More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Cpin_1006 on replicon NC_013132
Organism: Chitinophaga pinensis DSM 2588



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013132  Cpin_1006  two component transcriptional regulator, LytTR family  100 
 
 		 251 aa  522  1e-147  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.641502  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6623  two component transcriptional regulator, LytTR family  29.57 
 
 		 258 aa  137  1e-31  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.0991065  normal  0.080317 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1279  two component transcriptional regulator, LytTR family  30.16 
 
 		 248 aa  129  5.0000000000000004e-29  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.111911  normal  0.254446 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_01905  response regulator  32.66 
 
 		 243 aa  129  6e-29  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_5645  two component transcriptional regulator, LytTR family  32.26 
 
 		 248 aa  127  2.0000000000000002e-28  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.954414  normal  0.925082 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1502  two component transcriptional regulator, LytTR family  25.82 
 
 		 254 aa  120  1.9999999999999998e-26  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.192215 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0148  two component transcriptional regulator, LytTR family  26.8 
 
 		 251 aa  117  1.9999999999999998e-25  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.48043 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0671  two component transcriptional regulator, LytTR family  29.13 
 
 		 251 aa  115  8.999999999999998e-25  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_6582  two component transcriptional regulator, LytTR family  29.51 
 
 		 250 aa  112  5e-24  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_0254  response regulator  27.98 
 
 		 251 aa  110  3e-23  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.437869  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5950  two component transcriptional regulator, LytTR family  29.37 
 
 		 253 aa  105  9e-22  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.792388  normal  0.0587504 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2656  two component transcriptional regulator, LytTR family  28.57 
 
 		 250 aa  101  1e-20  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.81917  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3976  LytTR family two component transcriptional regulator  28.05 
 
 		 247 aa  100  3e-20  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1542  LytTr DNA-binding region  28.33 
 
 		 245 aa  99.8  4e-20  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  0.300206 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6586  two component transcriptional regulator, LytTR family  28.03 
 
 		 246 aa  99.4  5e-20  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.318104  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1585  LytTr DNA-binding region  25.97 
 
 		 259 aa  96.7  3e-19  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.80455  normal  0.0356965 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_5142  two component transcriptional regulator, LytTR family  27.34 
 
 		 244 aa  96.7  3e-19  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.546377  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3408  LytTr DNA-binding region  27.94 
 
 		 240 aa  96.3  5e-19  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.111489  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0374  two component transcriptional regulator, LytTR family  27.64 
 
 		 242 aa  89.7  4e-17  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2133  two component transcriptional regulator, LytTR family  25.9 
 
 		 256 aa  89  7e-17  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.926336  normal  0.829991 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0582  two component transcriptional regulator, LytTR family  23.46 
 
 		 253 aa  88.2  1e-16  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  hitchhiker  0.000831919  hitchhiker  0.00409076 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2397  two component transcriptional regulator, LytTR family  23.77 
 
 		 261 aa  85.9  5e-16  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2906  two component transcriptional regulator, LytTR family  26.4 
 
 		 245 aa  85.1  0.000000000000001  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2673  response regulator receiver protein  25.09 
 
 		 268 aa  83.2  0.000000000000004  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.587227  normal  0.606797 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0617  two component transcriptional regulator, LytTR family  26.32 
 
 		 243 aa  82.8  0.000000000000005  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  0.23864 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3900  response regulator receiver domain-containing protein  25.63 
 
 		 261 aa  80.1  0.00000000000003  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2329  LytTR family two component transcriptional regulator  24.9 
 
 		 255 aa  79.7  0.00000000000004  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.0531557  decreased coverage  0.00207881 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_0067  LytTR family two component transcriptional regulator  25.7 
 
 		 268 aa  79.7  0.00000000000004  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.169577  normal  0.169612 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2328  LytTR family two component transcriptional regulator  26.21 
 
 		 255 aa  79.7  0.00000000000004  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.261765  decreased coverage  0.00199939 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1860  two component transcriptional regulator, LytTR family  27.41 
 
 		 266 aa  77.8  0.0000000000002  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0480  response regulator receiver domain-containing protein  26.09 
 
 		 265 aa  77.4  0.0000000000002  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0420  LytR/AlgR family transcriptional regulator  24.22 
 
