More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Cpin_5598 on replicon NC_013132
Organism: Chitinophaga pinensis DSM 2588



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013132  Cpin_5598  two component transcriptional regulator, LytTR family  100 
 
 		 237 aa  486  1e-136  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  hitchhiker  0.0000105391  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1844  two component transcriptional regulator, LytTR family  45.81 
 
 		 236 aa  227  1e-58  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3124  LytTr DNA-binding region  44.73 
 
 		 244 aa  216  2.9999999999999998e-55  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4134  LytTR family two component transcriptional regulator  41.99 
 
 		 243 aa  208  7e-53  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.291369  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0217  LytTr DNA-binding region  45.42 
 
 		 250 aa  207  9e-53  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  0.630653 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_5300  two component transcriptional regulator, LytTR family  41.6 
 
 		 241 aa  206  3e-52  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.0290142 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_3280  two component transcriptional regulator, LytTR family  41.7 
 
 		 245 aa  202  3e-51  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_2575  two-component response regulator  36.17 
 
 		 241 aa  202  5e-51  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4084  two component transcriptional regulator, LytTR family  43.04 
 
 		 244 aa  200  9.999999999999999e-51  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.445273  normal  0.0209217 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0588  response regulator receiver  42.67 
 
 		 227 aa  199  3.9999999999999996e-50  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0597  two component transcriptional regulator, LytTR family  39.5 
 
 		 242 aa  198  7.999999999999999e-50  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.0722811 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1679  LytTR family two component transcriptional regulator  39.66 
 
 		 238 aa  195  4.0000000000000005e-49  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3926  two component transcriptional regulator, LytTR family  39.51 
 
 		 237 aa  193  2e-48  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.566728 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3628  two component transcriptional regulator, LytTR family  43.04 
 
 		 235 aa  193  2e-48  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.0184746 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_5133  two component transcriptional regulator, LytTR family  41.41 
 
 		 227 aa  192  3e-48  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.983168 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_5028  LytTR family two component transcriptional regulator  39.66 
 
 		 237 aa  189  4e-47  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.967214  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5230  two component transcriptional regulator, LytTR family  39.34 
 
 		 244 aa  188  5e-47  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.236835  normal  0.031416 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0733  two component transcriptional regulator, LytTR family  41.05 
 
 		 243 aa  188  7e-47  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4524  two component transcriptional regulator, LytTR family  38.53 
 
 		 240 aa  187  8e-47  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  hitchhiker  0.00000306542  normal  0.871136 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0330  two component transcriptional regulator, LytTR family  40.16 
 
 		 254 aa  185  5e-46  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.489053 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_7298  two component transcriptional regulator, LytTR family  39.15 
 
 		 230 aa  185  6e-46  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_5358  two component transcriptional regulator, LytTR family  41.99 
 
 		 235 aa  184  7e-46  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3175  two component transcriptional regulator, LytTR family  40.24 
 
 		 250 aa  184  8e-46  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2242  two component transcriptional regulator, LytTR family  39.24 
 
 		 244 aa  183  2.0000000000000003e-45  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1841  response regulator receiver  40 
 
 		 245 aa  180  2e-44  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000216203 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2060  two component transcriptional regulator, LytTR family  38.16 
 
 		 240 aa  178  7e-44  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0764  two component transcriptional regulator, LytTR family  40 
 
 		 245 aa  178  8e-44  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.626213 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4564  LytTR family two component transcriptional regulator  36.8 
 
 		 233 aa  177  1e-43  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.0221995  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_2165  LytTR family two component transcriptional regulator  39.39 
 
 		 235 aa  177  1e-43  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.0607611  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1177  two component transcriptional regulator, LytTR family  39.74 
 
 		 231 aa  177  2e-43  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1723  two component transcriptional regulator, LytTR family  39.48 
 
 		 232 aa  177  2e-43  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4710  two component transcriptional regulator, LytTR family  39.75 
 
 		 254 aa  174  8e-43  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4010  two component transcriptional regulator, LytTR family  37.99 
 
 		 231 aa  174  9.999999999999999e-43  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.0569074  decreased coverage  0.00157623 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_04910  two-component system response regulator  37.12 
 
 		 236 aa  173  1.9999999999999998e-42  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.981835  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5383  two component transcriptional regulator, LytTR family  37.5 
 
