More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Slin_6125 on replicon NC_013730
Organism: Spirosoma linguale DSM 74



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013730  Slin_6125  two component transcriptional regulator, LytTR family  100 
 
 		 238 aa  494  1e-139  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_4189  LytTr DNA-binding region  35.09 
 
 		 231 aa  158  8e-38  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  0.537023 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4010  two component transcriptional regulator, LytTR family  33.77 
 
 		 231 aa  150  2e-35  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.0569074  decreased coverage  0.00157623 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0577  two component transcriptional regulator, LytTR family  34.33 
 
 		 231 aa  147  1.0000000000000001e-34  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2791  two component transcriptional regulator, LytTR family  31.84 
 
 		 224 aa  143  2e-33  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.0891261 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1841  response regulator receiver  32.77 
 
 		 245 aa  139  3.9999999999999997e-32  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000216203 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_5028  LytTR family two component transcriptional regulator  31.51 
 
 		 237 aa  137  1e-31  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.967214  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0764  two component transcriptional regulator, LytTR family  34.33 
 
 		 245 aa  136  4e-31  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.626213 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0826  two component transcriptional regulator, LytTR family  31.72 
 
 		 235 aa  135  8e-31  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.398179  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4084  two component transcriptional regulator, LytTR family  31.11 
 
 		 244 aa  134  9.999999999999999e-31  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.445273  normal  0.0209217 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3124  LytTr DNA-binding region  32.22 
 
 		 244 aa  132  5e-30  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4134  LytTR family two component transcriptional regulator  33.62 
 
 		 243 aa  132  5e-30  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.291369  n/a   
 
 
-
 
NC_013733  Slin_6983  two component transcriptional regulator, LytTR family  33.94 
 
 		 230 aa  131  7.999999999999999e-30  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.659349  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4710  two component transcriptional regulator, LytTR family  29.88 
 
 		 254 aa  130  1.0000000000000001e-29  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1844  two component transcriptional regulator, LytTR family  32.48 
 
 		 236 aa  130  2.0000000000000002e-29  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3628  two component transcriptional regulator, LytTR family  29.66 
 
 		 235 aa  129  4.0000000000000003e-29  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.0184746 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3790  two component transcriptional regulator, LytTR family  30.38 
 
 		 240 aa  129  5.0000000000000004e-29  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.540237  normal  0.0384587 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_5303  two component transcriptional regulator, LytTR family  29.96 
 
 		 261 aa  128  8.000000000000001e-29  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.153649 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2133  two component transcriptional regulator, LytTR family  31.45 
 
 		 256 aa  128  1.0000000000000001e-28  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.926336  normal  0.829991 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0904  two component transcriptional regulator, LytTR family  32.74 
 
 		 249 aa  127  1.0000000000000001e-28  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.911747  normal  0.38362 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0733  two component transcriptional regulator, LytTR family  32.91 
 
 		 243 aa  127  1.0000000000000001e-28  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4524  two component transcriptional regulator, LytTR family  27.54 
 
 		 240 aa  126  3e-28  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  hitchhiker  0.00000306542  normal  0.871136 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5230  two component transcriptional regulator, LytTR family  26.69 
 
 		 244 aa  125  4.0000000000000003e-28  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.236835  normal  0.031416 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1679  LytTR family two component transcriptional regulator  29.82 
 
 		 238 aa  125  5e-28  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_2575  two-component response regulator  30.34 
 
 		 241 aa  125  7e-28  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0217  LytTr DNA-binding region  30 
 
 		 250 aa  124  9e-28  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  0.630653 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_3280  two component transcriptional regulator, LytTR family  30.51 
 
 		 245 aa  124  1e-27  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3926  two component transcriptional regulator, LytTR family  30.53 
 
 		 237 aa  124  2e-27  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.566728 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5598  two component transcriptional regulator, LytTR family  30.1 
 
 		 237 aa  122  7e-27  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  hitchhiker  0.0000105391  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5383  two component transcriptional regulator, LytTR family  27.71 
 
 		 235 aa  121  8e-27  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_04910  two-component system response regulator  29.65 
 
 		 236 aa  119  3.9999999999999996e-26  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.981835  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3968  LytTR family two component transcriptional regulator  29.46 
 
