More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dfer_3280 on replicon NC_013037
Organism: Dyadobacter fermentans DSM 18053



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013037  Dfer_3280  two component transcriptional regulator, LytTR family  100 
 
 		 245 aa  498  1e-140  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0330  two component transcriptional regulator, LytTR family  70.08 
 
 		 254 aa  364  1e-100  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.489053 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3124  LytTr DNA-binding region  65.16 
 
 		 244 aa  345  4e-94  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_5300  two component transcriptional regulator, LytTR family  53.72 
 
 		 241 aa  290  1e-77  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.0290142 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4134  LytTR family two component transcriptional regulator  57.55 
 
 		 243 aa  289  3e-77  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.291369  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0597  two component transcriptional regulator, LytTR family  52.89 
 
 		 242 aa  282  4.0000000000000003e-75  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.0722811 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_2575  two-component response regulator  51.04 
 
 		 241 aa  259  3e-68  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1844  two component transcriptional regulator, LytTR family  45.61 
 
 		 236 aa  232  5e-60  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_1220  two component transcriptional regulator, LytTR family  47.66 
 
 		 238 aa  209  3e-53  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  0.132093  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0217  LytTr DNA-binding region  40.57 
 
 		 250 aa  203  2e-51  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  0.630653 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5598  two component transcriptional regulator, LytTR family  41.7 
 
 		 237 aa  202  4e-51  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  hitchhiker  0.0000105391  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3175  two component transcriptional regulator, LytTR family  39.6 
 
 		 250 aa  201  8e-51  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2242  two component transcriptional regulator, LytTR family  40.08 
 
 		 244 aa  191  1e-47  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3926  two component transcriptional regulator, LytTR family  40.89 
 
 		 237 aa  187  1e-46  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.566728 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1679  LytTR family two component transcriptional regulator  40.17 
 
 		 238 aa  187  1e-46  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1177  two component transcriptional regulator, LytTR family  41.84 
 
 		 231 aa  185  6e-46  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0764  two component transcriptional regulator, LytTR family  40.49 
 
 		 245 aa  182  5.0000000000000004e-45  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.626213 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4084  two component transcriptional regulator, LytTR family  37.5 
 
 		 244 aa  180  2e-44  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.445273  normal  0.0209217 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1723  two component transcriptional regulator, LytTR family  39.5 
 
 		 232 aa  179  4.999999999999999e-44  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2060  two component transcriptional regulator, LytTR family  37.76 
 
 		 240 aa  178  5.999999999999999e-44  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_04910  two-component system response regulator  37.02 
 
 		 236 aa  177  2e-43  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.981835  n/a   
 
 
-
 
NC_013733  Slin_6983  two component transcriptional regulator, LytTR family  40.43 
 
 		 230 aa  176  3e-43  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.659349  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3628  two component transcriptional regulator, LytTR family  38.2 
 
 		 235 aa  176  4e-43  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.0184746 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_5028  LytTR family two component transcriptional regulator  37.61 
 
 		 237 aa  174  9.999999999999999e-43  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.967214  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_5133  two component transcriptional regulator, LytTR family  40.43 
 
 		 227 aa  173  1.9999999999999998e-42  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.983168 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_5358  two component transcriptional regulator, LytTR family  36.93 
 
 		 235 aa  173  2.9999999999999996e-42  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2791  two component transcriptional regulator, LytTR family  36.55 
 
 		 224 aa  173  2.9999999999999996e-42  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.0891261 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0733  two component transcriptional regulator, LytTR family  38.71 
 
 		 243 aa  172  3.9999999999999995e-42  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4010  two component transcriptional regulator, LytTR family  38.24 
 
 		 231 aa  170  2e-41  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.0569074  decreased coverage  0.00157623 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5383  two component transcriptional regulator, LytTR family  35.83 
 
 		 235 aa  170  2e-41  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_7298  two component transcriptional regulator, LytTR family  38.4 
 
 		 230 aa  168  8e-41  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4524  two component transcriptional regulator, LytTR family  36.82 
 
 		 240 aa  166  2e-40  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  hitchhiker  0.00000306542  normal  0.871136 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3968  LytTR family two component transcriptional regulator  36.4 
 
