More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dfer_1301 on replicon NC_013037
Organism: Dyadobacter fermentans DSM 18053



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013037  Dfer_1301  two component transcriptional regulator, LytTR family  100 
 
 		 245 aa  503  9.999999999999999e-143  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.39793  normal  0.563324 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_5028  LytTR family two component transcriptional regulator  36.64 
 
 		 237 aa  145  6e-34  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.967214  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4524  two component transcriptional regulator, LytTR family  29.06 
 
 		 240 aa  140  1.9999999999999998e-32  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  hitchhiker  0.00000306542  normal  0.871136 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_2030  LytTR family two component transcriptional regulator  31.91 
 
 		 237 aa  139  3e-32  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4282  LytTR family two component transcriptional regulator  31.17 
 
 		 232 aa  135  7.000000000000001e-31  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.442781  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1844  two component transcriptional regulator, LytTR family  29.44 
 
 		 236 aa  134  1.9999999999999998e-30  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1679  LytTR family two component transcriptional regulator  30.74 
 
 		 238 aa  131  9e-30  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_2575  two-component response regulator  29.55 
 
 		 241 aa  131  1.0000000000000001e-29  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3790  two component transcriptional regulator, LytTR family  30.47 
 
 		 240 aa  130  2.0000000000000002e-29  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.540237  normal  0.0384587 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4710  two component transcriptional regulator, LytTR family  32.14 
 
 		 254 aa  129  3e-29  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4564  LytTR family two component transcriptional regulator  26.5 
 
 		 233 aa  128  9.000000000000001e-29  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.0221995  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5383  two component transcriptional regulator, LytTR family  29.54 
 
 		 235 aa  126  3e-28  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0733  two component transcriptional regulator, LytTR family  28.93 
 
 		 243 aa  125  4.0000000000000003e-28  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_2165  LytTR family two component transcriptional regulator  30.43 
 
 		 235 aa  126  4.0000000000000003e-28  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.0607611  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0217  LytTr DNA-binding region  27.57 
 
 		 250 aa  125  7e-28  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  0.630653 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_5133  two component transcriptional regulator, LytTR family  30.3 
 
 		 227 aa  124  1e-27  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.983168 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3628  two component transcriptional regulator, LytTR family  31.28 
 
 		 235 aa  124  1e-27  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.0184746 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_0991  LytTR family two component transcriptional regulator  29.41 
 
 		 229 aa  123  2e-27  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4010  two component transcriptional regulator, LytTR family  30.47 
 
 		 231 aa  120  1.9999999999999998e-26  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.0569074  decreased coverage  0.00157623 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3175  two component transcriptional regulator, LytTR family  26.67 
 
 		 250 aa  119  3.9999999999999996e-26  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1841  response regulator receiver  30 
 
 		 245 aa  119  3.9999999999999996e-26  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000216203 
 
 
-
 
NC_013733  Slin_6983  two component transcriptional regulator, LytTR family  29.69 
 
 		 230 aa  119  3.9999999999999996e-26  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.659349  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0826  two component transcriptional regulator, LytTR family  31.78 
 
 		 235 aa  117  9.999999999999999e-26  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.398179  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0764  two component transcriptional regulator, LytTR family  29.88 
 
 		 245 aa  115  6e-25  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.626213 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1177  two component transcriptional regulator, LytTR family  29.26 
 
 		 231 aa  115  6.9999999999999995e-25  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_5303  two component transcriptional regulator, LytTR family  26.67 
 
 		 261 aa  114  1.0000000000000001e-24  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.153649 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1834  LytTR family two component transcriptional regulator  28.7 
 
 		 237 aa  113  2.0000000000000002e-24  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_3280  two component transcriptional regulator, LytTR family  27.78 
 
 		 245 aa  113  4.0000000000000004e-24  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4084  two component transcriptional regulator, LytTR family  28.51 
 
 		 244 aa  112  5e-24  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.445273  normal  0.0209217 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3124  LytTr DNA-binding region  27.87 
 
 		 244 aa  111  9e-24  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_5358  two component transcriptional regulator, LytTR family  25.64 
 
 		 235 aa  110  2.0000000000000002e-23  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_04910  two-component system response regulator  26.09 
 
 		 236 aa  109  5e-23  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.981835  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4134  LytTR family two component transcriptional regulator  25.1 
 
