More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Cpin_5383 on replicon NC_013132
Organism: Chitinophaga pinensis DSM 2588



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013132  Cpin_5383  two component transcriptional regulator, LytTR family  100 
 
 		 235 aa  476  1e-133  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_5358  two component transcriptional regulator, LytTR family  62.39 
 
 		 235 aa  302  4.0000000000000003e-81  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1844  two component transcriptional regulator, LytTR family  40.77 
 
 		 236 aa  202  5e-51  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4084  two component transcriptional regulator, LytTR family  40.62 
 
 		 244 aa  188  5e-47  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.445273  normal  0.0209217 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1679  LytTR family two component transcriptional regulator  36.6 
 
 		 238 aa  187  2e-46  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2060  two component transcriptional regulator, LytTR family  38.22 
 
 		 240 aa  185  4e-46  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0764  two component transcriptional regulator, LytTR family  37.97 
 
 		 245 aa  184  1.0000000000000001e-45  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.626213 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0588  response regulator receiver  39.11 
 
 		 227 aa  183  3e-45  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3628  two component transcriptional regulator, LytTR family  41.07 
 
 		 235 aa  179  2e-44  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.0184746 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4134  LytTR family two component transcriptional regulator  39.51 
 
 		 243 aa  177  9e-44  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.291369  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1841  response regulator receiver  38.1 
 
 		 245 aa  177  1e-43  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000216203 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3175  two component transcriptional regulator, LytTR family  38.89 
 
 		 250 aa  176  3e-43  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4524  two component transcriptional regulator, LytTR family  37.12 
 
 		 240 aa  175  6e-43  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  hitchhiker  0.00000306542  normal  0.871136 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3926  two component transcriptional regulator, LytTR family  38.14 
 
 		 237 aa  175  7e-43  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.566728 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2791  two component transcriptional regulator, LytTR family  36.91 
 
 		 224 aa  174  9e-43  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.0891261 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_2030  LytTR family two component transcriptional regulator  38.84 
 
 		 237 aa  174  9.999999999999999e-43  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0733  two component transcriptional regulator, LytTR family  39.41 
 
 		 243 aa  173  1.9999999999999998e-42  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5598  two component transcriptional regulator, LytTR family  37.5 
 
 		 237 aa  173  1.9999999999999998e-42  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  hitchhiker  0.0000105391  normal  1 
 
 
-
 
NC_013733  Slin_6983  two component transcriptional regulator, LytTR family  40.71 
 
 		 230 aa  173  2.9999999999999996e-42  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.659349  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_5028  LytTR family two component transcriptional regulator  36.8 
 
 		 237 aa  172  5.999999999999999e-42  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.967214  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_2575  two-component response regulator  36.44 
 
 		 241 aa  171  7.999999999999999e-42  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0217  LytTr DNA-binding region  39.34 
 
 		 250 aa  171  1e-41  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  0.630653 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_3280  two component transcriptional regulator, LytTR family  35.83 
 
 		 245 aa  170  2e-41  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_04910  two-component system response regulator  35.56 
 
 		 236 aa  170  2e-41  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.981835  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5230  two component transcriptional regulator, LytTR family  34.73 
 
 		 244 aa  167  1e-40  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.236835  normal  0.031416 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_5133  two component transcriptional regulator, LytTR family  36.12 
 
 		 227 aa  167  1e-40  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.983168 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3124  LytTr DNA-binding region  36.63 
 
 		 244 aa  166  4e-40  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0826  two component transcriptional regulator, LytTR family  37 
 
 		 235 aa  165  5e-40  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.398179  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_2165  LytTR family two component transcriptional regulator  36.05 
 
 		 235 aa  163  2.0000000000000002e-39  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.0607611  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4282  LytTR family two component transcriptional regulator  37.89 
 
 		 232 aa  163  3e-39  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.442781  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4010  two component transcriptional regulator, LytTR family  37.34 
 
 		 231 aa  162  4.0000000000000004e-39  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.0569074  decreased coverage  0.00157623 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_5300  two component transcriptional regulator, LytTR family  35.71 
 
 		 241 aa  162  4.0000000000000004e-39  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.0290142 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4564  LytTR family two component transcriptional regulator  34.08 
 
