251 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Vapar_3622 on replicon NC_012791
Organism: Variovorax paradoxus S110



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_012791  Vapar_3622  response regulator receiver protein  100 
 
 		 301 aa  602  1.0000000000000001e-171  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_00073  RpfD regulatory protein  42.61 
 
 		 304 aa  202  4e-51  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.133671  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1822  response regulator receiver protein  41.89 
 
 		 300 aa  174  9.999999999999999e-43  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.332263  normal  0.137599 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3422  response regulator receiver domain-containing protein  34 
 
 		 291 aa  162  5.0000000000000005e-39  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00728631 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01349  regulatory protein  31.67 
 
 		 294 aa  136  5e-31  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.0319179  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3964  hypothetical protein  29.75 
 
 		 294 aa  88.6  1e-16  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_3052  response regulator receiver protein  30.6 
 
 		 286 aa  87.4  3e-16  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.995859  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_4004  response regulator receiver domain-containing protein  27.56 
 
 		 269 aa  83.2  0.000000000000004  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.174802  normal  0.249031 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2206  response regulator receiver protein  32.66 
 
 		 267 aa  82.8  0.000000000000006  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.0547033  normal  0.44527 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_0067  LytTR family two component transcriptional regulator  38.54 
 
 		 268 aa  82.8  0.000000000000006  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.169577  normal  0.169612 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0420  LytR/AlgR family transcriptional regulator  37.25 
 
 		 317 aa  80.5  0.00000000000003  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.0328897  normal  0.0302219 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3913  LytTR family two component transcriptional regulator  40.78 
 
 		 268 aa  78.6  0.0000000000001  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.316099  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3487  LytR/AlgR family transcriptional regulator  35.59 
 
 		 253 aa  77.8  0.0000000000002  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.76921  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1819  LytTr DNA-binding response regulator  36.9 
 
 		 260 aa  77.4  0.0000000000003  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.148301  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_0704  LytTR family two component transcriptional regulator  35.25 
 
 		 276 aa  76.6  0.0000000000005  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  0.674394 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4382  LytTR family two component transcriptional regulator  34.4 
 
 		 273 aa  75.5  0.000000000001  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0480  response regulator receiver domain-containing protein  36.26 
 
 		 265 aa  75.5  0.000000000001  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2673  response regulator receiver protein  34.92 
 
 		 268 aa  73.9  0.000000000003  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.587227  normal  0.606797 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3838  LytR/AlgR family transcriptional regulator  31.53 
 
 		 254 aa  72  0.00000000001  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  0.479778 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3718  response regulator  37.78 
 
 		 275 aa  71.2  0.00000000002  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1744  response regulator receiver protein  33.93 
 
 		 262 aa  68.9  0.0000000001  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.0469005  normal  0.152737 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0227  LytR/AlgR family transcriptional regulator  32.26 
 
 		 265 aa  67.4  0.0000000002  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.312706  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2329  LytTR family two component transcriptional regulator  35.45 
 
 		 255 aa  67.8  0.0000000002  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.0531557  decreased coverage  0.00207881 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2974  LytTR family two component transcriptional regulator  34.44 
 
 		 266 aa  65.9  0.0000000007  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.318128 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3291  LytR/AlgR family transcriptional regulator  29.7 
 
 		 258 aa  65.9  0.0000000009  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.393667  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0504  response regulator receiver protein  32.03 
 
 		 139 aa  65.1  0.000000001  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2172  LytR/AlgR family transcriptional regulator  34.43 
 
 		 252 aa  64.3  0.000000002  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.0721488  normal  0.0255714 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1004  two component transcriptional regulator, LytTR family  31.73 
 
 		 257 aa  63.9  0.000000003  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  decreased coverage  0.00878343  normal  0.279198 
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0387  response regulator  41.38 
 
 		 261 aa  64.3  0.000000003  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1761  two component transcriptional regulator, LytTR family  35.34 
 
 		 251 aa  63.5  0.000000004  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1149  response regulator receiver protein  28.28 
 
 		 239 aa  63.5  0.000000004  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2966  response regulator receiver protein  33.33 
 
