More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Cpin_5161 on replicon NC_013132
Organism: Chitinophaga pinensis DSM 2588



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013132  Cpin_5161  two component transcriptional regulator, LytTR family  100 
 
 		 248 aa  508  1e-143  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.185153  hitchhiker  0.000735465 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3396  two component transcriptional regulator, LytTR family  48.97 
 
 		 243 aa  230  2e-59  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.655263 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3926  two component transcriptional regulator, LytTR family  42.61 
 
 		 237 aa  186  2e-46  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.566728 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3175  two component transcriptional regulator, LytTR family  40.56 
 
 		 250 aa  181  8.000000000000001e-45  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4084  two component transcriptional regulator, LytTR family  40.41 
 
 		 244 aa  180  2e-44  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.445273  normal  0.0209217 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5598  two component transcriptional regulator, LytTR family  40.87 
 
 		 237 aa  176  3e-43  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  hitchhiker  0.0000105391  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1844  two component transcriptional regulator, LytTR family  40.34 
 
 		 236 aa  173  1.9999999999999998e-42  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0217  LytTr DNA-binding region  40.08 
 
 		 250 aa  172  5.999999999999999e-42  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  0.630653 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_3280  two component transcriptional regulator, LytTR family  38.52 
 
 		 245 aa  170  2e-41  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4134  LytTR family two component transcriptional regulator  38.72 
 
 		 243 aa  169  3e-41  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.291369  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4564  LytTR family two component transcriptional regulator  38.56 
 
 		 233 aa  169  4e-41  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.0221995  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0826  two component transcriptional regulator, LytTR family  39.91 
 
 		 235 aa  167  2e-40  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.398179  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1679  LytTR family two component transcriptional regulator  38.08 
 
 		 238 aa  166  2.9999999999999998e-40  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3968  LytTR family two component transcriptional regulator  40.18 
 
 		 229 aa  164  1.0000000000000001e-39  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.0978404  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_2165  LytTR family two component transcriptional regulator  35.86 
 
 		 235 aa  163  3e-39  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.0607611  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3124  LytTr DNA-binding region  37.45 
 
 		 244 aa  162  4.0000000000000004e-39  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_5300  two component transcriptional regulator, LytTR family  36.6 
 
 		 241 aa  160  2e-38  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.0290142 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0764  two component transcriptional regulator, LytTR family  41 
 
 		 245 aa  159  4e-38  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.626213 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0733  two component transcriptional regulator, LytTR family  41.67 
 
 		 243 aa  159  5e-38  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4524  two component transcriptional regulator, LytTR family  37.77 
 
 		 240 aa  159  6e-38  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  hitchhiker  0.00000306542  normal  0.871136 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4282  LytTR family two component transcriptional regulator  40 
 
 		 232 aa  158  8e-38  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.442781  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0330  two component transcriptional regulator, LytTR family  38.37 
 
 		 254 aa  157  1e-37  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.489053 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_5133  two component transcriptional regulator, LytTR family  36.64 
 
 		 227 aa  156  3e-37  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.983168 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_0991  LytTR family two component transcriptional regulator  40.72 
 
 		 229 aa  155  5.0000000000000005e-37  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3628  two component transcriptional regulator, LytTR family  38.02 
 
 		 235 aa  154  1e-36  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.0184746 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_5028  LytTR family two component transcriptional regulator  39.58 
 
 		 237 aa  153  2.9999999999999998e-36  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.967214  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0597  two component transcriptional regulator, LytTR family  33.9 
 
 		 242 aa  153  2.9999999999999998e-36  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.0722811 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_04910  two-component system response regulator  35.96 
 
 		 236 aa  150  2e-35  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.981835  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2060  two component transcriptional regulator, LytTR family  35.1 
 
 		 240 aa  148  9e-35  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_2575  two-component response regulator  34.91 
 
 		 241 aa  147  2.0000000000000003e-34  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5230  two component transcriptional regulator, LytTR family  36.32 
 
 		 244 aa  146  3e-34  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.236835  normal  0.031416 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_5303  two component transcriptional regulator, LytTR family  36.84 
 
 		 261 aa  146  3e-34  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.153649 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5383  two component transcriptional regulator, LytTR family  34.71 
 
