137 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dfer_4770 on replicon NC_013037
Organism: Dyadobacter fermentans DSM 18053



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013037  Dfer_4770  response regulator receiver protein  100 
 
 		 161 aa  331  2e-90  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.0000679 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0504  response regulator receiver protein  44.55 
 
 		 139 aa  94  7e-19  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0603  response regulator receiver protein  43.81 
 
 		 183 aa  88.2  5e-17  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1502  two component transcriptional regulator, LytTR family  45.98 
 
 		 254 aa  70.9  0.000000000007  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.192215 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3848  response regulator receiver protein  40.82 
 
 		 107 aa  66.2  0.0000000002  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_2482  two component transcriptional regulator, LytTR family  37.74 
 
 		 288 aa  66.6  0.0000000002  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  0.162526 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0148  two component transcriptional regulator, LytTR family  37.74 
 
 		 251 aa  64.3  0.0000000007  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.48043 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4372  response regulator receiver protein  38.3 
 
 		 276 aa  62.8  0.000000002  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  hitchhiker  0.000187174  normal  0.758588 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_5645  two component transcriptional regulator, LytTR family  34.78 
 
 		 248 aa  62.8  0.000000002  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.954414  normal  0.925082 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2062  response regulator receiver protein  33.88 
 
 		 489 aa  60.5  0.000000009  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  0.276214 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3172  two component transcriptional regulator, LytTR family  36.27 
 
 		 258 aa  60.1  0.00000001  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  decreased coverage  0.00901875  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_6269  two component transcriptional regulator, LytTR family  40.96 
 
 		 228 aa  59.7  0.00000002  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_11470  response regulator of the LytR/AlgR family  35.29 
 
 		 229 aa  57.4  0.00000008  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2822  response regulator receiver domain-containing protein  34.91 
 
 		 304 aa  55.5  0.0000003  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.135551  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1191  response regulator receiver protein  34.48 
 
 		 518 aa  55.5  0.0000003  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3104  response regulator receiver protein  34.83 
 
 		 272 aa  55.1  0.0000004  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0191  two component transcriptional regulator, LytTR family  48.08 
 
 		 234 aa  54.3  0.0000006  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.20678  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0503  response regulator receiver protein  41.46 
 
 		 143 aa  53.5  0.000001  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_5008  LytTR family two component transcriptional regulator  31.45 
 
 		 250 aa  53.5  0.000001  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.135227  hitchhiker  0.0000288771 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1744  response regulator receiver protein  32.38 
 
 		 262 aa  52.8  0.000002  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.0469005  normal  0.152737 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1149  response regulator receiver protein  33.33 
 
 		 239 aa  53.1  0.000002  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_0357  response regulator receiver  33.04 
 
 		 249 aa  53.1  0.000002  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_2762  response regulator receiver protein  35.71 
 
 		 254 aa  53.1  0.000002  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.330347  normal  0.784413 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5278  two component transcriptional regulator, LytTR family  33.93 
 
 		 281 aa  52.8  0.000002  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.415246  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_0068  two component transcriptional regulator, LytTR family  30.89 
 
 		 244 aa  52.4  0.000002  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  decreased coverage  0.00288448  normal  1 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_4494  LytTr DNA-binding region  33.67 
 
 		 250 aa  52.4  0.000003  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.0706486  normal  0.304613 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2603  response regulator receiver protein  42.05 
 
 		 141 aa  52  0.000003  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.0555217 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4386  two component transcriptional regulator, LytTR family  34.26 
 
 		 260 aa  52.4  0.000003  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1065  response regulator receiver protein  28.35 
 
 		 249 aa  52  0.000004  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.251377  normal  0.725191 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_0067  LytTR family two component transcriptional regulator  34.33 
 
 		 268 aa  51.6  0.000004  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.169577  normal  0.169612 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_0067  two component transcriptional regulator, LytTR family  34.69 
 
 		 275 aa  51.6  0.000004  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2133  LytTR family two component transcriptional regulator  32.35 
 
 		 248 aa  52  0.000004  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.565653  normal  1 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2221  response regulator receiver protein  33.02 
 