 		 235 aa  173  1.9999999999999998e-42  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_1645  two component transcriptional regulator, LytTR family  39.13 
 
 		 232 aa  172  3.9999999999999995e-42  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3396  two component transcriptional regulator, LytTR family  35.29 
 
 		 243 aa  172  3.9999999999999995e-42  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.655263 
 
 
-
 
NC_013733  Slin_6983  two component transcriptional regulator, LytTR family  38.43 
 
 		 230 aa  171  9e-42  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.659349  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2791  two component transcriptional regulator, LytTR family  37.33 
 
 		 224 aa  171  9e-42  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.0891261 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_1220  two component transcriptional regulator, LytTR family  37.97 
 
 		 238 aa  169  4e-41  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  0.132093  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_0991  LytTR family two component transcriptional regulator  37.34 
 
 		 229 aa  168  5e-41  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3790  two component transcriptional regulator, LytTR family  35.9 
 
 		 240 aa  168  7e-41  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.540237  normal  0.0384587 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0421  two component transcriptional regulator, LytTR family  39.21 
 
 		 227 aa  167  2e-40  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0904  two component transcriptional regulator, LytTR family  35.78 
 
 		 249 aa  166  2.9999999999999998e-40  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.911747  normal  0.38362 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5161  two component transcriptional regulator, LytTR family  40.87 
 
 		 248 aa  166  2.9999999999999998e-40  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.185153  hitchhiker  0.000735465 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0577  two component transcriptional regulator, LytTR family  36.89 
 
 		 231 aa  165  5e-40  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0826  two component transcriptional regulator, LytTR family  36.44 
 
 		 235 aa  165  5.9999999999999996e-40  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.398179  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_5303  two component transcriptional regulator, LytTR family  36.25 
 
 		 261 aa  161  8.000000000000001e-39  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.153649 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_4189  LytTr DNA-binding region  38.94 
 
 		 231 aa  161  8.000000000000001e-39  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  0.537023 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3968  LytTR family two component transcriptional regulator  38.7 
 
 		 229 aa  159  3e-38  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.0978404  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2133  two component transcriptional regulator, LytTR family  37.55 
 
 		 256 aa  158  7e-38  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.926336  normal  0.829991 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_2030  LytTR family two component transcriptional regulator  36.8 
 
 		 237 aa  157  1e-37  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4282  LytTR family two component transcriptional regulator  35.27 
 
 		 232 aa  149  3e-35  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.442781  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_11553  two-component system response regulator  38.26 
 
 		 237 aa  148  8e-35  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3483  LytTR family two component transcriptional regulator  35.56 
 
 		 231 aa  143  2e-33  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.630225  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_0704  LytTR family two component transcriptional regulator  34.09 
 
 		 276 aa  136  2e-31  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  0.674394 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1542  LytTr DNA-binding region  35.68 
 
 		 245 aa  132  5e-30  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  0.300206 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01918  putative response regulator in two-component regulatory system  31.85 
 
 		 275 aa  132  5e-30  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.159199  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0480  response regulator receiver domain-containing protein  33.33 
 
 		 265 aa  131  1.0000000000000001e-29  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_6424  two component transcriptional regulator, LytTR family  32.74 
 
 		 250 aa  130  2.0000000000000002e-29  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.529726  normal  1 
 
 
-
 
NC_013731  Slin_6669  two component transcriptional regulator, LytTR family  31.62 
 
 		 242 aa  129  4.0000000000000003e-29  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6586  two component transcriptional regulator, LytTR family  32.57 
 
 		 246 aa  129  4.0000000000000003e-29  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.318104  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_6269  two component transcriptional regulator, LytTR family  33.18 
 
 		 228 aa  129  5.0000000000000004e-29  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1834  LytTR family two component transcriptional regulator  30.21 
 
 		 237 aa  127  1.0000000000000001e-28  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_5008  LytTR family two component transcriptional regulator  33.77 
 
 		 250 aa  126  2.0000000000000002e-28  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.135227  hitchhiker  0.0000288771 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2253  LytTr DNA-binding region  29.74 
 
 		 248 aa  126  2.0000000000000002e-28  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_4494  LytTr DNA-binding region  32.9 
 
