227 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Slin_0504 on replicon NC_013730
Organism: Spirosoma linguale DSM 74



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013730  Slin_0504  response regulator receiver protein  100 
 
 		 139 aa  287  3e-77  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0503  response regulator receiver protein  42.06 
 
 		 143 aa  95.9  2e-19  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4770  response regulator receiver protein  44.55 
 
 		 161 aa  94  6e-19  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.0000679 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6623  two component transcriptional regulator, LytTR family  35.71 
 
 		 258 aa  85.9  2e-16  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.0991065  normal  0.080317 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1502  two component transcriptional regulator, LytTR family  39.25 
 
 		 254 aa  82  0.000000000000002  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.192215 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0148  two component transcriptional regulator, LytTR family  35.45 
 
 		 251 aa  73.6  0.000000000001  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.48043 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_0254  response regulator  40.7 
 
 		 251 aa  72.4  0.000000000002  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.437869  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_5645  two component transcriptional regulator, LytTR family  34.95 
 
 		 248 aa  72.4  0.000000000002  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.954414  normal  0.925082 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1585  LytTr DNA-binding region  33.02 
 
 		 259 aa  72.4  0.000000000002  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.80455  normal  0.0356965 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_6429  response regulator receiver protein  32.08 
 
 		 553 aa  70.9  0.000000000006  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0603  response regulator receiver protein  39.81 
 
 		 183 aa  68.2  0.00000000003  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3408  LytTr DNA-binding region  34.23 
 
 		 240 aa  67.8  0.00000000005  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.111489  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1279  two component transcriptional regulator, LytTR family  32.71 
 
 		 248 aa  65.5  0.0000000002  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.111911  normal  0.254446 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_01905  response regulator  34.34 
 
 		 243 aa  65.5  0.0000000003  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2142  CO metabolism transcriptional regulator RcoM  36 
 
 		 267 aa  62  0.000000003  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.0995058 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0671  two component transcriptional regulator, LytTR family  32.41 
 
 		 251 aa  61.6  0.000000004  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0028  CO metabolism transcriptional regulator RcoM2  35 
 
 		 267 aa  60.8  0.000000006  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.28119 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3913  LytTR family two component transcriptional regulator  32.04 
 
 		 268 aa  60.1  0.00000001  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.316099  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3976  LytTR family two component transcriptional regulator  30.56 
 
 		 247 aa  59.7  0.00000001  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_0704  LytTR family two component transcriptional regulator  39.29 
 
 		 276 aa  59.3  0.00000002  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  0.674394 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3622  response regulator receiver protein  37.78 
 
 		 301 aa  58.9  0.00000002  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3848  response regulator receiver protein  34.04 
 
 		 107 aa  58.5  0.00000003  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2822  response regulator receiver domain-containing protein  34.55 
 
 		 304 aa  58.5  0.00000003  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.135551  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_0357  response regulator receiver  33.62 
 
 		 249 aa  58.5  0.00000003  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_0137  two component transcriptional regulator, LytTR family  31.19 
 
 		 237 aa  55.5  0.0000002  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5950  two component transcriptional regulator, LytTR family  25.45 
 
 		 253 aa  56.2  0.0000002  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.792388  normal  0.0587504 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5161  two component transcriptional regulator, LytTR family  32.95 
 
 		 248 aa  55.5  0.0000002  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.185153  hitchhiker  0.000735465 
 
 
-
 
NC_004116  SAG1016  response regulator  28.97 
 
 		 244 aa  55.1  0.0000003  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_0067  LytTR family two component transcriptional regulator  33.68 
 
 		 268 aa  55.5  0.0000003  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.169577  normal  0.169612 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2656  two component transcriptional regulator, LytTR family  31.48 
 
 		 250 aa  54.7  0.0000004  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.81917  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2278  LytTr DNA-binding response regulator  33.67 
 
 		 280 aa  54.3  0.0000005  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.421967  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3104  response regulator receiver protein  33.71 
 
 		 272 aa  54.3  0.0000005  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1375  response regulator receiver protein  30.85 
 
 		 239 aa  54.7  0.0000005  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1065  response regulator receiver protein  31.96 
 
