142 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PSPTO_B0009 on replicon NC_004632
Organism: Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_004632  PSPTO_B0009  hypothetical protein  100 
 
 		 288 aa  580  1e-164  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4106  GGDEF domain/EAL domain protein  96.44 
 
 		 756 aa  542  1e-153  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.624649  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3843  GGDEF  86.81 
 
 		 763 aa  491  9.999999999999999e-139  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1252  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  55.05 
 
 		 760 aa  315  5e-85  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.849617  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4273  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  52.43 
 
 		 754 aa  286  2e-76  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1178  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  51.74 
 
 		 754 aa  278  6e-74  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.578414 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1144  GGDEF domain-containing protein  51.39 
 
 		 754 aa  276  4e-73  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.252885 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1161  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  50.35 
 
 		 754 aa  258  8e-68  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.268415  normal  0.0126902 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3194  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  45.49 
 
 		 726 aa  235  8e-61  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.178802  normal  0.0329837 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1808  hypothetical protein  38.89 
 
 		 726 aa  203  3e-51  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.882104  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_21190  hypothetical protein  38.89 
 
 		 785 aa  201  8e-51  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.42827 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2249  multi-sensor hybrid histidine kinase  35.25 
 
 		 1143 aa  129  4.0000000000000003e-29  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.673162  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0791  multi-sensor hybrid histidine kinase  34.19 
 
 		 1118 aa  126  3e-28  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3232  multi-sensor hybrid histidine kinase  34.19 
 
 		 1118 aa  126  4.0000000000000003e-28  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3335  multi-sensor hybrid histidine kinase  35.47 
 
 		 1122 aa  126  4.0000000000000003e-28  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2525  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  32.18 
 
 		 693 aa  126  5e-28  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4460  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  33.06 
 
 		 709 aa  123  3e-27  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0200253  normal  0.0648745 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_49140  GGDEF domain protein  35.16 
 
 		 689 aa  123  4e-27  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1087  multi-sensor hybrid histidine kinase  32.06 
 
 		 1121 aa  120  3e-26  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.740067  hitchhiker  0.00000751372 
 
 
-
 
NC_006348  BMA0260  sensor histidine kinase  34.6 
 
 		 627 aa  119  4.9999999999999996e-26  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0922  EAL/GGDEF domain-containing protein  34.6 
 
 		 627 aa  119  4.9999999999999996e-26  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3749  ggdef domain/eal domain-containing protein  31.94 
 
 		 699 aa  119  4.9999999999999996e-26  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  0.338574 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2691  sensor histidine kinase  34.6 
 
 		 627 aa  119  4.9999999999999996e-26  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2386  sensor histidine kinase  34.6 
 
 		 627 aa  119  4.9999999999999996e-26  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0755  sensor histidine kinase  34.6 
 
 		 627 aa  119  4.9999999999999996e-26  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.997175  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2467  sensor histidine kinase  34.6 
 
 		 627 aa  119  4.9999999999999996e-26  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.333423  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3652  ggdef domain/eal domain protein  31.68 
 
 		 699 aa  118  9.999999999999999e-26  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  0.117514 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3579  ggdef domain/eal domain protein  31.68 
 
 		 691 aa  118  9.999999999999999e-26  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.189396  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3580  ggdef domain/eal domain protein  31.68 
 
 		 699 aa  118  9.999999999999999e-26  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0743  sensor histidine kinase  34.18 
 
 		 627 aa  117  1.9999999999999998e-25  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.573337  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3686  ggdef domain/eal domain-containing protein  31.3 
 
 		 699 aa  117  1.9999999999999998e-25  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  0.0580402 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2427  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  35.23 
 
 		 683 aa  116  5e-25  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.587287 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0614  sensor histidine kinase  33.76 
 
 		 626 aa  114  1.0000000000000001e-24  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.294788  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3702  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  30.92 
 
 		 692 aa  114  1.0000000000000001e-24  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.561666  normal  0.977889 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5894  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  34.34 
 
 		 689 aa  113  3e-24  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.528175  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2102  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  36.79 
 
 		 689 aa  113  4.0000000000000004e-24  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.762889  normal  1 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7222  periplasmic sensor signal transduction histidine kinase  34.76 
 
 		 589 aa  112  9e-24  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.368099  normal  0.237593 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3581  GGDEF domain-containing protein  30.53 
 
 		 695 aa  111  1.0000000000000001e-23  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2190  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  30.53 
 
 		 695 aa  111  2.0000000000000002e-23  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2620  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and MHYT sensor(s)  31.97 
 
 		 799 aa  110  3e-23  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2333  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  30.53 
 
 		 695 aa  109  5e-23  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0401  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with MHYT sensor  35.38 
 
 		 687 aa  108  1e-22  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.465852 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1144  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  34.16 
 
 		 686 aa  107  2e-22  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.871944  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_5416  multi-sensor signal transduction histidine kinase  33.47 
 
 		 632 aa  107  2e-22  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2798  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  30.92 
 
 		 695 aa  107  2e-22  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4735  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  38.14 
 
 		 689 aa  107  2e-22  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.0595206  normal  0.234911 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3722  ATP-binding region, ATPase-like protein  30.6 
 
 		 1120 aa  106  5e-22  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_1466  putative integral membrane sensor protein  33.01 
 
 		 322 aa  105  1e-21  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.552337  normal  0.565857 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6743  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  31.3 
 
 		 693 aa  105  1e-21  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_4364  putative integral membrane sensor protein  33.33 
 
