228 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dshi_1209 on replicon NC_009952
Organism: Dinoroseobacter shibae DFL 12



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009952  Dshi_1209  putative integral membrane sensor protein  100 
 
 
368 aa  736    Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.131047  normal  0.490878 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2098  putative integral membrane sensor protein  52.19 
 
 
392 aa  346  4e-94  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.096975  normal  0.665186 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1746  carbon monoxide dehydrogenase, coxC signalling protein  31.37 
 
 
410 aa  166  5e-40  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.647734 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2057  multi-sensor hybrid histidine kinase  34.65 
 
 
774 aa  102  8e-21  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.906607  hitchhiker  0.00133985 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2249  multi-sensor hybrid histidine kinase  31.25 
 
 
1143 aa  101  2e-20  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.673162  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4460  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  32.35 
 
 
709 aa  100  4e-20  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0200253  normal  0.0648745 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3722  ATP-binding region, ATPase-like protein  31.13 
 
 
1120 aa  99.8  7e-20  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2427  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  31.75 
 
 
683 aa  96.3  7e-19  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal  0.587287 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01755  putative two-component member protein  32.03 
 
 
1111 aa  96.3  8e-19  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_49140  GGDEF domain protein  31.82 
 
 
689 aa  95.5  1e-18  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0272  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  32.88 
 
 
766 aa  94.7  2e-18  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4875  PAS sensor protein  32.77 
 
 
632 aa  93.6  4e-18  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.152822  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2190  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  29.63 
 
 
695 aa  93.2  6e-18  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_5360  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  32.34 
 
 
632 aa  92  1e-17  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_5416  multi-sensor signal transduction histidine kinase  32.77 
 
 
632 aa  92  1e-17  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5894  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  37.39 
 
 
689 aa  91.7  2e-17  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.528175  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3581  GGDEF domain-containing protein  29.29 
 
 
695 aa  90.9  3e-17  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2588  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  32.66 
 
 
766 aa  90.9  3e-17  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2333  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  33.66 
 
 
695 aa  89  1e-16  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3843  GGDEF  31.65 
 
 
763 aa  88.6  2e-16  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0401  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with MHYT sensor  33.59 
 
 
687 aa  87.8  3e-16  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal  0.465852 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1252  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  29.66 
 
 
760 aa  87.8  3e-16  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.849617  normal 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2102  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  36.32 
 
 
689 aa  87.8  3e-16  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.762889  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2525  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  31.6 
 
 
693 aa  87.4  4e-16  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1867  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  34.8 
 
 
710 aa  87.4  4e-16  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.559225  normal  0.957058 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_42220  membrane sensor domain-containing protein  33.33 
 
 
685 aa  87  5e-16  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0510  hypothetical protein  30.98 
 
 
701 aa  85.5  0.000000000000001  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal  0.0522945 
 
 
-
 
NC_006348  BMA0260  sensor histidine kinase  36.6 
 
 
627 aa  85.5  0.000000000000001  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0922  EAL/GGDEF domain-containing protein  36.6 
 
 
627 aa  85.5  0.000000000000001  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2691  sensor histidine kinase  36.6 
 
 
627 aa  85.5  0.000000000000001  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2386  sensor histidine kinase  36.6 
 
 
627 aa  85.5  0.000000000000001  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0755  sensor histidine kinase  36.6 
 
 
627 aa  85.5  0.000000000000001  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.997175  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2467  sensor histidine kinase  36.6 
 
 
627 aa  85.5  0.000000000000001  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.333423  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3579  hypothetical protein  33.55 
 
 
685 aa  85.1  0.000000000000002  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0227937  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4273  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  26.64 
 
 
754 aa  85.1  0.000000000000002  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0910  putative integral membrane sensor protein  39.71 
 
 
251 aa  84.3  0.000000000000003  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_21190  hypothetical protein  33.84 
 
 
785 aa  84.3  0.000000000000003  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal  0.42827 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1182  GGDEF domain/EAL domain-containing protein  36.46 
 
 
688 aa  84  0.000000000000003  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1087  multi-sensor hybrid histidine kinase  31.17 
 
 
1121 aa  84.3  0.000000000000003  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.740067  hitchhiker  0.00000751372 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0743  sensor histidine kinase  36.17 
 
 
627 aa  83.6  0.000000000000005  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.573337  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_1466  putative integral membrane sensor protein  31.47 
 
 
322 aa  83.2  0.000000000000006  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.552337  normal  0.565857 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4106  GGDEF domain/EAL domain protein  29.49 
 
 
756 aa  83.2  0.000000000000007  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.624649  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2146  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  29.34 
 
 
709 aa  83.2  0.000000000000007  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0791  multi-sensor hybrid histidine kinase  28.29 
 
 
1118 aa  82.8  0.000000000000009  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3232  multi-sensor hybrid histidine kinase  28.29 
 
 
1118 aa  82.8  0.000000000000009  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6267  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  30.98 
 
 
693 aa  82.8  0.000000000000009  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.57074  normal  0.863761 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3749  ggdef domain/eal domain-containing protein  27.21 
 
 
699 aa  82  0.00000000000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal  0.338574 
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0664  EAL/GGDEF domain-containing protein  35.94 
 
 
688 aa  82  0.00000000000001  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.0241577  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A2392  EAL/GGDEF domain-containing protein  35.94 
 
 
688 aa  82  0.00000000000001  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.278752  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3515  LytR/AlgR family transcriptional regulator  34.92 
 
 
236 aa  82  0.00000000000001  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0614  sensor histidine kinase  35.32 
 
