More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dfer_0148 on replicon NC_013037
Organism: Dyadobacter fermentans DSM 18053



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013037  Dfer_0148  two component transcriptional regulator, LytTR family  100 
 
 		 251 aa  509  1e-143  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.48043 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_5645  two component transcriptional regulator, LytTR family  61.2 
 
 		 248 aa  319  3e-86  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.954414  normal  0.925082 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1502  two component transcriptional regulator, LytTR family  57.2 
 
 		 254 aa  294  1e-78  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.192215 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6623  two component transcriptional regulator, LytTR family  38.62 
 
 		 258 aa  181  9.000000000000001e-45  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.0991065  normal  0.080317 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_0254  response regulator  38.93 
 
 		 251 aa  168  8e-41  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.437869  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_6582  two component transcriptional regulator, LytTR family  37.94 
 
 		 250 aa  164  1.0000000000000001e-39  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1585  LytTr DNA-binding region  36.96 
 
 		 259 aa  158  7e-38  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.80455  normal  0.0356965 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1279  two component transcriptional regulator, LytTR family  34.92 
 
 		 248 aa  156  4e-37  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.111911  normal  0.254446 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3976  LytTR family two component transcriptional regulator  37.85 
 
 		 247 aa  155  8e-37  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2656  two component transcriptional regulator, LytTR family  35.04 
 
 		 250 aa  152  4e-36  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.81917  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0671  two component transcriptional regulator, LytTR family  34.39 
 
 		 251 aa  150  2e-35  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_5142  two component transcriptional regulator, LytTR family  35.54 
 
 		 244 aa  143  3e-33  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.546377  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5950  two component transcriptional regulator, LytTR family  34.98 
 
 		 253 aa  142  4e-33  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.792388  normal  0.0587504 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3408  LytTr DNA-binding region  33.6 
 
 		 240 aa  141  9.999999999999999e-33  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.111489  normal  1 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_01905  response regulator  33.47 
 
 		 243 aa  132  5e-30  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0374  two component transcriptional regulator, LytTR family  35.25 
 
 		 242 aa  131  1.0000000000000001e-29  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0480  response regulator receiver domain-containing protein  33.85 
 
 		 265 aa  128  1.0000000000000001e-28  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0582  two component transcriptional regulator, LytTR family  30.36 
 
 		 253 aa  127  2.0000000000000002e-28  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  hitchhiker  0.000831919  hitchhiker  0.00409076 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_3958  LytTR family two component transcriptional regulator  31.25 
 
 		 246 aa  124  2e-27  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2673  response regulator receiver protein  29.1 
 
 		 268 aa  124  2e-27  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.587227  normal  0.606797 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0420  LytR/AlgR family transcriptional regulator  35.48 
 
 		 317 aa  122  8e-27  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.0328897  normal  0.0302219 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6586  two component transcriptional regulator, LytTR family  32.38 
 
 		 246 aa  120  1.9999999999999998e-26  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.318104  normal  1 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_1527  LytTR family two component transcriptional regulator  30.16 
 
 		 246 aa  119  3.9999999999999996e-26  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.109257  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1004  two component transcriptional regulator, LytTR family  29.25 
 
 		 257 aa  118  7.999999999999999e-26  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  decreased coverage  0.00878343  normal  0.279198 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1006  two component transcriptional regulator, LytTR family  26.8 
 
 		 251 aa  117  1.9999999999999998e-25  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.641502  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2906  two component transcriptional regulator, LytTR family  33.88 
 
 		 245 aa  117  1.9999999999999998e-25  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2329  LytTR family two component transcriptional regulator  29.08 
 
 		 255 aa  117  1.9999999999999998e-25  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.0531557  decreased coverage  0.00207881 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3900  response regulator receiver domain-containing protein  31.86 
 
 		 261 aa  115  6e-25  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2328  LytTR family two component transcriptional regulator  31.05 
 
 		 255 aa  115  7.999999999999999e-25  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.261765  decreased coverage  0.00199939 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2385  response regulator receiver protein  29.52 
 
 		 272 aa  114  1.0000000000000001e-24  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_0067  LytTR family two component transcriptional regulator  28.98 
 
