200 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sde_3422 on replicon NC_007912
Organism: Saccharophagus degradans 2-40



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007912  Sde_3422  response regulator receiver domain-containing protein  100 
 
 		 291 aa  598  1e-170  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00728631 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01349  regulatory protein  36.53 
 
 		 294 aa  159  4e-38  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.0319179  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_00073  RpfD regulatory protein  34.29 
 
 		 304 aa  156  3e-37  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.133671  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3622  response regulator receiver protein  33 
 
 		 301 aa  151  1e-35  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1822  response regulator receiver protein  39.55 
 
 		 300 aa  144  1e-33  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.332263  normal  0.137599 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2206  response regulator receiver protein  33.08 
 
 		 267 aa  107  2e-22  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.0547033  normal  0.44527 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3964  hypothetical protein  31.5 
 
 		 294 aa  99.8  5e-20  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_4004  response regulator receiver domain-containing protein  34.52 
 
 		 269 aa  93.2  4e-18  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.174802  normal  0.249031 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3291  LytR/AlgR family transcriptional regulator  38.78 
 
 		 258 aa  87  3e-16  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.393667  normal  1 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_0067  LytTR family two component transcriptional regulator  42.71 
 
 		 268 aa  85.5  9e-16  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.169577  normal  0.169612 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1819  LytTr DNA-binding response regulator  37.25 
 
 		 260 aa  84.7  0.000000000000002  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.148301  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0420  LytR/AlgR family transcriptional regulator  41.41 
 
 		 317 aa  83.2  0.000000000000004  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.0328897  normal  0.0302219 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_3052  response regulator receiver protein  31.41 
 
 		 286 aa  83.6  0.000000000000004  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.995859  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01918  putative response regulator in two-component regulatory system  31.87 
 
 		 275 aa  82.8  0.000000000000006  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.159199  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2385  response regulator receiver protein  36.92 
 
 		 272 aa  82.8  0.000000000000006  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0227  LytR/AlgR family transcriptional regulator  42.11 
 
 		 265 aa  80.5  0.00000000000003  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.312706  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1744  response regulator receiver protein  33.96 
 
 		 262 aa  80.5  0.00000000000003  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.0469005  normal  0.152737 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3913  LytTR family two component transcriptional regulator  31.5 
 
 		 268 aa  78.2  0.0000000000002  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.316099  normal  1 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2329  LytTR family two component transcriptional regulator  44 
 
 		 255 aa  76.6  0.0000000000004  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.0531557  decreased coverage  0.00207881 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0480  response regulator receiver domain-containing protein  34.65 
 
 		 265 aa  75.9  0.0000000000007  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2673  response regulator receiver protein  36.84 
 
 		 268 aa  75.9  0.0000000000008  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.587227  normal  0.606797 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1004  two component transcriptional regulator, LytTR family  36.21 
 
 		 257 aa  74.7  0.000000000002  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  decreased coverage  0.00878343  normal  0.279198 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_0704  LytTR family two component transcriptional regulator  30.51 
 
 		 276 aa  74.3  0.000000000002  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  0.674394 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3838  LytR/AlgR family transcriptional regulator  36.04 
 
 		 254 aa  72.4  0.000000000009  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  0.479778 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3718  response regulator  35.71 
 
 		 275 aa  71.6  0.00000000001  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2974  LytTR family two component transcriptional regulator  33.93 
 
 		 266 aa  71.2  0.00000000002  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.318128 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1860  two component transcriptional regulator, LytTR family  35.48 
 
 		 266 aa  71.2  0.00000000002  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4382  LytTR family two component transcriptional regulator  28.79 
 
 		 273 aa  71.2  0.00000000002  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2278  LytTr DNA-binding response regulator  31.16 
 
 		 280 aa  67.4  0.0000000002  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.421967  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2342  two component transcriptional regulator, LytTR family  33.59 
 
 		 240 aa  68.2  0.0000000002  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.0697143  normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2966  response regulator receiver protein  35.65 
 
 		 274 aa  67.4  0.0000000003  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1151  response regulator receiver protein  35.29 
 