 
626 aa  82.4  0.00000000000001  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.294788  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1563  putative integral membrane sensor protein  31.25 
 
 
367 aa  82  0.00000000000001  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0802  EAL/GGDEF domain-containing protein  35.94 
 
 
688 aa  82  0.00000000000001  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1106  diguanylate cyclase/cyclic diguanylate phosphodiesterase  35.94 
 
 
688 aa  82  0.00000000000001  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.804569  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1766  EAL/GGDEF domain-containing protein  35.94 
 
 
688 aa  82  0.00000000000001  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.356944  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_4364  putative integral membrane sensor protein  31.47 
 
 
273 aa  81.6  0.00000000000002  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3580  ggdef domain/eal domain protein  27.21 
 
 
699 aa  81.6  0.00000000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2620  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and MHYT sensor(s)  30.89 
 
 
799 aa  82  0.00000000000002  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3579  ggdef domain/eal domain protein  29.55 
 
 
691 aa  81.3  0.00000000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.189396  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1808  hypothetical protein  33.67 
 
 
726 aa  81.6  0.00000000000002  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.882104  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1850  multi-sensor hybrid histidine kinase  31.05 
 
 
946 aa  81.3  0.00000000000003  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.0866059  normal  0.191772 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3652  ggdef domain/eal domain protein  29.55 
 
 
699 aa  80.5  0.00000000000004  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal  0.117514 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3686  ggdef domain/eal domain-containing protein  27.21 
 
 
699 aa  80.9  0.00000000000004  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal  0.0580402 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1144  GGDEF domain-containing protein  35.92 
 
 
754 aa  80.1  0.00000000000005  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal  0.252885 
 
 
-
 
NC_004632  PSPTO_B0009  hypothetical protein  37.14 
 
 
288 aa  80.1  0.00000000000005  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6743  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  30.5 
 
 
693 aa  80.1  0.00000000000005  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1178  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  35.92 
 
 
754 aa  80.5  0.00000000000005  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal  0.578414 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0386  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  32.67 
 
 
685 aa  80.1  0.00000000000006  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4735  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  33.91 
 
 
689 aa  79.7  0.00000000000007  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.0595206  normal  0.234911 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3110  putative integral membrane sensor protein  32.99 
 
 
1141 aa  79.7  0.00000000000007  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal  0.0940316 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2504  multi-sensor hybrid histidine kinase  28.33 
 
 
1132 aa  79.3  0.00000000000009  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2798  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  29.84 
 
 
695 aa  79  0.0000000000001  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1144  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  33.33 
 
 
686 aa  77.8  0.0000000000002  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.871944  normal 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_1690  putative integral membrane sensor protein  31.2 
 
 
341 aa  78.6  0.0000000000002  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal  0.265588 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_4067  putative integral membrane sensor protein  31.93 
 
 
289 aa  78.2  0.0000000000002  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3716  putative integral membrane sensor protein  36.36 
 
 
306 aa  77.8  0.0000000000003  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.20203  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2786  multi-sensor signal transduction histidine kinase  33.51 
 
 
627 aa  77.4  0.0000000000003  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3194  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  30.67 
 
 
726 aa  77.8  0.0000000000003  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.178802  normal  0.0329837 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3335  multi-sensor hybrid histidine kinase  28.64 
 
 
1122 aa  77  0.0000000000004  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3702  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  27.45 
 
 
692 aa  77.4  0.0000000000004  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.561666  normal  0.977889 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_7110  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  28.69 
 
 
694 aa  77  0.0000000000004  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.0633557 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1161  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  32.62 
 
 
754 aa  76.3  0.0000000000007  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.268415  normal  0.0126902 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3675  multi-sensor hybrid histidine kinase  32.91 
 
 
966 aa  75.9  0.000000000001  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3028  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with MHYT sensor  31.44 
 
 
694 aa  73.6  0.000000000005  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4784  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  32.82 
 
 
785 aa  73.6  0.000000000006  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0834  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  32.18 
 
 
831 aa  72.8  0.000000000009  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.153138  n/a   
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5981  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  30.03 
 
 
602 aa  72  0.00000000001  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1434  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  28.76 
 
 
716 aa  71.6  0.00000000002  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.486546  normal 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7284  putative integral membrane sensor protein  28.92 
 
 
263 aa  70.9  0.00000000003  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.609148 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0524  putative integral membrane sensor protein  35.25 
 
 
269 aa  71.2  0.00000000003  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6277  periplasmic sensor signal transduction histidine kinase  33.17 
 
 
594 aa  71.2  0.00000000003  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2508  putative PAS/PAC sensor protein  33.33 
 
 
433 aa  70.9  0.00000000003  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal  0.0530113 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_1661  putative integral membrane sensor protein  30 
 
 
252 aa  69.7  0.00000000008  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.161452  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3822  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  32.18 
 
 
786 aa  69.7  0.00000000008  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5176  MHYT  26.74 
 
 
264 aa  69.3  0.00000000009  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1561  putative PAS/PAC sensor protein  32.76 
 
 
249 aa  69.3  0.0000000001  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal  0.925231 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_4101  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  29.29 
 
 
794 aa  68.6  0.0000000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7222  periplasmic sensor signal transduction histidine kinase  37.95 
 
 
589 aa  68.6  0.0000000002  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.368099  normal  0.237593 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_0988  putative integral membrane sensor protein  34.62 
 
 
331 aa  68.2  0.0000000002  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.012877  normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4421  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and MHYT sensor(s)  27.93 
 
 
779 aa  68.2  0.0000000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.920702  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>