 		 268 aa  114  2.0000000000000002e-24  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.169577  normal  0.169612 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B5384  response regulator LytR  29.46 
 
 		 246 aa  114  2.0000000000000002e-24  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.662493  normal  0.485514 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2974  LytTR family two component transcriptional regulator  29.32 
 
 		 266 aa  112  4.0000000000000004e-24  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.318128 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3913  LytTR family two component transcriptional regulator  32.7 
 
 		 268 aa  112  7.000000000000001e-24  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.316099  normal  1 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK5137  response regulator  30.3 
 
 		 246 aa  112  8.000000000000001e-24  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0227  LytR/AlgR family transcriptional regulator  27.92 
 
 		 265 aa  111  9e-24  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.312706  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A5621  response regulator LytR  29.3 
 
 		 246 aa  111  1.0000000000000001e-23  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_5234  LytTR family two component transcriptional regulator  31.64 
 
 		 246 aa  111  1.0000000000000001e-23  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0617  two component transcriptional regulator, LytTR family  30.47 
 
 		 243 aa  111  1.0000000000000001e-23  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  0.23864 
 
 
-
 
NC_013203  Apar_1323  two component transcriptional regulator, LytTR family  32.13 
 
 		 237 aa  110  1.0000000000000001e-23  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  0.0540721  normal  0.0273831 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A5565  response regulator LytR  29.46 
 
 		 246 aa  111  1.0000000000000001e-23  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2356  response regulator receiver protein  30.12 
 
 		 257 aa  110  1.0000000000000001e-23  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.325932  normal  0.149931 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2278  LytTr DNA-binding response regulator  30.43 
 
 		 280 aa  110  2.0000000000000002e-23  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.421967  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS5295  response regulator LytR  29.3 
 
 		 246 aa  110  2.0000000000000002e-23  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_5122  response regulator  29.3 
 
 		 246 aa  110  2.0000000000000002e-23  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_5691  response regulator LytR  29.3 
 
 		 246 aa  110  2.0000000000000002e-23  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_5536  response regulator LytR  29.3 
 
 		 246 aa  110  2.0000000000000002e-23  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4495  LytTR family two component transcriptional regulator  31.33 
 
 		 245 aa  110  2.0000000000000002e-23  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.17015 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_5573  response regulator LytR  29.3 
 
 		 246 aa  110  3e-23  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_0246  two-component response regulator  31.28 
 
 		 246 aa  110  3e-23  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_0252  two-component response regulator  31.28 
 
 		 246 aa  110  3e-23  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4382  LytTR family two component transcriptional regulator  28.94 
 
 		 273 aa  109  4.0000000000000004e-23  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1542  LytTr DNA-binding region  33.03 
 
 		 245 aa  109  4.0000000000000004e-23  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  0.300206 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4710  two component transcriptional regulator, LytTR family  28.97 
 
 		 254 aa  108  7.000000000000001e-23  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_00400  response regulator of the LytR/AlgR family  29.96 
 
 		 237 aa  108  8.000000000000001e-23  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  0.132657  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3594  two component transcriptional regulator, LytTR family  33.59 
 
 		 260 aa  107  1e-22  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.833136  normal  0.0457058 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3733  response regulator receiver domain-containing protein  26.19 
 
 		 249 aa  107  1e-22  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  0.766169 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5734  two component transcriptional regulator, LytTR family  31.28 
 
 		 257 aa  107  2e-22  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_1246  LytTR family two component transcriptional regulator  29.32 
 
 		 254 aa  107  2e-22  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1819  LytTr DNA-binding response regulator  32.11 
 
 		 260 aa  106  5e-22  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.148301  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_1114  LytTR family two component transcriptional regulator  30.14 
 
 		 249 aa  105  5e-22  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.677936  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01918  putative response regulator in two-component regulatory system  28.21 
 
 		 275 aa  105  6e-22  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.159199  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_0979  LytTR family two component transcriptional regulator  30.88 
 
 		 242 aa  104  1e-21  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0238694 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0161  LytR/AlgR family transcriptional regulator  29.02 
 
 		 270 aa  104  1e-21  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1151  response regulator receiver protein  29.6 
 
