145 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Vapar_0328 on replicon NC_012791
Organism: Variovorax paradoxus S110



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_012791  Vapar_0328  putative integral membrane sensor protein  100 
 
 		 256 aa  497  1e-140  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0662  putative integral membrane sensor protein  41.03 
 
 		 262 aa  155  7e-37  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.601986 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5176  MHYT  40.97 
 
 		 264 aa  154  2e-36  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2146  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  45.79 
 
 		 709 aa  141  9e-33  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_1466  putative integral membrane sensor protein  36.21 
 
 		 322 aa  140  1.9999999999999998e-32  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.552337  normal  0.565857 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_4364  putative integral membrane sensor protein  36.21 
 
 		 273 aa  140  1.9999999999999998e-32  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2525  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  39.68 
 
 		 693 aa  137  2e-31  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3581  GGDEF domain-containing protein  39.38 
 
 		 695 aa  135  6.0000000000000005e-31  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2427  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  41.84 
 
 		 683 aa  134  1.9999999999999998e-30  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.587287 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0401  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with MHYT sensor  42.79 
 
 		 687 aa  133  1.9999999999999998e-30  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.465852 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2190  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  39 
 
 		 695 aa  132  6e-30  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2333  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  42.21 
 
 		 695 aa  131  7.999999999999999e-30  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3722  ATP-binding region, ATPase-like protein  37.74 
 
 		 1120 aa  130  2.0000000000000002e-29  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2588  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  41.41 
 
 		 766 aa  127  2.0000000000000002e-28  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_5416  multi-sensor signal transduction histidine kinase  46.56 
 
 		 632 aa  126  3e-28  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3702  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  41.5 
 
 		 692 aa  123  3e-27  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.561666  normal  0.977889 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4875  PAS sensor protein  45.26 
 
 		 632 aa  123  3e-27  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.152822  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2798  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  38.13 
 
 		 695 aa  123  3e-27  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4460  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  43.01 
 
 		 709 aa  122  4e-27  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0200253  normal  0.0648745 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_49140  GGDEF domain protein  40.7 
 
 		 689 aa  122  4e-27  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0386  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  43.72 
 
 		 685 aa  122  4e-27  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0272  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  45.16 
 
 		 766 aa  121  9e-27  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_5360  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  44.74 
 
 		 632 aa  121  9.999999999999999e-27  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0510  hypothetical protein  44.22 
 
 		 701 aa  120  3e-26  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.0522945 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0524  putative integral membrane sensor protein  45.31 
 
 		 269 aa  120  3e-26  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2057  multi-sensor hybrid histidine kinase  39.59 
 
 		 774 aa  119  7e-26  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.906607  hitchhiker  0.00133985 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3232  multi-sensor hybrid histidine kinase  36.41 
 
 		 1118 aa  117  1.9999999999999998e-25  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0791  multi-sensor hybrid histidine kinase  36.41 
 
 		 1118 aa  117  3e-25  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1867  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  41.83 
 
 		 710 aa  116  3e-25  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.559225  normal  0.957058 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3694  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with MHYT sensor  39.46 
 
 		 678 aa  116  3.9999999999999997e-25  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.323415  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01755  putative two-component member protein  31.7 
 
 		 1111 aa  116  3.9999999999999997e-25  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_42220  membrane sensor domain-containing protein  42.56 
 
 		 685 aa  116  3.9999999999999997e-25  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1012  putative integral membrane sensor protein  45.02 
 
 		 257 aa  114  1.0000000000000001e-24  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.158695  normal  1 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7284  putative integral membrane sensor protein  43.28 
 
 		 263 aa  114  2.0000000000000002e-24  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.609148 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2249  multi-sensor hybrid histidine kinase  33.66 
 
 		 1143 aa  113  2.0000000000000002e-24  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.673162  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3579  hypothetical protein  42.56 
 
 		 685 aa  114  2.0000000000000002e-24  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0227937  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3335  multi-sensor hybrid histidine kinase  34.63 
 
 		 1122 aa  112  4.0000000000000004e-24  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1144  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  43.94 
 
 		 686 aa  112  6e-24  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.871944  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_1690  putative integral membrane sensor protein  43.46 
 
 		 341 aa  112  8.000000000000001e-24  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  0.265588 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0614  sensor histidine kinase  41.28 
 
 		 626 aa  112  9e-24  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.294788  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0834  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  34.98 
 
 		 831 aa  111  1.0000000000000001e-23  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.153138  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A2392  EAL/GGDEF domain-containing protein  41.45 
 
 		 688 aa  110  2.0000000000000002e-23  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.278752  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3675  multi-sensor hybrid histidine kinase  34.48 
 
 		 966 aa  110  2.0000000000000002e-23  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1106  diguanylate cyclase/cyclic diguanylate phosphodiesterase  41.45 
 
 		 688 aa  110  2.0000000000000002e-23  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.804569  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1087  multi-sensor hybrid histidine kinase  35.55 
 
 		 1121 aa  110  2.0000000000000002e-23  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.740067  hitchhiker  0.00000751372 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_7110  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  40.86 
 
 		 694 aa  110  2.0000000000000002e-23  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.0633557 
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0664  EAL/GGDEF domain-containing protein  40.93 
 
 		 688 aa  110  3e-23  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.0241577  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6267  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  43.84 
 
 		 693 aa  110  3e-23  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.57074  normal  0.863761 
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0802  EAL/GGDEF domain-containing protein  40.93 
 
 		 688 aa  110  3e-23  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1766  EAL/GGDEF domain-containing protein  40.93 
 
