More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Cpin_2060 on replicon NC_013132
Organism: Chitinophaga pinensis DSM 2588



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013132  Cpin_2060  two component transcriptional regulator, LytTR family  100 
 
 		 240 aa  488  1e-137  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_1645  two component transcriptional regulator, LytTR family  48.71 
 
 		 232 aa  245  4.9999999999999997e-64  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1844  two component transcriptional regulator, LytTR family  40 
 
 		 236 aa  194  1e-48  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4084  two component transcriptional regulator, LytTR family  37.92 
 
 		 244 aa  190  1e-47  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.445273  normal  0.0209217 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1679  LytTR family two component transcriptional regulator  41.63 
 
 		 238 aa  189  4e-47  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0217  LytTr DNA-binding region  41.49 
 
 		 250 aa  187  1e-46  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  0.630653 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5383  two component transcriptional regulator, LytTR family  38.22 
 
 		 235 aa  185  4e-46  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_5300  two component transcriptional regulator, LytTR family  42.37 
 
 		 241 aa  184  2.0000000000000003e-45  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.0290142 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0764  two component transcriptional regulator, LytTR family  36.17 
 
 		 245 aa  180  1e-44  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.626213 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_3280  two component transcriptional regulator, LytTR family  37.76 
 
 		 245 aa  178  5.999999999999999e-44  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_2165  LytTR family two component transcriptional regulator  37.97 
 
 		 235 aa  178  5.999999999999999e-44  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.0607611  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5598  two component transcriptional regulator, LytTR family  38.16 
 
 		 237 aa  178  7e-44  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  hitchhiker  0.0000105391  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3175  two component transcriptional regulator, LytTR family  37.4 
 
 		 250 aa  176  2e-43  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1723  two component transcriptional regulator, LytTR family  37.61 
 
 		 232 aa  174  8e-43  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3124  LytTr DNA-binding region  38.93 
 
 		 244 aa  172  2.9999999999999996e-42  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0330  two component transcriptional regulator, LytTR family  36.36 
 
 		 254 aa  171  9e-42  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.489053 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3628  two component transcriptional regulator, LytTR family  33.75 
 
 		 235 aa  171  1e-41  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.0184746 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_5358  two component transcriptional regulator, LytTR family  36.52 
 
 		 235 aa  169  2e-41  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_5028  LytTR family two component transcriptional regulator  32.08 
 
 		 237 aa  169  2e-41  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.967214  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_2575  two-component response regulator  37.92 
 
 		 241 aa  167  2e-40  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3790  two component transcriptional regulator, LytTR family  37.28 
 
 		 240 aa  167  2e-40  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.540237  normal  0.0384587 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_1220  two component transcriptional regulator, LytTR family  39.41 
 
 		 238 aa  164  1.0000000000000001e-39  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  0.132093  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0597  two component transcriptional regulator, LytTR family  36.91 
 
 		 242 aa  163  2.0000000000000002e-39  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.0722811 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4134  LytTR family two component transcriptional regulator  36.82 
 
 		 243 aa  163  2.0000000000000002e-39  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.291369  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3396  two component transcriptional regulator, LytTR family  36.55 
 
 		 243 aa  162  4.0000000000000004e-39  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.655263 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4010  two component transcriptional regulator, LytTR family  34.96 
 
 		 231 aa  162  5.0000000000000005e-39  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.0569074  decreased coverage  0.00157623 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2791  two component transcriptional regulator, LytTR family  33.48 
 
 		 224 aa  160  1e-38  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.0891261 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4564  LytTR family two component transcriptional regulator  36.44 
 
 		 233 aa  161  1e-38  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.0221995  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2242  two component transcriptional regulator, LytTR family  33.6 
 
 		 244 aa  158  6e-38  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1177  two component transcriptional regulator, LytTR family  35.19 
 
 		 231 aa  157  1e-37  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0733  two component transcriptional regulator, LytTR family  34.21 
 
 		 243 aa  155  5.0000000000000005e-37  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4710  two component transcriptional regulator, LytTR family  34.39 
 
 		 254 aa  153  2e-36  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013733  Slin_6983  two component transcriptional regulator, LytTR family  32.91 
 
