149 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Franean1_0988 on replicon NC_009921
Organism: Frankia sp. EAN1pec



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009921  Franean1_0988  putative integral membrane sensor protein  100 
 
 
331 aa  655    Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.012877  normal 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_1466  putative integral membrane sensor protein  70.21 
 
 
322 aa  372  1e-102  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.552337  normal  0.565857 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_4364  putative integral membrane sensor protein  73.86 
 
 
273 aa  369  1e-101  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_1690  putative integral membrane sensor protein  53.85 
 
 
341 aa  198  9e-50  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal  0.265588 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3716  putative integral membrane sensor protein  44.95 
 
 
306 aa  147  2.0000000000000003e-34  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.20203  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3722  ATP-binding region, ATPase-like protein  37.78 
 
 
1120 aa  138  1e-31  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5176  MHYT  40.98 
 
 
264 aa  135  9.999999999999999e-31  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_5416  multi-sensor signal transduction histidine kinase  44.5 
 
 
632 aa  134  1.9999999999999998e-30  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6267  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  46.19 
 
 
693 aa  133  3.9999999999999996e-30  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.57074  normal  0.863761 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6743  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  46.7 
 
 
693 aa  133  3.9999999999999996e-30  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_49140  GGDEF domain protein  45.18 
 
 
689 aa  132  7.999999999999999e-30  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0664  EAL/GGDEF domain-containing protein  40.95 
 
 
688 aa  131  1.0000000000000001e-29  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.0241577  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A2392  EAL/GGDEF domain-containing protein  40.95 
 
 
688 aa  131  1.0000000000000001e-29  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.278752  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0524  putative integral membrane sensor protein  41.41 
 
 
269 aa  131  1.0000000000000001e-29  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1563  putative integral membrane sensor protein  46.19 
 
 
367 aa  132  1.0000000000000001e-29  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0802  EAL/GGDEF domain-containing protein  40.95 
 
 
688 aa  131  1.0000000000000001e-29  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1106  diguanylate cyclase/cyclic diguanylate phosphodiesterase  40.95 
 
 
688 aa  131  1.0000000000000001e-29  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.804569  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1766  EAL/GGDEF domain-containing protein  40.95 
 
 
688 aa  131  1.0000000000000001e-29  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.356944  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2786  multi-sensor signal transduction histidine kinase  50.52 
 
 
627 aa  131  1.0000000000000001e-29  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1182  GGDEF domain/EAL domain-containing protein  40.52 
 
 
688 aa  129  5.0000000000000004e-29  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2525  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  43.43 
 
 
693 aa  128  1.0000000000000001e-28  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4875  PAS sensor protein  44.15 
 
 
632 aa  127  2.0000000000000002e-28  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.152822  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_5360  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  44.15 
 
 
632 aa  127  3e-28  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2427  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  45.83 
 
 
683 aa  125  1e-27  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal  0.587287 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_7110  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  43.59 
 
 
694 aa  124  2e-27  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.0633557 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5894  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  37.61 
 
 
689 aa  124  3e-27  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.528175  normal 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2249  multi-sensor hybrid histidine kinase  35.37 
 
 
1143 aa  122  9e-27  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.673162  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc0510  hypothetical protein  44.1 
 
 
701 aa  121  1.9999999999999998e-26  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal  0.0522945 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3335  multi-sensor hybrid histidine kinase  33.06 
 
 
1122 aa  121  1.9999999999999998e-26  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1867  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  40.4 
 
 
710 aa  121  1.9999999999999998e-26  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.559225  normal  0.957058 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0401  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with MHYT sensor  40.31 
 
 
687 aa  120  3e-26  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal  0.465852 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0662  putative integral membrane sensor protein  37.18 
 
 
262 aa  120  3.9999999999999996e-26  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal  0.601986 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01755  putative two-component member protein  32.25 
 
 
1111 aa  120  3.9999999999999996e-26  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3749  ggdef domain/eal domain-containing protein  32.85 
 
 
699 aa  119  4.9999999999999996e-26  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal  0.338574 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3232  multi-sensor hybrid histidine kinase  32.37 
 
 
1118 aa  120  4.9999999999999996e-26  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1087  multi-sensor hybrid histidine kinase  37.56 
 
 
1121 aa  120  4.9999999999999996e-26  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.740067  hitchhiker  0.00000751372 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_1661  putative integral membrane sensor protein  38.57 
 
 
252 aa  119  6e-26  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.161452  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0791  multi-sensor hybrid histidine kinase  32.37 
 
 
1118 aa  119  6e-26  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_42220  membrane sensor domain-containing protein  45.18 
 
 
685 aa  119  9e-26  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_5273  putative integral membrane sensor protein  37.55 
 
 
337 aa  118  9.999999999999999e-26  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2588  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  36.86 
 
 
766 aa  118  1.9999999999999998e-25  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4460  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  44.1 
 
 
709 aa  117  1.9999999999999998e-25  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0200253  normal  0.0648745 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0386  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  42.05 
 
 
685 aa  117  1.9999999999999998e-25  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3581  GGDEF domain-containing protein  42.56 
 
 
695 aa  117  3e-25  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2190  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  42.56 
 
 
695 aa  117  3e-25  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3579  ggdef domain/eal domain protein  32.48 
 
 
691 aa  116  3.9999999999999997e-25  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.189396  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2333  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  42.56 
 
 
695 aa  115  7.999999999999999e-25  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3580  ggdef domain/eal domain protein  32.48 
 
