More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Patl_1151 on replicon NC_008228
Organism: Pseudoalteromonas atlantica T6c



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008228  Patl_1151  response regulator receiver protein  100 
 
 		 276 aa  570  1e-161  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01918  putative response regulator in two-component regulatory system  42.11 
 
 		 275 aa  206  5e-52  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.159199  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2385  response regulator receiver protein  37.27 
 
 		 272 aa  199  6e-50  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2278  LytTr DNA-binding response regulator  39.56 
 
 		 280 aa  191  1e-47  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.421967  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2673  response regulator receiver protein  35.25 
 
 		 268 aa  175  6e-43  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.587227  normal  0.606797 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2974  LytTR family two component transcriptional regulator  36.02 
 
 		 266 aa  175  6e-43  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.318128 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4382  LytTR family two component transcriptional regulator  35.87 
 
 		 273 aa  168  1e-40  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0227  LytR/AlgR family transcriptional regulator  34.87 
 
 		 265 aa  166  4e-40  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.312706  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0480  response regulator receiver domain-containing protein  34.83 
 
 		 265 aa  159  5e-38  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_0067  LytTR family two component transcriptional regulator  34.08 
 
 		 268 aa  156  4e-37  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.169577  normal  0.169612 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3718  response regulator  35.04 
 
 		 275 aa  151  1e-35  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0420  LytR/AlgR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 317 aa  150  2e-35  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.0328897  normal  0.0302219 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2328  LytTR family two component transcriptional regulator  33.96 
 
 		 255 aa  149  3e-35  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.261765  decreased coverage  0.00199939 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_0704  LytTR family two component transcriptional regulator  32.98 
 
 		 276 aa  150  3e-35  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  0.674394 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2329  LytTR family two component transcriptional regulator  34.33 
 
 		 255 aa  148  9e-35  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.0531557  decreased coverage  0.00207881 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1860  two component transcriptional regulator, LytTR family  31.6 
 
 		 266 aa  142  4e-33  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3291  LytR/AlgR family transcriptional regulator  31.84 
 
 		 258 aa  139  4.999999999999999e-32  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.393667  normal  1 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3913  LytTR family two component transcriptional regulator  33.2 
 
 		 268 aa  139  7e-32  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.316099  normal  1 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2172  LytR/AlgR family transcriptional regulator  32.43 
 
 		 252 aa  137  1e-31  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.0721488  normal  0.0255714 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_04910  two-component system response regulator  33.58 
 
 		 236 aa  135  5e-31  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.981835  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1964  LytR/AlgR family transcriptional regulator  32.81 
 
 		 255 aa  133  3e-30  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  0.777054 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6586  two component transcriptional regulator, LytTR family  31.3 
 
 		 246 aa  131  1.0000000000000001e-29  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.318104  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_5142  two component transcriptional regulator, LytTR family  31.34 
 
 		 244 aa  130  3e-29  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.546377  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1819  LytTr DNA-binding response regulator  30.08 
 
 		 260 aa  128  1.0000000000000001e-28  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.148301  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0898  two component transcriptional regulator, LytTR family  30.77 
 
 		 265 aa  127  2.0000000000000002e-28  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4495  LytTR family two component transcriptional regulator  32.33 
 
 		 245 aa  127  2.0000000000000002e-28  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.17015 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1542  LytTr DNA-binding region  32.31 
 
 		 245 aa  126  4.0000000000000003e-28  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  0.300206 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4010  two component transcriptional regulator, LytTR family  30.99 
 
 		 231 aa  125  6e-28  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.0569074  decreased coverage  0.00157623 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3773  two component transcriptional regulator, LytTR family  32.66 
 
 		 260 aa  125  7e-28  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.10961  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3900  response regulator receiver domain-containing protein  31.72 
 
 		 261 aa  125  1e-27  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3733  response regulator receiver domain-containing protein  30.6 
 
 		 249 aa  124  2e-27  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  0.766169 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000974  response regulator of the LytR/AlgR family  30 
 
 		 263 aa  124  2e-27  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.728867  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1149  response regulator receiver protein  30.57 
 
 		 239 aa  124  2e-27  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_07024  transcriptional regulator  30 
 