 		 273 aa  104  2e-21  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1563  putative integral membrane sensor protein  30.84 
 
 		 367 aa  103  3e-21  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4875  PAS sensor protein  32.27 
 
 		 632 aa  102  5e-21  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.152822  normal  1 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_7110  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  32.05 
 
 		 694 aa  102  5e-21  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.0633557 
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6267  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  30.84 
 
 		 693 aa  102  7e-21  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.57074  normal  0.863761 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3579  hypothetical protein  32.44 
 
 		 685 aa  102  7e-21  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0227937  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0204  diguanylate cyclase  30.62 
 
 		 453 aa  102  9e-21  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.209858  normal  0.343798 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01755  putative two-component member protein  32.37 
 
 		 1111 aa  101  1e-20  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_5360  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  31.47 
 
 		 632 aa  100  2e-20  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0834  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  31.5 
 
 		 831 aa  100  4e-20  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.153138  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1490  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  32.35 
 
 		 724 aa  100  4e-20  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.261971  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1867  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  33.5 
 
 		 710 aa  99.4  6e-20  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.559225  normal  0.957058 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2146  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  31.03 
 
 		 709 aa  99.4  6e-20  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5574  periplasmic sensor signal transduction histidine kinase  32.5 
 
 		 611 aa  99.4  7e-20  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_5938  periplasmic sensor signal transduction histidine kinase  32.5 
 
 		 611 aa  99.4  7e-20  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6277  periplasmic sensor signal transduction histidine kinase  33.68 
 
 		 594 aa  98.2  1e-19  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0510  hypothetical protein  30.45 
 
 		 701 aa  98.2  2e-19  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.0522945 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5981  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  33.68 
 
 		 602 aa  97.4  2e-19  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2057  multi-sensor hybrid histidine kinase  37.44 
 
 		 774 aa  97.1  3e-19  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.906607  hitchhiker  0.00133985 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0386  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  32.47 
 
 		 685 aa  96.3  5e-19  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0664  EAL/GGDEF domain-containing protein  33.51 
 
 		 688 aa  95.1  1e-18  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.0241577  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A2392  EAL/GGDEF domain-containing protein  33.51 
 
 		 688 aa  95.1  1e-18  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.278752  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_42220  membrane sensor domain-containing protein  31.68 
 
 		 685 aa  95.5  1e-18  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0802  EAL/GGDEF domain-containing protein  33.51 
 
 		 688 aa  95.1  1e-18  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1182  GGDEF domain/EAL domain-containing protein  33.51 
 
 		 688 aa  95.1  1e-18  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1106  diguanylate cyclase/cyclic diguanylate phosphodiesterase  33.51 
 
 		 688 aa  94.7  1e-18  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.804569  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1766  EAL/GGDEF domain-containing protein  33.51 
 
 		 688 aa  95.1  1e-18  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.356944  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3694  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with MHYT sensor  29.92 
 
 		 678 aa  95.1  1e-18  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.323415  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_0988  putative integral membrane sensor protein  37.93 
 
 		 331 aa  94.7  1e-18  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.012877  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3110  putative integral membrane sensor protein  33.78 
 
 		 1141 aa  94.4  2e-18  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  0.0940316 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7284  putative integral membrane sensor protein  34.46 
 
 		 263 aa  93.6  3e-18  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.609148 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0272  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  33.74 
 
 		 766 aa  94  3e-18  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2504  multi-sensor hybrid histidine kinase  29.71 
 
 		 1132 aa  93.6  4e-18  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2786  multi-sensor signal transduction histidine kinase  32.05 
 
 		 627 aa  93.2  5e-18  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2588  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  34.96 
 
 		 766 aa  92.8  5e-18  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1434  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  28.31 
 
 		 716 aa  92.8  6e-18  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.486546  normal  1 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6440  histidine kinase  32.5 
 
 		 611 aa  89.7  5e-17  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.920923  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2757  GGDEF domain/EAL domain protein  37.31 
 
 		 703 aa  89.7  6e-17  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.203015  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1867  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  32.39 
 
 		 712 aa  89.4  7e-17  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.669974  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2456  multi-sensor hybrid histidine kinase  28.63 
 
 		 1128 aa  88.6  1e-16  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  0.165433 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3675  multi-sensor hybrid histidine kinase  32.68 
 
 		 966 aa  88.6  1e-16  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4790  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  28.63 
 
 		 807 aa  85.5  8e-16  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.994259 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1850  multi-sensor hybrid histidine kinase  27.07 
 
 		 946 aa  85.5  0.000000000000001  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.0866059  normal  0.191772 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_5273  putative integral membrane sensor protein  27.03 
 
 		 337 aa  84.3  0.000000000000002  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0524  putative integral membrane sensor protein  32.31 
 
 		 269 aa  82.8  0.000000000000005  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0328  putative integral membrane sensor protein  32.68 
 
 		 256 aa  82.4  0.000000000000008  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_1661  putative integral membrane sensor protein  29.56 
 
 		 252 aa  82  0.000000000000009  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.161452  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0910  putative integral membrane sensor protein  35.21 
 
 		 251 aa  81.6  0.00000000000001  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1209  putative integral membrane sensor protein  37.14 
 
 		 368 aa  80.5  0.00000000000003  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.131047  normal  0.490878 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2486  GGDEF  38.85 
 
 		 703 aa  77  0.0000000000003  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.140313 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2508  putative PAS/PAC sensor protein  32.54 
 
 		 433 aa  76.6  0.0000000000005  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0530113 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>