 		 250 aa  127  2.0000000000000002e-28  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.0706486  normal  0.304613 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3718  response regulator  31.97 
 
 		 275 aa  125  7e-28  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0420  LytR/AlgR family transcriptional regulator  33.46 
 
 		 317 aa  123  2e-27  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.0328897  normal  0.0302219 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0190  LytR/AlgR family transcriptional regulator  28.97 
 
 		 244 aa  123  3e-27  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.625509  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3487  LytR/AlgR family transcriptional regulator  32.24 
 
 		 253 aa  122  5e-27  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.76921  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2385  response regulator receiver protein  30.91 
 
 		 272 aa  122  6e-27  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_6125  two component transcriptional regulator, LytTR family  30.1 
 
 		 238 aa  122  7e-27  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4495  LytTR family two component transcriptional regulator  29.75 
 
 		 245 aa  121  8e-27  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.17015 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0227  LytR/AlgR family transcriptional regulator  30.04 
 
 		 265 aa  121  9.999999999999999e-27  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.312706  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4382  LytTR family two component transcriptional regulator  30.74 
 
 		 273 aa  121  9.999999999999999e-27  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_0357  response regulator receiver  34.74 
 
 		 249 aa  120  9.999999999999999e-27  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5278  two component transcriptional regulator, LytTR family  35.51 
 
 		 281 aa  120  1.9999999999999998e-26  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.415246  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_07024  transcriptional regulator  31.05 
 
 		 263 aa  120  1.9999999999999998e-26  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2328  LytTR family two component transcriptional regulator  31.92 
 
 		 255 aa  120  1.9999999999999998e-26  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.261765  decreased coverage  0.00199939 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000974  response regulator of the LytR/AlgR family  31.05 
 
 		 263 aa  120  1.9999999999999998e-26  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.728867  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3159  response regulator receiver  30.3 
 
 		 242 aa  119  3e-26  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_1393  two component transcriptional regulator, LytTR family  31.9 
 
 		 238 aa  119  6e-26  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000000000160197 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_0699  response regulator receiver  35.22 
 
 		 275 aa  118  7e-26  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0930  response regulator receiver protein  31.44 
 
 		 243 aa  117  9.999999999999999e-26  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  0.748451 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1065  response regulator receiver protein  33.05 
 
 		 249 aa  117  9.999999999999999e-26  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.251377  normal  0.725191 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1375  response regulator receiver protein  30.74 
 
 		 239 aa  117  1.9999999999999998e-25  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_0068  two component transcriptional regulator, LytTR family  30.42 
 
 		 244 aa  117  1.9999999999999998e-25  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  decreased coverage  0.00288448  normal  1 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2329  LytTR family two component transcriptional regulator  28.57 
 
 		 255 aa  117  1.9999999999999998e-25  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.0531557  decreased coverage  0.00207881 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_12140  response regulator of the LytR/AlgR family  33.18 
 
 		 255 aa  117  1.9999999999999998e-25  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2278  LytTr DNA-binding response regulator  31.25 
 
 		 280 aa  116  3e-25  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.421967  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5734  two component transcriptional regulator, LytTR family  31.33 
 
 		 257 aa  115  3.9999999999999997e-25  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3291  LytR/AlgR family transcriptional regulator  28.4 
 
 		 258 aa  115  5e-25  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.393667  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_6324  response regulator receiver protein  31.51 
 
 		 253 aa  115  6.9999999999999995e-25  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.48372 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2673  response regulator receiver protein  28.95 
 
 		 268 aa  114  1.0000000000000001e-24  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.587227  normal  0.606797 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3172  two component transcriptional regulator, LytTR family  31.12 
 
 		 258 aa  113  2.0000000000000002e-24  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  decreased coverage  0.00901875  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2133  LytTR family two component transcriptional regulator  31.8 
 
 		 248 aa  114  2.0000000000000002e-24  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.565653  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2974  LytTR family two component transcriptional regulator  29.55 
 
 		 266 aa  113  3e-24  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.318128 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2858  response regulator receiver  31.34 
 
 		 264 aa  111  8.000000000000001e-24  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1860  two component transcriptional regulator, LytTR family  32.02 
 
 		 266 aa  111  1.0000000000000001e-23  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>