More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Cpin_2656 on replicon NC_013132
Organism: Chitinophaga pinensis DSM 2588



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013132  Cpin_2656  two component transcriptional regulator, LytTR family  100 
 
 		 250 aa  514  1.0000000000000001e-145  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.81917  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_6582  two component transcriptional regulator, LytTR family  48.59 
 
 		 250 aa  257  1e-67  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0582  two component transcriptional regulator, LytTR family  41.3 
 
 		 253 aa  202  4e-51  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  hitchhiker  0.000831919  hitchhiker  0.00409076 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6623  two component transcriptional regulator, LytTR family  40.89 
 
 		 258 aa  195  7e-49  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.0991065  normal  0.080317 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5950  two component transcriptional regulator, LytTR family  41.25 
 
 		 253 aa  182  4.0000000000000006e-45  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.792388  normal  0.0587504 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_0254  response regulator  38.84 
 
 		 251 aa  166  2e-40  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.437869  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1279  two component transcriptional regulator, LytTR family  39.09 
 
 		 248 aa  164  1.0000000000000001e-39  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.111911  normal  0.254446 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3976  LytTR family two component transcriptional regulator  38.19 
 
 		 247 aa  162  6e-39  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0148  two component transcriptional regulator, LytTR family  35.57 
 
 		 251 aa  159  4e-38  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.48043 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1502  two component transcriptional regulator, LytTR family  35.25 
 
 		 254 aa  158  6e-38  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.192215 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_5645  two component transcriptional regulator, LytTR family  37.75 
 
 		 248 aa  156  4e-37  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.954414  normal  0.925082 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1585  LytTr DNA-binding region  36.59 
 
 		 259 aa  155  8e-37  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.80455  normal  0.0356965 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3408  LytTr DNA-binding region  35.25 
 
 		 240 aa  149  4e-35  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.111489  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0671  two component transcriptional regulator, LytTR family  34.17 
 
 		 251 aa  140  1.9999999999999998e-32  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_01905  response regulator  35.12 
 
 		 243 aa  135  5e-31  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_5142  two component transcriptional regulator, LytTR family  34.51 
 
 		 244 aa  130  2.0000000000000002e-29  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.546377  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5734  two component transcriptional regulator, LytTR family  34.65 
 
 		 257 aa  129  5.0000000000000004e-29  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01918  putative response regulator in two-component regulatory system  31.02 
 
 		 275 aa  126  4.0000000000000003e-28  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.159199  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0898  two component transcriptional regulator, LytTR family  31.94 
 
 		 265 aa  119  3.9999999999999996e-26  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3594  two component transcriptional regulator, LytTR family  33.61 
 
 		 260 aa  119  3.9999999999999996e-26  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.833136  normal  0.0457058 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0374  two component transcriptional regulator, LytTR family  31.08 
 
 		 242 aa  117  9.999999999999999e-26  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1965  response regulator receiver:LytTr DNA-binding region  31 
 
 		 273 aa  115  6.9999999999999995e-25  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.864475  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3487  LytR/AlgR family transcriptional regulator  30 
 
 		 253 aa  115  7.999999999999999e-25  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.76921  normal  1 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2328  LytTR family two component transcriptional regulator  28.34 
 
 		 255 aa  115  7.999999999999999e-25  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.261765  decreased coverage  0.00199939 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0421  two component transcriptional regulator, LytTR family  31.78 
 
 		 256 aa  112  4.0000000000000004e-24  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  0.268274 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1440  putative two-component response-regulatory protein YehT  33.2 
 
 		 236 aa  112  4.0000000000000004e-24  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2974  LytTR family two component transcriptional regulator  29.32 
 
 		 266 aa  112  4.0000000000000004e-24  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.318128 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_1114  LytTR family two component transcriptional regulator  33.96 
 
 		 249 aa  112  6e-24  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.677936  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0420  LytR/AlgR family transcriptional regulator  28.46 
 
 		 317 aa  112  7.000000000000001e-24  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.0328897  normal  0.0302219 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0959  putative two-component response-regulatory protein YehT  32.94 
 
