More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Phep_3408 on replicon NC_013061
Organism: Pedobacter heparinus DSM 2366



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013061  Phep_3408  LytTr DNA-binding region  100 
 
 		 240 aa  485  1e-136  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.111489  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1279  two component transcriptional regulator, LytTR family  39.09 
 
 		 248 aa  178  7e-44  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.111911  normal  0.254446 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_0254  response regulator  36.89 
 
 		 251 aa  165  6.9999999999999995e-40  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.437869  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1502  two component transcriptional regulator, LytTR family  35.6 
 
 		 254 aa  159  3e-38  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.192215 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6623  two component transcriptional regulator, LytTR family  35.06 
 
 		 258 aa  152  4e-36  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.0991065  normal  0.080317 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_5645  two component transcriptional regulator, LytTR family  37.35 
 
 		 248 aa  152  4e-36  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.954414  normal  0.925082 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_6582  two component transcriptional regulator, LytTR family  34.15 
 
 		 250 aa  150  2e-35  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3976  LytTR family two component transcriptional regulator  36.86 
 
 		 247 aa  149  4e-35  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2656  two component transcriptional regulator, LytTR family  35.25 
 
 		 250 aa  147  1.0000000000000001e-34  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.81917  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5950  two component transcriptional regulator, LytTR family  33.73 
 
 		 253 aa  146  3e-34  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.792388  normal  0.0587504 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1585  LytTr DNA-binding region  35.2 
 
 		 259 aa  146  3e-34  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.80455  normal  0.0356965 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0671  two component transcriptional regulator, LytTR family  34.68 
 
 		 251 aa  142  3e-33  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_01905  response regulator  37.6 
 
 		 243 aa  142  5e-33  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0148  two component transcriptional regulator, LytTR family  33.6 
 
 		 251 aa  141  9e-33  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.48043 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0582  two component transcriptional regulator, LytTR family  31.97 
 
 		 253 aa  137  1e-31  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  hitchhiker  0.000831919  hitchhiker  0.00409076 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3487  LytR/AlgR family transcriptional regulator  35.83 
 
 		 253 aa  121  9.999999999999999e-27  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.76921  normal  1 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_1114  LytTR family two component transcriptional regulator  35.96 
 
 		 249 aa  117  9.999999999999999e-26  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.677936  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0420  LytR/AlgR family transcriptional regulator  31.05 
 
 		 317 aa  115  3.9999999999999997e-25  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.0328897  normal  0.0302219 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2328  LytTR family two component transcriptional regulator  30.24 
 
 		 255 aa  113  2.0000000000000002e-24  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.261765  decreased coverage  0.00199939 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_5142  two component transcriptional regulator, LytTR family  31.91 
 
 		 244 aa  112  4.0000000000000004e-24  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.546377  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01918  putative response regulator in two-component regulatory system  30.22 
 
 		 275 aa  112  6e-24  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.159199  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2385  response regulator receiver protein  31.72 
 
 		 272 aa  112  7.000000000000001e-24  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_1527  LytTR family two component transcriptional regulator  33.06 
 
 		 246 aa  108  9.000000000000001e-23  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.109257  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0227  LytR/AlgR family transcriptional regulator  29.62 
 
 		 265 aa  107  2e-22  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.312706  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2906  two component transcriptional regulator, LytTR family  33.99 
 
 		 245 aa  107  2e-22  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0374  two component transcriptional regulator, LytTR family  35.98 
 
 		 242 aa  107  2e-22  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_0704  LytTR family two component transcriptional regulator  29.62 
 
 		 276 aa  106  3e-22  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  0.674394 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3291  LytR/AlgR family transcriptional regulator  32.82 
 
 		 258 aa  106  3e-22  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.393667  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0617  two component transcriptional regulator, LytTR family  32.21 
 
 		 243 aa  106  4e-22  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  0.23864 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_2165  LytTR family two component transcriptional regulator  32.51 
 
 		 235 aa  105  5e-22  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.0607611  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2329  LytTR family two component transcriptional regulator  31.4 
 
