More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Slin_2133 on replicon NC_013730
Organism: Spirosoma linguale DSM 74



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013730  Slin_2133  two component transcriptional regulator, LytTR family  100 
 
 		 256 aa  520  1e-147  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.926336  normal  0.829991 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4710  two component transcriptional regulator, LytTR family  42.4 
 
 		 254 aa  214  7e-55  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0904  two component transcriptional regulator, LytTR family  39.26 
 
 		 249 aa  196  2.0000000000000003e-49  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.911747  normal  0.38362 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_5303  two component transcriptional regulator, LytTR family  39.67 
 
 		 261 aa  192  4e-48  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.153649 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0217  LytTr DNA-binding region  37.9 
 
 		 250 aa  176  4e-43  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  0.630653 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4134  LytTR family two component transcriptional regulator  38.49 
 
 		 243 aa  167  1e-40  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.291369  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0733  two component transcriptional regulator, LytTR family  38.06 
 
 		 243 aa  166  4e-40  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5230  two component transcriptional regulator, LytTR family  34.43 
 
 		 244 aa  163  3e-39  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.236835  normal  0.031416 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3926  two component transcriptional regulator, LytTR family  35.34 
 
 		 237 aa  161  1e-38  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.566728 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3968  LytTR family two component transcriptional regulator  34.73 
 
 		 229 aa  161  1e-38  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.0978404  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_2575  two-component response regulator  37.39 
 
 		 241 aa  160  2e-38  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1844  two component transcriptional regulator, LytTR family  35.8 
 
 		 236 aa  159  5e-38  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5598  two component transcriptional regulator, LytTR family  37.55 
 
 		 237 aa  158  8e-38  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  hitchhiker  0.0000105391  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4084  two component transcriptional regulator, LytTR family  35.5 
 
 		 244 aa  155  5.0000000000000005e-37  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.445273  normal  0.0209217 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_04910  two-component system response regulator  34.25 
 
 		 236 aa  154  1e-36  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.981835  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3396  two component transcriptional regulator, LytTR family  35.8 
 
 		 243 aa  154  1e-36  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.655263 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1679  LytTR family two component transcriptional regulator  32.54 
 
 		 238 aa  153  2e-36  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3790  two component transcriptional regulator, LytTR family  33.46 
 
 		 240 aa  152  5e-36  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.540237  normal  0.0384587 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1841  response regulator receiver  35.08 
 
 		 245 aa  152  7e-36  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000216203 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3124  LytTr DNA-binding region  33.86 
 
 		 244 aa  150  2e-35  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_5028  LytTR family two component transcriptional regulator  32.79 
 
 		 237 aa  150  3e-35  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.967214  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0764  two component transcriptional regulator, LytTR family  36.18 
 
 		 245 aa  149  5e-35  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.626213 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3628  two component transcriptional regulator, LytTR family  32.39 
 
 		 235 aa  148  8e-35  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.0184746 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3175  two component transcriptional regulator, LytTR family  35.55 
 
 		 250 aa  148  1.0000000000000001e-34  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_3280  two component transcriptional regulator, LytTR family  34.5 
 
 		 245 aa  147  2.0000000000000003e-34  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0826  two component transcriptional regulator, LytTR family  33.73 
 
 		 235 aa  146  3e-34  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.398179  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4524  two component transcriptional regulator, LytTR family  28.51 
 
 		 240 aa  144  1e-33  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  hitchhiker  0.00000306542  normal  0.871136 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_5358  two component transcriptional regulator, LytTR family  35.48 
 
 		 235 aa  144  1e-33  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5383  two component transcriptional regulator, LytTR family  32.79 
 
 		 235 aa  141  9.999999999999999e-33  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_2030  LytTR family two component transcriptional regulator  32.26 
 
 		 237 aa  141  9.999999999999999e-33  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4282  LytTR family two component transcriptional regulator  30.65 
 
 		 232 aa  140  1.9999999999999998e-32  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.442781  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4564  LytTR family two component transcriptional regulator  29.15 
 
 		 233 aa  140  1.9999999999999998e-32  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.0221995  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_2165  LytTR family two component transcriptional regulator  30.17 
 
 		 235 aa  137  1e-31  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.0607611  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_5300  two component transcriptional regulator, LytTR family  30.4 
 