 		 249 aa  54.3  0.0000006  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.251377  normal  0.725191 
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_01160  response regulator of the LytR/AlgR family  38.03 
 
 		 238 aa  53.9  0.0000007  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1149  response regulator receiver protein  36.9 
 
 		 239 aa  53.9  0.0000007  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_6582  two component transcriptional regulator, LytTR family  27.03 
 
 		 250 aa  53.5  0.0000008  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2385  response regulator receiver protein  32.53 
 
 		 272 aa  53.9  0.0000008  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2766  two component transcriptional regulator, LytTR family  32.67 
 
 		 241 aa  53.5  0.0000009  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_4004  response regulator receiver domain-containing protein  29.81 
 
 		 269 aa  53.1  0.000001  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.174802  normal  0.249031 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2329  LytTR family two component transcriptional regulator  30.53 
 
 		 255 aa  53.1  0.000001  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.0531557  decreased coverage  0.00207881 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_00400  response regulator of the LytR/AlgR family  30.28 
 
 		 237 aa  52.8  0.000001  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  0.132657  normal  1 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_0979  LytTR family two component transcriptional regulator  37.5 
 
 		 242 aa  52.4  0.000002  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0238694 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_2482  two component transcriptional regulator, LytTR family  31.78 
 
 		 288 aa  52.4  0.000002  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  0.162526 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_3958  LytTR family two component transcriptional regulator  30.84 
 
 		 246 aa  52.8  0.000002  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3405  LytTR family two component transcriptional regulator  31.03 
 
 		 244 aa  52  0.000002  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.732179  normal  1 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_1527  LytTR family two component transcriptional regulator  30.3 
 
 		 246 aa  52  0.000003  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.109257  normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1191  response regulator receiver protein  32.41 
 
 		 518 aa  51.6  0.000003  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4010  two component transcriptional regulator, LytTR family  36.05 
 
 		 231 aa  52  0.000003  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.0569074  decreased coverage  0.00157623 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2172  LytR/AlgR family transcriptional regulator  34.55 
 
 		 252 aa  51.6  0.000004  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.0721488  normal  0.0255714 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3422  response regulator receiver domain-containing protein  31.19 
 
 		 291 aa  51.6  0.000004  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00728631 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0420  LytR/AlgR family transcriptional regulator  26.96 
 
 		 317 aa  51.2  0.000004  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.0328897  normal  0.0302219 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0582  two component transcriptional regulator, LytTR family  30.23 
 
 		 253 aa  51.2  0.000004  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  hitchhiker  0.000831919  hitchhiker  0.00409076 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1330  LytTR family two component transcriptional regulator  27.59 
 
 		 261 aa  51.2  0.000004  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.80792  hitchhiker  0.00674538 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4084  two component transcriptional regulator, LytTR family  44.07 
 
 		 244 aa  51.6  0.000004  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.445273  normal  0.0209217 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0800  two component transcriptional regulator, LytTR family  35.16 
 
 		 251 aa  51.2  0.000004  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1004  two component transcriptional regulator, LytTR family  28.12 
 
 		 257 aa  51.2  0.000005  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  decreased coverage  0.00878343  normal  0.279198 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1746  carbon monoxide dehydrogenase, coxC signalling protein  27.78 
 
 		 410 aa  51.2  0.000005  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.647734 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_1393  two component transcriptional regulator, LytTR family  28.45 
 
 		 238 aa  50.8  0.000007  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000000000160197 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2221  response regulator receiver protein  32.73 
 
 		 309 aa  50.8  0.000007  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  0.728261 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4282  LytTR family two component transcriptional regulator  35.79 
 
 		 232 aa  50.8  0.000007  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.442781  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_5028  LytTR family two component transcriptional regulator  36.14 
 
 		 237 aa  50.8  0.000007  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.967214  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0765  LytR/AlgR family transcriptional regulator  26.72 
 
 		 247 aa  50.4  0.000008  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.584976  normal  0.255142 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2062  response regulator receiver protein  32.65 
 
 		 489 aa  50.4  0.000008  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  0.276214 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4130  response regulator receiver protein  26.98 
 
