147 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sde_0524 on replicon NC_007912
Organism: Saccharophagus degradans 2-40



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007912  Sde_0524  putative integral membrane sensor protein  100 
 
 		 269 aa  537  9.999999999999999e-153  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_1466  putative integral membrane sensor protein  40.08 
 
 		 322 aa  181  8.000000000000001e-45  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.552337  normal  0.565857 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_4364  putative integral membrane sensor protein  40.23 
 
 		 273 aa  181  1e-44  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_5416  multi-sensor signal transduction histidine kinase  50 
 
 		 632 aa  175  6e-43  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4875  PAS sensor protein  49.46 
 
 		 632 aa  167  1e-40  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.152822  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_5360  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  48.91 
 
 		 632 aa  166  4e-40  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_1690  putative integral membrane sensor protein  43.64 
 
 		 341 aa  158  8e-38  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  0.265588 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2588  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  42.79 
 
 		 766 aa  155  9e-37  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2786  multi-sensor signal transduction histidine kinase  43.87 
 
 		 627 aa  153  2e-36  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0791  multi-sensor hybrid histidine kinase  37.97 
 
 		 1118 aa  151  1e-35  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3232  multi-sensor hybrid histidine kinase  37.97 
 
 		 1118 aa  151  1e-35  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0272  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  41.7 
 
 		 766 aa  151  1e-35  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2525  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  44.22 
 
 		 693 aa  150  2e-35  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3335  multi-sensor hybrid histidine kinase  37.97 
 
 		 1122 aa  150  2e-35  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5176  MHYT  39.08 
 
 		 264 aa  149  7e-35  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0662  putative integral membrane sensor protein  38.46 
 
 		 262 aa  146  3e-34  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.601986 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3722  ATP-binding region, ATPase-like protein  41.5 
 
 		 1120 aa  145  9e-34  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_49140  GGDEF domain protein  40.59 
 
 		 689 aa  145  9e-34  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_3581  GGDEF domain-containing protein  43.56 
 
 		 695 aa  144  1e-33  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2190  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  43.56 
 
 		 695 aa  144  1e-33  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0401  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with MHYT sensor  39.09 
 
 		 687 aa  144  1e-33  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.465852 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0386  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  39 
 
 		 685 aa  144  1e-33  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2427  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  42.27 
 
 		 683 aa  144  2e-33  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.587287 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5894  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  40.25 
 
 		 689 aa  144  2e-33  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.528175  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_42220  membrane sensor domain-containing protein  43.01 
 
 		 685 aa  142  4e-33  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2333  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  43.07 
 
 		 695 aa  143  4e-33  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3580  ggdef domain/eal domain protein  37.6 
 
 		 699 aa  142  7e-33  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3579  ggdef domain/eal domain protein  36.78 
 
 		 691 aa  142  7e-33  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.189396  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3652  ggdef domain/eal domain protein  37.6 
 
 		 699 aa  142  7e-33  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  0.117514 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1252  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  37.6 
 
 		 760 aa  141  9.999999999999999e-33  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.849617  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3749  ggdef domain/eal domain-containing protein  38.27 
 
 		 699 aa  141  9.999999999999999e-33  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  0.338574 
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0664  EAL/GGDEF domain-containing protein  40.6 
 
 		 688 aa  140  1.9999999999999998e-32  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.0241577  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0802  EAL/GGDEF domain-containing protein  40.6 
 
 		 688 aa  140  1.9999999999999998e-32  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1766  EAL/GGDEF domain-containing protein  40.6 
 
 		 688 aa  140  1.9999999999999998e-32  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.356944  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3686  ggdef domain/eal domain-containing protein  37.19 
 
 		 699 aa  140  1.9999999999999998e-32  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  0.0580402 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3579  hypothetical protein  43.52 
 
 		 685 aa  140  1.9999999999999998e-32  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0227937  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A2392  EAL/GGDEF domain-containing protein  40.6 
 
 		 688 aa  140  3e-32  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.278752  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1106  diguanylate cyclase/cyclic diguanylate phosphodiesterase  40.6 
 
 		 688 aa  140  3e-32  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.804569  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_0988  putative integral membrane sensor protein  41.05 
 
 		 331 aa  139  6e-32  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.012877  normal  1 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1182  GGDEF domain/EAL domain-containing protein  40.17 
 
 		 688 aa  138  8.999999999999999e-32  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5574  periplasmic sensor signal transduction histidine kinase  39.83 
 
 		 611 aa  137  2e-31  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_5938  periplasmic sensor signal transduction histidine kinase  39.83 
 
 		 611 aa  137  2e-31  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4460  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  37.34 
 
 		 709 aa  135  7.000000000000001e-31  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0200253  normal  0.0648745 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1144  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  43.56 
 
 		 686 aa  133  1.9999999999999998e-30  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.871944  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0510  hypothetical protein  41.67 
 
 		 701 aa  133  3e-30  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.0522945 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2057  multi-sensor hybrid histidine kinase  39.66 
 
 		 774 aa  133  3e-30  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.906607  hitchhiker  0.00133985 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2798  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  42.57 
 
 		 695 aa  132  6.999999999999999e-30  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6277  periplasmic sensor signal transduction histidine kinase  39.24 
 
 		 594 aa  132  7.999999999999999e-30  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2102  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  39.41 
 
 		 689 aa  132  9e-30  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.762889  normal  1 
 
 
-
 
NC_006348  BMA0260  sensor histidine kinase  40 
 
 		 627 aa  130  2.0000000000000002e-29  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01755  putative two-component member protein  34.44 
 