 		 243 aa  109  5e-23  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.291369  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3968  LytTR family two component transcriptional regulator  25 
 
 		 229 aa  108  9.000000000000001e-23  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.0978404  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3926  two component transcriptional regulator, LytTR family  29.07 
 
 		 237 aa  107  1e-22  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.566728 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2791  two component transcriptional regulator, LytTR family  27.83 
 
 		 224 aa  107  2e-22  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.0891261 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_4189  LytTr DNA-binding region  26.96 
 
 		 231 aa  106  4e-22  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  0.537023 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_6269  two component transcriptional regulator, LytTR family  26.22 
 
 		 228 aa  105  9e-22  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2133  two component transcriptional regulator, LytTR family  27.76 
 
 		 256 aa  105  1e-21  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.926336  normal  0.829991 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0904  two component transcriptional regulator, LytTR family  26.84 
 
 		 249 aa  104  1e-21  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.911747  normal  0.38362 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2060  two component transcriptional regulator, LytTR family  25.21 
 
 		 240 aa  103  2e-21  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0577  two component transcriptional regulator, LytTR family  27.27 
 
 		 231 aa  103  3e-21  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5598  two component transcriptional regulator, LytTR family  25.74 
 
 		 237 aa  103  3e-21  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  hitchhiker  0.0000105391  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0588  response regulator receiver  27.35 
 
 		 227 aa  102  6e-21  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0330  two component transcriptional regulator, LytTR family  26.64 
 
 		 254 aa  102  8e-21  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.489053 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_7298  two component transcriptional regulator, LytTR family  27.78 
 
 		 230 aa  101  1e-20  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5161  two component transcriptional regulator, LytTR family  28.63 
 
 		 248 aa  101  1e-20  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.185153  hitchhiker  0.000735465 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5230  two component transcriptional regulator, LytTR family  27.09 
 
 		 244 aa  100  2e-20  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.236835  normal  0.031416 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3396  two component transcriptional regulator, LytTR family  27.96 
 
 		 243 aa  99.4  4e-20  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.655263 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_11558  two-component system response regulator  26.07 
 
 		 233 aa  99.8  4e-20  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_11553  two-component system response regulator  25 
 
 		 237 aa  99  6e-20  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0597  two component transcriptional regulator, LytTR family  24.58 
 
 		 242 aa  98.6  8e-20  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.0722811 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1723  two component transcriptional regulator, LytTR family  25.65 
 
 		 232 aa  98.6  9e-20  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_5300  two component transcriptional regulator, LytTR family  25.1 
 
 		 241 aa  97.4  2e-19  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.0290142 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2242  two component transcriptional regulator, LytTR family  26.23 
 
 		 244 aa  96.7  3e-19  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_1220  two component transcriptional regulator, LytTR family  26.07 
 
 		 238 aa  95.9  6e-19  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  0.132093  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0421  two component transcriptional regulator, LytTR family  27.51 
 
 		 227 aa  92.8  5e-18  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_1645  two component transcriptional regulator, LytTR family  26.64 
 
 		 232 aa  92.4  5e-18  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013731  Slin_6669  two component transcriptional regulator, LytTR family  26.69 
 
 		 242 aa  92  7e-18  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3483  LytTR family two component transcriptional regulator  24 
 
 		 231 aa  91.7  9e-18  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.630225  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_09968  two-component system response regulator protein  27.56 
 
 		 235 aa  84.3  0.000000000000001  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_6125  two component transcriptional regulator, LytTR family  25.11 
 
 		 238 aa  84  0.000000000000002  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1345  LytTR family two component transcriptional regulator  27.14 
 
 		 234 aa  84  0.000000000000002  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2328  LytTR family two component transcriptional regulator  25.2 
 
 		 255 aa  82.4  0.000000000000007  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.261765  decreased coverage  0.00199939 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_6424  two component transcriptional regulator, LytTR family  23.93 
 
 		 250 aa  79.3  0.00000000000005  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.529726  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6586  two component transcriptional regulator, LytTR family  22.86 
 
 		 246 aa  77  0.0000000000002  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.318104  normal  1 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C6684  LytR/AlgR family transcriptional regulator  28.45 
 
 		 243 aa  75.9  0.0000000000005  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1440  putative two-component response-regulatory protein YehT  28.39 
 
