228 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rru_A3515 on replicon NC_007643
Organism: Rhodospirillum rubrum ATCC 11170



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007643  Rru_A3515  LytR/AlgR family transcriptional regulator  100 
 
 		 236 aa  458  9.999999999999999e-129  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2542  putative PAS/PAC sensor protein  36.08 
 
 		 268 aa  121  9.999999999999999e-27  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1561  putative PAS/PAC sensor protein  32.38 
 
 		 249 aa  119  3e-26  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  0.925231 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0028  CO metabolism transcriptional regulator RcoM2  27.38 
 
 		 267 aa  89.4  5e-17  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.28119 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2142  CO metabolism transcriptional regulator RcoM  27.42 
 
 		 267 aa  85.9  4e-16  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.0995058 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1746  carbon monoxide dehydrogenase, coxC signalling protein  37.38 
 
 		 410 aa  82.4  0.000000000000005  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.647734 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1209  putative integral membrane sensor protein  34.92 
 
 		 368 aa  82  0.000000000000007  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.131047  normal  0.490878 
 
 
-
 
NC_002939  GSU2099  sensory box protein, putative  28.57 
 
 		 232 aa  80.1  0.00000000000003  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.374789  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0056  response regulator  24.11 
 
 		 235 aa  75.1  0.0000000000009  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2133  LytTR family two component transcriptional regulator  36.84 
 
 		 248 aa  69.7  0.00000000004  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.565653  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5278  two component transcriptional regulator, LytTR family  36.3 
 
 		 281 aa  69.3  0.00000000005  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.415246  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_6324  response regulator receiver protein  38.46 
 
 		 253 aa  68.6  0.00000000009  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.48372 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3172  two component transcriptional regulator, LytTR family  42.31 
 
 		 258 aa  67.8  0.0000000001  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  decreased coverage  0.00901875  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_0067  two component transcriptional regulator, LytTR family  37.86 
 
 		 275 aa  65.1  0.0000000008  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2858  response regulator receiver  37.27 
 
 		 264 aa  64.7  0.000000001  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_2762  response regulator receiver protein  37.5 
 
 		 254 aa  65.1  0.000000001  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.330347  normal  0.784413 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_2143  response regulator receiver protein  34.48 
 
 		 265 aa  62.8  0.000000004  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.390763  normal  0.164671 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_4129  two component transcriptional regulator, LytTR family  39.82 
 
 		 271 aa  62.4  0.000000005  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_12140  response regulator of the LytR/AlgR family  37.72 
 
 		 255 aa  62.8  0.000000005  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1290  two component transcriptional regulator, LytTR family  31.01 
 
 		 277 aa  61.6  0.000000009  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.212023 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1400  response regulator  35.58 
 
 		 243 aa  61.6  0.00000001  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_00870  response regulator of the LytR/AlgR family  33.05 
 
 		 272 aa  61.2  0.00000001  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1227  two component transcriptional regulator, LytTR family  31.01 
 
 		 277 aa  61.6  0.00000001  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.299238  normal  0.813842 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1330  LytTR family two component transcriptional regulator  36.54 
 
 		 261 aa  61.2  0.00000001  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.80792  hitchhiker  0.00674538 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_5142  two component transcriptional regulator, LytTR family  33.66 
 
 		 244 aa  60.8  0.00000002  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.546377  normal  1 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A2603  response regulator  36.63 
 
 		 243 aa  60.5  0.00000002  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2172  LytR/AlgR family transcriptional regulator  33.93 
 
 		 252 aa  59.7  0.00000003  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.0721488  normal  0.0255714 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0488  response regulator receiver protein  32.29 
 
 		 252 aa  59.7  0.00000004  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_0704  LytTR family two component transcriptional regulator  34.18 
 
 		 276 aa  59.7  0.00000004  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  0.674394 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0898  two component transcriptional regulator, LytTR family  28.85 
 
 		 265 aa  59.3  0.00000005  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_1527  LytTR family two component transcriptional regulator  31.97 
 
 		 246 aa  59.3  0.00000005  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.109257  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1352  two-component response regulator transcription regulator protein  32.76 
 