 		 309 aa  51.2  0.000005  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  0.728261 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2784  two component transcriptional regulator, LytTR family  33.02 
 
 		 358 aa  50.8  0.000007  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1279  two component transcriptional regulator, LytTR family  39.19 
 
 		 248 aa  50.8  0.000007  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.111911  normal  0.254446 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1287  two component transcriptional regulator, LytTR family  44.23 
 
 		 242 aa  50.8  0.000008  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.692184 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_3167  two component transcriptional regulator, LytTR family  33.02 
 
 		 285 aa  50.8  0.000009  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.616861  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1330  LytTR family two component transcriptional regulator  35.71 
 
 		 261 aa  50.4  0.00001  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.80792  hitchhiker  0.00674538 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_6324  response regulator receiver protein  33.33 
 
 		 253 aa  49.7  0.00002  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.48372 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_0795  LytTR family two component transcriptional regulator  33.82 
 
 		 269 aa  49.7  0.00002  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0114  LytTR family two component transcriptional regulator  31.68 
 
 		 226 aa  49.3  0.00002  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  0.310837  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0480  response regulator receiver domain-containing protein  26.53 
 
 		 265 aa  48.5  0.00003  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0420  LytR/AlgR family transcriptional regulator  31.87 
 
 		 317 aa  48.9  0.00003  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.0328897  normal  0.0302219 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_0704  LytTR family two component transcriptional regulator  37.68 
 
 		 276 aa  48.9  0.00003  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  0.674394 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_6429  response regulator receiver protein  32.98 
 
 		 553 aa  48.5  0.00004  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4495  LytTR family two component transcriptional regulator  29.06 
 
 		 231 aa  48.5  0.00004  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2329  LytTR family two component transcriptional regulator  32.39 
 
 		 255 aa  48.1  0.00005  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.0531557  decreased coverage  0.00207881 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3622  response regulator receiver protein  35.48 
 
 		 301 aa  48.1  0.00005  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3291  LytR/AlgR family transcriptional regulator  29.91 
 
 		 258 aa  47.8  0.00006  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.393667  normal  1 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3913  LytTR family two component transcriptional regulator  32.88 
 
 		 268 aa  47.8  0.00006  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.316099  normal  1 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1924  two component transcriptional regulator, LytTR family  29.09 
 
 		 250 aa  47.8  0.00006  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_3377  two component transcriptional regulator, LytTR family  31.63 
 
 		 319 aa  47.8  0.00006  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_5358  two component transcriptional regulator, LytTR family  31.52 
 
 		 235 aa  48.1  0.00006  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_0428  two component transcriptional regulator, LytTR family  32.69 
 
 		 237 aa  47.8  0.00007  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.472628  hitchhiker  0.000034032 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1375  response regulator receiver protein  29.91 
 
 		 239 aa  47.4  0.00008  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3118  LytTR family two component transcriptional regulator  32.32 
 
 		 236 aa  47.4  0.00008  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  hitchhiker  0.00259319  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3159  response regulator receiver  29.46 
 
 		 242 aa  47.4  0.00009  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_00870  response regulator of the LytR/AlgR family  30.43 
 
 		 272 aa  47.4  0.00009  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2656  two component transcriptional regulator, LytTR family  27.59 
 
 		 250 aa  46.6  0.0001  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.81917  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6623  two component transcriptional regulator, LytTR family  29.13 
 
 		 258 aa  46.6  0.0001  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.0991065  normal  0.080317 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2858  response regulator receiver  30.63 
 
 		 264 aa  46.2  0.0002  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5488  two-component response regulator AlgR  28.8 
 
 		 248 aa  45.8  0.0002  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_4004  response regulator receiver domain-containing protein  35 
 
 		 269 aa  46.2  0.0002  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.174802  normal  0.249031 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_0254  response regulator  34.12 
 
 		 251 aa  46.2  0.0002  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.437869  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1585  LytTr DNA-binding region  32.73 
 
 		 259 aa  45.8  0.0002  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.80455  normal  0.0356965 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_1153  two component transcriptional regulator, LytTR family  31.11 
 
 		 299 aa  46.2  0.0002  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_00400  response regulator of the LytR/AlgR family  32.65 
 