 		 276 aa  104  1e-21  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3773  two component transcriptional regulator, LytTR family  29.73 
 
 		 260 aa  104  1e-21  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.10961  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2791  two component transcriptional regulator, LytTR family  28.07 
 
 		 224 aa  105  1e-21  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.0891261 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3341  putative two-component response-regulatory protein YehT  31.78 
 
 		 244 aa  103  2e-21  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.798853 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3487  LytR/AlgR family transcriptional regulator  30.29 
 
 		 253 aa  103  2e-21  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.76921  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_5028  LytTR family two component transcriptional regulator  31.84 
 
 		 237 aa  103  2e-21  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.967214  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_3280  two component transcriptional regulator, LytTR family  31.52 
 
 		 245 aa  103  2e-21  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3718  response regulator  27.57 
 
 		 275 aa  102  4e-21  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_01160  response regulator of the LytR/AlgR family  29.57 
 
 		 238 aa  103  4e-21  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4801  two component transcriptional regulator, LytTR family  27.8 
 
 		 240 aa  102  5e-21  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.154299  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_5358  two component transcriptional regulator, LytTR family  30.71 
 
 		 235 aa  102  5e-21  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3159  response regulator receiver  28.23 
 
 		 242 aa  102  6e-21  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_0704  LytTR family two component transcriptional regulator  27.97 
 
 		 276 aa  102  7e-21  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  0.674394 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_0137  two component transcriptional regulator, LytTR family  30.5 
 
 		 237 aa  102  7e-21  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4524  two component transcriptional regulator, LytTR family  28.29 
 
 		 240 aa  102  8e-21  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  hitchhiker  0.00000306542  normal  0.871136 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00984  putative two-component response-regulatory protein YehT  31.78 
 
 		 242 aa  101  9e-21  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1860  two component transcriptional regulator, LytTR family  29.5 
 
 		 266 aa  101  1e-20  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4846  LytTR family two component transcriptional regulator  28.08 
 
 		 246 aa  100  2e-20  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.568582  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4386  two component transcriptional regulator, LytTR family  31.7 
 
 		 260 aa  100  2e-20  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0957  putative two-component response-regulatory protein YehT  29.59 
 
 		 241 aa  100  2e-20  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.147856  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4084  two component transcriptional regulator, LytTR family  30.92 
 
 		 244 aa  99.8  4e-20  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.445273  normal  0.0209217 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_004414  response regulator of the LytR/AlgR family  31.01 
 
 		 242 aa  99.8  4e-20  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1964  LytR/AlgR family transcriptional regulator  29.27 
 
 		 255 aa  99  6e-20  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  0.777054 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3358  putative two-component response-regulatory protein YehT  29.96 
 
 		 238 aa  99.4  6e-20  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3485  putative two-component response-regulatory protein YehT  29.96 
 
 		 238 aa  99.4  6e-20  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  0.159726 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3221  putative two-component response-regulatory protein YehT  29.96 
 
 		 238 aa  98.6  7e-20  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0765  LytR/AlgR family transcriptional regulator  29.62 
 
 		 247 aa  97.8  1e-19  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.584976  normal  0.255142 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1001  LytR/AlgR family transcriptional regulator  30.53 
 
 		 262 aa  98.2  1e-19  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  0.0103069 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_0357  response regulator receiver  28.24 
 
 		 249 aa  98.2  1e-19  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5278  two component transcriptional regulator, LytTR family  30.62 
 
 		 281 aa  97.1  2e-19  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.415246  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0119  response regulator receiver protein  31.01 
 
 		 249 aa  97.8  2e-19  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4134  LytTR family two component transcriptional regulator  28.68 
 
 		 243 aa  97.8  2e-19  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.291369  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0959  putative two-component response-regulatory protein YehT  29.46 
 
 		 241 aa  96.7  3e-19  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.606019  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0031  response regulator receiver protein  28.79 
 
 		 243 aa  96.7  3e-19  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_2030  LytTR family two component transcriptional regulator  30.36 
 
 		 237 aa  96.7  3e-19  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0224  putative two-component response-regulatory protein YehT  31.47 
 
 		 237 aa  96.7  3e-19  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>