More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Phep_3159 on replicon NC_013061
Organism: Pedobacter heparinus DSM 2366



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013061  Phep_3159  response regulator receiver  100 
 
 		 242 aa  496  1e-139  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6586  two component transcriptional regulator, LytTR family  38.08 
 
 		 246 aa  177  1e-43  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.318104  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1542  LytTr DNA-binding region  41.77 
 
 		 245 aa  170  1e-41  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  0.300206 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1860  two component transcriptional regulator, LytTR family  36.25 
 
 		 266 aa  165  5e-40  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3487  LytR/AlgR family transcriptional regulator  35.29 
 
 		 253 aa  157  2e-37  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.76921  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2385  response regulator receiver protein  33.33 
 
 		 272 aa  155  5.0000000000000005e-37  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01918  putative response regulator in two-component regulatory system  33.33 
 
 		 275 aa  154  2e-36  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.159199  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3291  LytR/AlgR family transcriptional regulator  34.4 
 
 		 258 aa  152  5e-36  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.393667  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1004  two component transcriptional regulator, LytTR family  34.8 
 
 		 257 aa  152  5e-36  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  decreased coverage  0.00878343  normal  0.279198 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1819  LytTr DNA-binding response regulator  33.9 
 
 		 260 aa  150  3e-35  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.148301  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3913  LytTR family two component transcriptional regulator  32.67 
 
 		 268 aa  148  9e-35  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.316099  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_5142  two component transcriptional regulator, LytTR family  36.17 
 
 		 244 aa  146  2.0000000000000003e-34  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.546377  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5734  two component transcriptional regulator, LytTR family  35.66 
 
 		 257 aa  146  2.0000000000000003e-34  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2278  LytTr DNA-binding response regulator  32 
 
 		 280 aa  146  3e-34  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.421967  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_0704  LytTR family two component transcriptional regulator  33.96 
 
 		 276 aa  145  5e-34  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  0.674394 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_0067  LytTR family two component transcriptional regulator  32.68 
 
 		 268 aa  144  1e-33  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.169577  normal  0.169612 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0227  LytR/AlgR family transcriptional regulator  32.83 
 
 		 265 aa  143  3e-33  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.312706  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4495  LytTR family two component transcriptional regulator  32.93 
 
 		 245 aa  142  4e-33  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.17015 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2673  response regulator receiver protein  33.96 
 
 		 268 aa  142  5e-33  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.587227  normal  0.606797 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3900  response regulator receiver domain-containing protein  35.91 
 
 		 261 aa  141  8e-33  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2974  LytTR family two component transcriptional regulator  33.08 
 
 		 266 aa  139  3.9999999999999997e-32  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.318128 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0480  response regulator receiver domain-containing protein  28.85 
 
 		 265 aa  139  4.999999999999999e-32  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1149  response regulator receiver protein  34.63 
 
 		 239 aa  138  1e-31  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0865  putative two-component response-regulatory protein YehT  33.2 
 
 		 239 aa  136  4e-31  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_1527  LytTR family two component transcriptional regulator  34.48 
 
 		 246 aa  135  4e-31  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.109257  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0190  LytR/AlgR family transcriptional regulator  29.41 
 
 		 244 aa  134  9.999999999999999e-31  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.625509  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4382  LytTR family two component transcriptional regulator  31.11 
 
 		 273 aa  134  9.999999999999999e-31  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2697  LytR/AlgR family transcriptional regulator  32.88 
 
 		 240 aa  133  1.9999999999999998e-30  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0374  two component transcriptional regulator, LytTR family  32.85 
 
 		 242 aa  133  3e-30  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_02054  predicted response regulator in two-component system withYehU  32.79 
 
 		 239 aa  132  3.9999999999999996e-30  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1533  two component transcriptional regulator, LytTR family  32.79 
 
 		 239 aa  132  3.9999999999999996e-30  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.726215  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2413  putative two-component response-regulatory protein YehT  32.79 
 
 		 239 aa  132  3.9999999999999996e-30  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1522  putative two-component response-regulatory protein YehT  32.79 
 
 		 239 aa  132  3.9999999999999996e-30  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012892  B21_02012  hypothetical protein  32.79 
 
 		 239 aa  132  3.9999999999999996e-30  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4010  two component transcriptional regulator, LytTR family  36.23 
 