 		 229 aa  167  2e-40  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.0978404  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5161  two component transcriptional regulator, LytTR family  38.52 
 
 		 248 aa  165  5.9999999999999996e-40  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.185153  hitchhiker  0.000735465 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_4189  LytTr DNA-binding region  39.13 
 
 		 231 aa  164  8e-40  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  0.537023 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0588  response regulator receiver  37.77 
 
 		 227 aa  164  2.0000000000000002e-39  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3396  two component transcriptional regulator, LytTR family  35.68 
 
 		 243 aa  162  3e-39  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.655263 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5230  two component transcriptional regulator, LytTR family  36.82 
 
 		 244 aa  162  4.0000000000000004e-39  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.236835  normal  0.031416 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1841  response regulator receiver  37.92 
 
 		 245 aa  160  2e-38  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000216203 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_2165  LytTR family two component transcriptional regulator  34.18 
 
 		 235 aa  159  3e-38  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.0607611  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0904  two component transcriptional regulator, LytTR family  34.55 
 
 		 249 aa  158  6e-38  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.911747  normal  0.38362 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4564  LytTR family two component transcriptional regulator  34.03 
 
 		 233 aa  157  1e-37  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.0221995  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4710  two component transcriptional regulator, LytTR family  36.8 
 
 		 254 aa  156  3e-37  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_0991  LytTR family two component transcriptional regulator  38.17 
 
 		 229 aa  154  1e-36  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013162  Coch_1645  two component transcriptional regulator, LytTR family  33.91 
 
 		 232 aa  151  8.999999999999999e-36  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3790  two component transcriptional regulator, LytTR family  34.71 
 
 		 240 aa  150  2e-35  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.540237  normal  0.0384587 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0577  two component transcriptional regulator, LytTR family  34.76 
 
 		 231 aa  149  4e-35  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2133  two component transcriptional regulator, LytTR family  34.5 
 
 		 256 aa  147  2.0000000000000003e-34  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.926336  normal  0.829991 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0421  two component transcriptional regulator, LytTR family  32.64 
 
 		 227 aa  145  5e-34  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0826  two component transcriptional regulator, LytTR family  32.91 
 
 		 235 aa  145  8.000000000000001e-34  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.398179  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_5303  two component transcriptional regulator, LytTR family  37.1 
 
 		 261 aa  143  2e-33  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.153649 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_2030  LytTR family two component transcriptional regulator  30.93 
 
 		 237 aa  142  4e-33  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_11553  two-component system response regulator  33.62 
 
 		 237 aa  139  4.999999999999999e-32  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1834  LytTR family two component transcriptional regulator  36.97 
 
 		 237 aa  136  4e-31  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4282  LytTR family two component transcriptional regulator  31.51 
 
 		 232 aa  134  9.999999999999999e-31  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.442781  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS5295  response regulator LytR  36.55 
 
 		 246 aa  130  1.0000000000000001e-29  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_5122  response regulator  36.55 
 
 		 246 aa  130  1.0000000000000001e-29  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_5691  response regulator LytR  36.55 
 
 		 246 aa  130  1.0000000000000001e-29  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0480  response regulator receiver domain-containing protein  31.32 
 
 		 265 aa  131  1.0000000000000001e-29  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_5536  response regulator LytR  36.55 
 
 		 246 aa  130  1.0000000000000001e-29  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013731  Slin_6669  two component transcriptional regulator, LytTR family  30.29 
 
 		 242 aa  130  2.0000000000000002e-29  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_5234  LytTR family two component transcriptional regulator  36.95 
 
 		 246 aa  130  2.0000000000000002e-29  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK5137  response regulator  36.55 
 
 		 246 aa  130  3e-29  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_5573  response regulator LytR  36.55 
 
 		 246 aa  129  4.0000000000000003e-29  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A5621  response regulator LytR  36.44 
 
 		 246 aa  129  4.0000000000000003e-29  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4495  LytTR family two component transcriptional regulator  33.03 
 
 		 245 aa  128  9.000000000000001e-29  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.17015 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3483  LytTR family two component transcriptional regulator  34.45 
 
 		 231 aa  127  1.0000000000000001e-28  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.630225  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_6424  two component transcriptional regulator, LytTR family  27.98 
 
