More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dfer_0733 on replicon NC_013037
Organism: Dyadobacter fermentans DSM 18053



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013037  Dfer_0733  two component transcriptional regulator, LytTR family  100 
 
 		 243 aa  493  9.999999999999999e-139  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3790  two component transcriptional regulator, LytTR family  39.42 
 
 		 240 aa  203  2e-51  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.540237  normal  0.0384587 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4524  two component transcriptional regulator, LytTR family  41.05 
 
 		 240 aa  201  6e-51  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  hitchhiker  0.00000306542  normal  0.871136 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5598  two component transcriptional regulator, LytTR family  41.05 
 
 		 237 aa  197  1.0000000000000001e-49  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  hitchhiker  0.0000105391  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1841  response regulator receiver  40.16 
 
 		 245 aa  197  2.0000000000000003e-49  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000216203 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4564  LytTR family two component transcriptional regulator  40.27 
 
 		 233 aa  196  2.0000000000000003e-49  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.0221995  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1844  two component transcriptional regulator, LytTR family  39.47 
 
 		 236 aa  192  4e-48  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4134  LytTR family two component transcriptional regulator  40.43 
 
 		 243 aa  192  5e-48  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.291369  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3628  two component transcriptional regulator, LytTR family  39.13 
 
 		 235 aa  191  7e-48  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.0184746 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3175  two component transcriptional regulator, LytTR family  41.15 
 
 		 250 aa  189  5e-47  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0217  LytTr DNA-binding region  37.92 
 
 		 250 aa  187  2e-46  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  0.630653 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4710  two component transcriptional regulator, LytTR family  38.71 
 
 		 254 aa  183  2.0000000000000003e-45  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_2165  LytTR family two component transcriptional regulator  40.43 
 
 		 235 aa  183  2.0000000000000003e-45  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.0607611  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2133  two component transcriptional regulator, LytTR family  38.06 
 
 		 256 aa  182  5.0000000000000004e-45  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.926336  normal  0.829991 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5383  two component transcriptional regulator, LytTR family  39.41 
 
 		 235 aa  181  9.000000000000001e-45  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_3280  two component transcriptional regulator, LytTR family  38.71 
 
 		 245 aa  180  2e-44  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_2030  LytTR family two component transcriptional regulator  36.82 
 
 		 237 aa  179  4e-44  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2791  two component transcriptional regulator, LytTR family  39.57 
 
 		 224 aa  178  5.999999999999999e-44  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.0891261 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4084  two component transcriptional regulator, LytTR family  37.44 
 
 		 244 aa  177  1e-43  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.445273  normal  0.0209217 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3926  two component transcriptional regulator, LytTR family  40 
 
 		 237 aa  176  2e-43  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.566728 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_2575  two-component response regulator  38.79 
 
 		 241 aa  175  5e-43  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0826  two component transcriptional regulator, LytTR family  37.77 
 
 		 235 aa  175  6e-43  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.398179  normal  1 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_04910  two-component system response regulator  36.05 
 
 		 236 aa  175  7e-43  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.981835  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0904  two component transcriptional regulator, LytTR family  37.29 
 
 		 249 aa  175  7e-43  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.911747  normal  0.38362 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4282  LytTR family two component transcriptional regulator  36.91 
 
 		 232 aa  174  9.999999999999999e-43  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.442781  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1679  LytTR family two component transcriptional regulator  38.7 
 
 		 238 aa  173  2.9999999999999996e-42  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0597  two component transcriptional regulator, LytTR family  37.07 
 
 		 242 aa  170  2e-41  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.0722811 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3968  LytTR family two component transcriptional regulator  39.38 
 
 		 229 aa  170  2e-41  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.0978404  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0330  two component transcriptional regulator, LytTR family  40 
 
 		 254 aa  169  3e-41  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.489053 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3124  LytTr DNA-binding region  38.02 
 
 		 244 aa  169  4e-41  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0764  two component transcriptional regulator, LytTR family  36.91 
 
 		 245 aa  167  1e-40  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.626213 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_5358  two component transcriptional regulator, LytTR family  37.61 
 
 		 235 aa  167  1e-40  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5230  two component transcriptional regulator, LytTR family  36.17 
 
