More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dfer_0582 on replicon NC_013037
Organism: Dyadobacter fermentans DSM 18053



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013037  Dfer_0582  two component transcriptional regulator, LytTR family  100 
 
 		 253 aa  524  1e-148  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  hitchhiker  0.000831919  hitchhiker  0.00409076 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_6582  two component transcriptional regulator, LytTR family  38.93 
 
 		 250 aa  198  7e-50  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2656  two component transcriptional regulator, LytTR family  41.3 
 
 		 250 aa  195  6e-49  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.81917  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6623  two component transcriptional regulator, LytTR family  34.54 
 
 		 258 aa  168  7e-41  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.0991065  normal  0.080317 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1279  two component transcriptional regulator, LytTR family  33.74 
 
 		 248 aa  162  5.0000000000000005e-39  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.111911  normal  0.254446 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3976  LytTR family two component transcriptional regulator  37.6 
 
 		 247 aa  153  2.9999999999999998e-36  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5950  two component transcriptional regulator, LytTR family  35.54 
 
 		 253 aa  150  2e-35  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.792388  normal  0.0587504 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1585  LytTr DNA-binding region  36.36 
 
 		 259 aa  150  3e-35  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.80455  normal  0.0356965 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0671  two component transcriptional regulator, LytTR family  34.57 
 
 		 251 aa  137  2e-31  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3408  LytTr DNA-binding region  31.97 
 
 		 240 aa  137  2e-31  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.111489  normal  1 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_0254  response regulator  35.12 
 
 		 251 aa  133  1.9999999999999998e-30  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.437869  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0148  two component transcriptional regulator, LytTR family  30.36 
 
 		 251 aa  127  2.0000000000000002e-28  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.48043 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_5645  two component transcriptional regulator, LytTR family  29.27 
 
 		 248 aa  122  5e-27  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.954414  normal  0.925082 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1502  two component transcriptional regulator, LytTR family  28.74 
 
 		 254 aa  122  7e-27  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.192215 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_01905  response regulator  31.28 
 
 		 243 aa  120  1.9999999999999998e-26  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0420  LytR/AlgR family transcriptional regulator  30.53 
 
 		 317 aa  119  4.9999999999999996e-26  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.0328897  normal  0.0302219 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5734  two component transcriptional regulator, LytTR family  31.74 
 
 		 257 aa  117  1.9999999999999998e-25  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0898  two component transcriptional regulator, LytTR family  30.33 
 
 		 265 aa  112  7.000000000000001e-24  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_0246  two-component response regulator  34.53 
 
 		 246 aa  109  4.0000000000000004e-23  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_0252  two-component response regulator  34.53 
 
 		 246 aa  109  4.0000000000000004e-23  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_5142  two component transcriptional regulator, LytTR family  27.42 
 
 		 244 aa  107  1e-22  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.546377  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4495  LytTR family two component transcriptional regulator  29.88 
 
 		 245 aa  106  3e-22  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.17015 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0480  response regulator receiver domain-containing protein  28.52 
 
 		 265 aa  106  4e-22  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3487  LytR/AlgR family transcriptional regulator  27.42 
 
 		 253 aa  105  6e-22  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.76921  normal  1 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_0067  LytTR family two component transcriptional regulator  30.59 
 
 		 268 aa  105  6e-22  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.169577  normal  0.169612 
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_1246  LytTR family two component transcriptional regulator  31.71 
 
 		 254 aa  104  2e-21  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_1114  LytTR family two component transcriptional regulator  30.84 
 
 		 249 aa  103  3e-21  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.677936  normal  1 
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_01160  response regulator of the LytR/AlgR family  29.87 
 
 		 238 aa  102  5e-21  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2697  LytR/AlgR family transcriptional regulator  32.56 
 
 		 240 aa  100  3e-20  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1542  LytTr DNA-binding region  28.93 
 
 		 245 aa  99.8  4e-20  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  0.300206 
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0387  response regulator  27.38 
 
 		 261 aa  99.8  4e-20  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2673  response regulator receiver protein  28.52 
 