 		 229 aa  119  4.9999999999999996e-26  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.0978404  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1345  LytTR family two component transcriptional regulator  27.31 
 
 		 234 aa  116  3.9999999999999997e-25  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1047  LytTr DNA-binding region  29.13 
 
 		 241 aa  115  7.999999999999999e-25  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.791092  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_0991  LytTR family two component transcriptional regulator  26.72 
 
 		 229 aa  115  7.999999999999999e-25  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3483  LytTR family two component transcriptional regulator  30.26 
 
 		 231 aa  114  8.999999999999998e-25  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.630225  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0330  two component transcriptional regulator, LytTR family  27.87 
 
 		 254 aa  114  1.0000000000000001e-24  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.489053 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3396  two component transcriptional regulator, LytTR family  29.57 
 
 		 243 aa  114  1.0000000000000001e-24  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.655263 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1834  LytTR family two component transcriptional regulator  27.93 
 
 		 237 aa  114  1.0000000000000001e-24  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_6269  two component transcriptional regulator, LytTR family  30.41 
 
 		 228 aa  114  2.0000000000000002e-24  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013731  Slin_6669  two component transcriptional regulator, LytTR family  30.43 
 
 		 242 aa  113  2.0000000000000002e-24  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013203  Apar_1323  two component transcriptional regulator, LytTR family  30.77 
 
 		 237 aa  114  2.0000000000000002e-24  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  0.0540721  normal  0.0273831 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_5133  two component transcriptional regulator, LytTR family  28.83 
 
 		 227 aa  113  3e-24  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.983168 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3291  LytR/AlgR family transcriptional regulator  26.69 
 
 		 258 aa  112  5e-24  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.393667  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1113  LytR/AlgR family transcriptional regulator  30.95 
 
 		 256 aa  112  6e-24  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.45992  normal  0.29087 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_5358  two component transcriptional regulator, LytTR family  28.7 
 
 		 235 aa  109  3e-23  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3175  two component transcriptional regulator, LytTR family  26.86 
 
 		 250 aa  108  5e-23  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0588  response regulator receiver  29.95 
 
 		 227 aa  109  5e-23  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1723  two component transcriptional regulator, LytTR family  29.96 
 
 		 232 aa  108  1e-22  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2060  two component transcriptional regulator, LytTR family  26.43 
 
 		 240 aa  106  2e-22  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0190  LytR/AlgR family transcriptional regulator  26.89 
 
 		 244 aa  107  2e-22  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.625509  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0597  two component transcriptional regulator, LytTR family  30.77 
 
 		 242 aa  107  2e-22  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.0722811 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1177  two component transcriptional regulator, LytTR family  29.28 
 
 		 231 aa  107  2e-22  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1004  two component transcriptional regulator, LytTR family  30.12 
 
 		 257 aa  106  3e-22  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  decreased coverage  0.00878343  normal  0.279198 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_1645  two component transcriptional regulator, LytTR family  30.84 
 
 		 232 aa  106  3e-22  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4282  LytTR family two component transcriptional regulator  25.45 
 
 		 232 aa  106  4e-22  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.442781  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5161  two component transcriptional regulator, LytTR family  30.94 
 
 		 248 aa  105  5e-22  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.185153  hitchhiker  0.000735465 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4564  LytTR family two component transcriptional regulator  24.68 
 
 		 233 aa  104  1e-21  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.0221995  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2253  LytTr DNA-binding region  25.99 
 
 		 248 aa  103  2e-21  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_1393  two component transcriptional regulator, LytTR family  27.92 
 
 		 238 aa  103  2e-21  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000000000160197 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2673  response regulator receiver protein  26.04 
 
 		 268 aa  103  3e-21  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.587227  normal  0.606797 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_5300  two component transcriptional regulator, LytTR family  28.39 
 
 		 241 aa  103  3e-21  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.0290142 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_0137  two component transcriptional regulator, LytTR family  28 
 
 		 237 aa  102  4e-21  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_1220  two component transcriptional regulator, LytTR family  29.49 
 
 		 238 aa  102  5e-21  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  0.132093  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0421  two component transcriptional regulator, LytTR family  26.52 
 
 		 227 aa  101  8e-21  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_6424  two component transcriptional regulator, LytTR family  22.31 
 