 		 244 aa  164  1.0000000000000001e-39  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.236835  normal  0.031416 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_5028  LytTR family two component transcriptional regulator  37.61 
 
 		 237 aa  164  1.0000000000000001e-39  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.967214  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5161  two component transcriptional regulator, LytTR family  41.67 
 
 		 248 aa  163  2.0000000000000002e-39  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.185153  hitchhiker  0.000735465 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_5300  two component transcriptional regulator, LytTR family  35.02 
 
 		 241 aa  160  1e-38  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.0290142 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4010  two component transcriptional regulator, LytTR family  32.48 
 
 		 231 aa  159  6e-38  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.0569074  decreased coverage  0.00157623 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_5303  two component transcriptional regulator, LytTR family  34.66 
 
 		 261 aa  158  6e-38  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.153649 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_0991  LytTR family two component transcriptional regulator  34.35 
 
 		 229 aa  158  6e-38  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2060  two component transcriptional regulator, LytTR family  34.21 
 
 		 240 aa  158  7e-38  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3396  two component transcriptional regulator, LytTR family  36.09 
 
 		 243 aa  158  8e-38  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.655263 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1177  two component transcriptional regulator, LytTR family  35.42 
 
 		 231 aa  156  3e-37  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013733  Slin_6983  two component transcriptional regulator, LytTR family  36.02 
 
 		 230 aa  154  1e-36  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.659349  normal  1 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_1220  two component transcriptional regulator, LytTR family  38.16 
 
 		 238 aa  154  2e-36  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  0.132093  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_6424  two component transcriptional regulator, LytTR family  35.06 
 
 		 250 aa  154  2e-36  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.529726  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1723  two component transcriptional regulator, LytTR family  35.84 
 
 		 232 aa  151  7e-36  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_1645  two component transcriptional regulator, LytTR family  32.62 
 
 		 232 aa  150  2e-35  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013731  Slin_6669  two component transcriptional regulator, LytTR family  33.73 
 
 		 242 aa  150  2e-35  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_5133  two component transcriptional regulator, LytTR family  33.04 
 
 		 227 aa  150  2e-35  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.983168 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_4189  LytTr DNA-binding region  31.62 
 
 		 231 aa  144  1e-33  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  0.537023 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1542  LytTr DNA-binding region  35.71 
 
 		 245 aa  142  7e-33  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  0.300206 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_7298  two component transcriptional regulator, LytTR family  33.77 
 
 		 230 aa  141  8e-33  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_6269  two component transcriptional regulator, LytTR family  33.19 
 
 		 228 aa  140  1.9999999999999998e-32  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2242  two component transcriptional regulator, LytTR family  32 
 
 		 244 aa  139  3e-32  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0190  LytR/AlgR family transcriptional regulator  32.92 
 
 		 244 aa  138  7e-32  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.625509  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6586  two component transcriptional regulator, LytTR family  30.45 
 
 		 246 aa  138  1e-31  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.318104  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0588  response regulator receiver  33.63 
 
 		 227 aa  137  2e-31  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0577  two component transcriptional regulator, LytTR family  29.66 
 
 		 231 aa  137  2e-31  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1301  two component transcriptional regulator, LytTR family  28.93 
 
 		 245 aa  136  2e-31  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.39793  normal  0.563324 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1834  LytTR family two component transcriptional regulator  31.47 
 
 		 237 aa  137  2e-31  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3159  response regulator receiver  33.77 
 
 		 242 aa  136  3.0000000000000003e-31  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2253  LytTr DNA-binding region  32.19 
 
 		 248 aa  135  7.000000000000001e-31  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3291  LytR/AlgR family transcriptional regulator  30.16 
 
 		 258 aa  134  9.999999999999999e-31  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.393667  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4495  LytTR family two component transcriptional regulator  33.9 
 
 		 245 aa  133  3e-30  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.17015 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3483  LytTR family two component transcriptional regulator  29.96 
 
 		 231 aa  132  6e-30  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.630225  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_11553  two-component system response regulator  29.18 
 
 		 237 aa  130  1.0000000000000001e-29  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_6125  two component transcriptional regulator, LytTR family  32.91 
 