 		 1111 aa  130  2.0000000000000002e-29  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0922  EAL/GGDEF domain-containing protein  40 
 
 		 627 aa  130  2.0000000000000002e-29  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7222  periplasmic sensor signal transduction histidine kinase  41.97 
 
 		 589 aa  130  2.0000000000000002e-29  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.368099  normal  0.237593 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2691  sensor histidine kinase  40 
 
 		 627 aa  130  2.0000000000000002e-29  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2386  sensor histidine kinase  40 
 
 		 627 aa  130  2.0000000000000002e-29  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0755  sensor histidine kinase  40 
 
 		 627 aa  130  2.0000000000000002e-29  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.997175  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2467  sensor histidine kinase  40 
 
 		 627 aa  130  2.0000000000000002e-29  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.333423  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3702  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  38.86 
 
 		 692 aa  129  5.0000000000000004e-29  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.561666  normal  0.977889 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0743  sensor histidine kinase  39.58 
 
 		 627 aa  129  6e-29  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.573337  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_7110  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  39.27 
 
 		 694 aa  128  9.000000000000001e-29  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.0633557 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6440  histidine kinase  39.83 
 
 		 611 aa  126  3e-28  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.920923  normal  1 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0614  sensor histidine kinase  38.46 
 
 		 626 aa  125  5e-28  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.294788  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_21190  hypothetical protein  36.87 
 
 		 785 aa  125  7e-28  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.42827 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5981  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  42.13 
 
 		 602 aa  125  8.000000000000001e-28  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6267  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  35 
 
 		 693 aa  124  1e-27  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.57074  normal  0.863761 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6743  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  35.42 
 
 		 693 aa  125  1e-27  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1563  putative integral membrane sensor protein  35 
 
 		 367 aa  123  3e-27  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2504  multi-sensor hybrid histidine kinase  36.82 
 
 		 1132 aa  123  3e-27  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4421  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and MHYT sensor(s)  32.59 
 
 		 779 aa  122  6e-27  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.920702  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3110  putative integral membrane sensor protein  33.88 
 
 		 1141 aa  122  7e-27  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  0.0940316 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1808  hypothetical protein  35.94 
 
 		 726 aa  122  8e-27  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.882104  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_1661  putative integral membrane sensor protein  42.05 
 
 		 252 aa  121  9.999999999999999e-27  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.161452  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2620  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and MHYT sensor(s)  34.55 
 
 		 799 aa  120  3e-26  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3716  putative integral membrane sensor protein  42.35 
 
 		 306 aa  119  4.9999999999999996e-26  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.20203  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4790  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  33.17 
 
 		 807 aa  119  6e-26  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.994259 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2249  multi-sensor hybrid histidine kinase  33.86 
 
 		 1143 aa  118  7.999999999999999e-26  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.673162  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4735  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  38.98 
 
 		 689 aa  118  9e-26  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.0595206  normal  0.234911 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1490  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  36.27 
 
 		 724 aa  118  9.999999999999999e-26  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.261971  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_5273  putative integral membrane sensor protein  39.18 
 
 		 337 aa  118  9.999999999999999e-26  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3194  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  34.47 
 
 		 726 aa  117  1.9999999999999998e-25  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.178802  normal  0.0329837 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_4067  putative integral membrane sensor protein  36.36 
 
 		 289 aa  117  3e-25  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_4101  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  33.17 
 
 		 794 aa  116  3e-25  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2146  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  33.76 
 
 		 709 aa  115  6e-25  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_06202  Putative signal protein with GGDEF and EAL domains  40.8 
 
 		 696 aa  115  6.9999999999999995e-25  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.33406  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_00964  Putative signal protein with GGDEF and EAL domains  40.8 
 
 		 696 aa  115  6.9999999999999995e-25  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.0651645  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1434  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  33.06 
 
 		 716 aa  115  1.0000000000000001e-24  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.486546  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1087  multi-sensor hybrid histidine kinase  35.06 
 
 		 1121 aa  114  1.0000000000000001e-24  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.740067  hitchhiker  0.00000751372 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1867  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  38.69 
 
 		 710 aa  113  3e-24  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.559225  normal  0.957058 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2456  multi-sensor hybrid histidine kinase  37.38 
 
 		 1128 aa  112  6e-24  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  0.165433 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1935  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  33.02 
 
 		 523 aa  110  2.0000000000000002e-23  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.345754 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4106  GGDEF domain/EAL domain protein  32.03 
 
 		 756 aa  109  4.0000000000000004e-23  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.624649  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0328  putative integral membrane sensor protein  44.62 
 
 		 256 aa  109  4.0000000000000004e-23  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7284  putative integral membrane sensor protein  31.3 
 
 		 263 aa  108  7.000000000000001e-23  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.609148 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2098  putative integral membrane sensor protein  28.95 
 
 		 392 aa  107  2e-22  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.096975  normal  0.665186 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2508  putative PAS/PAC sensor protein  33.96 
 
 		 433 aa  106  3e-22  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0530113 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_7535  putative integral membrane sensor protein  29.92 
 
 		 269 aa  106  4e-22  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.379142  normal  0.129061 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3843  GGDEF  31.67 
 
 		 763 aa  106  4e-22  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5672  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  33.17 
 
 		 685 aa  106  5e-22  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004632  PSPTO_B0009  hypothetical protein  31.08 
 
 		 288 aa  105  1e-21  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3675  multi-sensor hybrid histidine kinase  33.06 
 
 		 966 aa  104  2e-21  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>