More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene CHU_0254 on replicon NC_008255
Organism: Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008255  CHU_0254  response regulator  100 
 
 		 251 aa  514  1.0000000000000001e-145  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.437869  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6623  two component transcriptional regulator, LytTR family  40.94 
 
 		 258 aa  203  2e-51  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.0991065  normal  0.080317 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1279  two component transcriptional regulator, LytTR family  39.18 
 
 		 248 aa  197  1.0000000000000001e-49  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.111911  normal  0.254446 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5950  two component transcriptional regulator, LytTR family  42.04 
 
 		 253 aa  193  2e-48  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.792388  normal  0.0587504 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_6582  two component transcriptional regulator, LytTR family  39.04 
 
 		 250 aa  189  5e-47  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1502  two component transcriptional regulator, LytTR family  42.23 
 
 		 254 aa  186  2e-46  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.192215 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0671  two component transcriptional regulator, LytTR family  38.13 
 
 		 251 aa  185  8e-46  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_5645  two component transcriptional regulator, LytTR family  43.25 
 
 		 248 aa  184  1.0000000000000001e-45  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.954414  normal  0.925082 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_01905  response regulator  37.8 
 
 		 243 aa  170  2e-41  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0148  two component transcriptional regulator, LytTR family  38.93 
 
 		 251 aa  168  8e-41  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.48043 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1585  LytTr DNA-binding region  40.08 
 
 		 259 aa  166  4e-40  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.80455  normal  0.0356965 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3408  LytTr DNA-binding region  36.89 
 
 		 240 aa  165  8e-40  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.111489  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2656  two component transcriptional regulator, LytTR family  38.84 
 
 		 250 aa  163  2.0000000000000002e-39  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.81917  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3976  LytTR family two component transcriptional regulator  34.84 
 
 		 247 aa  144  2e-33  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_5142  two component transcriptional regulator, LytTR family  35.25 
 
 		 244 aa  135  5e-31  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.546377  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0582  two component transcriptional regulator, LytTR family  35.12 
 
 		 253 aa  133  1.9999999999999998e-30  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  hitchhiker  0.000831919  hitchhiker  0.00409076 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2385  response regulator receiver protein  33.96 
 
 		 272 aa  131  1.0000000000000001e-29  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0374  two component transcriptional regulator, LytTR family  35.04 
 
 		 242 aa  129  6e-29  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01918  putative response regulator in two-component regulatory system  32.58 
 
 		 275 aa  127  1.0000000000000001e-28  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.159199  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_0979  LytTR family two component transcriptional regulator  31.47 
 
 		 242 aa  127  2.0000000000000002e-28  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0238694 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_1527  LytTR family two component transcriptional regulator  32.67 
 
 		 246 aa  126  4.0000000000000003e-28  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.109257  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4495  LytTR family two component transcriptional regulator  33.6 
 
 		 245 aa  124  1e-27  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.17015 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0480  response regulator receiver domain-containing protein  30.74 
 
 		 265 aa  124  2e-27  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3900  response regulator receiver domain-containing protein  31.39 
 
 		 261 aa  123  2e-27  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2328  LytTR family two component transcriptional regulator  29.96 
 
 		 255 aa  124  2e-27  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.261765  decreased coverage  0.00199939 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5734  two component transcriptional regulator, LytTR family  32.88 
 
 		 257 aa  124  2e-27  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1001  LytR/AlgR family transcriptional regulator  31.42 
 
 		 262 aa  121  8e-27  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  0.0103069 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2329  LytTR family two component transcriptional regulator  27.98 
 
 		 255 aa  121  9.999999999999999e-27  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.0531557  decreased coverage  0.00207881 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_0704  LytTR family two component transcriptional regulator  31.66 
 
 		 276 aa  120  9.999999999999999e-27  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  0.674394 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6586  two component transcriptional regulator, LytTR family  30.99 
 
 		 246 aa  119  3.9999999999999996e-26  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.318104  normal  1 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2697  LytR/AlgR family transcriptional regulator  33.2 
 
 		 240 aa  119  3.9999999999999996e-26  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0617  two component transcriptional regulator, LytTR family  30.74 
 
 		 243 aa  119  3.9999999999999996e-26  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  0.23864 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_1114  LytTR family two component transcriptional regulator  32.39 
 
