More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Cpin_1844 on replicon NC_013132
Organism: Chitinophaga pinensis DSM 2588



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013132  Cpin_1844  two component transcriptional regulator, LytTR family  100 
 
 		 236 aa  481  1e-135  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_3280  two component transcriptional regulator, LytTR family  45.61 
 
 		 245 aa  232  5e-60  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3124  LytTr DNA-binding region  46.47 
 
 		 244 aa  228  5e-59  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1679  LytTR family two component transcriptional regulator  45.15 
 
 		 238 aa  228  6e-59  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5598  two component transcriptional regulator, LytTR family  45.81 
 
 		 237 aa  227  1e-58  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  hitchhiker  0.0000105391  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0217  LytTr DNA-binding region  46.75 
 
 		 250 aa  227  1e-58  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  0.630653 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_2575  two-component response regulator  44.54 
 
 		 241 aa  222  4e-57  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0764  two component transcriptional regulator, LytTR family  43.33 
 
 		 245 aa  220  9.999999999999999e-57  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.626213 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3175  two component transcriptional regulator, LytTR family  43.87 
 
 		 250 aa  220  9.999999999999999e-57  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4134  LytTR family two component transcriptional regulator  42.68 
 
 		 243 aa  215  5e-55  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.291369  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0330  two component transcriptional regulator, LytTR family  43.2 
 
 		 254 aa  214  9e-55  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.489053 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_5300  two component transcriptional regulator, LytTR family  42.74 
 
 		 241 aa  213  1.9999999999999998e-54  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.0290142 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3396  two component transcriptional regulator, LytTR family  43.28 
 
 		 243 aa  209  4e-53  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.655263 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0597  two component transcriptional regulator, LytTR family  41.32 
 
 		 242 aa  207  1e-52  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.0722811 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0588  response regulator receiver  45.85 
 
 		 227 aa  204  7e-52  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1841  response regulator receiver  42.98 
 
 		 245 aa  204  1e-51  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000216203 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4084  two component transcriptional regulator, LytTR family  42.98 
 
 		 244 aa  203  2e-51  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.445273  normal  0.0209217 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3628  two component transcriptional regulator, LytTR family  41.45 
 
 		 235 aa  203  2e-51  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.0184746 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2242  two component transcriptional regulator, LytTR family  44.86 
 
 		 244 aa  202  4e-51  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5383  two component transcriptional regulator, LytTR family  40.77 
 
 		 235 aa  202  5e-51  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3926  two component transcriptional regulator, LytTR family  40.93 
 
 		 237 aa  201  8e-51  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.566728 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5230  two component transcriptional regulator, LytTR family  41.81 
 
 		 244 aa  200  9.999999999999999e-51  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.236835  normal  0.031416 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_5133  two component transcriptional regulator, LytTR family  44.05 
 
 		 227 aa  200  1.9999999999999998e-50  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.983168 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4564  LytTR family two component transcriptional regulator  41.2 
 
 		 233 aa  199  1.9999999999999998e-50  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.0221995  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2060  two component transcriptional regulator, LytTR family  40 
 
 		 240 aa  194  9e-49  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013733  Slin_6983  two component transcriptional regulator, LytTR family  43.59 
 
 		 230 aa  194  1e-48  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.659349  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_5028  LytTR family two component transcriptional regulator  39.57 
 
 		 237 aa  193  2e-48  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.967214  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4524  two component transcriptional regulator, LytTR family  38.6 
 
 		 240 aa  192  4e-48  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  hitchhiker  0.00000306542  normal  0.871136 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_7298  two component transcriptional regulator, LytTR family  43.5 
 
 		 230 aa  190  2e-47  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_1220  two component transcriptional regulator, LytTR family  43.7 
 
 		 238 aa  190  2e-47  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  0.132093  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0421  two component transcriptional regulator, LytTR family  42.54 
 
 		 227 aa  189  5e-47  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_2165  LytTR family two component transcriptional regulator  41.7 
 
 		 235 aa  187  1e-46  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.0607611  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4010  two component transcriptional regulator, LytTR family  38.63 
 
 		 231 aa  186  2e-46  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.0569074  decreased coverage  0.00157623 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3790  two component transcriptional regulator, LytTR family  39.91 
 