 		 317 aa  77.4  0.0000000000002  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.0328897  normal  0.0302219 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1281  putative two-component response-regulatory protein YehT  25 
 
 		 236 aa  77  0.0000000000002  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.155887  normal  0.0159688 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4134  LytTR family two component transcriptional regulator  24.02 
 
 		 243 aa  77.4  0.0000000000002  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.291369  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_1527  LytTR family two component transcriptional regulator  24.51 
 
 		 246 aa  77  0.0000000000003  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.109257  normal  1 
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_1246  LytTR family two component transcriptional regulator  24.56 
 
 		 254 aa  76.3  0.0000000000004  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6060  two component transcriptional regulator, LytTR family  22.91 
 
 		 253 aa  74.7  0.000000000001  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3838  LytR/AlgR family transcriptional regulator  27.88 
 
 		 254 aa  73.9  0.000000000002  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  0.479778 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_0137  two component transcriptional regulator, LytTR family  25.49 
 
 		 237 aa  74.3  0.000000000002  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_07024  transcriptional regulator  25.54 
 
 		 263 aa  73.9  0.000000000002  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1844  two component transcriptional regulator, LytTR family  25.89 
 
 		 236 aa  73.2  0.000000000004  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_5358  two component transcriptional regulator, LytTR family  24.66 
 
 		 235 aa  72.8  0.000000000005  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1001  LytR/AlgR family transcriptional regulator  35.04 
 
 		 262 aa  72.4  0.000000000006  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  0.0103069 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000974  response regulator of the LytR/AlgR family  25.11 
 
 		 263 aa  72.4  0.000000000007  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.728867  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3000  response regulator receiver domain-containing protein  24.58 
 
 		 229 aa  72  0.000000000008  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000248508 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1381  LytR/AlgR family transcriptional regulator  24.81 
 
 		 273 aa  72  0.000000000008  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.557466 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3341  putative two-component response-regulatory protein YehT  26.22 
 
 		 244 aa  71.6  0.00000000001  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.798853 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2356  response regulator receiver protein  29.71 
 
 		 257 aa  71.6  0.00000000001  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.325932  normal  0.149931 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0161  LytR/AlgR family transcriptional regulator  32.79 
 
 		 270 aa  71.2  0.00000000002  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0224  putative two-component response-regulatory protein YehT  33.9 
 
 		 237 aa  71.2  0.00000000002  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0410  response regulator receiver and SARP domain protein  30.89 
 
 		 376 aa  70.5  0.00000000002  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.00000633698  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0588  response regulator receiver  28.09 
 
 		 227 aa  70.9  0.00000000002  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6102  two component transcriptional regulator, LytTR family  23.23 
 
 		 252 aa  70.5  0.00000000002  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1475  two component transcriptional regulator, LytTR family  21.88 
 
 		 255 aa  70.1  0.00000000003  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.059663 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1479  putative two-component response-regulatory protein YehT  23.69 
 
 		 236 aa  70.1  0.00000000003  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.0100477  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5734  two component transcriptional regulator, LytTR family  27.46 
 
 		 257 aa  70.5  0.00000000003  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01918  putative response regulator in two-component regulatory system  34.75 
 
 		 275 aa  70.1  0.00000000003  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.159199  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0227  LytR/AlgR family transcriptional regulator  30.65 
 
 		 265 aa  70.5  0.00000000003  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.312706  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4001  LytTR family two component transcriptional regulator  22.71 
 
 		 255 aa  70.1  0.00000000003  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3416  putative two-component response-regulatory protein YehT  34.45 
 
 		 237 aa  70.5  0.00000000003  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.329348  normal  0.0577965 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4710  two component transcriptional regulator, LytTR family  22.27 
 
 		 254 aa  69.7  0.00000000004  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1444  two component transcriptional regulator, LytTR family  23.18 
 
 		 256 aa  70.1  0.00000000004  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.317386 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2957  response regulator receiver protein  31.62 
 
 		 236 aa  69.7  0.00000000004  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  hitchhiker  0.00954821  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2697  LytR/AlgR family transcriptional regulator  27.32 
 
 		 240 aa  69.3  0.00000000005  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2329  putative two-component response-regulatory protein YehT  24.51 
 