 		 241 aa  136  3.0000000000000003e-31  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.0290142 
 
 
-
 
NC_013733  Slin_6983  two component transcriptional regulator, LytTR family  32.39 
 
 		 230 aa  135  5e-31  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.659349  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2060  two component transcriptional regulator, LytTR family  30.2 
 
 		 240 aa  135  5e-31  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0577  two component transcriptional regulator, LytTR family  31.45 
 
 		 231 aa  135  6.0000000000000005e-31  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0597  two component transcriptional regulator, LytTR family  32.27 
 
 		 242 aa  135  6.0000000000000005e-31  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.0722811 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6586  two component transcriptional regulator, LytTR family  30.32 
 
 		 246 aa  135  8e-31  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.318104  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_5133  two component transcriptional regulator, LytTR family  33.33 
 
 		 227 aa  133  1.9999999999999998e-30  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.983168 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4010  two component transcriptional regulator, LytTR family  34.14 
 
 		 231 aa  134  1.9999999999999998e-30  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.0569074  decreased coverage  0.00157623 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2791  two component transcriptional regulator, LytTR family  29.58 
 
 		 224 aa  134  1.9999999999999998e-30  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.0891261 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_1220  two component transcriptional regulator, LytTR family  37.82 
 
 		 238 aa  133  3e-30  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  0.132093  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1542  LytTr DNA-binding region  31.39 
 
 		 245 aa  132  3.9999999999999996e-30  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  0.300206 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_0704  LytTR family two component transcriptional regulator  31.23 
 
 		 276 aa  132  6e-30  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  0.674394 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1723  two component transcriptional regulator, LytTR family  31.15 
 
 		 232 aa  130  1.0000000000000001e-29  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3159  response regulator receiver  30 
 
 		 242 aa  129  5.0000000000000004e-29  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4495  LytTR family two component transcriptional regulator  30.08 
 
 		 245 aa  129  7.000000000000001e-29  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.17015 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3487  LytR/AlgR family transcriptional regulator  29.41 
 
 		 253 aa  128  1.0000000000000001e-28  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.76921  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_6125  two component transcriptional regulator, LytTR family  31.45 
 
 		 238 aa  128  1.0000000000000001e-28  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_4189  LytTr DNA-binding region  29.44 
 
 		 231 aa  127  2.0000000000000002e-28  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  0.537023 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0330  two component transcriptional regulator, LytTR family  33.33 
 
 		 254 aa  126  3e-28  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.489053 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_1645  two component transcriptional regulator, LytTR family  33.61 
 
 		 232 aa  126  4.0000000000000003e-28  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3913  LytTR family two component transcriptional regulator  29.96 
 
 		 268 aa  125  4.0000000000000003e-28  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.316099  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5161  two component transcriptional regulator, LytTR family  32.51 
 
 		 248 aa  125  5e-28  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.185153  hitchhiker  0.000735465 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3291  LytR/AlgR family transcriptional regulator  30.56 
 
 		 258 aa  125  9e-28  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.393667  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2242  two component transcriptional regulator, LytTR family  30.8 
 
 		 244 aa  125  1e-27  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_7298  two component transcriptional regulator, LytTR family  31.85 
 
 		 230 aa  122  4e-27  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0374  two component transcriptional regulator, LytTR family  33.04 
 
 		 242 aa  121  9e-27  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1177  two component transcriptional regulator, LytTR family  32.39 
 
 		 231 aa  121  9.999999999999999e-27  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_0991  LytTR family two component transcriptional regulator  31.87 
 
 		 229 aa  120  9.999999999999999e-27  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1860  two component transcriptional regulator, LytTR family  32.44 
 
 		 266 aa  120  1.9999999999999998e-26  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3544  two component transcriptional regulator, LytTR family  29.8 
 
 		 251 aa  119  3.9999999999999996e-26  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.0394969  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_5142  two component transcriptional regulator, LytTR family  29.46 
 
 		 244 aa  117  9.999999999999999e-26  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.546377  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1479  putative two-component response-regulatory protein YehT  33.07 
 
 		 236 aa  116  3e-25  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.0100477  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1834  LytTR family two component transcriptional regulator  29.55 
 
 		 237 aa  117  3e-25  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0480  response regulator receiver domain-containing protein  28.24 
 
