More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dfer_5303 on replicon NC_013037
Organism: Dyadobacter fermentans DSM 18053



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013037  Dfer_5303  two component transcriptional regulator, LytTR family  100 
 
 		 261 aa  533  1e-150  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.153649 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4710  two component transcriptional regulator, LytTR family  49.41 
 
 		 254 aa  257  1e-67  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0904  two component transcriptional regulator, LytTR family  39.3 
 
 		 249 aa  204  1e-51  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.911747  normal  0.38362 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2133  two component transcriptional regulator, LytTR family  39.67 
 
 		 256 aa  192  4e-48  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.926336  normal  0.829991 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3175  two component transcriptional regulator, LytTR family  41.73 
 
 		 250 aa  177  1e-43  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5230  two component transcriptional regulator, LytTR family  38.65 
 
 		 244 aa  177  2e-43  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.236835  normal  0.031416 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1844  two component transcriptional regulator, LytTR family  36.76 
 
 		 236 aa  164  2.0000000000000002e-39  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0217  LytTr DNA-binding region  38.93 
 
 		 250 aa  163  3e-39  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  0.630653 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5598  two component transcriptional regulator, LytTR family  36.25 
 
 		 237 aa  161  9e-39  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  hitchhiker  0.0000105391  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4134  LytTR family two component transcriptional regulator  35.41 
 
 		 243 aa  159  6e-38  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.291369  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4084  two component transcriptional regulator, LytTR family  36.08 
 
 		 244 aa  155  4e-37  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.445273  normal  0.0209217 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0764  two component transcriptional regulator, LytTR family  35.16 
 
 		 245 aa  153  2e-36  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.626213 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1679  LytTR family two component transcriptional regulator  34.82 
 
 		 238 aa  150  2e-35  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4524  two component transcriptional regulator, LytTR family  33.6 
 
 		 240 aa  150  3e-35  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  hitchhiker  0.00000306542  normal  0.871136 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0733  two component transcriptional regulator, LytTR family  34.66 
 
 		 243 aa  149  4e-35  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_5358  two component transcriptional regulator, LytTR family  35.71 
 
 		 235 aa  149  5e-35  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3628  two component transcriptional regulator, LytTR family  34.38 
 
 		 235 aa  149  6e-35  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.0184746 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3124  LytTr DNA-binding region  36.43 
 
 		 244 aa  148  8e-35  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0826  two component transcriptional regulator, LytTR family  31.69 
 
 		 235 aa  148  9e-35  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.398179  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4564  LytTR family two component transcriptional regulator  33.59 
 
 		 233 aa  147  2.0000000000000003e-34  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.0221995  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_5028  LytTR family two component transcriptional regulator  34.25 
 
 		 237 aa  145  5e-34  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.967214  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_2165  LytTR family two component transcriptional regulator  31.91 
 
 		 235 aa  144  1e-33  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.0607611  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3968  LytTR family two component transcriptional regulator  32.79 
 
 		 229 aa  144  1e-33  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.0978404  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_3280  two component transcriptional regulator, LytTR family  37.1 
 
 		 245 aa  143  3e-33  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5161  two component transcriptional regulator, LytTR family  36.84 
 
 		 248 aa  141  8e-33  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.185153  hitchhiker  0.000735465 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3291  LytR/AlgR family transcriptional regulator  33.58 
 
 		 258 aa  141  9e-33  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.393667  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3396  two component transcriptional regulator, LytTR family  31.1 
 
 		 243 aa  139  3.9999999999999997e-32  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.655263 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3926  two component transcriptional regulator, LytTR family  33.6 
 
 		 237 aa  139  3.9999999999999997e-32  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.566728 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_04910  two-component system response regulator  34.66 
 
 		 236 aa  139  3.9999999999999997e-32  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.981835  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1841  response regulator receiver  34.69 
 
 		 245 aa  138  1e-31  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000216203 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3913  LytTR family two component transcriptional regulator  33.95 
 
 		 268 aa  137  1e-31  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.316099  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_4189  LytTr DNA-binding region  31.87 
 
 		 231 aa  137  2e-31  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  0.537023 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6586  two component transcriptional regulator, LytTR family  33.74 
 
 		 246 aa  137  2e-31  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.318104  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4010  two component transcriptional regulator, LytTR family  31.56 
 