 
699 aa  115  7.999999999999999e-25  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3652  ggdef domain/eal domain protein  32.48 
 
 
699 aa  115  8.999999999999998e-25  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal  0.117514 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_21190  hypothetical protein  39.49 
 
 
785 aa  115  1.0000000000000001e-24  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal  0.42827 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0272  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  43.75 
 
 
766 aa  115  1.0000000000000001e-24  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2504  multi-sensor hybrid histidine kinase  34.33 
 
 
1132 aa  114  2.0000000000000002e-24  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3579  hypothetical protein  44.67 
 
 
685 aa  114  2.0000000000000002e-24  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0227937  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3686  ggdef domain/eal domain-containing protein  32.48 
 
 
699 aa  114  2.0000000000000002e-24  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal  0.0580402 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2057  multi-sensor hybrid histidine kinase  41.94 
 
 
774 aa  114  2.0000000000000002e-24  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.906607  hitchhiker  0.00133985 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1808  hypothetical protein  38.97 
 
 
726 aa  113  5e-24  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.882104  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1012  putative integral membrane sensor protein  45.71 
 
 
257 aa  113  5e-24  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.158695  normal 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4735  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  43.28 
 
 
689 aa  112  6e-24  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.0595206  normal  0.234911 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7284  putative integral membrane sensor protein  36.8 
 
 
263 aa  112  9e-24  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.609148 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1144  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  42.27 
 
 
686 aa  111  1.0000000000000001e-23  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.871944  normal 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3702  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  30.91 
 
 
692 aa  112  1.0000000000000001e-23  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.561666  normal  0.977889 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3843  GGDEF  32.85 
 
 
763 aa  111  2.0000000000000002e-23  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2620  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and MHYT sensor(s)  37.55 
 
 
799 aa  110  3e-23  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5574  periplasmic sensor signal transduction histidine kinase  38.56 
 
 
611 aa  110  4.0000000000000004e-23  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6277  periplasmic sensor signal transduction histidine kinase  37.71 
 
 
594 aa  110  4.0000000000000004e-23  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_5938  periplasmic sensor signal transduction histidine kinase  38.56 
 
 
611 aa  110  4.0000000000000004e-23  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4106  GGDEF domain/EAL domain protein  34.31 
 
 
756 aa  109  6e-23  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.624649  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1252  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  32.56 
 
 
760 aa  109  8.000000000000001e-23  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.849617  normal 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7222  periplasmic sensor signal transduction histidine kinase  40.72 
 
 
589 aa  107  2e-22  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.368099  normal  0.237593 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4421  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and MHYT sensor(s)  33.17 
 
 
779 aa  106  5e-22  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.920702  normal 
 
 
-
 
NC_006348  BMA0260  sensor histidine kinase  41.92 
 
 
627 aa  106  6e-22  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0922  EAL/GGDEF domain-containing protein  41.92 
 
 
627 aa  106  6e-22  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0803  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  37.95 
 
 
694 aa  106  6e-22  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal  0.268345 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2691  sensor histidine kinase  41.92 
 
 
627 aa  106  6e-22  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2386  sensor histidine kinase  41.92 
 
 
627 aa  106  6e-22  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0755  sensor histidine kinase  41.92 
 
 
627 aa  106  6e-22  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.997175  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2467  sensor histidine kinase  41.92 
 
 
627 aa  106  6e-22  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.333423  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2798  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  42.56 
 
 
695 aa  106  6e-22  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_4067  putative integral membrane sensor protein  34.96 
 
 
289 aa  105  8e-22  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_4101  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  31.4 
 
 
794 aa  105  8e-22  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004632  PSPTO_B0009  hypothetical protein  33.5 
 
 
288 aa  105  9e-22  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5981  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  37.71 
 
 
602 aa  105  1e-21  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1867  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  34.18 
 
 
712 aa  104  2e-21  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.669974  normal 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0743  sensor histidine kinase  41.41 
 
 
627 aa  104  2e-21  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.573337  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0614  sensor histidine kinase  39.9 
 
 
626 aa  102  1e-20  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.294788  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2102  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  38.12 
 
 
689 aa  102  1e-20  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.762889  normal 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3822  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  33.19 
 
 
786 aa  102  1e-20  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4789  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and MHYT sensor(s)  35.68 
 
 
795 aa  101  1e-20  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.0663494  normal 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6440  histidine kinase  38.56 
 
 
611 aa  99.8  5e-20  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.920923  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4790  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  32.71 
 
 
807 aa  99.8  6e-20  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal  0.994259 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0328  putative integral membrane sensor protein  35.06 
 
 
256 aa  99.4  8e-20  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3194  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  38.16 
 
 
726 aa  99.4  9e-20  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.178802  normal  0.0329837 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0185  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  36.98 
 
 
713 aa  98.6  1e-19  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00871841 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0834  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  31.76 
 
 
831 aa  98.2  2e-19  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.153138  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1850  multi-sensor hybrid histidine kinase  34.18 
 
 
946 aa  97.8  2e-19  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.0866059  normal  0.191772 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5672  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  34.65 
 
 
685 aa  96.7  5e-19  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3110  putative integral membrane sensor protein  33.76 
 
 
1141 aa  95.1  2e-18  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal  0.0940316 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1746  carbon monoxide dehydrogenase, coxC signalling protein  35.57 
 
 
410 aa  93.2  6e-18  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.647734 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4273  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  32.93 
 
 
754 aa  92.8  6e-18  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2191  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  31.7 
 
 
809 aa  92.8  7e-18  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.143523  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>