 		 241 aa  111  9e-24  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.606019  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2443  LytTR family two component transcriptional regulator  33.19 
 
 		 279 aa  111  1.0000000000000001e-23  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0480  response regulator receiver domain-containing protein  28.57 
 
 		 265 aa  110  2.0000000000000002e-23  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_1246  LytTR family two component transcriptional regulator  31.91 
 
 		 254 aa  109  3e-23  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3900  response regulator receiver domain-containing protein  33.33 
 
 		 261 aa  110  3e-23  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1004  two component transcriptional regulator, LytTR family  27.89 
 
 		 257 aa  109  4.0000000000000004e-23  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  decreased coverage  0.00878343  normal  0.279198 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0957  putative two-component response-regulatory protein YehT  32.54 
 
 		 241 aa  108  6e-23  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.147856  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2697  LytR/AlgR family transcriptional regulator  33.89 
 
 		 240 aa  108  8.000000000000001e-23  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_0979  LytTR family two component transcriptional regulator  30.45 
 
 		 242 aa  108  1e-22  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0238694 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_07024  transcriptional regulator  29.46 
 
 		 263 aa  108  1e-22  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_0137  two component transcriptional regulator, LytTR family  30.59 
 
 		 237 aa  107  2e-22  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2186  two component transcriptional regulator, LytTR family  29.2 
 
 		 275 aa  107  2e-22  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2906  two component transcriptional regulator, LytTR family  30.95 
 
 		 245 aa  107  2e-22  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1006  two component transcriptional regulator, LytTR family  28.57 
 
 		 251 aa  106  3e-22  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.641502  normal  1 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1964  LytR/AlgR family transcriptional regulator  30.2 
 
 		 255 aa  106  4e-22  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  0.777054 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1069  two component transcriptional regulator, LytTR family  27.78 
 
 		 276 aa  105  5e-22  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.257927  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2282  response regulator receiver protein  28.41 
 
 		 276 aa  105  6e-22  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.81  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2278  LytTr DNA-binding response regulator  30.29 
 
 		 280 aa  105  7e-22  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.421967  n/a   
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0387  response regulator  28.35 
 
 		 261 aa  105  7e-22  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1381  LytR/AlgR family transcriptional regulator  28.78 
 
 		 273 aa  105  9e-22  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.557466 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1860  two component transcriptional regulator, LytTR family  30.74 
 
 		 266 aa  105  9e-22  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0617  two component transcriptional regulator, LytTR family  31.8 
 
 		 243 aa  104  1e-21  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  0.23864 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4386  two component transcriptional regulator, LytTR family  32.88 
 
 		 260 aa  104  1e-21  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000974  response regulator of the LytR/AlgR family  29.07 
 
 		 263 aa  104  1e-21  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.728867  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B5384  response regulator LytR  29.41 
 
 		 246 aa  104  1e-21  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.662493  normal  0.485514 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A5565  response regulator LytR  29.41 
 
 		 246 aa  104  2e-21  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_1153  two component transcriptional regulator, LytTR family  26.94 
 
 		 299 aa  103  2e-21  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_1527  LytTR family two component transcriptional regulator  29.17 
 
 		 246 aa  103  2e-21  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.109257  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4495  LytTR family two component transcriptional regulator  28.57 
 
 		 245 aa  103  3e-21  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.17015 
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_01160  response regulator of the LytR/AlgR family  29.8 
 
 		 238 aa  103  3e-21  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1330  LytTR family two component transcriptional regulator  30.89 
 
 		 261 aa  102  4e-21  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.80792  hitchhiker  0.00674538 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3221  putative two-component response-regulatory protein YehT  32.94 
 
 		 238 aa  103  4e-21  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6586  two component transcriptional regulator, LytTR family  28.29 
 
 		 246 aa  102  5e-21  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.318104  normal  1 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2172  LytR/AlgR family transcriptional regulator  30.68 
 
 		 252 aa  102  5e-21  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.0721488  normal  0.0255714 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00984  putative two-component response-regulatory protein YehT  33.46 
 
 		 242 aa  102  5e-21  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2385  response regulator receiver protein  28.57 
 