 		 238 aa  128  6e-29  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3900  response regulator receiver domain-containing protein  33.62 
 
 		 261 aa  127  2.0000000000000002e-28  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_1246  LytTR family two component transcriptional regulator  28.29 
 
 		 254 aa  127  2.0000000000000002e-28  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1047  LytTr DNA-binding region  32.23 
 
 		 241 aa  127  2.0000000000000002e-28  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.791092  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_5142  two component transcriptional regulator, LytTR family  35.35 
 
 		 244 aa  124  1e-27  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.546377  normal  1 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2328  LytTR family two component transcriptional regulator  30.35 
 
 		 255 aa  124  2e-27  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.261765  decreased coverage  0.00199939 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1149  response regulator receiver protein  31.06 
 
 		 239 aa  124  2e-27  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_0704  LytTR family two component transcriptional regulator  28.57 
 
 		 276 aa  124  2e-27  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  0.674394 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0421  two component transcriptional regulator, LytTR family  31.91 
 
 		 227 aa  123  3e-27  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0480  response regulator receiver domain-containing protein  29.96 
 
 		 265 aa  122  5e-27  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3913  LytTR family two component transcriptional regulator  30.74 
 
 		 268 aa  120  1.9999999999999998e-26  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.316099  normal  1 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1375  response regulator receiver protein  30.61 
 
 		 239 aa  120  1.9999999999999998e-26  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4382  LytTR family two component transcriptional regulator  28.99 
 
 		 273 aa  118  7e-26  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_4129  two component transcriptional regulator, LytTR family  28.86 
 
 		 271 aa  117  9.999999999999999e-26  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0420  LytR/AlgR family transcriptional regulator  28.34 
 
 		 317 aa  117  9.999999999999999e-26  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.0328897  normal  0.0302219 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2697  LytR/AlgR family transcriptional regulator  30.9 
 
 		 240 aa  117  1.9999999999999998e-25  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_0067  LytTR family two component transcriptional regulator  29.03 
 
 		 268 aa  117  1.9999999999999998e-25  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.169577  normal  0.169612 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3544  two component transcriptional regulator, LytTR family  30.56 
 
 		 251 aa  115  7.999999999999999e-25  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.0394969  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_11558  two-component system response regulator  27.59 
 
 		 233 aa  114  1.0000000000000001e-24  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_09968  two-component system response regulator protein  30.54 
 
 		 235 aa  114  1.0000000000000001e-24  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0114  LytTR family two component transcriptional regulator  32.61 
 
 		 226 aa  114  2.0000000000000002e-24  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  0.310837  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1151  response regulator receiver protein  28.57 
 
 		 276 aa  114  2.0000000000000002e-24  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B5384  response regulator LytR  28.28 
 
 		 246 aa  114  2.0000000000000002e-24  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.662493  normal  0.485514 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1345  LytTR family two component transcriptional regulator  32.55 
 
 		 234 aa  114  2.0000000000000002e-24  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2278  LytTr DNA-binding response regulator  27.5 
 
 		 280 aa  113  3e-24  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.421967  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1860  two component transcriptional regulator, LytTR family  30.97 
 
 		 266 aa  112  4.0000000000000004e-24  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_1393  two component transcriptional regulator, LytTR family  29.63 
 
 		 238 aa  112  5e-24  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000000000160197 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2329  LytTR family two component transcriptional regulator  27.45 
 
 		 255 aa  112  7.000000000000001e-24  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.0531557  decreased coverage  0.00207881 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK5137  response regulator  29.15 
 
 		 246 aa  112  8.000000000000001e-24  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A5565  response regulator LytR  28.28 
 
 		 246 aa  111  8.000000000000001e-24  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3733  response regulator receiver domain-containing protein  29.92 
 
 		 249 aa  111  8.000000000000001e-24  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  0.766169 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3718  response regulator  27.43 
 
 		 275 aa  110  1.0000000000000001e-23  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_0357  response regulator receiver  30.88 
 
 		 249 aa  111  1.0000000000000001e-23  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_5573  response regulator LytR  27.05 
 
 		 246 aa  110  2.0000000000000002e-23  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>