More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Phep_3124 on replicon NC_013061
Organism: Pedobacter heparinus DSM 2366



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013061  Phep_3124  LytTr DNA-binding region  100 
 
 		 244 aa  498  1e-140  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_3280  two component transcriptional regulator, LytTR family  65.16 
 
 		 245 aa  345  4e-94  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0330  two component transcriptional regulator, LytTR family  56.69 
 
 		 254 aa  297  1e-79  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.489053 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_5300  two component transcriptional regulator, LytTR family  53.28 
 
 		 241 aa  275  3e-73  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.0290142 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4134  LytTR family two component transcriptional regulator  54.13 
 
 		 243 aa  274  1.0000000000000001e-72  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.291369  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0597  two component transcriptional regulator, LytTR family  49.38 
 
 		 242 aa  255  5e-67  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.0722811 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_2575  two-component response regulator  45.83 
 
 		 241 aa  231  8.000000000000001e-60  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1844  two component transcriptional regulator, LytTR family  46.47 
 
 		 236 aa  228  5e-59  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5598  two component transcriptional regulator, LytTR family  44.73 
 
 		 237 aa  216  2.9999999999999998e-55  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  hitchhiker  0.0000105391  normal  1 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_1220  two component transcriptional regulator, LytTR family  47.48 
 
 		 238 aa  206  3e-52  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  0.132093  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3175  two component transcriptional regulator, LytTR family  41.87 
 
 		 250 aa  201  8e-51  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0217  LytTr DNA-binding region  40.82 
 
 		 250 aa  192  6e-48  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  0.630653 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1679  LytTR family two component transcriptional regulator  39.5 
 
 		 238 aa  189  4e-47  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3926  two component transcriptional regulator, LytTR family  39.33 
 
 		 237 aa  176  4e-43  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.566728 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3396  two component transcriptional regulator, LytTR family  37.92 
 
 		 243 aa  175  7e-43  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.655263 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_7298  two component transcriptional regulator, LytTR family  40.43 
 
 		 230 aa  173  1.9999999999999998e-42  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2060  two component transcriptional regulator, LytTR family  38.93 
 
 		 240 aa  172  2.9999999999999996e-42  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2242  two component transcriptional regulator, LytTR family  38.68 
 
 		 244 aa  172  5.999999999999999e-42  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4084  two component transcriptional regulator, LytTR family  37.18 
 
 		 244 aa  170  2e-41  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.445273  normal  0.0209217 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5383  two component transcriptional regulator, LytTR family  36.63 
 
 		 235 aa  166  5e-40  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1177  two component transcriptional regulator, LytTR family  37.71 
 
 		 231 aa  163  2.0000000000000002e-39  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013733  Slin_6983  two component transcriptional regulator, LytTR family  37.71 
 
 		 230 aa  162  3e-39  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.659349  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2791  two component transcriptional regulator, LytTR family  35.83 
 
 		 224 aa  162  4.0000000000000004e-39  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.0891261 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0733  two component transcriptional regulator, LytTR family  38.02 
 
 		 243 aa  162  5.0000000000000005e-39  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_2165  LytTR family two component transcriptional regulator  37.66 
 
 		 235 aa  161  7e-39  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.0607611  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1723  two component transcriptional regulator, LytTR family  40.17 
 
 		 232 aa  160  2e-38  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_5133  two component transcriptional regulator, LytTR family  37.5 
 
 		 227 aa  158  8e-38  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.983168 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0764  two component transcriptional regulator, LytTR family  36.36 
 
 		 245 aa  158  8e-38  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.626213 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4524  two component transcriptional regulator, LytTR family  35.59 
 
 		 240 aa  157  1e-37  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  hitchhiker  0.00000306542  normal  0.871136 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4010  two component transcriptional regulator, LytTR family  36.4 
 
 		 231 aa  157  1e-37  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.0569074  decreased coverage  0.00157623 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4564  LytTR family two component transcriptional regulator  32.33 
 
 		 233 aa  157  1e-37  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.0221995  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3968  LytTR family two component transcriptional regulator  34.85 
 
 		 229 aa  158  1e-37  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.0978404  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_5358  two component transcriptional regulator, LytTR family  36.86 
 