 		 274 aa  62.8  0.000000007  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6586  two component transcriptional regulator, LytTR family  30.36 
 
 		 246 aa  61.6  0.00000001  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.318104  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1151  response regulator receiver protein  30.59 
 
 		 276 aa  62  0.00000001  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5058  two component transcriptional regulator, LytTR family  30.43 
 
 		 247 aa  61.2  0.00000002  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  hitchhiker  0.0000256301  normal  0.0140106 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3773  two component transcriptional regulator, LytTR family  35.58 
 
 		 260 aa  61.6  0.00000002  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.10961  normal  1 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1065  response regulator receiver protein  38.3 
 
 		 249 aa  60.5  0.00000003  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.251377  normal  0.725191 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_1527  LytTR family two component transcriptional regulator  32.14 
 
 		 246 aa  60.5  0.00000004  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.109257  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2385  response regulator receiver protein  30.34 
 
 		 272 aa  59.3  0.00000007  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_0904  LytTR family two component transcriptional regulator  28.12 
 
 		 243 aa  59.3  0.00000007  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_00400  response regulator of the LytR/AlgR family  35.58 
 
 		 237 aa  58.5  0.0000001  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  0.132657  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0190  LytR/AlgR family transcriptional regulator  36.07 
 
 		 244 aa  58.9  0.0000001  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.625509  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1542  LytTr DNA-binding region  37.8 
 
 		 245 aa  58.2  0.0000001  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  0.300206 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3159  response regulator receiver  29.09 
 
 		 242 aa  58.5  0.0000001  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2342  two component transcriptional regulator, LytTR family  36.78 
 
 		 240 aa  58.5  0.0000001  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.0697143  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_6429  response regulator receiver protein  33.6 
 
 		 553 aa  57.8  0.0000002  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_02291  predicted response regulator in two-component system withYpdA  27.97 
 
 		 244 aa  57.8  0.0000002  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1276  two component transcriptional regulator, LytTR family  27.97 
 
 		 244 aa  57.8  0.0000002  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.435037  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2750  response regulator  27.97 
 
 		 244 aa  57.8  0.0000002  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1288  LytTR family two component transcriptional regulator  27.97 
 
 		 244 aa  57.8  0.0000002  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.524379  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3613  response regulator  27.97 
 
 		 244 aa  57.8  0.0000002  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.560415 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2518  response regulator  27.97 
 
 		 244 aa  57.8  0.0000002  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4495  LytTR family two component transcriptional regulator  42.31 
 
 		 245 aa  57.8  0.0000002  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.17015 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3896  two component transcriptional regulator, LytTR family  32.28 
 
 		 245 aa  57.8  0.0000002  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.356034 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2671  response regulator  27.97 
 
 		 244 aa  57.8  0.0000002  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_4189  LytTr DNA-binding region  35.23 
 
 		 231 aa  57.4  0.0000003  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  0.537023 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4408  two component transcriptional regulator, LytTR family  27.74 
 
 		 268 aa  57.4  0.0000003  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1191  response regulator receiver protein  37.17 
 
 		 518 aa  57.4  0.0000003  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2533  response regulator  26.98 
 
 		 244 aa  57.4  0.0000003  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_5142  two component transcriptional regulator, LytTR family  27.5 
 
 		 244 aa  57  0.0000004  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.546377  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5734  two component transcriptional regulator, LytTR family  34.65 
 
 		 257 aa  56.6  0.0000005  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2278  LytTr DNA-binding response regulator  28.71 
 
 		 280 aa  56.2  0.0000006  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.421967  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  SAG1016  response regulator  33.33 
 
 		 244 aa  56.2  0.0000006  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_01160  response regulator of the LytR/AlgR family  33.01 
 
 		 238 aa  56.2  0.0000006  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_1153  two component transcriptional regulator, LytTR family  40 
 
 		 299 aa  56.2  0.0000006  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2357  two component transcriptional regulator, LytTR family  26.03 
 
 		 244 aa  56.2  0.0000006  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0617  two component transcriptional regulator, LytTR family  30.68 
 
 		 243 aa  56.2  0.0000007  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  0.23864 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01918  putative response regulator in two-component regulatory system  28.57 
 