 		 688 aa  110  3e-23  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.356944  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1563  putative integral membrane sensor protein  43.84 
 
 		 367 aa  109  4.0000000000000004e-23  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1182  GGDEF domain/EAL domain-containing protein  40.93 
 
 		 688 aa  109  4.0000000000000004e-23  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6743  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  40.91 
 
 		 693 aa  109  5e-23  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1490  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  42.03 
 
 		 724 aa  108  1e-22  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.261971  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1434  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  40.21 
 
 		 716 aa  108  1e-22  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.486546  normal  1 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_4067  putative integral membrane sensor protein  42.22 
 
 		 289 aa  107  2e-22  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2504  multi-sensor hybrid histidine kinase  37.38 
 
 		 1132 aa  107  2e-22  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1252  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  36.57 
 
 		 760 aa  106  3e-22  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.849617  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2786  multi-sensor signal transduction histidine kinase  41.56 
 
 		 627 aa  106  3e-22  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_0988  putative integral membrane sensor protein  35.06 
 
 		 331 aa  106  4e-22  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.012877  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5894  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  39.07 
 
 		 689 aa  105  6e-22  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.528175  normal  1 
 
 
-
 
NC_006348  BMA0260  sensor histidine kinase  37.84 
 
 		 627 aa  104  1e-21  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0922  EAL/GGDEF domain-containing protein  37.84 
 
 		 627 aa  104  1e-21  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2691  sensor histidine kinase  37.84 
 
 		 627 aa  104  1e-21  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2386  sensor histidine kinase  37.84 
 
 		 627 aa  104  1e-21  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0743  sensor histidine kinase  40.7 
 
 		 627 aa  104  1e-21  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.573337  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0755  sensor histidine kinase  37.84 
 
 		 627 aa  104  1e-21  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.997175  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2467  sensor histidine kinase  37.84 
 
 		 627 aa  104  1e-21  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.333423  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_1661  putative integral membrane sensor protein  38.66 
 
 		 252 aa  103  2e-21  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.161452  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3652  ggdef domain/eal domain protein  38.14 
 
 		 699 aa  103  3e-21  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  0.117514 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7222  periplasmic sensor signal transduction histidine kinase  40.41 
 
 		 589 aa  103  4e-21  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.368099  normal  0.237593 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3580  ggdef domain/eal domain protein  38.14 
 
 		 699 aa  102  4e-21  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3579  ggdef domain/eal domain protein  38.14 
 
 		 691 aa  103  4e-21  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.189396  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_00964  Putative signal protein with GGDEF and EAL domains  42.56 
 
 		 696 aa  102  5e-21  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.0651645  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_06202  Putative signal protein with GGDEF and EAL domains  42.56 
 
 		 696 aa  102  5e-21  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.33406  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3716  putative integral membrane sensor protein  43.41 
 
 		 306 aa  102  5e-21  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.20203  n/a   
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6277  periplasmic sensor signal transduction histidine kinase  45.83 
 
 		 594 aa  102  6e-21  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3749  ggdef domain/eal domain-containing protein  38.14 
 
 		 699 aa  102  8e-21  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  0.338574 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5981  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  45.14 
 
 		 602 aa  101  9e-21  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3110  putative integral membrane sensor protein  35.61 
 
 		 1141 aa  101  1e-20  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  0.0940316 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3686  ggdef domain/eal domain-containing protein  37.63 
 
 		 699 aa  101  1e-20  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  0.0580402 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2102  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  41.71 
 
 		 689 aa  100  2e-20  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.762889  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4106  GGDEF domain/EAL domain protein  34.47 
 
 		 756 aa  99.4  5e-20  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.624649  n/a   
 
 
-
 
NC_004632  PSPTO_B0009  hypothetical protein  34.47 
 
 		 288 aa  97.4  2e-19  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2757  GGDEF domain/EAL domain protein  41.75 
 
 		 703 aa  96.3  4e-19  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.203015  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_7535  putative integral membrane sensor protein  36.41 
 
 		 269 aa  96.3  4e-19  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.379142  normal  0.129061 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5574  periplasmic sensor signal transduction histidine kinase  38.58 
 
 		 611 aa  95.9  5e-19  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_5938  periplasmic sensor signal transduction histidine kinase  38.58 
 
 		 611 aa  95.9  5e-19  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_5273  putative integral membrane sensor protein  36.7 
 
 		 337 aa  96.3  5e-19  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3843  GGDEF  32.54 
 
 		 763 aa  95.5  7e-19  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4735  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  39.05 
 
 		 689 aa  94  2e-18  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.0595206  normal  0.234911 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0204  diguanylate cyclase  35.79 
 
 		 453 aa  92  8e-18  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.209858  normal  0.343798 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2620  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and MHYT sensor(s)  38.3 
 
 		 799 aa  91.7  1e-17  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3194  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  38.1 
 
 		 726 aa  89.7  4e-17  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.178802  normal  0.0329837 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6440  histidine kinase  38.58 
 
 		 611 aa  89  7e-17  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.920923  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2508  putative PAS/PAC sensor protein  35.58 
 
 		 433 aa  88.6  8e-17  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0530113 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_21190  hypothetical protein  35.12 
 
 		 785 aa  88.6  9e-17  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.42827 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2486  GGDEF  42.27 
 
 		 703 aa  88.2  1e-16  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.140313 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4790  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  30.43 
 
 		 807 aa  87.4  2e-16  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.994259 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1808  hypothetical protein  35.61 
 
 		 726 aa  86.7  3e-16  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.882104  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>