 		 270 aa  59.3  0.00000006  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C6684  LytR/AlgR family transcriptional regulator  32.71 
 
 		 243 aa  58.5  0.00000008  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B5410  putative response regulator  26.09 
 
 		 238 aa  58.5  0.00000009  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.0150801  normal  1 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A5541  putative response regulator  26.09 
 
 		 238 aa  58.5  0.00000009  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.0307727  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_07024  transcriptional regulator  29.06 
 
 		 263 aa  58.2  0.0000001  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS5134  ABC transporter ATP-binding protein, C-terminus  27.19 
 
 		 137 aa  58.2  0.0000001  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1495  putative PAS/PAC sensor protein  24.45 
 
 		 234 aa  58.2  0.0000001  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_1393  two component transcriptional regulator, LytTR family  35.64 
 
 		 238 aa  57.8  0.0000001  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000000000160197 
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2673  ABC transporter related protein  27.88 
 
 		 330 aa  58.2  0.0000001  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  hitchhiker  0.00000800207  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_4280  response regulator receiver protein  33.08 
 
 		 269 aa  58.2  0.0000001  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_5008  LytTR family two component transcriptional regulator  32.69 
 
 		 250 aa  57.8  0.0000001  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.135227  hitchhiker  0.0000288771 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A5597  putative response regulator  26.96 
 
 		 238 aa  57.4  0.0000002  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.0176672  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_5546  response regulator, putative  26.96 
 
 		 238 aa  57.4  0.0000002  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.183398  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS5270  response regulator  26.02 
 
 		 238 aa  57.4  0.0000002  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.246846  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_5097  response regulator  26.02 
 
 		 238 aa  57.4  0.0000002  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  0.047582  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK5114  response regulator  26.02 
 
 		 238 aa  57.4  0.0000002  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.603206  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_5667  response regulator  26.02 
 
 		 238 aa  57.4  0.0000002  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  hitchhiker  0.000414392  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A5406  ABC transporter, ATP-binding protein  25 
 
 		 335 aa  57.8  0.0000002  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.3143  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0733  two component transcriptional regulator, LytTR family  27.46 
 
 		 243 aa  57  0.0000002  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2098  putative integral membrane sensor protein  28 
 
 		 392 aa  57  0.0000002  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.096975  normal  0.665186 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_5512  putative response regulator  26.02 
 
 		 238 aa  57.4  0.0000002  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B5544  ABC transporter, ATP-binding protein  27.19 
 
 		 335 aa  56.6  0.0000003  Bacillus cereus G9842  Bacteria  hitchhiker  0.000378765  normal  1 
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_01160  response regulator of the LytR/AlgR family  32.11 
 
 		 238 aa  57  0.0000003  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_4051  response regulator receiver protein  36.11 
 
 		 269 aa  57  0.0000003  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.243327  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3773  two component transcriptional regulator, LytTR family  29.18 
 
 		 260 aa  57  0.0000003  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.10961  normal  1 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1375  response regulator receiver protein  33.65 
 
 		 239 aa  56.6  0.0000003  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_4126  response regulator receiver protein  36.11 
 
 		 269 aa  57  0.0000003  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.217512  normal  0.408771 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_4560  response regulator receiver protein  35.24 
 
 		 269 aa  56.6  0.0000003  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  0.850639 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2906  two component transcriptional regulator, LytTR family  34.65 
 
 		 245 aa  56.6  0.0000003  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1542  LytTr DNA-binding region  28.1 
 
 		 245 aa  56.6  0.0000003  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  0.300206 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_0254  response regulator  32.56 
 
 		 251 aa  56.6  0.0000004  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.437869  normal  1 
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0192  response regulator  37.63 
 
 		 101 aa  56.2  0.0000004  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.486416  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0468  response regulator  37.63 
 
 		 101 aa  56.2  0.0000004  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.949813  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1459  response regulator  37.63 
 
 		 101 aa  56.2  0.0000004  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_3377  two component transcriptional regulator, LytTR family  34.65 
 
 		 319 aa  56.2  0.0000005  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3159  response regulator receiver  24.03 
 
 		 242 aa  55.8  0.0000005  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_5410  ABC transporter, ATP-binding protein, putative  26.32 
 