 		 255 aa  105  6e-22  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.0531557  decreased coverage  0.00207881 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_5028  LytTR family two component transcriptional regulator  31.51 
 
 		 237 aa  105  6e-22  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.967214  n/a   
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_01160  response regulator of the LytR/AlgR family  31.36 
 
 		 238 aa  105  7e-22  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_0137  two component transcriptional regulator, LytTR family  33.06 
 
 		 237 aa  104  1e-21  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6586  two component transcriptional regulator, LytTR family  30.13 
 
 		 246 aa  104  1e-21  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.318104  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5734  two component transcriptional regulator, LytTR family  28.91 
 
 		 257 aa  103  2e-21  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_00400  response regulator of the LytR/AlgR family  35.02 
 
 		 237 aa  103  3e-21  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  0.132657  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2974  LytTR family two component transcriptional regulator  27.97 
 
 		 266 aa  100  1e-20  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.318128 
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_0904  LytTR family two component transcriptional regulator  30.08 
 
 		 243 aa  101  1e-20  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1542  LytTr DNA-binding region  30.94 
 
 		 245 aa  100  2e-20  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  0.300206 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1004  two component transcriptional regulator, LytTR family  31.19 
 
 		 257 aa  100  2e-20  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  decreased coverage  0.00878343  normal  0.279198 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2673  response regulator receiver protein  26.42 
 
 		 268 aa  100  2e-20  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.587227  normal  0.606797 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3159  response regulator receiver  28.82 
 
 		 242 aa  100  2e-20  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_0979  LytTR family two component transcriptional regulator  31.22 
 
 		 242 aa  100  2e-20  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0238694 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5598  two component transcriptional regulator, LytTR family  31.11 
 
 		 237 aa  100  3e-20  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  hitchhiker  0.0000105391  normal  1 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0498  LytTR family two component transcriptional regulator  31.25 
 
 		 236 aa  99.8  3e-20  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  hitchhiker  0.00022884  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4846  LytTR family two component transcriptional regulator  31.98 
 
 		 246 aa  99.8  3e-20  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.568582  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2278  LytTr DNA-binding response regulator  31.37 
 
 		 280 aa  99.8  4e-20  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.421967  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4382  LytTR family two component transcriptional regulator  27.55 
 
 		 273 aa  99.4  4e-20  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2443  LytTR family two component transcriptional regulator  29.44 
 
 		 279 aa  99.8  4e-20  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3733  response regulator receiver domain-containing protein  31.92 
 
 		 249 aa  99.4  5e-20  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  0.766169 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_0357  response regulator receiver  30.51 
 
 		 249 aa  99  6e-20  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3900  response regulator receiver domain-containing protein  30.49 
 
 		 261 aa  98.2  9e-20  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1177  two component transcriptional regulator, LytTR family  32.17 
 
 		 231 aa  97.8  1e-19  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2186  two component transcriptional regulator, LytTR family  28.57 
 
 		 275 aa  98.2  1e-19  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3718  response regulator  28.09 
 
 		 275 aa  97.4  2e-19  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1860  two component transcriptional regulator, LytTR family  27.73 
 
 		 266 aa  97.4  2e-19  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1001  LytR/AlgR family transcriptional regulator  30 
 
 		 262 aa  95.9  4e-19  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  0.0103069 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1006  two component transcriptional regulator, LytTR family  27.94 
 
 		 251 aa  96.3  4e-19  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.641502  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1149  response regulator receiver protein  27.02 
 
 		 239 aa  95.9  5e-19  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4710  two component transcriptional regulator, LytTR family  25.79 
 
 		 254 aa  95.5  6e-19  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B5384  response regulator LytR  29.22 
 
 		 246 aa  95.1  9e-19  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.662493  normal  0.485514 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2253  LytTr DNA-binding region  31.15 
 
 		 248 aa  94  2e-18  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2133  two component transcriptional regulator, LytTR family  29.39 
 
 		 256 aa  93.6  2e-18  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.926336  normal  0.829991 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1679  LytTR family two component transcriptional regulator  30.08 
 
 		 238 aa  94  2e-18  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013203  Apar_1323  two component transcriptional regulator, LytTR family  29.96 
 