 		 230 aa  153  2e-36  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.659349  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1841  response regulator receiver  34.18 
 
 		 245 aa  152  5e-36  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000216203 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_04910  two-component system response regulator  34.96 
 
 		 236 aa  151  8e-36  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.981835  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0904  two component transcriptional regulator, LytTR family  33.33 
 
 		 249 aa  150  2e-35  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.911747  normal  0.38362 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_2030  LytTR family two component transcriptional regulator  35.53 
 
 		 237 aa  149  3e-35  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0826  two component transcriptional regulator, LytTR family  32.16 
 
 		 235 aa  149  4e-35  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.398179  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_4189  LytTr DNA-binding region  34.19 
 
 		 231 aa  148  9e-35  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  0.537023 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0588  response regulator receiver  37.78 
 
 		 227 aa  148  1.0000000000000001e-34  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_7298  two component transcriptional regulator, LytTR family  34.82 
 
 		 230 aa  147  1.0000000000000001e-34  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3926  two component transcriptional regulator, LytTR family  31.97 
 
 		 237 aa  146  3e-34  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.566728 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4524  two component transcriptional regulator, LytTR family  33.33 
 
 		 240 aa  145  6e-34  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  hitchhiker  0.00000306542  normal  0.871136 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5230  two component transcriptional regulator, LytTR family  32.47 
 
 		 244 aa  144  1e-33  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.236835  normal  0.031416 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_5133  two component transcriptional regulator, LytTR family  33.48 
 
 		 227 aa  144  2e-33  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.983168 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_6269  two component transcriptional regulator, LytTR family  33.19 
 
 		 228 aa  143  3e-33  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5161  two component transcriptional regulator, LytTR family  35.1 
 
 		 248 aa  142  4e-33  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.185153  hitchhiker  0.000735465 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_11553  two-component system response regulator  34.62 
 
 		 237 aa  142  5e-33  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3968  LytTR family two component transcriptional regulator  34.51 
 
 		 229 aa  139  3e-32  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.0978404  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4282  LytTR family two component transcriptional regulator  33.04 
 
 		 232 aa  137  2e-31  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.442781  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2133  two component transcriptional regulator, LytTR family  30.2 
 
 		 256 aa  135  5e-31  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.926336  normal  0.829991 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0577  two component transcriptional regulator, LytTR family  28.76 
 
 		 231 aa  133  1.9999999999999998e-30  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_0991  LytTR family two component transcriptional regulator  31 
 
 		 229 aa  132  3e-30  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1834  LytTR family two component transcriptional regulator  35.24 
 
 		 237 aa  131  7.999999999999999e-30  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3483  LytTR family two component transcriptional regulator  33.03 
 
 		 231 aa  130  2.0000000000000002e-29  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.630225  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_5303  two component transcriptional regulator, LytTR family  31.69 
 
 		 261 aa  129  4.0000000000000003e-29  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.153649 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0190  LytR/AlgR family transcriptional regulator  29.87 
 
 		 244 aa  125  7e-28  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.625509  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2328  LytTR family two component transcriptional regulator  26.34 
 
 		 255 aa  122  6e-27  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.261765  decreased coverage  0.00199939 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_5142  two component transcriptional regulator, LytTR family  30.81 
 
 		 244 aa  122  6e-27  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.546377  normal  1 
 
 
-
 
NC_013731  Slin_6669  two component transcriptional regulator, LytTR family  28.63 
 
 		 242 aa  121  9e-27  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0421  two component transcriptional regulator, LytTR family  29.11 
 
 		 227 aa  119  3e-26  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_6424  two component transcriptional regulator, LytTR family  33.19 
 
 		 250 aa  119  4.9999999999999996e-26  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.529726  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1345  LytTR family two component transcriptional regulator  31.37 
 
 		 234 aa  114  1.0000000000000001e-24  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2329  LytTR family two component transcriptional regulator  28.34 
 
 		 255 aa  113  3e-24  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.0531557  decreased coverage  0.00207881 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1569  two component transcriptional regulator, LytTR family  31.92 
 
 		 240 aa  112  4.0000000000000004e-24  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000000000000531282 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2253  LytTr DNA-binding region  29.27 
 