 		 250 aa  100  2e-20  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.529726  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_2030  LytTR family two component transcriptional regulator  25.21 
 
 		 237 aa  100  2e-20  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2242  two component transcriptional regulator, LytTR family  27.69 
 
 		 244 aa  100  3e-20  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_01160  response regulator of the LytR/AlgR family  26.37 
 
 		 238 aa  99.8  4e-20  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4495  LytTR family two component transcriptional regulator  26.64 
 
 		 245 aa  99.4  4e-20  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.17015 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1542  LytTr DNA-binding region  26.18 
 
 		 245 aa  99.4  4e-20  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  0.300206 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_2165  LytTR family two component transcriptional regulator  25.89 
 
 		 235 aa  99.8  4e-20  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.0607611  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3544  two component transcriptional regulator, LytTR family  30 
 
 		 251 aa  99  6e-20  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.0394969  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_11553  two-component system response regulator  27.59 
 
 		 237 aa  98.6  7e-20  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3487  LytR/AlgR family transcriptional regulator  25.82 
 
 		 253 aa  98.6  9e-20  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.76921  normal  1 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1375  response regulator receiver protein  27.27 
 
 		 239 aa  97.8  1e-19  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3096  response regulator receiver protein  32.5 
 
 		 247 aa  97.8  1e-19  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3159  response regulator receiver  25.33 
 
 		 242 aa  98.2  1e-19  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3913  LytTR family two component transcriptional regulator  26.25 
 
 		 268 aa  96.7  3e-19  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.316099  normal  1 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_4129  two component transcriptional regulator, LytTR family  27.54 
 
 		 271 aa  96.7  3e-19  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_7298  two component transcriptional regulator, LytTR family  27.03 
 
 		 230 aa  96.7  3e-19  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5318  LytTR family two component transcriptional regulator  28.64 
 
 		 253 aa  96.3  4e-19  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.541549 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01918  putative response regulator in two-component regulatory system  24.89 
 
 		 275 aa  96.3  4e-19  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.159199  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3670  LytR/AlgR family transcriptional regulator  28.17 
 
 		 246 aa  96.3  4e-19  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2858  response regulator receiver  25.74 
 
 		 264 aa  95.9  5e-19  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0227  LytR/AlgR family transcriptional regulator  24.81 
 
 		 265 aa  95.5  6e-19  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.312706  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0119  response regulator receiver protein  27.92 
 
 		 249 aa  95.1  9e-19  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1569  two component transcriptional regulator, LytTR family  28.43 
 
 		 240 aa  94.7  1e-18  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000000000000531282 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_00400  response regulator of the LytR/AlgR family  26.91 
 
 		 237 aa  94  2e-18  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  0.132657  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4382  LytTR family two component transcriptional regulator  25.95 
 
 		 273 aa  93.6  2e-18  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2329  LytTR family two component transcriptional regulator  26 
 
 		 255 aa  93.6  2e-18  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.0531557  decreased coverage  0.00207881 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3118  LytTR family two component transcriptional regulator  27.54 
 
 		 236 aa  94  2e-18  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  hitchhiker  0.00259319  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3314  LytR/AlgR family transcriptional regulator  31.71 
 
 		 250 aa  93.6  3e-18  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.742064  normal  0.13531 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_5008  LytTR family two component transcriptional regulator  24.89 
 
 		 250 aa  93.2  4e-18  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.135227  hitchhiker  0.0000288771 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2172  LytR/AlgR family transcriptional regulator  26.92 
 
 		 252 aa  92.8  4e-18  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.0721488  normal  0.0255714 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0715  two component transcriptional regulator, LytTR family  27.36 
 
 		 245 aa  92.4  5e-18  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  hitchhiker  0.00500528  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3089  LytTR family two component transcriptional regulator  31.12 
 
 		 278 aa  92.8  5e-18  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_0068  two component transcriptional regulator, LytTR family  27.12 
 
 		 244 aa  92.4  6e-18  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  decreased coverage  0.00288448  normal  1 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3773  two component transcriptional regulator, LytTR family  29.09 
 
 		 260 aa  92.4  6e-18  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.10961  normal  1 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000974  response regulator of the LytR/AlgR family  27.71 
 
 		 263 aa  92  8e-18  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.728867  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>