 		 240 aa  186  2e-46  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.540237  normal  0.0384587 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_5358  two component transcriptional regulator, LytTR family  37.71 
 
 		 235 aa  182  3e-45  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0733  two component transcriptional regulator, LytTR family  39.47 
 
 		 243 aa  182  6e-45  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1177  two component transcriptional regulator, LytTR family  41.48 
 
 		 231 aa  181  7e-45  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_04910  two-component system response regulator  40.18 
 
 		 236 aa  179  4e-44  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.981835  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1723  two component transcriptional regulator, LytTR family  39.83 
 
 		 232 aa  177  9e-44  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0826  two component transcriptional regulator, LytTR family  38.39 
 
 		 235 aa  177  1e-43  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.398179  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3968  LytTR family two component transcriptional regulator  40 
 
 		 229 aa  175  5e-43  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.0978404  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_0991  LytTR family two component transcriptional regulator  38.56 
 
 		 229 aa  172  2.9999999999999996e-42  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4710  two component transcriptional regulator, LytTR family  36 
 
 		 254 aa  171  7.999999999999999e-42  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_2030  LytTR family two component transcriptional regulator  39.13 
 
 		 237 aa  170  2e-41  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5161  two component transcriptional regulator, LytTR family  40.34 
 
 		 248 aa  169  5e-41  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.185153  hitchhiker  0.000735465 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4282  LytTR family two component transcriptional regulator  37.5 
 
 		 232 aa  167  1e-40  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.442781  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0577  two component transcriptional regulator, LytTR family  35.96 
 
 		 231 aa  166  2.9999999999999998e-40  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_4189  LytTr DNA-binding region  38.86 
 
 		 231 aa  165  5e-40  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  0.537023 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_5303  two component transcriptional regulator, LytTR family  36.76 
 
 		 261 aa  164  1.0000000000000001e-39  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.153649 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0904  two component transcriptional regulator, LytTR family  36.12 
 
 		 249 aa  161  9e-39  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.911747  normal  0.38362 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_6269  two component transcriptional regulator, LytTR family  38.36 
 
 		 228 aa  160  1e-38  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2133  two component transcriptional regulator, LytTR family  35.8 
 
 		 256 aa  159  4e-38  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.926336  normal  0.829991 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2791  two component transcriptional regulator, LytTR family  34.76 
 
 		 224 aa  158  9e-38  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.0891261 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_1645  two component transcriptional regulator, LytTR family  36.56 
 
 		 232 aa  154  1e-36  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3483  LytTR family two component transcriptional regulator  35.93 
 
 		 231 aa  151  8e-36  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.630225  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_11553  two-component system response regulator  35.27 
 
 		 237 aa  147  2.0000000000000003e-34  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6586  two component transcriptional regulator, LytTR family  33.33 
 
 		 246 aa  145  4.0000000000000006e-34  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.318104  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1345  LytTR family two component transcriptional regulator  36.92 
 
 		 234 aa  141  8e-33  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_09968  two-component system response regulator protein  37.18 
 
 		 235 aa  140  9.999999999999999e-33  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2253  LytTr DNA-binding region  31.95 
 
 		 248 aa  140  1.9999999999999998e-32  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0190  LytR/AlgR family transcriptional regulator  30.84 
 
 		 244 aa  136  2e-31  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.625509  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1834  LytTR family two component transcriptional regulator  35.4 
 
 		 237 aa  135  7.000000000000001e-31  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1301  two component transcriptional regulator, LytTR family  29.44 
 
 		 245 aa  134  1.9999999999999998e-30  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.39793  normal  0.563324 
 
 
-
 
NC_013731  Slin_6669  two component transcriptional regulator, LytTR family  30.74 
 
 		 242 aa  132  6e-30  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_1246  LytTR family two component transcriptional regulator  31.64 
 
 		 254 aa  131  1.0000000000000001e-29  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0059  two component transcriptional regulator, LytTR family  35.41 
 
 		 243 aa  130  2.0000000000000002e-29  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.182784  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_6125  two component transcriptional regulator, LytTR family  32.48 
 
 		 238 aa  130  2.0000000000000002e-29  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0227  LytR/AlgR family transcriptional regulator  32.03 
 