 		 272 aa  102  5e-21  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3485  putative two-component response-regulatory protein YehT  32.81 
 
 		 238 aa  102  6e-21  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  0.159726 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_004414  response regulator of the LytR/AlgR family  32.02 
 
 		 242 aa  102  6e-21  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3358  putative two-component response-regulatory protein YehT  32.81 
 
 		 238 aa  102  6e-21  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1290  two component transcriptional regulator, LytTR family  31.25 
 
 		 277 aa  102  7e-21  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.212023 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2673  response regulator receiver protein  28.36 
 
 		 268 aa  101  9e-21  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.587227  normal  0.606797 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1083  putative two-component response-regulatory protein YehT  30.4 
 
 		 239 aa  101  1e-20  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.450563  normal  1 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_5573  response regulator LytR  29.25 
 
 		 246 aa  100  2e-20  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_3958  LytTR family two component transcriptional regulator  28.52 
 
 		 246 aa  100  2e-20  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0865  putative two-component response-regulatory protein YehT  31.02 
 
 		 239 aa  100  2e-20  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A5621  response regulator LytR  29.25 
 
 		 246 aa  100  2e-20  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS5295  response regulator LytR  28.85 
 
 		 246 aa  99.8  3e-20  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_5122  response regulator  28.85 
 
 		 246 aa  99.8  3e-20  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_5691  response regulator LytR  28.85 
 
 		 246 aa  99.8  3e-20  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0227  LytR/AlgR family transcriptional regulator  28.68 
 
 		 265 aa  100  3e-20  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.312706  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3838  LytR/AlgR family transcriptional regulator  27.89 
 
 		 254 aa  100  3e-20  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  0.479778 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_5536  response regulator LytR  28.85 
 
 		 246 aa  99.8  3e-20  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3416  putative two-component response-regulatory protein YehT  31.37 
 
 		 237 aa  99.8  4e-20  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.329348  normal  0.0577965 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK5137  response regulator  28.85 
 
 		 246 aa  99.4  5e-20  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2723  putative two-component response-regulatory protein YehT  31.62 
 
 		 239 aa  99.4  5e-20  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_02054  predicted response regulator in two-component system withYehU  30.61 
 
 		 239 aa  99  6e-20  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1533  two component transcriptional regulator, LytTR family  30.61 
 
 		 239 aa  99  6e-20  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.726215  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2259  putative two-component response-regulatory protein YehT  30.61 
 
 		 239 aa  99  6e-20  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3112  putative two-component response-regulatory protein YehT  30.61 
 
 		 239 aa  99  6e-20  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.148941 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0224  putative two-component response-regulatory protein YehT  33.47 
 
 		 237 aa  99  6e-20  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3733  response regulator receiver domain-containing protein  26.98 
 
 		 249 aa  99  6e-20  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  0.766169 
 
 
-
 
NC_012892  B21_02012  hypothetical protein  30.61 
 
 		 239 aa  99  6e-20  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2329  LytTR family two component transcriptional regulator  28.63 
 
 		 255 aa  99  6e-20  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.0531557  decreased coverage  0.00207881 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2413  putative two-component response-regulatory protein YehT  30.61 
 
 		 239 aa  99  6e-20  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1522  putative two-component response-regulatory protein YehT  30.61 
 
 		 239 aa  99  6e-20  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013203  Apar_1323  two component transcriptional regulator, LytTR family  30.43 
 
 		 237 aa  99  6e-20  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  0.0540721  normal  0.0273831 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0388  two component transcriptional regulator, LytTR family  29.76 
 
 		 233 aa  99  7e-20  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_1393  two component transcriptional regulator, LytTR family  29.08 
 
 		 238 aa  98.6  8e-20  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000000000160197 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0919  putative two-component response-regulatory protein YehT  30.61 
 
 		 239 aa  98.2  1e-19  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_0704  LytTR family two component transcriptional regulator  25.93 
 
 		 276 aa  98.2  1e-19  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  0.674394 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2505  putative two-component response-regulatory protein YehT  31.02 
 
 		 239 aa  97.8  1e-19  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>