 		 233 aa  159  5e-38  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.0221995  n/a   
 
 
-
 
NC_013162  Coch_1220  two component transcriptional regulator, LytTR family  40 
 
 		 238 aa  158  6e-38  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  0.132093  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2242  two component transcriptional regulator, LytTR family  35.27 
 
 		 244 aa  157  2e-37  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_1645  two component transcriptional regulator, LytTR family  34.67 
 
 		 232 aa  156  2e-37  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_0991  LytTR family two component transcriptional regulator  34.78 
 
 		 229 aa  157  2e-37  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3790  two component transcriptional regulator, LytTR family  34.06 
 
 		 240 aa  155  5.0000000000000005e-37  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.540237  normal  0.0384587 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1723  two component transcriptional regulator, LytTR family  33.33 
 
 		 232 aa  153  2.9999999999999998e-36  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_7298  two component transcriptional regulator, LytTR family  35.34 
 
 		 230 aa  152  4e-36  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0597  two component transcriptional regulator, LytTR family  34.58 
 
 		 242 aa  151  1e-35  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.0722811 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3396  two component transcriptional regulator, LytTR family  35.78 
 
 		 243 aa  150  2e-35  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.655263 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0577  two component transcriptional regulator, LytTR family  32.17 
 
 		 231 aa  148  6e-35  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4710  two component transcriptional regulator, LytTR family  33.73 
 
 		 254 aa  148  9e-35  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_11553  two-component system response regulator  34.18 
 
 		 237 aa  146  2.0000000000000003e-34  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0421  two component transcriptional regulator, LytTR family  33.91 
 
 		 227 aa  146  3e-34  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_6269  two component transcriptional regulator, LytTR family  34.8 
 
 		 228 aa  144  1e-33  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0330  two component transcriptional regulator, LytTR family  32.27 
 
 		 254 aa  144  1e-33  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.489053 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1177  two component transcriptional regulator, LytTR family  34.06 
 
 		 231 aa  143  2e-33  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2133  two component transcriptional regulator, LytTR family  32.79 
 
 		 256 aa  141  8e-33  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.926336  normal  0.829991 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3483  LytTR family two component transcriptional regulator  34.5 
 
 		 231 aa  140  9.999999999999999e-33  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.630225  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3968  LytTR family two component transcriptional regulator  31.91 
 
 		 229 aa  141  9.999999999999999e-33  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.0978404  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5161  two component transcriptional regulator, LytTR family  34.71 
 
 		 248 aa  140  1.9999999999999998e-32  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.185153  hitchhiker  0.000735465 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0904  two component transcriptional regulator, LytTR family  29.52 
 
 		 249 aa  138  7.999999999999999e-32  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.911747  normal  0.38362 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_09968  two-component system response regulator protein  35.68 
 
 		 235 aa  136  2e-31  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_4189  LytTr DNA-binding region  32.76 
 
 		 231 aa  136  3.0000000000000003e-31  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  0.537023 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1834  LytTR family two component transcriptional regulator  33.19 
 
 		 237 aa  136  4e-31  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_5303  two component transcriptional regulator, LytTR family  33.2 
 
 		 261 aa  129  5.0000000000000004e-29  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.153649 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1301  two component transcriptional regulator, LytTR family  29.54 
 
 		 245 aa  126  2.0000000000000002e-28  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.39793  normal  0.563324 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6586  two component transcriptional regulator, LytTR family  32.51 
 
 		 246 aa  125  7e-28  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.318104  normal  1 
 
 
-
 
NC_013731  Slin_6669  two component transcriptional regulator, LytTR family  30.87 
 
 		 242 aa  125  7e-28  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1542  LytTr DNA-binding region  30.65 
 
 		 245 aa  122  3e-27  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  0.300206 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_6125  two component transcriptional regulator, LytTR family  27.71 
 
 		 238 aa  121  8e-27  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_1246  LytTR family two component transcriptional regulator  30.23 
 
 		 254 aa  121  9.999999999999999e-27  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1345  LytTR family two component transcriptional regulator  31.37 
 
 		 234 aa  120  9.999999999999999e-27  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1151  response regulator receiver protein  29.96 
 
 		 276 aa  116  1.9999999999999998e-25  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1375  response regulator receiver protein  28.57 
 