 		 275 aa  55.8  0.0000008  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.159199  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_0137  two component transcriptional regulator, LytTR family  32.38 
 
 		 237 aa  55.8  0.0000009  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0469  response regulator receiver protein  36.84 
 
 		 254 aa  55.5  0.000001  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_11553  two-component system response regulator  27.59 
 
 		 237 aa  55.5  0.000001  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2697  LytR/AlgR family transcriptional regulator  33.59 
 
 		 240 aa  54.7  0.000002  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1860  two component transcriptional regulator, LytTR family  32.17 
 
 		 266 aa  55.1  0.000002  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3893  LytR/AlgR family transcriptional regulator  32.88 
 
 		 277 aa  55.1  0.000002  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.493272  normal  0.267267 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2920  LytTR family two component transcriptional regulator  25.87 
 
 		 245 aa  54.7  0.000002  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.106094 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4710  two component transcriptional regulator, LytTR family  28.57 
 
 		 254 aa  54.3  0.000002  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_6324  response regulator receiver protein  33.33 
 
 		 253 aa  54.3  0.000003  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.48372 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_07024  transcriptional regulator  33.71 
 
 		 263 aa  53.9  0.000003  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2328  LytTR family two component transcriptional regulator  31.82 
 
 		 255 aa  54.3  0.000003  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.261765  decreased coverage  0.00199939 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A5541  putative response regulator  28.42 
 
 		 238 aa  54.3  0.000003  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.0307727  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B5410  putative response regulator  28.42 
 
 		 238 aa  54.3  0.000003  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.0150801  normal  1 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2133  LytTR family two component transcriptional regulator  33.33 
 
 		 248 aa  53.9  0.000003  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.565653  normal  1 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_5211  LytTR family two component transcriptional regulator  29.03 
 
 		 238 aa  53.9  0.000003  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.546332  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2443  two component transcriptional regulator, LytTR family  27.7 
 
 		 245 aa  53.5  0.000004  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.191147  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1330  LytTR family two component transcriptional regulator  35.48 
 
 		 261 aa  53.9  0.000004  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.80792  hitchhiker  0.00674538 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_4299  LytTR family two component transcriptional regulator  26.06 
 
 		 243 aa  53.5  0.000004  Shewanella baltica OS155  Bacteria  decreased coverage  0.000001386  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0060  LytTR family two component transcriptional regulator  26.06 
 
 		 243 aa  53.5  0.000004  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.0478076  hitchhiker  0.000497336 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1561  putative PAS/PAC sensor protein  39.02 
 
 		 249 aa  53.1  0.000005  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  0.925231 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1130  putative two-component response-regulatory protein YehT  31.96 
 
 		 238 aa  53.1  0.000005  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000974  response regulator of the LytR/AlgR family  30.93 
 
 		 263 aa  53.1  0.000006  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.728867  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2437  response regulator receiver protein  27.33 
 
 		 273 aa  53.1  0.000006  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  0.2489 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_0254  response regulator  37.21 
 
 		 251 aa  53.1  0.000006  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.437869  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0059  two component transcriptional regulator, LytTR family  28.21 
 
 		 243 aa  52.8  0.000006  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.182784  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0057  response regulator receiver protein  28.21 
 
 		 243 aa  52.8  0.000007  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  decreased coverage  0.0000048418  decreased coverage  0.0000000648872 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0055  response regulator receiver protein  28.21 
 
 		 243 aa  52.8  0.000007  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  decreased coverage  0.0000989316  hitchhiker  0.000468323 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3405  LytTR family two component transcriptional regulator  28.15 
 
 		 244 aa  52.8  0.000008  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.732179  normal  1 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_12230  response regulator of the LytR/AlgR family  31 
 
 		 242 aa  52.4  0.000008  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_5546  response regulator, putative  27.96 
 
 		 238 aa  52  0.00001  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.183398  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS5270  response regulator  27.96 
 
 		 238 aa  52  0.00001  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.246846  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_5097  response regulator  27.96 
 
 		 238 aa  52  0.00001  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  0.047582  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>