 		 250 aa  127  2.0000000000000002e-28  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.529726  normal  1 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B5384  response regulator LytR  35.63 
 
 		 246 aa  127  2.0000000000000002e-28  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.662493  normal  0.485514 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A5565  response regulator LytR  36.03 
 
 		 246 aa  126  3e-28  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2253  LytTr DNA-binding region  33.33 
 
 		 248 aa  125  5e-28  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_6125  two component transcriptional regulator, LytTR family  30.51 
 
 		 238 aa  124  1e-27  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_3958  LytTR family two component transcriptional regulator  34.15 
 
 		 246 aa  123  3e-27  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6586  two component transcriptional regulator, LytTR family  32.72 
 
 		 246 aa  122  4e-27  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.318104  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_6269  two component transcriptional regulator, LytTR family  33.19 
 
 		 228 aa  122  7e-27  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3718  response regulator  32.25 
 
 		 275 aa  120  1.9999999999999998e-26  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0190  LytR/AlgR family transcriptional regulator  30 
 
 		 244 aa  120  1.9999999999999998e-26  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.625509  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_09968  two-component system response regulator protein  34.58 
 
 		 235 aa  118  7e-26  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_00400  response regulator of the LytR/AlgR family  33.65 
 
 		 237 aa  118  7e-26  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  0.132657  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3159  response regulator receiver  33.8 
 
 		 242 aa  117  9.999999999999999e-26  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2172  LytR/AlgR family transcriptional regulator  33.02 
 
 		 252 aa  116  3e-25  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.0721488  normal  0.0255714 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1860  two component transcriptional regulator, LytTR family  32.05 
 
 		 266 aa  116  3e-25  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1345  LytTR family two component transcriptional regulator  32.27 
 
 		 234 aa  116  3e-25  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_0068  two component transcriptional regulator, LytTR family  30.2 
 
 		 244 aa  114  1.0000000000000001e-24  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  decreased coverage  0.00288448  normal  1 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1375  response regulator receiver protein  29.18 
 
 		 239 aa  114  1.0000000000000001e-24  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2329  LytTR family two component transcriptional regulator  30.98 
 
 		 255 aa  114  1.0000000000000001e-24  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.0531557  decreased coverage  0.00207881 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_6324  response regulator receiver protein  31.6 
 
 		 253 aa  114  1.0000000000000001e-24  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.48372 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4382  LytTR family two component transcriptional regulator  31.64 
 
 		 273 aa  114  2.0000000000000002e-24  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0420  LytR/AlgR family transcriptional regulator  34.09 
 
 		 317 aa  112  4.0000000000000004e-24  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.0328897  normal  0.0302219 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1301  two component transcriptional regulator, LytTR family  27.78 
 
 		 245 aa  113  4.0000000000000004e-24  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.39793  normal  0.563324 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5278  two component transcriptional regulator, LytTR family  29.77 
 
 		 281 aa  112  6e-24  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.415246  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_0137  two component transcriptional regulator, LytTR family  31.43 
 
 		 237 aa  112  7.000000000000001e-24  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1542  LytTr DNA-binding region  31.94 
 
 		 245 aa  111  1.0000000000000001e-23  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  0.300206 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3172  two component transcriptional regulator, LytTR family  32.02 
 
 		 258 aa  111  1.0000000000000001e-23  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  decreased coverage  0.00901875  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_5008  LytTR family two component transcriptional regulator  31.05 
 
 		 250 aa  110  2.0000000000000002e-23  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.135227  hitchhiker  0.0000288771 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2133  LytTR family two component transcriptional regulator  29.6 
 
 		 248 aa  110  2.0000000000000002e-23  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.565653  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1151  response regulator receiver protein  31.05 
 
 		 276 aa  110  2.0000000000000002e-23  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2328  LytTR family two component transcriptional regulator  31.31 
 
 		 255 aa  110  2.0000000000000002e-23  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.261765  decreased coverage  0.00199939 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_0699  response regulator receiver  31.64 
 
 		 275 aa  110  2.0000000000000002e-23  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_4494  LytTr DNA-binding region  30.74 
 
 		 250 aa  110  2.0000000000000002e-23  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.0706486  normal  0.304613 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>