143 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Ndas_4067 on replicon NC_014210
Organism: Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_014210  Ndas_4067  putative integral membrane sensor protein  100 
 
 
289 aa  569  1e-161  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3716  putative integral membrane sensor protein  41.85 
 
 
306 aa  162  7e-39  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.20203  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_7535  putative integral membrane sensor protein  39.29 
 
 
269 aa  149  5e-35  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.379142  normal  0.129061 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_5273  putative integral membrane sensor protein  43.68 
 
 
337 aa  144  2e-33  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_2756  putative integral membrane sensor protein  43.64 
 
 
285 aa  134  1.9999999999999998e-30  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.777118  normal  0.120633 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2588  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  41.84 
 
 
766 aa  129  8.000000000000001e-29  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_1466  putative integral membrane sensor protein  39.67 
 
 
322 aa  120  1.9999999999999998e-26  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.552337  normal  0.565857 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_1690  putative integral membrane sensor protein  45.5 
 
 
341 aa  120  3e-26  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal  0.265588 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_4364  putative integral membrane sensor protein  39.67 
 
 
273 aa  118  9.999999999999999e-26  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0272  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  35.02 
 
 
766 aa  117  1.9999999999999998e-25  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2057  multi-sensor hybrid histidine kinase  38.92 
 
 
774 aa  115  6.9999999999999995e-25  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.906607  hitchhiker  0.00133985 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5176  MHYT  33.21 
 
 
264 aa  114  2.0000000000000002e-24  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_1661  putative integral membrane sensor protein  39.9 
 
 
252 aa  112  5e-24  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.161452  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0524  putative integral membrane sensor protein  36.36 
 
 
269 aa  110  2.0000000000000002e-23  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3722  ATP-binding region, ATPase-like protein  35.2 
 
 
1120 aa  109  5e-23  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_0988  putative integral membrane sensor protein  34.23 
 
 
331 aa  108  7.000000000000001e-23  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.012877  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_5416  multi-sensor signal transduction histidine kinase  39.66 
 
 
632 aa  108  8.000000000000001e-23  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_49140  GGDEF domain protein  39.68 
 
 
689 aa  106  4e-22  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2427  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  35.68 
 
 
683 aa  106  5e-22  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal  0.587287 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2249  multi-sensor hybrid histidine kinase  31.76 
 
 
1143 aa  105  9e-22  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.673162  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0662  putative integral membrane sensor protein  31.3 
 
 
262 aa  105  1e-21  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal  0.601986 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3702  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  36.1 
 
 
692 aa  105  1e-21  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.561666  normal  0.977889 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01755  putative two-component member protein  34.36 
 
 
1111 aa  103  3e-21  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2190  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  38.14 
 
 
695 aa  101  1e-20  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3581  GGDEF domain-containing protein  37.63 
 
 
695 aa  100  2e-20  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2333  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  37.11 
 
 
695 aa  101  2e-20  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2525  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  34.6 
 
 
693 aa  100  3e-20  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4460  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  37.11 
 
 
709 aa  99.8  5e-20  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0200253  normal  0.0648745 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4875  PAS sensor protein  37.99 
 
 
632 aa  99.8  5e-20  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.152822  normal 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2504  multi-sensor hybrid histidine kinase  33.33 
 
 
1132 aa  97.8  2e-19  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_5360  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  37.43 
 
 
632 aa  97.8  2e-19  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3579  hypothetical protein  38.95 
 
 
685 aa  97.4  2e-19  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0227937  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3335  multi-sensor hybrid histidine kinase  32.02 
 
 
1122 aa  97.1  3e-19  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0791  multi-sensor hybrid histidine kinase  32.1 
 
 
1118 aa  96.7  4e-19  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3232  multi-sensor hybrid histidine kinase  32.1 
 
 
1118 aa  96.7  4e-19  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1087  multi-sensor hybrid histidine kinase  31.73 
 
 
1121 aa  96.3  6e-19  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.740067  hitchhiker  0.00000751372 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3749  ggdef domain/eal domain-containing protein  34.07 
 
 
699 aa  96.3  6e-19  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal  0.338574 
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6267  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  38.2 
 
 
693 aa  95.9  7e-19  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.57074  normal  0.863761 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3579  ggdef domain/eal domain protein  34.07 
 
 
691 aa  95.9  7e-19  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.189396  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_42220  membrane sensor domain-containing protein  37.89 
 
 
685 aa  94.7  1e-18  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3580  ggdef domain/eal domain protein  34.07 
 
 
699 aa  94.7  1e-18  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3652  ggdef domain/eal domain protein  34.07 
 
 
699 aa  95.1  1e-18  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal  0.117514 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6743  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  37.85 
 
 
693 aa  94.7  1e-18  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1563  putative integral membrane sensor protein  38.2 
 
 
367 aa  94  2e-18  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5894  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  37.44 
 
 
689 aa  94.7  2e-18  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.528175  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0328  putative integral membrane sensor protein  42.22 
 
 
256 aa  93.6  3e-18  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3686  ggdef domain/eal domain-containing protein  33.63 
 
 
699 aa  93.6  4e-18  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal  0.0580402 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2146  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  33.19 
 
 
709 aa  93.6  4e-18  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0510  hypothetical protein  36.17 
 
 
701 aa  93.2  5e-18  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal  0.0522945 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2620  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and MHYT sensor(s)  29.03 
 
 
799 aa  93.2  5e-18  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2798  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  36.15 
 