 		 249 aa  119  3.9999999999999996e-26  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.677936  normal  1 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_07024  transcriptional regulator  29.62 
 
 		 263 aa  119  6e-26  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_1246  LytTR family two component transcriptional regulator  35.34 
 
 		 254 aa  118  7.999999999999999e-26  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000974  response regulator of the LytR/AlgR family  29.62 
 
 		 263 aa  118  9e-26  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.728867  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0469  response regulator receiver protein  34.14 
 
 		 254 aa  117  9.999999999999999e-26  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2906  two component transcriptional regulator, LytTR family  34.71 
 
 		 245 aa  117  1.9999999999999998e-25  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1860  two component transcriptional regulator, LytTR family  29.81 
 
 		 266 aa  117  1.9999999999999998e-25  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2172  LytR/AlgR family transcriptional regulator  33.74 
 
 		 252 aa  116  3e-25  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.0721488  normal  0.0255714 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_0067  LytTR family two component transcriptional regulator  30.89 
 
 		 268 aa  116  3e-25  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.169577  normal  0.169612 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2673  response regulator receiver protein  30.45 
 
 		 268 aa  115  6.9999999999999995e-25  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.587227  normal  0.606797 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0227  LytR/AlgR family transcriptional regulator  29.39 
 
 		 265 aa  115  8.999999999999998e-25  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.312706  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3718  response regulator  29.3 
 
 		 275 aa  114  1.0000000000000001e-24  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1819  LytTr DNA-binding response regulator  29.02 
 
 		 260 aa  114  2.0000000000000002e-24  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.148301  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0420  LytR/AlgR family transcriptional regulator  31.15 
 
 		 317 aa  114  2.0000000000000002e-24  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.0328897  normal  0.0302219 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4408  two component transcriptional regulator, LytTR family  30.35 
 
 		 268 aa  114  2.0000000000000002e-24  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1440  putative two-component response-regulatory protein YehT  29.48 
 
 		 236 aa  114  2.0000000000000002e-24  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2278  LytTr DNA-binding response regulator  30.45 
 
 		 280 aa  113  3e-24  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.421967  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3773  two component transcriptional regulator, LytTR family  32.67 
 
 		 260 aa  113  3e-24  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.10961  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4382  LytTR family two component transcriptional regulator  29.63 
 
 		 273 aa  113  4.0000000000000004e-24  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2443  LytTR family two component transcriptional regulator  29.69 
 
 		 279 aa  112  5e-24  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0488  response regulator receiver protein  30.83 
 
 		 252 aa  112  6e-24  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0097  LytR/AlgR family transcriptional regulator  33.18 
 
 		 245 aa  110  1.0000000000000001e-23  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1761  two component transcriptional regulator, LytTR family  31.28 
 
 		 251 aa  111  1.0000000000000001e-23  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4134  LytTR family two component transcriptional regulator  30.49 
 
 		 243 aa  111  1.0000000000000001e-23  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.291369  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3733  response regulator receiver domain-containing protein  28.28 
 
 		 249 aa  110  2.0000000000000002e-23  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  0.766169 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1542  LytTr DNA-binding region  33.18 
 
 		 245 aa  110  2.0000000000000002e-23  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  0.300206 
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0387  response regulator  28.79 
 
 		 261 aa  110  2.0000000000000002e-23  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2974  LytTR family two component transcriptional regulator  29.55 
 
 		 266 aa  110  2.0000000000000002e-23  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.318128 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0119  response regulator receiver protein  31.23 
 
 		 249 aa  110  2.0000000000000002e-23  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1006  two component transcriptional regulator, LytTR family  27.98 
 
 		 251 aa  110  3e-23  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.641502  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2791  LytTR family two component transcriptional regulator  30.47 
 
 		 250 aa  109  3e-23  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.073585  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3291  LytR/AlgR family transcriptional regulator  29.48 
 
 		 258 aa  108  7.000000000000001e-23  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.393667  normal  1 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3913  LytTR family two component transcriptional regulator  29.59 
 
 		 268 aa  107  2e-22  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.316099  normal  1 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0898  two component transcriptional regulator, LytTR family  31.97 
 
 		 265 aa  107  2e-22  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3159  response regulator receiver  29.18 
 