 		 235 aa  156  3e-37  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_1645  two component transcriptional regulator, LytTR family  38.56 
 
 		 232 aa  155  4e-37  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5161  two component transcriptional regulator, LytTR family  37.45 
 
 		 248 aa  155  4e-37  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.185153  hitchhiker  0.000735465 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1841  response regulator receiver  37.6 
 
 		 245 aa  155  5.0000000000000005e-37  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000216203 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0588  response regulator receiver  36.09 
 
 		 227 aa  155  7e-37  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5230  two component transcriptional regulator, LytTR family  35.42 
 
 		 244 aa  154  1e-36  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.236835  normal  0.031416 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_5028  LytTR family two component transcriptional regulator  34.47 
 
 		 237 aa  154  2e-36  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.967214  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0826  two component transcriptional regulator, LytTR family  37.18 
 
 		 235 aa  153  2e-36  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.398179  normal  1 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_04910  two-component system response regulator  36.48 
 
 		 236 aa  154  2e-36  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.981835  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3628  two component transcriptional regulator, LytTR family  34.19 
 
 		 235 aa  151  1e-35  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.0184746 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2133  two component transcriptional regulator, LytTR family  33.86 
 
 		 256 aa  150  2e-35  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.926336  normal  0.829991 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4710  two component transcriptional regulator, LytTR family  33.6 
 
 		 254 aa  149  5e-35  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_5303  two component transcriptional regulator, LytTR family  36.43 
 
 		 261 aa  148  7e-35  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.153649 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0904  two component transcriptional regulator, LytTR family  32.62 
 
 		 249 aa  147  2.0000000000000003e-34  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.911747  normal  0.38362 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0421  two component transcriptional regulator, LytTR family  34.76 
 
 		 227 aa  147  2.0000000000000003e-34  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_4189  LytTr DNA-binding region  32.9 
 
 		 231 aa  146  3e-34  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  0.537023 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_0991  LytTR family two component transcriptional regulator  34.32 
 
 		 229 aa  144  1e-33  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1834  LytTR family two component transcriptional regulator  37.23 
 
 		 237 aa  142  5e-33  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0577  two component transcriptional regulator, LytTR family  32.77 
 
 		 231 aa  139  3e-32  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3790  two component transcriptional regulator, LytTR family  32.91 
 
 		 240 aa  139  3.9999999999999997e-32  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.540237  normal  0.0384587 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4282  LytTR family two component transcriptional regulator  33.61 
 
 		 232 aa  139  4.999999999999999e-32  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.442781  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6586  two component transcriptional regulator, LytTR family  32.88 
 
 		 246 aa  137  2e-31  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.318104  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_2030  LytTR family two component transcriptional regulator  30.9 
 
 		 237 aa  133  1.9999999999999998e-30  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_6125  two component transcriptional regulator, LytTR family  32.22 
 
 		 238 aa  132  5e-30  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0190  LytR/AlgR family transcriptional regulator  31.44 
 
 		 244 aa  131  1.0000000000000001e-29  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.625509  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_11553  two-component system response regulator  32.47 
 
 		 237 aa  127  2.0000000000000002e-28  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3483  LytTR family two component transcriptional regulator  32.91 
 
 		 231 aa  126  3e-28  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.630225  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3913  LytTR family two component transcriptional regulator  32.54 
 
 		 268 aa  122  4e-27  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.316099  normal  1 
 
 
-
 
NC_013731  Slin_6669  two component transcriptional regulator, LytTR family  32.23 
 
 		 242 aa  122  4e-27  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2253  LytTr DNA-binding region  32.11 
 
 		 248 aa  121  8e-27  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_6269  two component transcriptional regulator, LytTR family  34.06 
 
 		 228 aa  121  8e-27  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4495  LytTR family two component transcriptional regulator  29.67 
 
 		 245 aa  120  9.999999999999999e-27  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.17015 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2329  LytTR family two component transcriptional regulator  33.18 
 
 		 255 aa  120  3e-26  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.0531557  decreased coverage  0.00207881 
 
