78 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Slin_3848 on replicon NC_013730
Organism: Spirosoma linguale DSM 74



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013730  Slin_3848  response regulator receiver protein  100 
 
 		 107 aa  221  3e-57  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4770  response regulator receiver protein  40.82 
 
 		 161 aa  66.2  0.0000000001  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.0000679 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3104  response regulator receiver protein  36.36 
 
 		 272 aa  61.2  0.000000004  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0116  two component transcriptional regulator, LytTR family  31.82 
 
 		 233 aa  59.7  0.00000001  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  0.0975218 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0504  response regulator receiver protein  34.04 
 
 		 139 aa  58.5  0.00000003  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4372  response regulator receiver protein  35.16 
 
 		 276 aa  56.6  0.0000001  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  hitchhiker  0.000187174  normal  0.758588 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2603  response regulator receiver protein  37.8 
 
 		 141 aa  56.2  0.0000002  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.0555217 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_01905  response regulator  37.93 
 
 		 243 aa  55.1  0.0000003  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3913  LytTR family two component transcriptional regulator  31.4 
 
 		 268 aa  55.1  0.0000004  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.316099  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3893  LytR/AlgR family transcriptional regulator  31.25 
 
 		 277 aa  54.3  0.0000005  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.493272  normal  0.267267 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4130  response regulator receiver protein  33.72 
 
 		 129 aa  53.9  0.0000006  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.0725574 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1744  response regulator receiver protein  33.33 
 
 		 262 aa  52.8  0.000002  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.0469005  normal  0.152737 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0148  two component transcriptional regulator, LytTR family  33.67 
 
 		 251 aa  52.4  0.000002  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.48043 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0503  response regulator receiver protein  32.94 
 
 		 143 aa  52  0.000002  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0603  response regulator receiver protein  39.53 
 
 		 183 aa  52  0.000003  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1585  LytTr DNA-binding region  33.33 
 
 		 259 aa  52  0.000003  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.80455  normal  0.0356965 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2329  LytTR family two component transcriptional regulator  32.95 
 
 		 255 aa  51.6  0.000004  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.0531557  decreased coverage  0.00207881 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3422  response regulator receiver domain-containing protein  32.56 
 
 		 291 aa  51.2  0.000005  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00728631 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_4494  LytTr DNA-binding region  32.98 
 
 		 250 aa  51.2  0.000005  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.0706486  normal  0.304613 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3159  response regulator receiver  34.04 
 
 		 242 aa  50.8  0.000007  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5734  two component transcriptional regulator, LytTR family  34.92 
 
 		 257 aa  50.4  0.000007  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_5008  LytTR family two component transcriptional regulator  31.91 
 
 		 250 aa  50.4  0.000009  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.135227  hitchhiker  0.0000288771 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_3377  two component transcriptional regulator, LytTR family  35.37 
 
 		 319 aa  48.9  0.00002  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1191  response regulator receiver protein  29.47 
 
 		 518 aa  49.3  0.00002  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0420  LytR/AlgR family transcriptional regulator  29.55 
 
 		 317 aa  49.3  0.00002  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.0328897  normal  0.0302219 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1065  response regulator receiver protein  29.9 
 
 		 249 aa  49.7  0.00002  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.251377  normal  0.725191 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_0067  LytTR family two component transcriptional regulator  31.91 
 
 		 268 aa  49.3  0.00002  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.169577  normal  0.169612 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2062  response regulator receiver protein  34.48 
 
 		 489 aa  48.5  0.00003  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  0.276214 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2328  LytTR family two component transcriptional regulator  28.89 
 
 		 255 aa  48.5  0.00003  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.261765  decreased coverage  0.00199939 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_0067  two component transcriptional regulator, LytTR family  34.48 
 
 		 275 aa  47.8  0.00005  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_0704  LytTR family two component transcriptional regulator  30.23 
 
 		 276 aa  47.8  0.00006  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  0.674394 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3964  hypothetical protein  32.91 
 
 		 294 aa  47.4  0.00006  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2385  response regulator receiver protein  34.18 
 
 		 272 aa  47.4  0.00007  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_12230  response regulator of the LytR/AlgR family  29.17 
 
 		 242 aa  46.6  0.0001  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013203  Apar_1323  two component transcriptional regulator, LytTR family  29.59 
 
 		 237 aa  46.2  0.0001  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  0.0540721  normal  0.0273831 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6623  two component transcriptional regulator, LytTR family  34.44 
 
 		 258 aa  45.8  0.0002  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.0991065  normal  0.080317 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1502  two component transcriptional regulator, LytTR family  32.53 
 
 		 254 aa  45.8  0.0002  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.192215 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1279  two component transcriptional regulator, LytTR family  31.82 
 