 		 235 aa  145  6e-34  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013731  Slin_6669  two component transcriptional regulator, LytTR family  33.2 
 
 		 242 aa  144  1e-33  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4710  two component transcriptional regulator, LytTR family  33.86 
 
 		 254 aa  144  2e-33  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1723  two component transcriptional regulator, LytTR family  36.05 
 
 		 232 aa  144  2e-33  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2253  LytTr DNA-binding region  35.22 
 
 		 248 aa  142  3e-33  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4010  two component transcriptional regulator, LytTR family  33.05 
 
 		 231 aa  142  5e-33  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.0569074  decreased coverage  0.00157623 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0904  two component transcriptional regulator, LytTR family  34.02 
 
 		 249 aa  140  9.999999999999999e-33  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.911747  normal  0.38362 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1841  response regulator receiver  34.89 
 
 		 245 aa  139  3e-32  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000216203 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1177  two component transcriptional regulator, LytTR family  33.04 
 
 		 231 aa  139  3e-32  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_1645  two component transcriptional regulator, LytTR family  33.91 
 
 		 232 aa  138  1e-31  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013162  Coch_1220  two component transcriptional regulator, LytTR family  33.05 
 
 		 238 aa  137  2e-31  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  0.132093  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2242  two component transcriptional regulator, LytTR family  34.29 
 
 		 244 aa  137  2e-31  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_7298  two component transcriptional regulator, LytTR family  37.06 
 
 		 230 aa  137  2e-31  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3790  two component transcriptional regulator, LytTR family  33.91 
 
 		 240 aa  136  3.0000000000000003e-31  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.540237  normal  0.0384587 
 
 
-
 
NC_013733  Slin_6983  two component transcriptional regulator, LytTR family  32.62 
 
 		 230 aa  136  4e-31  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.659349  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_4189  LytTr DNA-binding region  34.89 
 
 		 231 aa  135  5e-31  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  0.537023 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0588  response regulator receiver  34.51 
 
 		 227 aa  135  5e-31  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0577  two component transcriptional regulator, LytTR family  35.22 
 
 		 231 aa  135  6.0000000000000005e-31  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2133  two component transcriptional regulator, LytTR family  32.51 
 
 		 256 aa  133  3e-30  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.926336  normal  0.829991 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_2030  LytTR family two component transcriptional regulator  32.64 
 
 		 237 aa  132  5e-30  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_5358  two component transcriptional regulator, LytTR family  34.75 
 
 		 235 aa  132  7.999999999999999e-30  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0421  two component transcriptional regulator, LytTR family  34.33 
 
 		 227 aa  131  1.0000000000000001e-29  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_6424  two component transcriptional regulator, LytTR family  33.2 
 
 		 250 aa  128  7.000000000000001e-29  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.529726  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2791  two component transcriptional regulator, LytTR family  31.53 
 
 		 224 aa  128  1.0000000000000001e-28  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.0891261 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_6269  two component transcriptional regulator, LytTR family  36.24 
 
 		 228 aa  124  1e-27  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1834  LytTR family two component transcriptional regulator  32.47 
 
 		 237 aa  123  3e-27  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_11553  two-component system response regulator  30.67 
 
 		 237 aa  122  7e-27  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3159  response regulator receiver  32.85 
 
 		 242 aa  117  9.999999999999999e-26  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0114  LytTR family two component transcriptional regulator  32.6 
 
 		 226 aa  117  1.9999999999999998e-25  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  0.310837  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2697  LytR/AlgR family transcriptional regulator  35.53 
 
 		 240 aa  114  1.0000000000000001e-24  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013203  Apar_1323  two component transcriptional regulator, LytTR family  31.68 
 
 		 237 aa  110  2.0000000000000002e-23  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  0.0540721  normal  0.0273831 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5734  two component transcriptional regulator, LytTR family  30.14 
 
 		 257 aa  110  2.0000000000000002e-23  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_6125  two component transcriptional regulator, LytTR family  30.94 
 
 		 238 aa  110  2.0000000000000002e-23  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_0357  response regulator receiver  30.5 
 
 		 249 aa  110  2.0000000000000002e-23  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_0068  two component transcriptional regulator, LytTR family  28.89 
 