 		 231 aa  137  2e-31  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.0569074  decreased coverage  0.00157623 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_5142  two component transcriptional regulator, LytTR family  33.61 
 
 		 244 aa  135  7.000000000000001e-31  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.546377  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3838  LytR/AlgR family transcriptional regulator  32.45 
 
 		 254 aa  135  8e-31  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  0.479778 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_2575  two-component response regulator  32.95 
 
 		 241 aa  135  8e-31  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4282  LytTR family two component transcriptional regulator  31.47 
 
 		 232 aa  135  9e-31  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.442781  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_6269  two component transcriptional regulator, LytTR family  34.55 
 
 		 228 aa  134  9.999999999999999e-31  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_5133  two component transcriptional regulator, LytTR family  31.6 
 
 		 227 aa  134  1.9999999999999998e-30  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.983168 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_0991  LytTR family two component transcriptional regulator  33.07 
 
 		 229 aa  132  3.9999999999999996e-30  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1834  LytTR family two component transcriptional regulator  33.61 
 
 		 237 aa  131  9e-30  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0597  two component transcriptional regulator, LytTR family  32.39 
 
 		 242 aa  131  1.0000000000000001e-29  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.0722811 
 
 
-
 
NC_013733  Slin_6983  two component transcriptional regulator, LytTR family  33.74 
 
 		 230 aa  130  2.0000000000000002e-29  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.659349  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1542  LytTr DNA-binding region  33.92 
 
 		 245 aa  130  3e-29  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  0.300206 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2060  two component transcriptional regulator, LytTR family  31.69 
 
 		 240 aa  129  5.0000000000000004e-29  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5383  two component transcriptional regulator, LytTR family  33.2 
 
 		 235 aa  129  6e-29  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2791  two component transcriptional regulator, LytTR family  30.33 
 
 		 224 aa  129  7.000000000000001e-29  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.0891261 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3790  two component transcriptional regulator, LytTR family  30.36 
 
 		 240 aa  128  8.000000000000001e-29  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.540237  normal  0.0384587 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_11553  two-component system response regulator  30.24 
 
 		 237 aa  127  1.0000000000000001e-28  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_6125  two component transcriptional regulator, LytTR family  29.96 
 
 		 238 aa  128  1.0000000000000001e-28  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0330  two component transcriptional regulator, LytTR family  32.54 
 
 		 254 aa  126  3e-28  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.489053 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0421  two component transcriptional regulator, LytTR family  30.86 
 
 		 227 aa  126  4.0000000000000003e-28  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2253  LytTr DNA-binding region  28.35 
 
 		 248 aa  125  7e-28  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_0704  LytTR family two component transcriptional regulator  30.6 
 
 		 276 aa  125  8.000000000000001e-28  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  0.674394 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_7298  two component transcriptional regulator, LytTR family  33.88 
 
 		 230 aa  124  1e-27  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_1220  two component transcriptional regulator, LytTR family  35.29 
 
 		 238 aa  124  2e-27  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  0.132093  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_0067  LytTR family two component transcriptional regulator  30.77 
 
 		 268 aa  123  3e-27  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.169577  normal  0.169612 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2697  LytR/AlgR family transcriptional regulator  34.22 
 
 		 240 aa  122  5e-27  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_5300  two component transcriptional regulator, LytTR family  30 
 
 		 241 aa  120  1.9999999999999998e-26  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.0290142 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0420  LytR/AlgR family transcriptional regulator  30.77 
 
 		 317 aa  119  3e-26  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.0328897  normal  0.0302219 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1004  two component transcriptional regulator, LytTR family  31.92 
 
 		 257 aa  120  3e-26  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  decreased coverage  0.00878343  normal  0.279198 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1345  LytTR family two component transcriptional regulator  33.6 
 
 		 234 aa  120  3e-26  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_2030  LytTR family two component transcriptional regulator  30.65 
 
 		 237 aa  119  3e-26  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3544  two component transcriptional regulator, LytTR family  33.03 
 
 		 251 aa  119  3.9999999999999996e-26  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.0394969  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2329  LytTR family two component transcriptional regulator  29.13 
 