 		 231 aa  132  3.9999999999999996e-30  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.0569074  decreased coverage  0.00157623 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3112  putative two-component response-regulatory protein YehT  32.79 
 
 		 239 aa  132  3.9999999999999996e-30  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.148941 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2259  putative two-component response-regulatory protein YehT  32.79 
 
 		 239 aa  132  3.9999999999999996e-30  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2443  LytTR family two component transcriptional regulator  30.71 
 
 		 279 aa  132  6e-30  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0919  putative two-component response-regulatory protein YehT  32.79 
 
 		 239 aa  132  6e-30  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0420  LytR/AlgR family transcriptional regulator  31.05 
 
 		 317 aa  131  7.999999999999999e-30  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.0328897  normal  0.0302219 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2671  response regulator receiver protein  31.25 
 
 		 243 aa  131  1.0000000000000001e-29  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000000586434 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3718  response regulator  29.41 
 
 		 275 aa  130  2.0000000000000002e-29  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3838  LytR/AlgR family transcriptional regulator  31.17 
 
 		 254 aa  130  2.0000000000000002e-29  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  0.479778 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3594  two component transcriptional regulator, LytTR family  33.2 
 
 		 260 aa  130  2.0000000000000002e-29  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.833136  normal  0.0457058 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2172  LytR/AlgR family transcriptional regulator  31.39 
 
 		 252 aa  129  4.0000000000000003e-29  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.0721488  normal  0.0255714 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0617  two component transcriptional regulator, LytTR family  31.74 
 
 		 243 aa  129  4.0000000000000003e-29  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  0.23864 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2133  two component transcriptional regulator, LytTR family  30 
 
 		 256 aa  129  4.0000000000000003e-29  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.926336  normal  0.829991 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4134  LytTR family two component transcriptional regulator  29.15 
 
 		 243 aa  129  5.0000000000000004e-29  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.291369  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2304  putative two-component response-regulatory protein YehT  31.15 
 
 		 239 aa  127  1.0000000000000001e-28  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2348  putative two-component response-regulatory protein YehT  31.15 
 
 		 239 aa  127  1.0000000000000001e-28  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2397  putative two-component response-regulatory protein YehT  31.15 
 
 		 239 aa  127  1.0000000000000001e-28  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.423362  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2393  putative two-component response-regulatory protein YehT  31.15 
 
 		 239 aa  127  1.0000000000000001e-28  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2505  putative two-component response-regulatory protein YehT  31.15 
 
 		 239 aa  127  1.0000000000000001e-28  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0733  two component transcriptional regulator, LytTR family  33.77 
 
 		 243 aa  127  1.0000000000000001e-28  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1440  putative two-component response-regulatory protein YehT  31.73 
 
 		 236 aa  126  4.0000000000000003e-28  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4710  two component transcriptional regulator, LytTR family  30.67 
 
 		 254 aa  125  5e-28  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4524  two component transcriptional regulator, LytTR family  29.49 
 
 		 240 aa  125  8.000000000000001e-28  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  hitchhiker  0.00000306542  normal  0.871136 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0224  putative two-component response-regulatory protein YehT  32.64 
 
 		 237 aa  124  1e-27  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2434  putative two-component response-regulatory protein YehT  30.29 
 
 		 236 aa  124  1e-27  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.318628  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2328  LytTR family two component transcriptional regulator  29.46 
 
 		 255 aa  124  1e-27  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.261765  decreased coverage  0.00199939 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4408  two component transcriptional regulator, LytTR family  31.13 
 
 		 268 aa  123  2e-27  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2906  two component transcriptional regulator, LytTR family  35.71 
 
 		 245 aa  124  2e-27  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2791  two component transcriptional regulator, LytTR family  31.09 
 
 		 224 aa  123  3e-27  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.0891261 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2329  LytTR family two component transcriptional regulator  30.31 
 
 		 255 aa  123  3e-27  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.0531557  decreased coverage  0.00207881 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3544  two component transcriptional regulator, LytTR family  30.48 
 
 		 251 aa  123  3e-27  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.0394969  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1841  response regulator receiver  31.36 
 
 		 245 aa  122  6e-27  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000216203 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_10420  two component transcriptional regulator, LytTR family  33.88 
 