 		 236 aa  69.3  0.00000000005  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.0108361  normal  0.9097 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_0704  LytTR family two component transcriptional regulator  24.44 
 
 		 276 aa  69.3  0.00000000006  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  0.674394 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_1114  LytTR family two component transcriptional regulator  34.62 
 
 		 249 aa  68.9  0.00000000006  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.677936  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4382  LytTR family two component transcriptional regulator  33.06 
 
 		 273 aa  68.9  0.00000000007  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4386  two component transcriptional regulator, LytTR family  26.98 
 
 		 260 aa  68.9  0.00000000007  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_0357  response regulator receiver  23.92 
 
 		 249 aa  68.6  0.00000000009  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1317  two component transcriptional regulator, LytTR family  21.83 
 
 		 261 aa  68.2  0.0000000001  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3594  two component transcriptional regulator, LytTR family  32.17 
 
 		 260 aa  67.8  0.0000000001  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.833136  normal  0.0457058 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0865  putative two-component response-regulatory protein YehT  24.3 
 
 		 239 aa  68.2  0.0000000001  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0715  two component transcriptional regulator, LytTR family  22.73 
 
 		 245 aa  68.2  0.0000000001  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  hitchhiker  0.00500528  n/a   
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_01160  response regulator of the LytR/AlgR family  22.61 
 
 		 238 aa  67.8  0.0000000002  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2974  LytTR family two component transcriptional regulator  29.41 
 
 		 266 aa  67  0.0000000002  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.318128 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3718  response regulator  33.33 
 
 		 275 aa  67.4  0.0000000002  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_5234  LytTR family two component transcriptional regulator  31.3 
 
 		 246 aa  67.8  0.0000000002  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3159  response regulator receiver  21.52 
 
 		 242 aa  67.8  0.0000000002  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3221  putative two-component response-regulatory protein YehT  24.51 
 
 		 238 aa  67.4  0.0000000002  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3733  response regulator receiver domain-containing protein  23.94 
 
 		 249 aa  67.4  0.0000000002  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  0.766169 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_004414  response regulator of the LytR/AlgR family  25.7 
 
 		 242 aa  67.8  0.0000000002  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2385  response regulator receiver protein  21.35 
 
 		 272 aa  67.8  0.0000000002  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1004  two component transcriptional regulator, LytTR family  29.63 
 
 		 257 aa  67.8  0.0000000002  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  decreased coverage  0.00878343  normal  0.279198 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_03033  transcriptional regulator protein  32.76 
 
 		 165 aa  67.4  0.0000000002  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_0979  LytTR family two component transcriptional regulator  27.27 
 
 		 242 aa  67.8  0.0000000002  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0238694 
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0387  response regulator  22.37 
 
 		 261 aa  67.4  0.0000000002  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_04138  two-component system regulatory protein  24.41 
 
 		 245 aa  67  0.0000000003  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.739319  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2452  putative two-component response-regulatory protein YehT  25 
 
 		 238 aa  67  0.0000000003  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.0310324  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B5384  response regulator LytR  31.3 
 
 		 246 aa  67  0.0000000003  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.662493  normal  0.485514 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A5565  response regulator LytR  31.3 
 
 		 246 aa  67  0.0000000003  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1440  putative two-component response-regulatory protein YehT  33.33 
 
 		 236 aa  66.6  0.0000000003  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3291  LytR/AlgR family transcriptional regulator  24.8 
 
 		 258 aa  66.6  0.0000000004  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.393667  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3487  LytR/AlgR family transcriptional regulator  26.02 
 
 		 253 aa  66.6  0.0000000004  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.76921  normal  1 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_5573  response regulator LytR  30.43 
 
 		 246 aa  66.2  0.0000000005  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS5295  response regulator LytR  30.43 
 
 		 246 aa  66.2  0.0000000005  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_5122  response regulator  30.43 
 
 		 246 aa  66.2  0.0000000005  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK5137  response regulator  30.43 
 
 		 246 aa  66.2  0.0000000005  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C6684  LytR/AlgR family transcriptional regulator  23.87 
 
 		 243 aa  66.2  0.0000000005  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_5536  response regulator LytR  30.43 
 
 		 246 aa  66.2  0.0000000005  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>