 		 268 aa  99.4  5e-20  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.587227  normal  0.606797 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1860  two component transcriptional regulator, LytTR family  28.63 
 
 		 266 aa  99.4  6e-20  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1151  response regulator receiver protein  29.37 
 
 		 276 aa  99  7e-20  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1004  two component transcriptional regulator, LytTR family  30.14 
 
 		 257 aa  98.6  9e-20  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  decreased coverage  0.00878343  normal  0.279198 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_7298  two component transcriptional regulator, LytTR family  31.25 
 
 		 230 aa  98.2  1e-19  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2172  LytR/AlgR family transcriptional regulator  30.65 
 
 		 252 aa  97.8  2e-19  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.0721488  normal  0.0255714 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_1527  LytTR family two component transcriptional regulator  29.27 
 
 		 246 aa  97.8  2e-19  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.109257  normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3544  two component transcriptional regulator, LytTR family  31.02 
 
 		 251 aa  97.4  2e-19  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.0394969  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_0137  two component transcriptional regulator, LytTR family  28.4 
 
 		 237 aa  96.7  3e-19  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5230  two component transcriptional regulator, LytTR family  27.89 
 
 		 244 aa  95.1  8e-19  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.236835  normal  0.031416 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0374  two component transcriptional regulator, LytTR family  28.63 
 
 		 242 aa  95.1  9e-19  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0588  response regulator receiver  27.23 
 
 		 227 aa  94.4  1e-18  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6586  two component transcriptional regulator, LytTR family  28.14 
 
 		 246 aa  94.7  1e-18  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.318104  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0421  two component transcriptional regulator, LytTR family  28.02 
 
 		 256 aa  95.1  1e-18  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  0.268274 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2278  LytTr DNA-binding response regulator  27.47 
 
 		 280 aa  94.4  2e-18  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.421967  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0227  LytR/AlgR family transcriptional regulator  26.54 
 
 		 265 aa  93.6  2e-18  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.312706  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0617  two component transcriptional regulator, LytTR family  29.67 
 
 		 243 aa  94.4  2e-18  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  0.23864 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2443  LytTR family two component transcriptional regulator  27.34 
 
 		 279 aa  92.8  5e-18  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_0979  LytTR family two component transcriptional regulator  29.96 
 
 		 242 aa  92.8  5e-18  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0238694 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3628  two component transcriptional regulator, LytTR family  28.57 
 
 		 235 aa  92.4  6e-18  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.0184746 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2974  LytTR family two component transcriptional regulator  26.82 
 
 		 266 aa  92.4  6e-18  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.318128 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_5303  two component transcriptional regulator, LytTR family  28.93 
 
 		 261 aa  92.4  6e-18  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.153649 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1964  LytR/AlgR family transcriptional regulator  28.11 
 
 		 255 aa  91.7  9e-18  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  0.777054 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0733  two component transcriptional regulator, LytTR family  29.63 
 
 		 243 aa  91.3  1e-17  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0119  response regulator receiver protein  27.67 
 
 		 249 aa  91.7  1e-17  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3900  response regulator receiver domain-containing protein  28.33 
 
 		 261 aa  91.3  1e-17  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1083  putative two-component response-regulatory protein YehT  28.29 
 
 		 239 aa  91.3  1e-17  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.450563  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1844  two component transcriptional regulator, LytTR family  28.9 
 
 		 236 aa  91.7  1e-17  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2186  two component transcriptional regulator, LytTR family  28.68 
 
 		 275 aa  91.7  1e-17  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1794  two component transcriptional regulator, LytTR family  25.5 
 
 		 260 aa  90.9  2e-17  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2328  LytTR family two component transcriptional regulator  28.76 
 
 		 255 aa  90.5  2e-17  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.261765  decreased coverage  0.00199939 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_00400  response regulator of the LytR/AlgR family  30.28 
 
 		 237 aa  90.5  2e-17  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  0.132657  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1317  two component transcriptional regulator, LytTR family  26.19 
 
 		 261 aa  90.5  2e-17  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3594  two component transcriptional regulator, LytTR family  27.78 
 