 		 255 aa  119  3.9999999999999996e-26  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.0531557  decreased coverage  0.00207881 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1177  two component transcriptional regulator, LytTR family  32.92 
 
 		 231 aa  119  6e-26  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0190  LytR/AlgR family transcriptional regulator  30.08 
 
 		 244 aa  119  7e-26  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.625509  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2242  two component transcriptional regulator, LytTR family  31.42 
 
 		 244 aa  118  7e-26  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3900  response regulator receiver domain-containing protein  31.47 
 
 		 261 aa  117  9.999999999999999e-26  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4495  LytTR family two component transcriptional regulator  29.02 
 
 		 245 aa  117  9.999999999999999e-26  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.17015 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2328  LytTR family two component transcriptional regulator  30.43 
 
 		 255 aa  117  1.9999999999999998e-25  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.261765  decreased coverage  0.00199939 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0480  response regulator receiver domain-containing protein  31.23 
 
 		 265 aa  117  1.9999999999999998e-25  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2906  two component transcriptional regulator, LytTR family  32.38 
 
 		 245 aa  117  1.9999999999999998e-25  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1149  response regulator receiver protein  29.46 
 
 		 239 aa  117  1.9999999999999998e-25  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2673  response regulator receiver protein  29.07 
 
 		 268 aa  116  3.9999999999999997e-25  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.587227  normal  0.606797 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0577  two component transcriptional regulator, LytTR family  28.75 
 
 		 231 aa  115  6e-25  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1301  two component transcriptional regulator, LytTR family  26.67 
 
 		 245 aa  114  1.0000000000000001e-24  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.39793  normal  0.563324 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2385  response regulator receiver protein  28.04 
 
 		 272 aa  114  1.0000000000000001e-24  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3487  LytR/AlgR family transcriptional regulator  29.23 
 
 		 253 aa  114  2.0000000000000002e-24  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.76921  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0374  two component transcriptional regulator, LytTR family  32.1 
 
 		 242 aa  114  2.0000000000000002e-24  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_1645  two component transcriptional regulator, LytTR family  29.25 
 
 		 232 aa  112  8.000000000000001e-24  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0588  response regulator receiver  29.8 
 
 		 227 aa  111  1.0000000000000001e-23  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1723  two component transcriptional regulator, LytTR family  31.76 
 
 		 232 aa  111  1.0000000000000001e-23  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3483  LytTR family two component transcriptional regulator  31.34 
 
 		 231 aa  111  1.0000000000000001e-23  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.630225  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1860  two component transcriptional regulator, LytTR family  33.77 
 
 		 266 aa  111  1.0000000000000001e-23  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01918  putative response regulator in two-component regulatory system  27.47 
 
 		 275 aa  109  5e-23  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.159199  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_6424  two component transcriptional regulator, LytTR family  28.68 
 
 		 250 aa  108  1e-22  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.529726  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1047  LytTr DNA-binding region  27.41 
 
 		 241 aa  107  2e-22  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.791092  normal  1 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0224  putative two-component response-regulatory protein YehT  29.44 
 
 		 237 aa  107  2e-22  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0227  LytR/AlgR family transcriptional regulator  27.45 
 
 		 265 aa  107  3e-22  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.312706  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2434  putative two-component response-regulatory protein YehT  27.94 
 
 		 236 aa  107  3e-22  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.318628  n/a   
 
 
-
 
NC_013203  Apar_1323  two component transcriptional regulator, LytTR family  31.86 
 
 		 237 aa  106  4e-22  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  0.0540721  normal  0.0273831 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4382  LytTR family two component transcriptional regulator  29.66 
 
 		 273 aa  106  4e-22  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1761  two component transcriptional regulator, LytTR family  33.62 
 
 		 251 aa  105  7e-22  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3159  response regulator receiver  26.4 
 
 		 242 aa  104  1e-21  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3733  response regulator receiver domain-containing protein  28.28 
 
 		 249 aa  105  1e-21  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  0.766169 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00984  putative two-component response-regulatory protein YehT  29.44 
 
 		 242 aa  104  1e-21  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0617  two component transcriptional regulator, LytTR family  28.4 
 
 		 243 aa  104  2e-21  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  0.23864 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1548  putative two-component response-regulatory protein YehT  29.44 
 
 		 236 aa  104  2e-21  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.496368  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>