 		 253 aa  122  6e-27  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000460621  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0488  response regulator receiver protein  29.22 
 
 		 252 aa  122  7e-27  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1479  putative two-component response-regulatory protein YehT  32.08 
 
 		 236 aa  122  7e-27  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.0100477  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1279  two component transcriptional regulator, LytTR family  31.49 
 
 		 248 aa  121  9e-27  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.111911  normal  0.254446 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2723  putative two-component response-regulatory protein YehT  31.85 
 
 		 239 aa  120  9.999999999999999e-27  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5230  two component transcriptional regulator, LytTR family  29.74 
 
 		 244 aa  120  1.9999999999999998e-26  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.236835  normal  0.031416 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0898  two component transcriptional regulator, LytTR family  31.84 
 
 		 265 aa  120  1.9999999999999998e-26  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1083  putative two-component response-regulatory protein YehT  31.22 
 
 		 239 aa  120  1.9999999999999998e-26  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.450563  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5598  two component transcriptional regulator, LytTR family  30.3 
 
 		 237 aa  119  3e-26  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  hitchhiker  0.0000105391  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2791  LytTR family two component transcriptional regulator  31.22 
 
 		 250 aa  120  3e-26  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.073585  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2093  putative two-component response-regulatory protein YehT  29.46 
 
 		 237 aa  119  3.9999999999999996e-26  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3733  response regulator receiver domain-containing protein  27.98 
 
 		 249 aa  119  3.9999999999999996e-26  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  0.766169 
 
 
-
 
NC_013203  Apar_1323  two component transcriptional regulator, LytTR family  33.33 
 
 		 237 aa  119  3.9999999999999996e-26  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  0.0540721  normal  0.0273831 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3790  two component transcriptional regulator, LytTR family  29.79 
 
 		 240 aa  119  3.9999999999999996e-26  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.540237  normal  0.0384587 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0957  putative two-component response-regulatory protein YehT  29.75 
 
 		 241 aa  119  4.9999999999999996e-26  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.147856  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0959  putative two-component response-regulatory protein YehT  30.45 
 
 		 241 aa  119  4.9999999999999996e-26  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.606019  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1130  putative two-component response-regulatory protein YehT  30.64 
 
 		 238 aa  118  6e-26  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1001  LytR/AlgR family transcriptional regulator  31.7 
 
 		 262 aa  118  7e-26  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  0.0103069 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3416  putative two-component response-regulatory protein YehT  30 
 
 		 237 aa  118  7e-26  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.329348  normal  0.0577965 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1964  LytR/AlgR family transcriptional regulator  29.39 
 
 		 255 aa  118  9e-26  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  0.777054 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1761  two component transcriptional regulator, LytTR family  32.43 
 
 		 251 aa  117  9.999999999999999e-26  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_2575  two-component response regulator  31.78 
 
 		 241 aa  118  9.999999999999999e-26  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1765  putative two-component response-regulatory protein YehT  31.09 
 
 		 232 aa  118  9.999999999999999e-26  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.199181  hitchhiker  0.00544661 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_0357  response regulator receiver  28.28 
 
 		 249 aa  117  9.999999999999999e-26  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_3280  two component transcriptional regulator, LytTR family  33.8 
 
 		 245 aa  117  9.999999999999999e-26  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0671  two component transcriptional regulator, LytTR family  32.17 
 
 		 251 aa  117  1.9999999999999998e-25  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2186  two component transcriptional regulator, LytTR family  33.19 
 
 		 275 aa  117  1.9999999999999998e-25  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0421  two component transcriptional regulator, LytTR family  32.07 
 
 		 256 aa  116  1.9999999999999998e-25  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  0.268274 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0826  two component transcriptional regulator, LytTR family  26.03 
 
 		 235 aa  117  1.9999999999999998e-25  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.398179  normal  1 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK5137  response regulator  30.61 
 
 		 246 aa  116  3e-25  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_0252  two-component response regulator  28.63 
 
 		 246 aa  116  3e-25  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00984  putative two-component response-regulatory protein YehT  32.51 
 
 		 242 aa  116  3e-25  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_0246  two-component response regulator  28.63 
 
 		 246 aa  116  3e-25  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3341  putative two-component response-regulatory protein YehT  29.6 
 
 		 244 aa  116  3e-25  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.798853 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>