 
-
 
NC_005945  BAS5295  response regulator LytR  36.41 
 
 		 246 aa  119  3.9999999999999996e-26  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_5122  response regulator  36.41 
 
 		 246 aa  119  3.9999999999999996e-26  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_5691  response regulator LytR  36.41 
 
 		 246 aa  119  3.9999999999999996e-26  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_5536  response regulator LytR  36.41 
 
 		 246 aa  119  3.9999999999999996e-26  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1542  LytTr DNA-binding region  31.11 
 
 		 245 aa  119  3.9999999999999996e-26  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  0.300206 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK5137  response regulator  36.24 
 
 		 246 aa  118  9e-26  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2172  LytR/AlgR family transcriptional regulator  33.8 
 
 		 252 aa  117  9.999999999999999e-26  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.0721488  normal  0.0255714 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_5573  response regulator LytR  36.41 
 
 		 246 aa  116  1.9999999999999998e-25  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1860  two component transcriptional regulator, LytTR family  31.17 
 
 		 266 aa  117  1.9999999999999998e-25  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2328  LytTR family two component transcriptional regulator  32.86 
 
 		 255 aa  117  1.9999999999999998e-25  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.261765  decreased coverage  0.00199939 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B5384  response regulator LytR  36.87 
 
 		 246 aa  116  3.9999999999999997e-25  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.662493  normal  0.485514 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01918  putative response regulator in two-component regulatory system  32.05 
 
 		 275 aa  115  5e-25  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.159199  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_5234  LytTR family two component transcriptional regulator  35.48 
 
 		 246 aa  115  5e-25  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A5621  response regulator LytR  35.94 
 
 		 246 aa  115  6e-25  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A5565  response regulator LytR  35.19 
 
 		 246 aa  114  1.0000000000000001e-24  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3159  response regulator receiver  30.09 
 
 		 242 aa  114  2.0000000000000002e-24  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_5142  two component transcriptional regulator, LytTR family  31.48 
 
 		 244 aa  113  2.0000000000000002e-24  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.546377  normal  1 
 
 
-
 
NC_013203  Apar_1323  two component transcriptional regulator, LytTR family  34.51 
 
 		 237 aa  113  3e-24  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  0.0540721  normal  0.0273831 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_6424  two component transcriptional regulator, LytTR family  31.25 
 
 		 250 aa  112  5e-24  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.529726  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0480  response regulator receiver domain-containing protein  29.73 
 
 		 265 aa  112  6e-24  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1819  LytTr DNA-binding response regulator  29.49 
 
 		 260 aa  111  9e-24  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.148301  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1301  two component transcriptional regulator, LytTR family  27.87 
 
 		 245 aa  111  9e-24  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.39793  normal  0.563324 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2385  response regulator receiver protein  31.68 
 
 		 272 aa  111  1.0000000000000001e-23  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2697  LytR/AlgR family transcriptional regulator  34.1 
 
 		 240 aa  110  2.0000000000000002e-23  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1345  LytTR family two component transcriptional regulator  29.28 
 
 		 234 aa  110  2.0000000000000002e-23  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2278  LytTr DNA-binding response regulator  31.91 
 
 		 280 aa  109  5e-23  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.421967  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000974  response regulator of the LytR/AlgR family  30.77 
 
 		 263 aa  109  5e-23  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.728867  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3718  response regulator  28.52 
 
 		 275 aa  108  6e-23  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2434  putative two-component response-regulatory protein YehT  31.92 
 
 		 236 aa  108  8.000000000000001e-23  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.318628  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_3958  LytTR family two component transcriptional regulator  33.8 
 
 		 246 aa  108  9.000000000000001e-23  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_0704  LytTR family two component transcriptional regulator  28.19 
 
 		 276 aa  107  1e-22  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  0.674394 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_07024  transcriptional regulator  30.77 
 
 		 263 aa  108  1e-22  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4382  LytTR family two component transcriptional regulator  30.18 
 
 		 273 aa  107  1e-22  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1281  putative two-component response-regulatory protein YehT  30.84 
 
 		 236 aa  107  1e-22  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.155887  normal  0.0159688 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0374  two component transcriptional regulator, LytTR family  35.38 
 
 		 242 aa  107  2e-22  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>