 		 248 aa  112  4.0000000000000004e-24  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_09968  two-component system response regulator protein  33.48 
 
 		 235 aa  111  8.000000000000001e-24  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013203  Apar_1323  two component transcriptional regulator, LytTR family  30.95 
 
 		 237 aa  111  1.0000000000000001e-23  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  0.0540721  normal  0.0273831 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3291  LytR/AlgR family transcriptional regulator  30.36 
 
 		 258 aa  110  1.0000000000000001e-23  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.393667  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_02291  predicted response regulator in two-component system withYpdA  32.29 
 
 		 244 aa  110  2.0000000000000002e-23  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1276  two component transcriptional regulator, LytTR family  32.29 
 
 		 244 aa  110  2.0000000000000002e-23  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.435037  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1288  LytTR family two component transcriptional regulator  32.29 
 
 		 244 aa  110  2.0000000000000002e-23  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.524379  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2533  response regulator  29.63 
 
 		 244 aa  110  2.0000000000000002e-23  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2671  response regulator  32.29 
 
 		 244 aa  110  2.0000000000000002e-23  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2750  response regulator  32.29 
 
 		 244 aa  110  2.0000000000000002e-23  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3613  response regulator  32.29 
 
 		 244 aa  110  2.0000000000000002e-23  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.560415 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2906  two component transcriptional regulator, LytTR family  31.78 
 
 		 245 aa  110  2.0000000000000002e-23  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6586  two component transcriptional regulator, LytTR family  31.8 
 
 		 246 aa  110  2.0000000000000002e-23  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.318104  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2518  response regulator  32.29 
 
 		 244 aa  110  2.0000000000000002e-23  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3487  LytR/AlgR family transcriptional regulator  28.97 
 
 		 253 aa  109  3e-23  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.76921  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1047  LytTr DNA-binding region  31.8 
 
 		 241 aa  109  4.0000000000000004e-23  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.791092  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01918  putative response regulator in two-component regulatory system  30.17 
 
 		 275 aa  108  6e-23  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.159199  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3773  two component transcriptional regulator, LytTR family  29.28 
 
 		 260 aa  108  7.000000000000001e-23  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.10961  normal  1 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2697  LytR/AlgR family transcriptional regulator  31.43 
 
 		 240 aa  108  7.000000000000001e-23  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3670  LytR/AlgR family transcriptional regulator  27.65 
 
 		 246 aa  108  8.000000000000001e-23  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_1527  LytTR family two component transcriptional regulator  28.64 
 
 		 246 aa  108  8.000000000000001e-23  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.109257  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2920  LytTR family two component transcriptional regulator  29.49 
 
 		 245 aa  107  1e-22  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.106094 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_6125  two component transcriptional regulator, LytTR family  26.43 
 
 		 238 aa  106  3e-22  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004116  SAG1016  response regulator  29.77 
 
 		 244 aa  106  4e-22  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3838  LytR/AlgR family transcriptional regulator  30.62 
 
 		 254 aa  106  4e-22  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  0.479778 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1860  two component transcriptional regulator, LytTR family  29.2 
 
 		 266 aa  106  4e-22  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3000  response regulator receiver domain-containing protein  30.46 
 
 		 229 aa  105  5e-22  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000248508 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_0579  response regulator receiver protein  31.05 
 
 		 239 aa  105  9e-22  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4495  LytTR family two component transcriptional regulator  26.61 
 
 		 245 aa  104  1e-21  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.17015 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2278  LytTr DNA-binding response regulator  30.26 
 
 		 280 aa  103  2e-21  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.421967  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1301  two component transcriptional regulator, LytTR family  25.21 
 
 		 245 aa  103  2e-21  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.39793  normal  0.563324 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1542  LytTr DNA-binding region  30.84 
 
 		 245 aa  102  4e-21  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  0.300206 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1151  response regulator receiver protein  29.1 
 
 		 276 aa  102  5e-21  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_11558  two-component system response regulator  28.88 
 
 		 233 aa  102  5e-21  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0420  LytR/AlgR family transcriptional regulator  30.91 
 
 		 317 aa  101  9e-21  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.0328897  normal  0.0302219 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>