 		 237 aa  93.6  3e-18  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  0.0540721  normal  0.0273831 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2172  LytR/AlgR family transcriptional regulator  31.69 
 
 		 252 aa  93.2  3e-18  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.0721488  normal  0.0255714 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3838  LytR/AlgR family transcriptional regulator  28.51 
 
 		 254 aa  92.8  4e-18  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  0.479778 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0904  two component transcriptional regulator, LytTR family  28.51 
 
 		 249 aa  92.8  4e-18  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.911747  normal  0.38362 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_0067  LytTR family two component transcriptional regulator  30.65 
 
 		 268 aa  92.4  5e-18  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.169577  normal  0.169612 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A5565  response regulator LytR  29.63 
 
 		 246 aa  92.4  5e-18  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1869  two component transcriptional regulator, LytTR family  32.35 
 
 		 243 aa  92  6e-18  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  unclonable  0.00000000208305  normal  0.145854 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3926  two component transcriptional regulator, LytTR family  28.78 
 
 		 237 aa  91.3  1e-17  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.566728 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0224  putative two-component response-regulatory protein YehT  32.11 
 
 		 237 aa  91.3  1e-17  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4801  two component transcriptional regulator, LytTR family  27.63 
 
 		 240 aa  91.3  1e-17  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.154299  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4386  two component transcriptional regulator, LytTR family  30.26 
 
 		 260 aa  90.9  2e-17  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_5573  response regulator LytR  28.4 
 
 		 246 aa  90.9  2e-17  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1819  LytTr DNA-binding response regulator  32.4 
 
 		 260 aa  90.5  2e-17  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.148301  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4524  two component transcriptional regulator, LytTR family  30.51 
 
 		 240 aa  90.5  2e-17  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  hitchhiker  0.00000306542  normal  0.871136 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0161  LytR/AlgR family transcriptional regulator  25.97 
 
 		 270 aa  90.9  2e-17  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3790  two component transcriptional regulator, LytTR family  30.19 
 
 		 240 aa  90.5  2e-17  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.540237  normal  0.0384587 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4134  LytTR family two component transcriptional regulator  31.31 
 
 		 243 aa  90.5  2e-17  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.291369  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A5621  response regulator LytR  28.4 
 
 		 246 aa  90.5  2e-17  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS5295  response regulator LytR  27.98 
 
 		 246 aa  90.1  3e-17  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_5122  response regulator  27.98 
 
 		 246 aa  90.1  3e-17  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_5536  response regulator LytR  27.98 
 
 		 246 aa  90.1  3e-17  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_5691  response regulator LytR  27.98 
 
 		 246 aa  90.1  3e-17  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0388  two component transcriptional regulator, LytTR family  29.09 
 
 		 233 aa  90.1  3e-17  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_3958  LytTR family two component transcriptional regulator  29.34 
 
 		 246 aa  90.1  3e-17  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0488  response regulator receiver protein  29.95 
 
 		 252 aa  90.1  3e-17  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK5137  response regulator  27.98 
 
 		 246 aa  89.4  4e-17  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0480  response regulator receiver domain-containing protein  29.22 
 
 		 265 aa  89.4  4e-17  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3000  response regulator receiver domain-containing protein  33 
 
 		 229 aa  89.7  4e-17  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000248508 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3485  putative two-component response-regulatory protein YehT  29.25 
 
 		 238 aa  89.4  5e-17  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  0.159726 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3358  putative two-component response-regulatory protein YehT  29.25 
 
 		 238 aa  89.4  5e-17  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_2762  response regulator receiver protein  29.61 
 
 		 254 aa  89  6e-17  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.330347  normal  0.784413 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_5303  two component transcriptional regulator, LytTR family  27.76 
 
 		 261 aa  89  6e-17  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.153649 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_2575  two-component response regulator  30.14 
 
 		 241 aa  89  6e-17  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3221  putative two-component response-regulatory protein YehT  29.25 
 
 		 238 aa  89  6e-17  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000974  response regulator of the LytR/AlgR family  26.91 
 
 		 263 aa  88.6  7e-17  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.728867  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>