 		 276 aa  65.9  0.0000000007  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2437  response regulator receiver protein  25.67 
 
 		 273 aa  65.9  0.0000000008  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  0.2489 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6586  two component transcriptional regulator, LytTR family  34.74 
 
 		 246 aa  64.3  0.000000002  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.318104  normal  1 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1375  response regulator receiver protein  33.98 
 
 		 239 aa  63.2  0.000000005  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1542  LytTr DNA-binding region  30.66 
 
 		 245 aa  63.2  0.000000005  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  0.300206 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2133  LytTR family two component transcriptional regulator  30.33 
 
 		 248 aa  60.5  0.00000003  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.565653  normal  1 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2328  LytTR family two component transcriptional regulator  31.07 
 
 		 255 aa  60.1  0.00000004  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.261765  decreased coverage  0.00199939 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2172  LytR/AlgR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 252 aa  58.9  0.0000001  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.0721488  normal  0.0255714 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5058  two component transcriptional regulator, LytTR family  29.17 
 
 		 247 aa  57.8  0.0000002  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  hitchhiker  0.0000256301  normal  0.0140106 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK5137  response regulator  34.12 
 
 		 246 aa  57.8  0.0000002  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_5573  response regulator LytR  34.12 
 
 		 246 aa  57.4  0.0000003  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A5621  response regulator LytR  34.12 
 
 		 246 aa  57.4  0.0000003  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B5384  response regulator LytR  34.12 
 
 		 246 aa  57  0.0000003  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.662493  normal  0.485514 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0764  two component transcriptional regulator, LytTR family  27.95 
 
 		 245 aa  57  0.0000003  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.626213 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3172  two component transcriptional regulator, LytTR family  34.95 
 
 		 258 aa  57  0.0000003  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  decreased coverage  0.00901875  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3733  response regulator receiver domain-containing protein  31.25 
 
 		 249 aa  57.4  0.0000003  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  0.766169 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1149  response regulator receiver protein  34.69 
 
 		 239 aa  57.4  0.0000003  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_5028  LytTR family two component transcriptional regulator  39.53 
 
 		 237 aa  57.4  0.0000003  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.967214  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS5295  response regulator LytR  34.12 
 
 		 246 aa  57  0.0000004  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_5122  response regulator  34.12 
 
 		 246 aa  57  0.0000004  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_5536  response regulator LytR  34.12 
 
 		 246 aa  57  0.0000004  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_5691  response regulator LytR  34.12 
 
 		 246 aa  57  0.0000004  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3487  LytR/AlgR family transcriptional regulator  32.63 
 
 		 253 aa  57  0.0000004  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.76921  normal  1 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_5234  LytTR family two component transcriptional regulator  31.76 
 
 		 246 aa  57  0.0000004  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2766  two component transcriptional regulator, LytTR family  27.62 
 
 		 241 aa  56.6  0.0000005  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_2762  response regulator receiver protein  30.28 
 
 		 254 aa  56.6  0.0000005  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.330347  normal  0.784413 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A5565  response regulator LytR  34.12 
 
 		 246 aa  55.8  0.0000007  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3773  two component transcriptional regulator, LytTR family  34.02 
 
 		 260 aa  55.8  0.0000007  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.10961  normal  1 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_1527  LytTR family two component transcriptional regulator  27.35 
 
 		 246 aa  55.8  0.0000007  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.109257  normal  1 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0444  response regulator receiver protein  27.59 
 
 		 262 aa  55.1  0.000001  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_3958  LytTR family two component transcriptional regulator  32.94 
 
 		 246 aa  55.1  0.000001  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_01160  response regulator of the LytR/AlgR family  34.02 
 
 		 238 aa  55.5  0.000001  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4820  two component transcriptional regulator, LytTR family  29.06 
 
 		 244 aa  54.7  0.000002  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.334432  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_6324  response regulator receiver protein  27.35 
 
 		 253 aa  54.3  0.000002  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.48372 
 
 
-
 
NC_008532  STER_1684  response regulator  32.2 
 
 		 148 aa  54.3  0.000002  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  decreased coverage  0.00000929378  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1065  response regulator receiver protein  34.38 
 