 		 242 aa  106  3e-22  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_6007  alginate biosynthesis regulatory protein AlgR  33.73 
 
 		 248 aa  106  4e-22  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.404994  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3487  LytR/AlgR family transcriptional regulator  29.22 
 
 		 253 aa  106  4e-22  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.76921  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3838  LytR/AlgR family transcriptional regulator  25.6 
 
 		 254 aa  106  4e-22  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  0.479778 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2329  putative two-component response-regulatory protein YehT  31.01 
 
 		 236 aa  106  4e-22  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.0108361  normal  0.9097 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4386  two component transcriptional regulator, LytTR family  29.55 
 
 		 260 aa  105  6e-22  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_69470  alginate biosynthesis regulatory protein AlgR  33.07 
 
 		 248 aa  105  8e-22  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.184834  normal  1 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0224  putative two-component response-regulatory protein YehT  32.1 
 
 		 237 aa  105  9e-22  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0057  response regulator receiver protein  30.95 
 
 		 243 aa  104  1e-21  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  decreased coverage  0.0000048418  decreased coverage  0.0000000648872 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0055  response regulator receiver protein  30.95 
 
 		 243 aa  104  1e-21  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  decreased coverage  0.0000989316  hitchhiker  0.000468323 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3594  two component transcriptional regulator, LytTR family  31.51 
 
 		 260 aa  103  2e-21  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.833136  normal  0.0457058 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0161  LytR/AlgR family transcriptional regulator  26.38 
 
 		 270 aa  103  2e-21  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1083  putative two-component response-regulatory protein YehT  28.57 
 
 		 239 aa  103  2e-21  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.450563  normal  1 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_04138  two-component system regulatory protein  30.31 
 
 		 245 aa  103  4e-21  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.739319  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3416  putative two-component response-regulatory protein YehT  30.13 
 
 		 237 aa  102  5e-21  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.329348  normal  0.0577965 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0059  two component transcriptional regulator, LytTR family  30.56 
 
 		 243 aa  102  5e-21  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.182784  normal  1 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_0357  response regulator receiver  31.69 
 
 		 249 aa  102  5e-21  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1964  LytR/AlgR family transcriptional regulator  28.33 
 
 		 255 aa  102  6e-21  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  0.777054 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3341  putative two-component response-regulatory protein YehT  32.1 
 
 		 244 aa  102  6e-21  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.798853 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_3958  LytTR family two component transcriptional regulator  27.92 
 
 		 246 aa  102  6e-21  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4282  LytTR family two component transcriptional regulator  32.56 
 
 		 232 aa  102  7e-21  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.442781  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1151  response regulator receiver protein  29.55 
 
 		 276 aa  102  8e-21  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0060  LytTR family two component transcriptional regulator  31.35 
 
 		 243 aa  101  1e-20  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.0478076  hitchhiker  0.000497336 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0055  LytTR family two component transcriptional regulator  30.28 
 
 		 243 aa  101  1e-20  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.868518  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00984  putative two-component response-regulatory protein YehT  32.92 
 
 		 242 aa  101  1e-20  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_4299  LytTR family two component transcriptional regulator  31.35 
 
 		 243 aa  101  1e-20  Shewanella baltica OS155  Bacteria  decreased coverage  0.000001386  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1679  LytTR family two component transcriptional regulator  28.11 
 
 		 238 aa  101  1e-20  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_0137  two component transcriptional regulator, LytTR family  29.02 
 
 		 237 aa  100  2e-20  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2186  two component transcriptional regulator, LytTR family  26.84 
 
 		 275 aa  100  2e-20  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2093  putative two-component response-regulatory protein YehT  30 
 
 		 237 aa  100  3e-20  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3175  two component transcriptional regulator, LytTR family  26.88 
 
 		 250 aa  100  3e-20  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3668  two-component response regulator AlgR  34.03 
 
 		 243 aa  100  3e-20  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  decreased coverage  0.00827536  normal  0.334671 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0421  two component transcriptional regulator, LytTR family  29.36 
 
 		 256 aa  100  3e-20  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  0.268274 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3200  two component transcriptional regulator, LytTR family  28.02 
 
 		 256 aa  99  6e-20  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000259787 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>