 		 239 aa  114  1.0000000000000001e-24  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01918  putative response regulator in two-component regulatory system  26.34 
 
 		 275 aa  114  1.0000000000000001e-24  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.159199  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2253  LytTr DNA-binding region  32.48 
 
 		 248 aa  113  2.0000000000000002e-24  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_04138  two-component system regulatory protein  30.66 
 
 		 245 aa  113  3e-24  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.739319  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0930  response regulator receiver protein  32.68 
 
 		 243 aa  112  4.0000000000000004e-24  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  0.748451 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4495  LytTR family two component transcriptional regulator  28.33 
 
 		 245 aa  112  6e-24  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.17015 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3487  LytR/AlgR family transcriptional regulator  27.64 
 
 		 253 aa  111  7.000000000000001e-24  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.76921  normal  1 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_11558  two-component system response regulator  30.58 
 
 		 233 aa  110  1.0000000000000001e-23  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2434  putative two-component response-regulatory protein YehT  30.83 
 
 		 236 aa  111  1.0000000000000001e-23  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.318628  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_6424  two component transcriptional regulator, LytTR family  27.63 
 
 		 250 aa  109  4.0000000000000004e-23  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.529726  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3594  two component transcriptional regulator, LytTR family  31.42 
 
 		 260 aa  108  9.000000000000001e-23  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.833136  normal  0.0457058 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_1393  two component transcriptional regulator, LytTR family  31.2 
 
 		 238 aa  108  9.000000000000001e-23  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000000000160197 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_00400  response regulator of the LytR/AlgR family  30.33 
 
 		 237 aa  107  1e-22  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  0.132657  normal  1 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_0137  two component transcriptional regulator, LytTR family  29.63 
 
 		 237 aa  107  1e-22  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2385  response regulator receiver protein  25.56 
 
 		 272 aa  107  1e-22  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_5008  LytTR family two component transcriptional regulator  28.87 
 
 		 250 aa  107  2e-22  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.135227  hitchhiker  0.0000288771 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_0704  LytTR family two component transcriptional regulator  28.36 
 
 		 276 aa  106  3e-22  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  0.674394 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_12140  response regulator of the LytR/AlgR family  28.82 
 
 		 255 aa  105  5e-22  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2920  LytTR family two component transcriptional regulator  28.09 
 
 		 245 aa  105  5e-22  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.106094 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1281  putative two-component response-regulatory protein YehT  32.05 
 
 		 236 aa  105  6e-22  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.155887  normal  0.0159688 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2328  LytTR family two component transcriptional regulator  25.81 
 
 		 255 aa  105  7e-22  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.261765  decreased coverage  0.00199939 
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_01160  response regulator of the LytR/AlgR family  29.63 
 
 		 238 aa  104  1e-21  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0865  putative two-component response-regulatory protein YehT  30.33 
 
 		 239 aa  103  2e-21  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3159  response regulator receiver  28.57 
 
 		 242 aa  103  2e-21  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3291  LytR/AlgR family transcriptional regulator  25.48 
 
 		 258 aa  103  2e-21  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.393667  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2723  putative two-component response-regulatory protein YehT  29.51 
 
 		 239 aa  104  2e-21  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1548  putative two-component response-regulatory protein YehT  29.46 
 
 		 236 aa  103  2e-21  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.496368  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2432  putative two-component response-regulatory protein YehT  30.2 
 
 		 236 aa  103  3e-21  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  decreased coverage  0.0000158974  hitchhiker  0.00361478 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2502  putative two-component response-regulatory protein YehT  30.2 
 
 		 236 aa  103  3e-21  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  decreased coverage  0.00178929  normal  0.0452702 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0898  two component transcriptional regulator, LytTR family  30.23 
 
 		 265 aa  103  3e-21  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2594  putative two-component response-regulatory protein YehT  30.45 
 
 		 236 aa  102  4e-21  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.0103906  hitchhiker  0.00157605 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1860  two component transcriptional regulator, LytTR family  28.64 
 
 		 266 aa  102  5e-21  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0060  LytTR family two component transcriptional regulator  28.71 
 
 		 243 aa  102  6e-21  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.0478076  hitchhiker  0.000497336 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2533  response regulator  27.78 
 
 		 244 aa  102  6e-21  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>