 		 236 aa  75.5  0.0000000000007  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2253  LytTr DNA-binding region  23.75 
 
 		 248 aa  75.5  0.0000000000008  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2329  LytTR family two component transcriptional regulator  23.44 
 
 		 255 aa  75.5  0.0000000000008  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.0531557  decreased coverage  0.00207881 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3913  LytTR family two component transcriptional regulator  27.11 
 
 		 268 aa  75.1  0.000000000001  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.316099  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1047  LytTr DNA-binding region  28.02 
 
 		 241 aa  73.9  0.000000000002  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.791092  normal  1 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_00400  response regulator of the LytR/AlgR family  25.36 
 
 		 237 aa  72.4  0.000000000007  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  0.132657  normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3544  two component transcriptional regulator, LytTR family  28.3 
 
 		 251 aa  70.9  0.00000000002  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.0394969  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3159  response regulator receiver  23.21 
 
 		 242 aa  70.5  0.00000000002  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3291  LytR/AlgR family transcriptional regulator  22.35 
 
 		 258 aa  70.5  0.00000000002  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.393667  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1548  putative two-component response-regulatory protein YehT  27.66 
 
 		 236 aa  70.5  0.00000000002  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.496368  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1279  two component transcriptional regulator, LytTR family  24.19 
 
 		 248 aa  69.7  0.00000000004  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.111911  normal  0.254446 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3679  LytR/AlgR family transcriptional regulator  27.87 
 
 		 262 aa  69.3  0.00000000005  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0190  LytR/AlgR family transcriptional regulator  23.42 
 
 		 244 aa  69.3  0.00000000005  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.625509  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2329  putative two-component response-regulatory protein YehT  26.84 
 
 		 236 aa  69.3  0.00000000005  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.0108361  normal  0.9097 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4495  LytTR family two component transcriptional regulator  22.32 
 
 		 245 aa  69.3  0.00000000006  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.17015 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1113  LytR/AlgR family transcriptional regulator  26.96 
 
 		 256 aa  68.9  0.00000000007  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.45992  normal  0.29087 
 
 
-
 
NC_013203  Apar_1323  two component transcriptional regulator, LytTR family  25.55 
 
 		 237 aa  68.9  0.00000000007  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  0.0540721  normal  0.0273831 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0057  response regulator receiver protein  23.21 
 
 		 243 aa  68.6  0.00000000009  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  decreased coverage  0.0000048418  decreased coverage  0.0000000648872 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0055  response regulator receiver protein  23.21 
 
 		 243 aa  68.6  0.00000000009  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  decreased coverage  0.0000989316  hitchhiker  0.000468323 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3487  LytR/AlgR family transcriptional regulator  24.15 
 
 		 253 aa  67.8  0.0000000001  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.76921  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0059  two component transcriptional regulator, LytTR family  23.21 
 
 		 243 aa  67.8  0.0000000001  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.182784  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2920  LytTR family two component transcriptional regulator  21.53 
 
 		 245 aa  68.2  0.0000000001  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.106094 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1819  LytTr DNA-binding response regulator  25.1 
 
 		 260 aa  67.8  0.0000000002  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.148301  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0161  LytR/AlgR family transcriptional regulator  25 
 
 		 270 aa  67.8  0.0000000002  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1381  LytR/AlgR family transcriptional regulator  25.51 
 
 		 273 aa  67  0.0000000002  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.557466 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0388  two component transcriptional regulator, LytTR family  22.6 
 
 		 233 aa  67.8  0.0000000002  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_5573  response regulator LytR  24.3 
 
 		 246 aa  66.6  0.0000000003  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0421  two component transcriptional regulator, LytTR family  25.1 
 
 		 256 aa  67  0.0000000003  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  0.268274 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_0068  two component transcriptional regulator, LytTR family  25.94 
 
 		 244 aa  67  0.0000000003  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  decreased coverage  0.00288448  normal  1 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A5621  response regulator LytR  24.3 
 
 		 246 aa  66.6  0.0000000003  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_0357  response regulator receiver  25.24 
 
 		 249 aa  67  0.0000000003  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK5137  response regulator  24.3 
 
 		 246 aa  66.2  0.0000000004  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1400  response regulator  26.89 
 
 		 243 aa  66.2  0.0000000004  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>