 		 265 aa  130  2.0000000000000002e-29  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.312706  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0055  LytTR family two component transcriptional regulator  35.41 
 
 		 243 aa  129  3e-29  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.868518  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_6424  two component transcriptional regulator, LytTR family  30.14 
 
 		 250 aa  129  3e-29  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.529726  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0060  LytTR family two component transcriptional regulator  35.89 
 
 		 243 aa  130  3e-29  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.0478076  hitchhiker  0.000497336 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_4299  LytTR family two component transcriptional regulator  35.89 
 
 		 243 aa  130  3e-29  Shewanella baltica OS155  Bacteria  decreased coverage  0.000001386  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0480  response regulator receiver domain-containing protein  30.84 
 
 		 265 aa  129  5.0000000000000004e-29  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4495  LytTR family two component transcriptional regulator  31.63 
 
 		 245 aa  129  5.0000000000000004e-29  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.17015 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0057  response regulator receiver protein  34.93 
 
 		 243 aa  128  7.000000000000001e-29  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  decreased coverage  0.0000048418  decreased coverage  0.0000000648872 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0055  response regulator receiver protein  34.93 
 
 		 243 aa  128  7.000000000000001e-29  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  decreased coverage  0.0000989316  hitchhiker  0.000468323 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3913  LytTR family two component transcriptional regulator  30.8 
 
 		 268 aa  128  9.000000000000001e-29  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.316099  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2920  LytTR family two component transcriptional regulator  33.96 
 
 		 245 aa  128  9.000000000000001e-29  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.106094 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1047  LytTr DNA-binding region  34.04 
 
 		 241 aa  127  2.0000000000000002e-28  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.791092  normal  1 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_0704  LytTR family two component transcriptional regulator  31.89 
 
 		 276 aa  125  4.0000000000000003e-28  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  0.674394 
 
 
-
 
CP001509  ECD_02291  predicted response regulator in two-component system withYpdA  33.8 
 
 		 244 aa  124  1e-27  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1276  two component transcriptional regulator, LytTR family  33.8 
 
 		 244 aa  124  1e-27  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.435037  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2533  response regulator  33.65 
 
 		 244 aa  124  1e-27  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1542  LytTr DNA-binding region  32.26 
 
 		 245 aa  124  1e-27  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  0.300206 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1288  LytTR family two component transcriptional regulator  33.8 
 
 		 244 aa  124  1e-27  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.524379  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2671  response regulator  33.8 
 
 		 244 aa  124  1e-27  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2518  response regulator  33.8 
 
 		 244 aa  124  1e-27  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3613  response regulator  33.8 
 
 		 244 aa  124  1e-27  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.560415 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2750  response regulator  33.8 
 
 		 244 aa  124  1e-27  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_11558  two-component system response regulator  32.9 
 
 		 233 aa  122  5e-27  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013203  Apar_1323  two component transcriptional regulator, LytTR family  35.02 
 
 		 237 aa  122  6e-27  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  0.0540721  normal  0.0273831 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3838  LytR/AlgR family transcriptional regulator  30.58 
 
 		 254 aa  122  6e-27  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  0.479778 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2673  response regulator receiver protein  30.5 
 
 		 268 aa  122  6e-27  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.587227  normal  0.606797 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_1393  two component transcriptional regulator, LytTR family  32.46 
 
 		 238 aa  121  7e-27  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000000000160197 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3291  LytR/AlgR family transcriptional regulator  29.8 
 
 		 258 aa  121  9e-27  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.393667  normal  1 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2328  LytTR family two component transcriptional regulator  30.86 
 
 		 255 aa  120  9.999999999999999e-27  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.261765  decreased coverage  0.00199939 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0374  two component transcriptional regulator, LytTR family  33.33 
 
 		 242 aa  120  9.999999999999999e-27  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1375  response regulator receiver protein  32.89 
 
 		 239 aa  121  9.999999999999999e-27  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_5142  two component transcriptional regulator, LytTR family  32.86 
 
 		 244 aa  120  1.9999999999999998e-26  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.546377  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01918  putative response regulator in two-component regulatory system  29.92 
 
 		 275 aa  120  1.9999999999999998e-26  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.159199  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>