 		 263 aa  124  2e-27  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4134  LytTR family two component transcriptional regulator  31.48 
 
 		 243 aa  122  4e-27  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.291369  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1004  two component transcriptional regulator, LytTR family  31.37 
 
 		 257 aa  122  8e-27  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  decreased coverage  0.00878343  normal  0.279198 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0374  two component transcriptional regulator, LytTR family  31.23 
 
 		 242 aa  121  9.999999999999999e-27  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_1645  two component transcriptional regulator, LytTR family  29.43 
 
 		 232 aa  121  1.9999999999999998e-26  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1761  two component transcriptional regulator, LytTR family  32.8 
 
 		 251 aa  120  1.9999999999999998e-26  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1965  response regulator receiver:LytTr DNA-binding region  28.06 
 
 		 273 aa  120  3e-26  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.864475  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_5008  LytTR family two component transcriptional regulator  31.54 
 
 		 250 aa  120  3e-26  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.135227  hitchhiker  0.0000288771 
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0387  response regulator  27.74 
 
 		 261 aa  119  6e-26  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4408  two component transcriptional regulator, LytTR family  32.66 
 
 		 268 aa  118  9e-26  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3000  response regulator receiver domain-containing protein  32.69 
 
 		 229 aa  118  9.999999999999999e-26  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000248508 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3790  two component transcriptional regulator, LytTR family  28.09 
 
 		 240 aa  118  9.999999999999999e-26  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.540237  normal  0.0384587 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6623  two component transcriptional regulator, LytTR family  30.86 
 
 		 258 aa  117  1.9999999999999998e-25  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.0991065  normal  0.080317 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0421  two component transcriptional regulator, LytTR family  32.41 
 
 		 256 aa  117  1.9999999999999998e-25  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  0.268274 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_5573  response regulator LytR  29.92 
 
 		 246 aa  116  3e-25  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A5621  response regulator LytR  29.92 
 
 		 246 aa  116  3e-25  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5383  two component transcriptional regulator, LytTR family  29.96 
 
 		 235 aa  116  3e-25  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_0979  LytTR family two component transcriptional regulator  32.53 
 
 		 242 aa  116  3.9999999999999997e-25  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0238694 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1400  response regulator  33.71 
 
 		 243 aa  116  3.9999999999999997e-25  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1841  response regulator receiver  31.58 
 
 		 245 aa  116  3.9999999999999997e-25  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000216203 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_4299  LytTR family two component transcriptional regulator  29.66 
 
 		 243 aa  116  3.9999999999999997e-25  Shewanella baltica OS155  Bacteria  decreased coverage  0.000001386  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0060  LytTR family two component transcriptional regulator  29.66 
 
 		 243 aa  116  3.9999999999999997e-25  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.0478076  hitchhiker  0.000497336 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2443  LytTR family two component transcriptional regulator  30.69 
 
 		 279 aa  116  5e-25  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3838  LytR/AlgR family transcriptional regulator  27.34 
 
 		 254 aa  115  6e-25  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  0.479778 
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_0246  two-component response regulator  26.62 
 
 		 246 aa  115  6e-25  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_4494  LytTr DNA-binding region  30.08 
 
 		 250 aa  115  6e-25  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.0706486  normal  0.304613 
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_0252  two-component response regulator  26.62 
 
 		 246 aa  115  6e-25  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0055  LytTR family two component transcriptional regulator  28.52 
 
 		 243 aa  115  6e-25  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.868518  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS5295  response regulator LytR  29.55 
 
 		 246 aa  115  7.999999999999999e-25  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_5122  response regulator  29.55 
 
 		 246 aa  115  7.999999999999999e-25  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_5691  response regulator LytR  29.55 
 
 		 246 aa  115  7.999999999999999e-25  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_5536  response regulator LytR  29.55 
 
 		 246 aa  115  7.999999999999999e-25  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1227  two component transcriptional regulator, LytTR family  29.03 
 
 		 277 aa  115  7.999999999999999e-25  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.299238  normal  0.813842 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1834  LytTR family two component transcriptional regulator  31.77 
 
 		 237 aa  115  7.999999999999999e-25  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A5565  response regulator LytR  29.17 
 
 		 246 aa  115  1.0000000000000001e-24  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0161  LytR/AlgR family transcriptional regulator  28.35 
 