 
695 aa  92.8  7e-18  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1867  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  35.9 
 
 
710 aa  91.3  2e-17  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.559225  normal  0.957058 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3028  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with MHYT sensor  30.98 
 
 
694 aa  90.9  2e-17  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5574  periplasmic sensor signal transduction histidine kinase  37.5 
 
 
611 aa  90.5  3e-17  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_5938  periplasmic sensor signal transduction histidine kinase  37.5 
 
 
611 aa  90.5  3e-17  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1209  putative integral membrane sensor protein  32.7 
 
 
368 aa  90.1  4e-17  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.131047  normal  0.490878 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0401  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with MHYT sensor  35.08 
 
 
687 aa  89.7  5e-17  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal  0.465852 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7284  putative integral membrane sensor protein  33.18 
 
 
263 aa  89.7  5e-17  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.609148 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0614  sensor histidine kinase  39.73 
 
 
626 aa  89.7  5e-17  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.294788  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2098  putative integral membrane sensor protein  30.53 
 
 
392 aa  89.4  6e-17  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.096975  normal  0.665186 
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0664  EAL/GGDEF domain-containing protein  39.36 
 
 
688 aa  88.6  1e-16  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.0241577  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0802  EAL/GGDEF domain-containing protein  39.36 
 
 
688 aa  88.6  1e-16  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1766  EAL/GGDEF domain-containing protein  39.36 
 
 
688 aa  88.6  1e-16  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.356944  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7582  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  34.27 
 
 
690 aa  88.2  1e-16  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.961635 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A2392  EAL/GGDEF domain-containing protein  38.83 
 
 
688 aa  88.2  2e-16  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.278752  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1106  diguanylate cyclase/cyclic diguanylate phosphodiesterase  38.83 
 
 
688 aa  88.2  2e-16  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.804569  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2786  multi-sensor signal transduction histidine kinase  37.3 
 
 
627 aa  87.4  2e-16  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2102  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  38.78 
 
 
689 aa  86.7  4e-16  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.762889  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_21190  hypothetical protein  33.33 
 
 
785 aa  86.7  4e-16  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal  0.42827 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1182  GGDEF domain/EAL domain-containing protein  36.9 
 
 
688 aa  86.7  4e-16  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA0260  sensor histidine kinase  39.04 
 
 
627 aa  86.3  5e-16  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0922  EAL/GGDEF domain-containing protein  39.04 
 
 
627 aa  86.3  5e-16  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2691  sensor histidine kinase  39.04 
 
 
627 aa  86.3  5e-16  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2386  sensor histidine kinase  39.04 
 
 
627 aa  86.3  5e-16  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0755  sensor histidine kinase  39.04 
 
 
627 aa  86.3  5e-16  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.997175  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2467  sensor histidine kinase  39.04 
 
 
627 aa  86.3  5e-16  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.333423  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_7110  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  36.11 
 
 
694 aa  86.3  5e-16  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.0633557 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1144  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  36.46 
 
 
686 aa  86.3  6e-16  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.871944  normal 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0743  sensor histidine kinase  39.04 
 
 
627 aa  86.3  6e-16  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.573337  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3675  multi-sensor hybrid histidine kinase  35.23 
 
 
966 aa  85.9  7e-16  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3843  GGDEF  30.92 
 
 
763 aa  85.1  0.000000000000001  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3110  putative integral membrane sensor protein  34.58 
 
 
1141 aa  85.1  0.000000000000001  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal  0.0940316 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7222  periplasmic sensor signal transduction histidine kinase  35.52 
 
 
589 aa  84.7  0.000000000000002  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.368099  normal  0.237593 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1808  hypothetical protein  32.83 
 
 
726 aa  84.3  0.000000000000002  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.882104  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4106  GGDEF domain/EAL domain protein  30.56 
 
 
756 aa  84  0.000000000000003  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.624649  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0386  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  33.51 
 
 
685 aa  84  0.000000000000003  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1434  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  33.03 
 
 
716 aa  83.6  0.000000000000003  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.486546  normal 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1935  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  34.5 
 
 
523 aa  84  0.000000000000003  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal  0.345754 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4790  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  32.34 
 
 
807 aa  83.6  0.000000000000004  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal  0.994259 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1252  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  29.52 
 
 
760 aa  82.8  0.000000000000006  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.849617  normal 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0910  putative integral membrane sensor protein  33.68 
 
 
251 aa  81.6  0.00000000000001  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5981  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  41.1 
 
 
602 aa  82  0.00000000000001  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004632  PSPTO_B0009  hypothetical protein  30.09 
 
 
288 aa  80.9  0.00000000000002  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6277  periplasmic sensor signal transduction histidine kinase  41.78 
 
 
594 aa  81.3  0.00000000000002  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1746  carbon monoxide dehydrogenase, coxC signalling protein  30.74 
 
 
410 aa  80.9  0.00000000000002  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.647734 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0185  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  32.43 
 
 
713 aa  80.5  0.00000000000003  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00871841 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2508  putative PAS/PAC sensor protein  37.17 
 
 
433 aa  80.5  0.00000000000003  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal  0.0530113 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0803  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  32.98 
 
 
694 aa  80.1  0.00000000000004  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal  0.268345 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4789  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and MHYT sensor(s)  31.94 
 
 
795 aa  79.7  0.00000000000005  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.0663494  normal 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5672  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  31.77 
 
 
685 aa  77.8  0.0000000000002  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>