 
 		 229 aa  139  3e-32  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2133  two component transcriptional regulator, LytTR family  37.82 
 
 		 256 aa  139  3.9999999999999997e-32  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.926336  normal  0.829991 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5230  two component transcriptional regulator, LytTR family  33.2 
 
 		 244 aa  138  1e-31  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.236835  normal  0.031416 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_1645  two component transcriptional regulator, LytTR family  32.63 
 
 		 232 aa  136  3.0000000000000003e-31  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_5028  LytTR family two component transcriptional regulator  30.34 
 
 		 237 aa  134  9.999999999999999e-31  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.967214  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_5303  two component transcriptional regulator, LytTR family  35.29 
 
 		 261 aa  134  1.9999999999999998e-30  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.153649 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0577  two component transcriptional regulator, LytTR family  31.76 
 
 		 231 aa  124  2e-27  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_4189  LytTr DNA-binding region  30.64 
 
 		 231 aa  122  4e-27  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  0.537023 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_11553  two-component system response regulator  31.22 
 
 		 237 aa  120  3e-26  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013731  Slin_6669  two component transcriptional regulator, LytTR family  30.58 
 
 		 242 aa  119  3.9999999999999996e-26  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3291  LytR/AlgR family transcriptional regulator  30 
 
 		 258 aa  118  7e-26  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.393667  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3483  LytTR family two component transcriptional regulator  28.19 
 
 		 231 aa  116  1.9999999999999998e-25  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.630225  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_6125  two component transcriptional regulator, LytTR family  29.49 
 
 		 238 aa  115  6e-25  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2253  LytTr DNA-binding region  33.76 
 
 		 248 aa  115  6e-25  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0480  response regulator receiver domain-containing protein  29.07 
 
 		 265 aa  114  2.0000000000000002e-24  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_09968  two-component system response regulator protein  30.51 
 
 		 235 aa  112  4.0000000000000004e-24  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0190  LytR/AlgR family transcriptional regulator  31.28 
 
 		 244 aa  112  5e-24  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.625509  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1047  LytTr DNA-binding region  32.05 
 
 		 241 aa  110  1.0000000000000001e-23  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.791092  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1542  LytTr DNA-binding region  31.63 
 
 		 245 aa  111  1.0000000000000001e-23  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  0.300206 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_0704  LytTR family two component transcriptional regulator  29.17 
 
 		 276 aa  110  3e-23  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  0.674394 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4495  LytTR family two component transcriptional regulator  29.82 
 
 		 245 aa  109  4.0000000000000004e-23  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.17015 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2329  LytTR family two component transcriptional regulator  29.46 
 
 		 255 aa  106  3e-22  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.0531557  decreased coverage  0.00207881 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2328  LytTR family two component transcriptional regulator  29.03 
 
 		 255 aa  105  7e-22  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.261765  decreased coverage  0.00199939 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6586  two component transcriptional regulator, LytTR family  30.18 
 
 		 246 aa  105  7e-22  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.318104  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_5142  two component transcriptional regulator, LytTR family  35.32 
 
 		 244 aa  105  9e-22  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.546377  normal  1 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1400  response regulator  32.11 
 
 		 243 aa  105  9e-22  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1834  LytTR family two component transcriptional regulator  29.86 
 
 		 237 aa  104  1e-21  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A2603  response regulator  32.11 
 
 		 243 aa  103  3e-21  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0420  LytR/AlgR family transcriptional regulator  28.44 
 
 		 317 aa  103  3e-21  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.0328897  normal  0.0302219 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2697  LytR/AlgR family transcriptional regulator  30.77 
 
 		 240 aa  102  5e-21  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2172  LytR/AlgR family transcriptional regulator  33.18 
 
 		 252 aa  102  5e-21  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.0721488  normal  0.0255714 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3487  LytR/AlgR family transcriptional regulator  30.88 
 
 		 253 aa  102  5e-21  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.76921  normal  1 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_0067  LytTR family two component transcriptional regulator  31.08 
 
 		 268 aa  102  6e-21  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.169577  normal  0.169612 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1301  two component transcriptional regulator, LytTR family  26.07 
 
 		 245 aa  102  6e-21  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.39793  normal  0.563324 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1281  putative two-component response-regulatory protein YehT  32.18 
 
 		 236 aa  101  8e-21  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.155887  normal  0.0159688 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3159  response regulator receiver  28.77 
 
 		 242 aa  101  1e-20  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3773  two component transcriptional regulator, LytTR family  31.72 
 
 		 260 aa  101  1e-20  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.10961  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0374  two component transcriptional regulator, LytTR family  30.66 
 
 		 242 aa  100  2e-20  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C6684  LytR/AlgR family transcriptional regulator  30.26 
 
 		 243 aa  100  3e-20  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4382  LytTR family two component transcriptional regulator  29.46 
 
 		 273 aa  99.8  3e-20  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_004414  response regulator of the LytR/AlgR family  32 
 
 		 242 aa  99.8  4e-20  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1548  putative two-component response-regulatory protein YehT  29.81 
 
 		 236 aa  99  5e-20  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.496368  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3913  LytTR family two component transcriptional regulator  26.47 
 
 		 268 aa  98.6  7e-20  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.316099  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1001  LytR/AlgR family transcriptional regulator  28.95 
 
 		 262 aa  99  7e-20  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  0.0103069 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00984  putative two-component response-regulatory protein YehT  31.11 
 
 		 242 aa  98.6  8e-20  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1004  two component transcriptional regulator, LytTR family  29.91 
 
 		 257 aa  98.6  8e-20  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  decreased coverage  0.00878343  normal  0.279198 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1860  two component transcriptional regulator, LytTR family  29.81 
 
 		 266 aa  97.8  1e-19  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0617  two component transcriptional regulator, LytTR family  28.91 
 
 		 243 aa  97.4  2e-19  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  0.23864 
 
 
-
 
NC_013203  Apar_1323  two component transcriptional regulator, LytTR family  33.01 
 
 		 237 aa  97.4  2e-19  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  0.0540721  normal  0.0273831 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2443  LytTR family two component transcriptional regulator  30 
 
 		 279 aa  96.3  4e-19  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2434  putative two-component response-regulatory protein YehT  31.75 
 
 		 236 aa  96.3  4e-19  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.318628  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2920  LytTR family two component transcriptional regulator  29.91 
 
 		 245 aa  96.3  4e-19  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.106094 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1279  two component transcriptional regulator, LytTR family  29.8 
 
 		 248 aa  95.9  5e-19  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.111911  normal  0.254446 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1761  two component transcriptional regulator, LytTR family  31.48 
 
 		 251 aa  95.5  7e-19  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>