 		 244 aa  109  4.0000000000000004e-23  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  decreased coverage  0.00288448  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3483  LytTR family two component transcriptional regulator  32.89 
 
 		 231 aa  109  4.0000000000000004e-23  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.630225  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1301  two component transcriptional regulator, LytTR family  28.63 
 
 		 245 aa  108  5e-23  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.39793  normal  0.563324 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1047  LytTr DNA-binding region  31.33 
 
 		 241 aa  108  6e-23  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.791092  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1585  LytTr DNA-binding region  34.72 
 
 		 259 aa  106  3e-22  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.80455  normal  0.0356965 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0119  response regulator receiver protein  33.33 
 
 		 249 aa  106  3e-22  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1149  response regulator receiver protein  28.15 
 
 		 239 aa  105  6e-22  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4495  LytTR family two component transcriptional regulator  31.3 
 
 		 245 aa  105  6e-22  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.17015 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_5008  LytTR family two component transcriptional regulator  26.98 
 
 		 250 aa  105  7e-22  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.135227  hitchhiker  0.0000288771 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0190  LytR/AlgR family transcriptional regulator  29.06 
 
 		 244 aa  104  1e-21  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.625509  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_4494  LytTr DNA-binding region  28.16 
 
 		 250 aa  104  1e-21  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.0706486  normal  0.304613 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1548  putative two-component response-regulatory protein YehT  32.84 
 
 		 236 aa  104  1e-21  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.496368  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_5142  two component transcriptional regulator, LytTR family  32.86 
 
 		 244 aa  103  2e-21  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.546377  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3679  LytR/AlgR family transcriptional regulator  32.23 
 
 		 262 aa  103  3e-21  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0161  LytR/AlgR family transcriptional regulator  29.3 
 
 		 270 aa  103  3e-21  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0930  response regulator receiver protein  31.76 
 
 		 243 aa  103  3e-21  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  0.748451 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_0704  LytTR family two component transcriptional regulator  32.17 
 
 		 276 aa  103  3e-21  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  0.674394 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_11558  two-component system response regulator  30.67 
 
 		 233 aa  103  3e-21  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1569  two component transcriptional regulator, LytTR family  33.5 
 
 		 240 aa  103  4e-21  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000000000000531282 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_0067  LytTR family two component transcriptional regulator  31.63 
 
 		 268 aa  102  4e-21  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.169577  normal  0.169612 
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_01160  response regulator of the LytR/AlgR family  27.31 
 
 		 238 aa  102  6e-21  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_00400  response regulator of the LytR/AlgR family  28.19 
 
 		 237 aa  102  7e-21  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  0.132657  normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3544  two component transcriptional regulator, LytTR family  31.13 
 
 		 251 aa  102  7e-21  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.0394969  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1375  response regulator receiver protein  29.7 
 
 		 239 aa  101  9e-21  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_1393  two component transcriptional regulator, LytTR family  30.39 
 
 		 238 aa  101  1e-20  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000000000160197 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2594  putative two-component response-regulatory protein YehT  32.48 
 
 		 236 aa  100  1e-20  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.0103906  hitchhiker  0.00157605 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3773  two component transcriptional regulator, LytTR family  31.63 
 
 		 260 aa  101  1e-20  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.10961  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_2823  putative two-component response-regulatory protein YehT  31.62 
 
 		 236 aa  100  2e-20  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6586  two component transcriptional regulator, LytTR family  32.7 
 
 		 246 aa  100  2e-20  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.318104  normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0036  LytR/AlgR family transcriptional regulator  32.84 
 
 		 248 aa  100  2e-20  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_3519  hypothetical protein  30.67 
 
 		 239 aa  100  2e-20  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2432  putative two-component response-regulatory protein YehT  32.48 
 
 		 236 aa  100  2e-20  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  decreased coverage  0.0000158974  hitchhiker  0.00361478 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2502  putative two-component response-regulatory protein YehT  32.48 
 
 		 236 aa  100  2e-20  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  decreased coverage  0.00178929  normal  0.0452702 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_0579  response regulator receiver protein  30.71 
 
 		 239 aa  100  2e-20  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>