 		 237 aa  46.2  0.0002  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  0.132657  normal  1 
 
 
-
 
NC_013203  Apar_1323  two component transcriptional regulator, LytTR family  34.78 
 
 		 237 aa  45.4  0.0003  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  0.0540721  normal  0.0273831 
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_0904  LytTR family two component transcriptional regulator  32.39 
 
 		 243 aa  45.4  0.0003  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2437  response regulator receiver protein  44.07 
 
 		 273 aa  45.4  0.0003  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  0.2489 
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_01160  response regulator of the LytR/AlgR family  32.65 
 
 		 238 aa  45.4  0.0003  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2342  two component transcriptional regulator, LytTR family  29.31 
 
 		 240 aa  45.4  0.0003  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.0697143  normal  1 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_1393  two component transcriptional regulator, LytTR family  28.93 
 
 		 238 aa  45.4  0.0003  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000000000160197 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0231  LytR/AlgR family transcriptional regulator  26.92 
 
 		 254 aa  45.1  0.0004  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  0.740894 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1209  putative integral membrane sensor protein  30.53 
 
 		 368 aa  45.1  0.0004  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.131047  normal  0.490878 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5230  two component transcriptional regulator, LytTR family  30.3 
 
 		 244 aa  44.7  0.0005  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.236835  normal  0.031416 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1621  LytR/AlgR family transcriptional regulator  32 
 
 		 245 aa  44.7  0.0006  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_01905  response regulator  39.74 
 
 		 243 aa  44.7  0.0006  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3408  LytTr DNA-binding region  32.99 
 
 		 240 aa  44.7  0.0006  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.111489  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_5133  two component transcriptional regulator, LytTR family  34.02 
 
 		 227 aa  44.3  0.0007  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.983168 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2098  putative integral membrane sensor protein  35.53 
 
 		 392 aa  44.3  0.0007  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.096975  normal  0.665186 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3544  two component transcriptional regulator, LytTR family  31.11 
 
 		 251 aa  44.3  0.0007  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.0394969  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_12140  response regulator of the LytR/AlgR family  28.83 
 
 		 255 aa  44.3  0.0007  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0765  LytR/AlgR family transcriptional regulator  26.12 
 
 		 247 aa  44.3  0.0008  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.584976  normal  0.255142 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_4129  two component transcriptional regulator, LytTR family  33.87 
 
 		 271 aa  43.9  0.001  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3487  LytR/AlgR family transcriptional regulator  31.68 
 
 		 253 aa  43.9  0.001  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.76921  normal  1 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4408  two component transcriptional regulator, LytTR family  33.63 
 
 		 268 aa  43.5  0.001  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0031  response regulator receiver protein  29.13 
 
 		 243 aa  43.5  0.001  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_11553  two-component system response regulator  35.53 
 
 		 237 aa  43.1  0.002  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0227  LytR/AlgR family transcriptional regulator  32.98 
 
 		 265 aa  43.1  0.002  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.312706  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0036  LytR/AlgR family transcriptional regulator  30.56 
 
 		 248 aa  42.7  0.002  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3893  LytR/AlgR family transcriptional regulator  28.7 
 
 		 277 aa  43.1  0.002  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.493272  normal  0.267267 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2385  response regulator receiver protein  33.33 
 
 		 272 aa  43.1  0.002  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_2400  response regulator receiver protein  35.53 
 
 		 236 aa  42.7  0.002  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  0.14107  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_2448  LytTr DNA-binding region  34.38 
 
 		 478 aa  42.7  0.002  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.269768  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_5211  LytTR family two component transcriptional regulator  40 
 
 		 238 aa  42.7  0.002  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.546332  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0116  two component transcriptional regulator, LytTR family  28.89 
 
 		 233 aa  42.7  0.002  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  0.0975218 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A5541  putative response regulator  38.36 
 
 		 238 aa  42.4  0.002  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.0307727  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B5410  putative response regulator  38.36 
 
 		 238 aa  42.4  0.002  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.0150801  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1004  two component transcriptional regulator, LytTR family  31.52 
 
 		 257 aa  42.7  0.002  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  decreased coverage  0.00878343  normal  0.279198 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>