 		 248 aa  45.4  0.0002  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.111911  normal  0.254446 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2822  response regulator receiver domain-containing protein  30.28 
 
 		 304 aa  45.8  0.0002  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.135551  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3515  LytR/AlgR family transcriptional regulator  28.74 
 
 		 236 aa  45.8  0.0002  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2342  two component transcriptional regulator, LytTR family  30.12 
 
 		 240 aa  45.8  0.0002  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.0697143  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_5645  two component transcriptional regulator, LytTR family  28.57 
 
 		 248 aa  45.1  0.0003  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.954414  normal  0.925082 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2966  response regulator receiver protein  34.88 
 
 		 274 aa  45.1  0.0004  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008532  STER_0583  response regulator  34.92 
 
 		 236 aa  44.7  0.0004  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3291  LytR/AlgR family transcriptional regulator  28.41 
 
 		 258 aa  44.7  0.0004  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.393667  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_2762  response regulator receiver protein  31.87 
 
 		 254 aa  45.1  0.0004  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.330347  normal  0.784413 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0119  response regulator receiver protein  29.29 
 
 		 249 aa  44.3  0.0005  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1149  response regulator receiver protein  27.08 
 
 		 239 aa  44.3  0.0006  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0733  two component transcriptional regulator, LytTR family  28.41 
 
 		 243 aa  44.3  0.0006  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0480  response regulator receiver domain-containing protein  27.91 
 
 		 265 aa  44.3  0.0006  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_4004  response regulator receiver domain-containing protein  30.67 
 
 		 269 aa  43.9  0.0007  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.174802  normal  0.249031 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_6424  two component transcriptional regulator, LytTR family  31.88 
 
 		 250 aa  43.1  0.001  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.529726  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3622  response regulator receiver protein  27.06 
 
 		 301 aa  43.1  0.001  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_00870  response regulator of the LytR/AlgR family  34.04 
 
 		 272 aa  43.1  0.001  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_0254  response regulator  36.25 
 
 		 251 aa  43.1  0.001  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.437869  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2206  response regulator receiver protein  31.96 
 
 		 267 aa  43.5  0.001  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.0547033  normal  0.44527 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4495  LytTR family two component transcriptional regulator  28.57 
 
 		 231 aa  43.1  0.001  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01918  putative response regulator in two-component regulatory system  32.1 
 
 		 275 aa  42.7  0.002  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.159199  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2278  LytTr DNA-binding response regulator  26.67 
 
 		 280 aa  42.7  0.002  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.421967  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_0428  two component transcriptional regulator, LytTR family  33.33 
 
 		 237 aa  42  0.002  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.472628  hitchhiker  0.000034032 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3968  LytTR family two component transcriptional regulator  35.29 
 
 		 229 aa  42.7  0.002  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.0978404  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3718  response regulator  29.76 
 
 		 275 aa  41.6  0.003  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_2143  response regulator receiver protein  30.93 
 
 		 265 aa  41.6  0.004  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.390763  normal  0.164671 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1330  LytTR family two component transcriptional regulator  29.67 
 
 		 261 aa  40.8  0.006  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.80792  hitchhiker  0.00674538 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4382  LytTR family two component transcriptional regulator  27.38 
 
 		 273 aa  40.8  0.006  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_005945  BAS5270  response regulator  37.5 
 
 		 238 aa  40.8  0.007  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.246846  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_5097  response regulator  37.5 
 
 		 238 aa  40.8  0.007  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  0.047582  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK5114  response regulator  37.5 
 
 		 238 aa  40.8  0.007  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.603206  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_5667  response regulator  37.5 
 
 		 238 aa  40.8  0.007  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  hitchhiker  0.000414392  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_5512  putative response regulator  37.5 
 
 		 238 aa  40.8  0.007  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_5546  response regulator, putative  37.5 
 
 		 238 aa  40.4  0.007  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.183398  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A5597  putative response regulator  37.5 
 
 		 238 aa  40.4  0.007  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.0176672  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1819  LytTr DNA-binding response regulator  31.63 
 
 		 260 aa  40.4  0.008  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.148301  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_3930  LytTR family two component transcriptional regulator  35 
 
 		 238 aa  40.4  0.008  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4010  two component transcriptional regulator, LytTR family  36 
 
 		 231 aa  40.4  0.008  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.0569074  decreased coverage  0.00157623 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2437  response regulator receiver protein  46.15 
 
 		 273 aa  40  0.009  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  0.2489 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5161  two component transcriptional regulator, LytTR family  37.29 
 
 		 248 aa  40.4  0.009  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.185153  hitchhiker  0.000735465 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1860  two component transcriptional regulator, LytTR family  28.12 
 
 		 266 aa  40  0.01  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>