 		 260 aa  90.5  2e-17  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.833136  normal  0.0457058 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0715  two component transcriptional regulator, LytTR family  30.77 
 
 		 245 aa  90.5  2e-17  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  hitchhiker  0.00500528  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3124  LytTr DNA-binding region  29.6 
 
 		 244 aa  90.1  3e-17  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_2575  two-component response regulator  31.36 
 
 		 241 aa  90.1  3e-17  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_5573  response regulator LytR  29.02 
 
 		 246 aa  89.7  4e-17  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_04910  two-component system response regulator  30.88 
 
 		 236 aa  89.7  4e-17  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.981835  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0231  LytR/AlgR family transcriptional regulator  29.96 
 
 		 254 aa  89.7  4e-17  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  0.740894 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3416  putative two-component response-regulatory protein YehT  30.52 
 
 		 237 aa  89.7  4e-17  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.329348  normal  0.0577965 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A5621  response regulator LytR  29.02 
 
 		 246 aa  89.7  4e-17  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_5133  two component transcriptional regulator, LytTR family  27.7 
 
 		 227 aa  89.7  4e-17  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.983168 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4710  two component transcriptional regulator, LytTR family  26.21 
 
 		 254 aa  89.4  5e-17  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2329  LytTR family two component transcriptional regulator  26.27 
 
 		 255 aa  89.4  5e-17  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.0531557  decreased coverage  0.00207881 
 
 
-
 
NC_005945  BAS5295  response regulator LytR  29.02 
 
 		 246 aa  89.4  6e-17  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_5122  response regulator  29.02 
 
 		 246 aa  89.4  6e-17  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_5536  response regulator LytR  29.02 
 
 		 246 aa  89.4  6e-17  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_5691  response regulator LytR  29.02 
 
 		 246 aa  89.4  6e-17  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_4189  LytTr DNA-binding region  26.53 
 
 		 231 aa  89.4  6e-17  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  0.537023 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1001  LytR/AlgR family transcriptional regulator  29.28 
 
 		 262 aa  89  7e-17  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  0.0103069 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK5137  response regulator  29.02 
 
 		 246 aa  88.6  8e-17  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2906  two component transcriptional regulator, LytTR family  26.8 
 
 		 245 aa  88.6  8e-17  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1761  two component transcriptional regulator, LytTR family  29.33 
 
 		 251 aa  88.6  8e-17  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000974  response regulator of the LytR/AlgR family  27.06 
 
 		 263 aa  88.6  9e-17  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.728867  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1149  response regulator receiver protein  26.43 
 
 		 239 aa  88.6  9e-17  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3773  two component transcriptional regulator, LytTR family  29.57 
 
 		 260 aa  87.8  1e-16  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.10961  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3679  LytR/AlgR family transcriptional regulator  30 
 
 		 262 aa  88.2  1e-16  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_5234  LytTR family two component transcriptional regulator  31.37 
 
 		 246 aa  88.2  1e-16  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4408  two component transcriptional regulator, LytTR family  28.57 
 
 		 268 aa  88.2  1e-16  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1006  two component transcriptional regulator, LytTR family  23.46 
 
 		 251 aa  88.2  1e-16  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.641502  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5598  two component transcriptional regulator, LytTR family  27.8 
 
 		 237 aa  88.2  1e-16  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  hitchhiker  0.0000105391  normal  1 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_3958  LytTR family two component transcriptional regulator  28.96 
 
 		 246 aa  87.8  1e-16  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4134  LytTR family two component transcriptional regulator  28.32 
 
 		 243 aa  88.2  1e-16  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.291369  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_07024  transcriptional regulator  27.06 
 
 		 263 aa  87  2e-16  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01918  putative response regulator in two-component regulatory system  28.09 
 
 		 275 aa  87.8  2e-16  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.159199  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0224  putative two-component response-regulatory protein YehT  30.12 
 
 		 237 aa  86.7  3e-16  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1440  putative two-component response-regulatory protein YehT  28.1 
 
 		 236 aa  87  3e-16  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_1153  two component transcriptional regulator, LytTR family  28.46 
 
 		 299 aa  86.7  3e-16  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>