 		 265 aa  116  3.9999999999999997e-25  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0420  LytR/AlgR family transcriptional regulator  30.31 
 
 		 317 aa  115  5e-25  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.0328897  normal  0.0302219 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2328  LytTR family two component transcriptional regulator  28.24 
 
 		 255 aa  114  1.0000000000000001e-24  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.261765  decreased coverage  0.00199939 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3838  LytR/AlgR family transcriptional regulator  28.63 
 
 		 254 aa  114  1.0000000000000001e-24  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  0.479778 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0421  two component transcriptional regulator, LytTR family  29.69 
 
 		 227 aa  114  1.0000000000000001e-24  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0588  response regulator receiver  29.41 
 
 		 227 aa  113  2.0000000000000002e-24  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2172  LytR/AlgR family transcriptional regulator  30.8 
 
 		 252 aa  113  2.0000000000000002e-24  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.0721488  normal  0.0255714 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1819  LytTr DNA-binding response regulator  26.17 
 
 		 260 aa  113  3e-24  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.148301  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_6269  two component transcriptional regulator, LytTR family  29.96 
 
 		 228 aa  112  6e-24  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3900  response regulator receiver domain-containing protein  26.07 
 
 		 261 aa  112  8.000000000000001e-24  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1279  two component transcriptional regulator, LytTR family  28.4 
 
 		 248 aa  112  9e-24  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.111911  normal  0.254446 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0224  putative two-component response-regulatory protein YehT  30.2 
 
 		 237 aa  111  9e-24  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0865  putative two-component response-regulatory protein YehT  30.86 
 
 		 239 aa  111  1.0000000000000001e-23  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2697  LytR/AlgR family transcriptional regulator  30.18 
 
 		 240 aa  111  1.0000000000000001e-23  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2791  LytTR family two component transcriptional regulator  28.79 
 
 		 250 aa  111  1.0000000000000001e-23  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.073585  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0617  two component transcriptional regulator, LytTR family  29.12 
 
 		 243 aa  110  2.0000000000000002e-23  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  0.23864 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_5645  two component transcriptional regulator, LytTR family  29.3 
 
 		 248 aa  110  2.0000000000000002e-23  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.954414  normal  0.925082 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2385  response regulator receiver protein  27.82 
 
 		 272 aa  110  2.0000000000000002e-23  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2329  LytTR family two component transcriptional regulator  28.08 
 
 		 255 aa  110  2.0000000000000002e-23  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.0531557  decreased coverage  0.00207881 
 
 
-
 
CP001509  ECD_02054  predicted response regulator in two-component system withYehU  30.86 
 
 		 239 aa  110  3e-23  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1533  two component transcriptional regulator, LytTR family  30.86 
 
 		 239 aa  110  3e-23  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.726215  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2413  putative two-component response-regulatory protein YehT  30.86 
 
 		 239 aa  110  3e-23  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3718  response regulator  31.62 
 
 		 275 aa  109  3e-23  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3112  putative two-component response-regulatory protein YehT  30.86 
 
 		 239 aa  110  3e-23  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.148941 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1522  putative two-component response-regulatory protein YehT  30.86 
 
 		 239 aa  110  3e-23  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012892  B21_02012  hypothetical protein  30.86 
 
 		 239 aa  110  3e-23  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2259  putative two-component response-regulatory protein YehT  30.86 
 
 		 239 aa  110  3e-23  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1004  two component transcriptional regulator, LytTR family  29.18 
 
 		 257 aa  110  3e-23  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  decreased coverage  0.00878343  normal  0.279198 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_11553  two-component system response regulator  27.6 
 
 		 237 aa  109  4.0000000000000004e-23  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0227  LytR/AlgR family transcriptional regulator  26.52 
 
 		 265 aa  109  5e-23  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.312706  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0919  putative two-component response-regulatory protein YehT  30.86 
 
 		 239 aa  109  5e-23  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_6424  two component transcriptional regulator, LytTR family  23.69 
 
 		 250 aa  108  7.000000000000001e-23  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.529726  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2253  LytTr DNA-binding region  26.88 
 
 		 248 aa  108  7.000000000000001e-23  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_1527  LytTR family two component transcriptional regulator  28.74 
 
 		 246 aa  108  8.000000000000001e-23  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.109257  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>