 		 335 aa  55.8  0.0000006  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  unclonable  0.00000000374039  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_4967  ABC transporter ATP-binding protein  26.32 
 
 		 335 aa  55.8  0.0000006  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  decreased coverage  0.000000000811846  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK4985  ABC transporter, ATP-binding protein  26.32 
 
 		 335 aa  55.8  0.0000006  Bacillus cereus E33L  Bacteria  unclonable  0.0000000000703532  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_5376  ABC transporter, ATP-binding protein  26.32 
 
 		 335 aa  55.8  0.0000006  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000218123 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_3930  LytTR family two component transcriptional regulator  28.18 
 
 		 238 aa  55.8  0.0000006  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2697  LytR/AlgR family transcriptional regulator  33.06 
 
 		 240 aa  55.5  0.0000007  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_5083  LytTr DNA-binding region  26.32 
 
 		 335 aa  55.5  0.0000007  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  hitchhiker  0.000000635558  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0439  response regulator receiver protein  35.87 
 
 		 215 aa  55.5  0.0000008  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_00400  response regulator of the LytR/AlgR family  28.97 
 
 		 237 aa  55.1  0.0000009  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  0.132657  normal  1 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A5461  ABC transporter, ATP-binding protein  26.32 
 
 		 335 aa  55.1  0.0000009  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.00000000405591  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000974  response regulator of the LytR/AlgR family  28.21 
 
 		 263 aa  54.7  0.000001  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.728867  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_4494  LytTr DNA-binding region  33.65 
 
 		 250 aa  55.1  0.000001  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.0706486  normal  0.304613 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0619  response regulator receiver protein  31.07 
 
 		 234 aa  55.1  0.000001  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_5211  LytTR family two component transcriptional regulator  25.6 
 
 		 238 aa  53.5  0.000002  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.546332  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1761  two component transcriptional regulator, LytTR family  29.57 
 
 		 251 aa  53.9  0.000002  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_1246  LytTR family two component transcriptional regulator  26.42 
 
 		 254 aa  53.9  0.000002  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_3167  two component transcriptional regulator, LytTR family  29.09 
 
 		 285 aa  53.9  0.000002  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.616861  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1065  response regulator receiver protein  36.08 
 
 		 249 aa  53.9  0.000002  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.251377  normal  0.725191 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_0357  response regulator receiver  38.36 
 
 		 249 aa  54.3  0.000002  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_08681  transcriptional regulator  24.06 
 
 		 240 aa  53.5  0.000003  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.803849  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_0137  two component transcriptional regulator, LytTR family  28.04 
 
 		 237 aa  53.5  0.000003  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1860  two component transcriptional regulator, LytTR family  32.5 
 
 		 266 aa  53.5  0.000003  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_3804  LytTr DNA-binding region  24.56 
 
 		 335 aa  52  0.000007  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_1153  two component transcriptional regulator, LytTR family  36.47 
 
 		 299 aa  52  0.000008  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0227  LytR/AlgR family transcriptional regulator  40.79 
 
 		 265 aa  52  0.000009  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.312706  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_2482  two component transcriptional regulator, LytTR family  27.78 
 
 		 288 aa  51.6  0.00001  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  0.162526 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3926  two component transcriptional regulator, LytTR family  32.99 
 
 		 237 aa  51.6  0.00001  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.566728 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1149  response regulator receiver protein  27.78 
 
 		 239 aa  51.6  0.00001  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0116  two component transcriptional regulator, LytTR family  36.94 
 
 		 233 aa  51.6  0.00001  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  0.0975218 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1113  LytR/AlgR family transcriptional regulator  38.78 
 
 		 256 aa  51.2  0.00001  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.45992  normal  0.29087 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_6125  two component transcriptional regulator, LytTR family  32.46 
 
 		 238 aa  51.6  0.00001  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5598  two component transcriptional regulator, LytTR family  36.25 
 
 		 237 aa  51.6  0.00001  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  hitchhiker  0.0000105391  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0421  two component transcriptional regulator, LytTR family  35.24 
 
 		 256 aa  50.8  0.00002  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  0.268274 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>