 		 249 aa  53.9  0.000003  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.251377  normal  0.725191 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3000  response regulator receiver domain-containing protein  27.37 
 
 		 229 aa  53.5  0.000004  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000248508 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_00400  response regulator of the LytR/AlgR family  31.96 
 
 		 237 aa  53.5  0.000004  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  0.132657  normal  1 
 
 
-
 
NC_013203  Apar_1323  two component transcriptional regulator, LytTR family  31.4 
 
 		 237 aa  53.5  0.000004  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  0.0540721  normal  0.0273831 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1761  two component transcriptional regulator, LytTR family  29.84 
 
 		 251 aa  53.5  0.000004  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_0979  LytTR family two component transcriptional regulator  35.71 
 
 		 242 aa  53.5  0.000004  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0238694 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_1393  two component transcriptional regulator, LytTR family  28.57 
 
 		 238 aa  53.1  0.000005  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000000000160197 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1330  LytTR family two component transcriptional regulator  33.03 
 
 		 261 aa  53.1  0.000005  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.80792  hitchhiker  0.00674538 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_4051  response regulator receiver protein  29.61 
 
 		 269 aa  52.8  0.000006  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.243327  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_4126  response regulator receiver protein  29.61 
 
 		 269 aa  52.8  0.000006  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.217512  normal  0.408771 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3896  two component transcriptional regulator, LytTR family  36.36 
 
 		 245 aa  52.8  0.000007  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.356034 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1569  two component transcriptional regulator, LytTR family  26.67 
 
 		 240 aa  52  0.00001  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000000000000531282 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_7298  two component transcriptional regulator, LytTR family  32.05 
 
 		 230 aa  52  0.00001  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0504  response regulator receiver protein  31.19 
 
 		 139 aa  51.6  0.00002  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2858  response regulator receiver  30 
 
 		 264 aa  51.2  0.00002  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0617  two component transcriptional regulator, LytTR family  24.18 
 
 		 243 aa  51.6  0.00002  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  0.23864 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_0699  response regulator receiver  33.64 
 
 		 275 aa  51.2  0.00002  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_0137  two component transcriptional regulator, LytTR family  31.96 
 
 		 237 aa  50.8  0.00002  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_4280  response regulator receiver protein  28.95 
 
 		 269 aa  50.8  0.00002  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0826  two component transcriptional regulator, LytTR family  31.91 
 
 		 235 aa  51.6  0.00002  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.398179  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3848  response regulator receiver protein  32.56 
 
 		 107 aa  51.2  0.00002  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4846  LytTR family two component transcriptional regulator  24.82 
 
 		 246 aa  50.8  0.00002  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.568582  normal  1 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_1645  two component transcriptional regulator, LytTR family  25 
 
 		 232 aa  50.4  0.00003  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0097  LytR/AlgR family transcriptional regulator  30.09 
 
 		 245 aa  50.8  0.00003  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_0254  response regulator  31.11 
 
 		 251 aa  50.8  0.00003  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.437869  normal  1 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_2143  response regulator receiver protein  33.33 
 
 		 265 aa  50.4  0.00003  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.390763  normal  0.164671 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0469  response regulator receiver protein  31.96 
 
 		 254 aa  50.8  0.00003  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_12140  response regulator of the LytR/AlgR family  29.36 
 
 		 255 aa  50.1  0.00004  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_4560  response regulator receiver protein  35.71 
 
 		 269 aa  50.4  0.00004  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  0.850639 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_4494  LytTr DNA-binding region  25 
 
 		 250 aa  50.1  0.00005  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.0706486  normal  0.304613 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_00870  response regulator of the LytR/AlgR family  33.33 
 
 		 272 aa  49.7  0.00005  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4495  LytTR family two component transcriptional regulator  32.14 
 
 		 245 aa  49.7  0.00005  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.17015 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5734  two component transcriptional regulator, LytTR family  29.92 
 
 		 257 aa  48.9  0.00009  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2221  response regulator receiver protein  33.67 
 
 		 309 aa  48.9  0.00009  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  0.728261 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>