 		 129 aa  50.1  0.000009  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.0725574 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_09968  two-component system response regulator protein  42.11 
 
 		 235 aa  50.4  0.000009  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4382  LytTR family two component transcriptional regulator  27.88 
 
 		 273 aa  50.1  0.00001  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1209  putative integral membrane sensor protein  30.69 
 
 		 368 aa  49.7  0.00001  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.131047  normal  0.490878 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1970  response regulator receiver protein  41.79 
 
 		 121 aa  48.9  0.00002  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.680735  hitchhiker  0.00000422854 
 
 
-
 
NC_013203  Apar_1323  two component transcriptional regulator, LytTR family  28.44 
 
 		 237 aa  48.9  0.00002  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  0.0540721  normal  0.0273831 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0715  two component transcriptional regulator, LytTR family  35.21 
 
 		 245 aa  49.3  0.00002  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  hitchhiker  0.00500528  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1151  response regulator receiver protein  36.23 
 
 		 276 aa  48.9  0.00002  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3159  response regulator receiver  35.11 
 
 		 242 aa  48.9  0.00002  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2533  response regulator  30.36 
 
 		 244 aa  48.9  0.00002  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_5976  response regulator receiver protein  28.12 
 
 		 340 aa  48.9  0.00002  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.638132 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3773  two component transcriptional regulator, LytTR family  32.41 
 
 		 260 aa  48.5  0.00003  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.10961  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3515  LytR/AlgR family transcriptional regulator  34.48 
 
 		 236 aa  48.5  0.00003  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3726  two component transcriptional regulator, LytTR family  35.62 
 
 		 252 aa  48.5  0.00003  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.304835 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1924  two component transcriptional regulator, LytTR family  27.59 
 
 		 250 aa  48.5  0.00003  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_0067  two component transcriptional regulator, LytTR family  29.89 
 
 		 275 aa  48.5  0.00003  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_0904  LytTR family two component transcriptional regulator  29.29 
 
 		 243 aa  48.5  0.00003  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1542  LytTr DNA-binding region  45 
 
 		 245 aa  48.5  0.00003  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  0.300206 
 
 
-
 
CP001509  ECD_02291  predicted response regulator in two-component system withYpdA  29.6 
 
 		 244 aa  48.1  0.00004  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1276  two component transcriptional regulator, LytTR family  29.6 
 
 		 244 aa  48.1  0.00004  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.435037  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3613  response regulator  29.6 
 
 		 244 aa  48.1  0.00004  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.560415 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2750  response regulator  29.6 
 
 		 244 aa  48.1  0.00004  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1822  response regulator receiver protein  29 
 
 		 300 aa  48.1  0.00004  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.332263  normal  0.137599 
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_0405  response regulator  34.31 
 
 		 155 aa  48.1  0.00004  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  normal  0.84109  normal  0.361757 
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_0246  two-component response regulator  30 
 
 		 246 aa  48.1  0.00004  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3896  two component transcriptional regulator, LytTR family  36.49 
 
 		 245 aa  48.1  0.00004  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.356034 
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_0252  two-component response regulator  30 
 
 		 246 aa  48.1  0.00004  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2518  response regulator  29.6 
 
 		 244 aa  48.1  0.00004  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2671  response regulator  29.6 
 
 		 244 aa  48.1  0.00004  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_5234  LytTR family two component transcriptional regulator  25.47 
 
 		 246 aa  48.1  0.00004  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1288  LytTR family two component transcriptional regulator  29.6 
 
 		 244 aa  48.1  0.00004  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.524379  normal  1 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_5573  response regulator LytR  28.04 
 
 		 246 aa  47.8  0.00005  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A5621  response regulator LytR  28.04 
 
 		 246 aa  47.8  0.00005  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1561  putative PAS/PAC sensor protein  31.76 
 
 		 249 aa  47.8  0.00005  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  0.925231 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2966  response regulator receiver protein  32.41 
 
 		 274 aa  47.8  0.00005  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013171  Apre_1650  response regulator receiver protein  31.73 
 
 		 146 aa  47.8  0.00006  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>