 		 270 aa  114  1.0000000000000001e-24  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_1527  LytTR family two component transcriptional regulator  30.38 
 
 		 246 aa  114  1.0000000000000001e-24  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.109257  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0059  two component transcriptional regulator, LytTR family  28.9 
 
 		 243 aa  114  1.0000000000000001e-24  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.182784  normal  1 
 
 
-
 
NC_004116  SAG1016  response regulator  29.12 
 
 		 244 aa  114  2.0000000000000002e-24  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0715  two component transcriptional regulator, LytTR family  31.15 
 
 		 245 aa  114  2.0000000000000002e-24  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  hitchhiker  0.00500528  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1290  two component transcriptional regulator, LytTR family  28.93 
 
 		 277 aa  114  2.0000000000000002e-24  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.212023 
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_0885  response regulator  30.77 
 
 		 247 aa  113  3e-24  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  0.0355946  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0190  LytR/AlgR family transcriptional regulator  28.46 
 
 		 244 aa  113  4.0000000000000004e-24  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.625509  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0765  LytR/AlgR family transcriptional regulator  31.95 
 
 		 247 aa  113  4.0000000000000004e-24  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.584976  normal  0.255142 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2397  two component transcriptional regulator, LytTR family  30.56 
 
 		 261 aa  113  4.0000000000000004e-24  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5278  two component transcriptional regulator, LytTR family  30.15 
 
 		 281 aa  113  4.0000000000000004e-24  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.415246  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_1246  LytTR family two component transcriptional regulator  31.48 
 
 		 254 aa  113  4.0000000000000004e-24  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK5137  response regulator  29.17 
 
 		 246 aa  112  5e-24  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3159  response regulator receiver  28.95 
 
 		 242 aa  112  5e-24  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2697  LytR/AlgR family transcriptional regulator  31.6 
 
 		 240 aa  112  5e-24  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3487  LytR/AlgR family transcriptional regulator  29.21 
 
 		 253 aa  112  5e-24  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.76921  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0057  response regulator receiver protein  28.9 
 
 		 243 aa  112  5e-24  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  decreased coverage  0.0000048418  decreased coverage  0.0000000648872 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0055  response regulator receiver protein  28.9 
 
 		 243 aa  112  5e-24  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  decreased coverage  0.0000989316  hitchhiker  0.000468323 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_5234  LytTR family two component transcriptional regulator  28.41 
 
 		 246 aa  112  5e-24  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013203  Apar_1323  two component transcriptional regulator, LytTR family  32.03 
 
 		 237 aa  112  6e-24  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  0.0540721  normal  0.0273831 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2957  response regulator receiver protein  31.27 
 
 		 236 aa  112  6e-24  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  hitchhiker  0.00954821  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_0991  LytTR family two component transcriptional regulator  29.74 
 
 		 229 aa  112  6e-24  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4524  two component transcriptional regulator, LytTR family  29.37 
 
 		 240 aa  112  7.000000000000001e-24  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  hitchhiker  0.00000306542  normal  0.871136 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B5384  response regulator LytR  29.17 
 
 		 246 aa  112  8.000000000000001e-24  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.662493  normal  0.485514 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_04138  two-component system regulatory protein  31.16 
 
 		 245 aa  111  1.0000000000000001e-23  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.739319  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0865  putative two-component response-regulatory protein YehT  30.15 
 
 		 239 aa  111  1.0000000000000001e-23  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2356  response regulator receiver protein  30.36 
 
 		 257 aa  111  1.0000000000000001e-23  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.325932  normal  0.149931 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2348  putative two-component response-regulatory protein YehT  30.15 
 
 		 239 aa  110  2.0000000000000002e-23  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C6684  LytR/AlgR family transcriptional regulator  32.63 
 
 		 243 aa  110  2.0000000000000002e-23  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2505  putative two-component response-regulatory protein YehT  30.15 
 
 		 239 aa  110  2.0000000000000002e-23  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_01160  response regulator of the LytR/AlgR family  30.3 
 
 		 238 aa  110  2.0000000000000002e-23  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2304  putative two-component response-regulatory protein YehT  30.15 
 
 		 239 aa  110  2.0000000000000002e-23  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>